Metoda izolacji wirusa w algorytmie współczesnej diagnostyki laboratoryjnej opryszczki genitalnej

Dostępność skutecznych leków przeciwwirusowych zwiększa znaczenie prowadzenia diagnostyki laboratoryjnej opryszczki narządów płciowych. Objawy miejscowe nie zawsze pozwalają na właściwe rozpoznanie zakażenia. Wirus może być izolowany z próbek pobranych ze zmian w okolicy genitalnej, przy użyciu hodowli komórkowej. Metodę izolacji wirusa w hodowli komórek od wielu lat traktuje się jako referencyjną, do której porównywane są inne bezpośrednie testy wirusologiczne. Pozytywny wynik izolacji wirusa in vitro ma znaczącą wartość dowodową, negatywny nie wyklucza zakażenia. Obecnie coraz częściej w laboratoriach na całym świecie wykorzystywane są metody molekularne, na przykład klasyczny PCR i PCR w czasie rzeczywistym (real-time PCR). Ważnymi zaletami tych metod są znacznie mniejszy wpływ czynności przedlaboratoryjnych na wynik badania oraz krótszy czas oczekiwania na wynik. Obie te metody, w określonym zakresie, umożliwiają detekcję lekoopornych szczepów wirusów opryszczki

Laboratoryjne rozpoznanie opryszczki narządów płciowych – metoda immunofluorescencji bezpośredniej

Objectives: Aim of the study was to determine clinical usefulness of direct immunofluorescence method in the laboratory diagnosis of genital herpes in women. Material and methods: Overall 187 anogenital swabs were collected from 120 women. Using a dacron-tipped applicator, 83 swabs were collected from women suspected of genital herpes and 104 from patients with no signs of genital infection. All samples were tested using cell culture (Vero cell line) and then direct immunofluorescence method (DIF) for the identification of antigens of herpes simplex viruses: HSV-1 and HSV-2. Results: Characteristic cytopathic effect (CPE), indicative of alphaherpesvirus infection, was observed in 43.4% of cultures with clinical specimens collected from women with suspected genital herpes and in 29.8% of cultures of clinical specimens taken from patients with no clinical symptoms of genital herpes. Herpes simplex viruses were determined in 73 samples by direct immunofluorescence method after amplification of the virus in cell culture. The DIF test confirmed the diagnosis based on the microscopic CPE observation in 85%. In 15% of samples (taken from pregnant women without clinical signs of infection) we reported positive immunofluorescence in the absence of CPE. The frequency of antigen detection was statistically significantly higher in samples that were positive by culture study (chi-square test with Yates’s correction, p 0.05). In our study HHV-1 was the main causative agent of genital herpes. Conclusions: The growing worldwide prevalence of genital herpes, challenges with the clinical diagnosis, and availability of effective antiviral therapy, are the main reasons for a growing interest in rapid, proper laboratory diagnosis of infected patients. Optimal testing diagnostic algorithm depends on patient population, clinical circumstances and availability. Our results indicated that combination of laboratory tests may help to establish the diagnosis if genital herpes is suspected but there are no typical signs.Cel: Określenie przydatności klinicznej metody immunofluorescencji bezpośredniej w laboratoryjnej diagnostyce opryszczki narządów u kobiet. Materiał i metody: Od 120 kobiet pobrano 187 wymazów z okolicy narządów płciowych i odbytu. Pobrano 83 wymazy od kobiet z podejrzeniem opryszczki narządów płciowych i 104 od kobiet bez klinicznych cech zakażenia. Wszystkie próbki badano z zastosowaniem hodowli komórkowej (Vero), a następnie metody immunofluorescencji bezpośredniej (DIF) pod kątem identyfikacji wirusów opryszczki pospolitej: HSV-1 i HSV-2. Wyniki: Efekt cytopatyczny (CPE) wskazujący na zakażenie alfaherpeswirusami zaobserwowano w 43,4% hodowlach z materiałem klinicznym pobranym od kobiet z podejrzeniem opryszczki narządów płciowych oraz w 29,8% z materiałem od pacjentek bez klinicznych cech zakażenia. Wirusy metodą DIF oznaczono w 73 hodowlach. Badanie metodą DIF w 85% potwierdziło rozpoznanie na podstawie obserwacji mikroskopowej CPE. W 15% próbek odnotowano pozytywny wynik DIF przy braku CPE. Częstość oznaczania antygenów była statystycznie wyższa w próbkach pozytywnych w badaniu metodą hodowli (test chi-kwadrat z poprawką Yatesa,

