Building ProteomeTools based on a complete synthetic human proteome.

We describe ProteomeTools, a project building molecular and digital tools from the human proteome to facilitate biomedical research. Here we report the generation and multimodal liquid chromatography-tandem mass spectrometry analysis of \u3e330,000 synthetic tryptic peptides representing essentially all canonical human gene products, and we exemplify the utility of these data in several applications. The resource (available at http://www.proteometools.org) will be extended to \u3e1 million peptides, and all data will be shared with the community via ProteomicsDB and ProteomeXchange

Minería de datos para el descubrimiento de patrones en enfermedades respiratorias en Bogotá, Colombia

Trabajo de InvestigaciónEl presente proyecto se basa en la aplicación de minería de datos mediante el algoritmo de clustering K- means que permita la generación de un modelo descriptivo con el análisis de los datos y con el objetivo de identificar posibles comportamientos en enfermedades respiratorias en la ciudad de Bogotá. El conjunto de clústeres generados por la herramienta RapidMiner es la recopilación de datos de un periodo de cinco años de 2012 a 2016, en donde se contemplan el número de casos asociados a 184 diagnósticos de enfermedades respiratorias y la edad de los pacientes corresponde de 0 a 5 años.Trabajo de Investigación1. GENERALIDADES 2. OBJETIVOS 3. JUSTIFICACIÓN 4. DELIMITACIÓN 5. MARCO REFERENCIAL 6. METODOLOGÍA 7. FUENTES DE EXTRACCIÓN Y SUS VARIABLES 8. DISEÑO 9. SELECCIÓN DE ALGORITMOS DE CLUSTERING 10. RECONOCER PATRONES A PARTIR DE LA INFORMACIÓN RECOPILADA 11. CONCLUSIONES 12. TRABAJOS FUTUROS 13. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS 14. ANEXOSPregradoIngeniero de Sistema

Inducing cancer indolence by targeting mitochondrial Complex I is potentiated by blocking macrophage-mediated adaptive responses

Converting carcinomas in benign oncocytomas has been suggested as a potential anti-cancerstrategy. One of the oncocytoma hallmarks is the lack of respiratory complex I (CI). Herewe use genetic ablation of this enzyme to induce indolence in two cancer types, andshow this is reversed by allowing the stabilization of Hypoxia Inducible Factor-1 alpha(HIF-1α). We further show that on the long run CI-deficient tumors re-adapt to their inabilityto respond to hypoxia, concordantly with the persistence of human oncocytomas. Wedemonstrate that CI-deficient tumors survive and carry out angiogenesis, despite theirinability to stabilize HIF-1α. Such adaptive response is mediated by tumor associated mac-rophages, whose blockage improves the effect of CI ablation. Additionally, the simultaneouspharmacological inhibition of CI function through metformin and macrophage infiltrationthrough PLX-3397 impairs tumor growth in vivo in a synergistic manner, setting the basisfor an efficient combinatorial adjuvant therapy in clinical trials