Vers une meilleur compréhension des réponses cellulaires aux stimuli externes en utilisant des approches informatiques dit réseaux

Pendant mes travaux de thèse, j'ai développé et appliqué des méthodes informatiques utilisant des données de réseaux afin d'aider l'analyse des données biologiques à haut-débit. Ma thèse consiste en trois projets : L'identification de protéines supplémentaires dans des approches de protéomique différentielle à l'aide des réseaux d'interaction protéiques, l'identification de réseaux régulatoires sous-jacents aux réponses aux stress abiotiques dans arabidopsis thaliana et l'analyse de signature transcriptomique de réponse immunitaire d'hôte spécifique à différentes étapes d'infection par shigella flexneri.In the course of my Ph.D work, i have developed and applied methods making use of network information to adavance the analysis of high-throughput biological data. My thesis comprises three projects :- The identification of additional proteins in differential protemics using protein interaction networks. In this study, we developed a novel computational approach based on protein-protein interaction networks to identify a list of proteins that might have remained undetected in differential proteomic profiling experiments.- The transcriptional regulatory networks underlying responses to environmental stresses. Based on publicly available data, measuring the response of A. Thaliana to a set of abiotic stresses in a time-resolved manner, we applied two complimentary approaches to derive gene regulatory networks underlying the plant's response to the perceived stresses.- The analysis of transcriptional host immune response signatures specific for distinct stages of infection by shigella flexneri. During their host invasion process, shigella localize to different subcellular niches