Genomic Insights of First ermB-Positive ST338-SCCmecVT/CC59 Taiwan Clone of Community-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in Poland

We report the first Polish representative of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA), lukS/F-PV-positive, encoding the ermB gene, as a genetic determinant of constitutive resistance to macrolides, lincosamides, and streptogramin B antibiotics, cMLS-B. This is the first detection of the CA-MRSA strain responsible for nosocomial infection in the Warsaw Clinical Hospital. Resistance to β-lactams associates with a composite genetic element, SCCmec cassette type VT (5C2&5). We assigned the strain to sequence type ST338 (single-locus variant of ST59), clonal complex CC59, spa-type t437, and agr-type I. Genomic-based comparison was designated SO574/12 as an international Taiwan clone, which has been so far described mainly in the Asia-Pacific region. The ermB gene locates on the chromosome within the 14,690 bp mobile element structure, i.e., the MESPM1-like structure, which also encodes aminoglycoside- and streptothricin-resistance genes. The MESPM1-like structure is a composite transposon containing Tn551, flanked by direct repeats of IS1216V insertion sequences, which probably originates from Enterococcus. The ermB is preceded by the 273 bp regulatory region that contains the regulatory 84 bp ermBL ORF, encoding the 27 amino acid leader peptides. The latest research suggests that a new leader peptide, ermBL2, also exists in the ermB regulatory region. Therefore, the detailed function of ermBL2 requires further investigations

Original paper Plasmid-mediated resistance to tetracyclines among Neisseria gonorrhoeae strains isolated in Poland between 2012 and 2013

A b s t r a c t Introduction: One of two main mechanisms of resistance in tetracycline-resistant Neisseria gonorrhoeae (TRNG) is associated with the presence of TetM protein responsible for actively blocking of the tetracycline target site in the 30S ribosomal subunit. This mechanism is encoded by conjugative plasmids. The second mechanism is chromosomal in nature and due to mutations in specific genes. Aim: To determine the incidence and type of tetM determinants in TRNG strains isolated from patients presenting with gonorrhea infection to the Dermatology and Venereology Clinic in Warsaw in 2012-2013. Material and methods: Tetracycline and doxycycline susceptibility was determined by E-Tests. The presence and type of the tetM gene were determined by polymerase chain reaction. Results: Tetracycline resistance was detected in 50.8% of the evaluated strains. The TRNG strains containing the tetM plasmid constituted 13.8% of all the evaluated strains. Dutch type tetM constituted 12.3% and American type tetM 1.5% of all the evaluated strains. In the remaining TRNG strains, resistance to tetracyclines was presumably chromosome-encoded. The minimal inhibitory concentration (MIC) of tetracycline ranged from 0.25 to 32.0 mg/l, MIC 50 = 2.0 mg/l, MIC 90 = 32.0 mg/l. The MIC of doxycycline ranged from 0.25 to 32.0 mg/l, MIC 50 = 4.0 mg/l, MIC 90 = 16.0 mg/l. Conclusions: Unlike most of European countries, in 2012-2013 in Poland, the Dutch type tetM was found to be much more common than the American type. Minimal inhibitory concentration values of tetracycline and doxycycline were similar, with doxycycline exhibiting a somewhat lower effectiveness in vitro than tetracycline towards chromosome-mediated tetracycline resistant strains of N. gonorrhoeae

Evaluation of knowledge and awareness of tourists in terms of microbiological threats occurring in tropical and subtropical countries

Wprowadzenie i cel pracy. Podróże do egzotycznych destynacji łączą się z ryzykiem wystąpienia u turystów chorób typowych dla odwiedzanego regionu. Dzięki wdrożeniu działań profilaktycznych możliwe jest uniknięcie lub znaczne zredukowanie ryzyka wystąpienia u nich choroby egzotycznej. Podróżnicy powinni bezwzględnie przestrzegać zasad higieny osobistej i żywienia, często myć ręce i zaopatrzyć odpowiednio apteczkę oraz zadbać o zależną od miejsca pobytu immunoprofilaktykę. Celem badania było poznanie nawyków osób podróżujących i ocena stanu ich wiedzy na temat możliwych zagrożeń mikrobiologicznych oraz sposobów im zapobiegania. Materiał i metoda. Materiał do badań stanowiły dane pochodzące z 250 elektronicznych, anonimowych ankiet. Wykorzystano sondaż diagnostyczny (tzw. metoda kuli śnieżnej). Badanie prowadzono wśród użytkowników internetowych forów podróżniczych i grup zrzeszających turystów i podróżników w Polsce. Wyniki. Badana grupa turystów przejawiła niezadowalający poziom świadomości zagrożeń, na jakie mogą być narażeni podczas egzotycznego wyjazdu. Ankietowani nie potrafili wskazać wszystkich chorób zagrażających ich zdrowiu w tropikach. Ponad 43% badanych, podróżując z dziećmi do 6. roku życia, nie wprowadziła ograniczeń żywieniowych. Grupa ok. 16% ankietowanych, uznając, że szczepionki powinny stanowić wyposażenie apteczki, wykazała się niskim stanem wiedzy na temat szczepień. Znaczna część respondentów przyznała, że informacje dotyczące zdrowia, jakie uzyskali w biurze podróży, były niewystarczające. Osoby te rzadko poszukiwały informacji w specjalistycznych centrach medycyny podróży i u lekarzy. Wnioski. Wyniki oraz obserwacje innych badaczy przemawiają za koniecznością wprowadzenia dodatkowych działań edukacyjnych kierowanych do pracowników ochrony zdrowia oraz studentów uczelni medycznych, podkreślają także pilną potrzebę edukacji pracowników biur podróży.Introduction and aim. Traveling to exotic destinations is associated with the risk of diseases typical for the region visited. The use of prophylaxis makes it possible to avoid or significantly reduce the risk of exotic disease. it is necessary to observe personal hygiene and nutrition, wash hands frequently and properly equip first-aid kit and apply depending on location immunoprophylaxis. The purpose of the study was to assess the knowledge and habits of travelers about possible microbiological hazards and their knowledge concerning methods of prevention. Material and methods. Material consisted of data from 250 electronic anonymous surveys. A diagnostic survey (the socalled snowball method) was used. The study was conducted among users of online travel forums and groups of tourists and travelers in Poland. Results. The study group of tourists manifested unsatisfactory level of awareness of the risks associated with traveling to an exotic country. The respondents were unable to identify all diseases that threatened their health in the tropics. More than 43% of respondents traveling with children up to 6 years of age did not introduce dietary restrictions. Approximately 16% of respondents considering that vaccines should be equipped with a first aid kit showed a low level of knowledge about vaccination. A large proportion of the respondents admitted that the health information they received from the travel agency was insufficient. Respondents rarely sought information in specialist travel medicine centers and physicians. Conclusions. The results and observations of other researchers point to the need for additional education for health workers, students of medical schools, and emphasize the urgent need to educate travel agency staff

Evaluation of knowledge and awareness of tourists in terms of microbiological threats occurring in the tropical and subtropical countries

Wprowadzenie i cel pracy. Podróże do egzotycznych destynacji łączą się z ryzykiem wystąpienia u turystów chorób typowych dla odwiedzanego regionu. Dzięki wdrożeniu działań profilaktycznych możliwe jest uniknięcie lub znaczne zredukowanie ryzyka wystąpienia u nich choroby egzotycznej. Podróżnicy powinni bezwzględnie przestrzegać zasad higieny osobistej i żywienia, często myć ręce i zaopatrzyć odpowiednio apteczkę oraz zadbać o zależną od miejsca pobytu immunoprofilaktykę. Celem badania było poznanie nawyków osób podróżujących i ocena stanu ich wiedzy na temat możliwych zagrożeń mikrobiologicznych oraz sposobów im zapobiegania. Materiał i metoda. Materiał do badań stanowiły dane pochodzące z 250 elektronicznych, anonimowych ankiet. Wykorzystano sondaż diagnostyczny (tzw. metoda kuli śnieżnej). Badanie prowadzono wśród użytkowników internetowych forów podróżniczych i grup zrzeszających turystów i podróżników w Polsce. Wyniki. Badana grupa turystów przejawiła niezadowalający poziom świadomości zagrożeń, na jakie mogą być narażeni podczas egzotycznego wyjazdu. Ankietowani nie potrafili wskazać wszystkich chorób zagrażających ich zdrowiu w tropikach. Ponad 43% badanych, podróżując z dziećmi do 6. roku życia, nie wprowadziła ograniczeń żywieniowych. Grupa ok. 16% ankietowanych, uznając, że szczepionki powinny stanowić wyposażenie apteczki, wykazała się niskim stanem wiedzy na temat szczepień. Znaczna część respondentów przyznała, że informacje dotyczące zdrowia, jakie uzyskali w biurze podróży, były niewystarczające. Osoby te rzadko poszukiwały informacji w specjalistycznych centrach medycyny podróży i u lekarzy. Wnioski. Wyniki oraz obserwacje innych badaczy przemawiają za koniecznością wprowadzenia dodatkowych działań edukacyjnych kierowanych do pracowników ochrony zdrowia oraz studentów uczelni medycznych, podkreślają także pilną potrzebę edukacji pracowników biur podróży.Introduction and aim. Traveling to exotic destinations is associated with the risk of diseases typical for the region visited. The use of prophylaxis makes it possible to avoid or significantly reduce the risk of exotic disease. it is necessary to observe personal hygiene and nutrition, wash hands frequently and properly equip first-aid kit and apply depending on location immunoprophylaxis. The purpose of the study was to assess the knowledge and habits of travelers about possible microbiological hazards and their knowledge concerning methods of prevention. Material and methods. Material consisted of data from 250 electronic anonymous surveys. A diagnostic survey (the socalled snowball method) was used. The study was conducted among users of online travel forums and groups of tourists and travelers in Poland. Results. The study group of tourists manifested unsatisfactory level of awareness of the risks associated with traveling to an exotic country. The respondents were unable to identify all diseases that threatened their health in the tropics. More than 43% of respondents traveling with children up to 6 years of age did not introduce dietary restrictions. Approximately 16% of respondents considering that vaccines should be equipped with a first aid kit showed a low level of knowledge about vaccination. A large proportion of the respondents admitted that the health information they received from the travel agency was insufficient. Respondents rarely sought information in specialist travel medicine centers and physicians. Conclusions. The results and observations of other researchers point to the need for additional education for health workers, students of medical schools, and emphasize the urgent need to educate travel agency staff

The Impact of Harsh Stratospheric Conditions on Survival and Antibiotic Resistance Profile of Non-Spore Forming Multidrug Resistant Human Pathogenic Bacteria Causing Hospital-Associated Infections

Bacteria are constantly being lifted to the stratosphere due to air movements caused by weather phenomena, volcanic eruptions, or human activity. In the upper parts of the atmosphere, they are exposed to extremely harsh and mutagenic conditions such as UV and space radiation or ozone. Most bacteria cannot withstand that stress, but for a fraction of them, it can act as a trigger for selective pressure and rapid evolution. We assessed the impact of stratospheric conditions on the survival and antibiotic resistance profile of common non-spore-forming human pathogenic bacteria, both sensitive and extremely dangerous multidrug-resistant variants, with plasmid-mediated mechanisms of resistance. Pseudomonas aeruginosa did not survive the exposure. In the case of strains that were recovered alive, the survival was extremely low: From 0.00001% of Klebsiella pneumoniae carrying the ndm-1 gene and methicillin-resistant Staphylococcus aureus mecA-positive with reduced susceptibility to vancomycin (MRSA/VISA), to a maximum of 0.001% of K. pneumoniae sensitive to all common antibiotics and S. aureus sensitive to vancomycin (MRSA/VSSA). We noticed a tendency towards increased antibiotic susceptibility after the stratospheric flight. Antimicrobial resistance is a current real, global, and increasing problem, and our results can inform current understandings of antibiotic resistance mechanisms and development in bacteria

The Impact of Harsh Stratospheric Conditions on Survival and Antibiotic Resistance Profile of Non-Spore Forming Multidrug Resistant Human Pathogenic Bacteria Causing Hospital-Associated Infections

Bacteria are constantly being lifted to the stratosphere due to air movements caused by weather phenomena, volcanic eruptions, or human activity. In the upper parts of the atmosphere, they are exposed to extremely harsh and mutagenic conditions such as UV and space radiation or ozone. Most bacteria cannot withstand that stress, but for a fraction of them, it can act as a trigger for selective pressure and rapid evolution. We assessed the impact of stratospheric conditions on the survival and antibiotic resistance profile of common non-spore-forming human pathogenic bacteria, both sensitive and extremely dangerous multidrug-resistant variants, with plasmid-mediated mechanisms of resistance. Pseudomonas aeruginosa did not survive the exposure. In the case of strains that were recovered alive, the survival was extremely low: From 0.00001% of Klebsiella pneumoniae carrying the ndm-1 gene and methicillin-resistant Staphylococcus aureus mecA-positive with reduced susceptibility to vancomycin (MRSA/VISA), to a maximum of 0.001% of K. pneumoniae sensitive to all common antibiotics and S. aureus sensitive to vancomycin (MRSA/VSSA). We noticed a tendency towards increased antibiotic susceptibility after the stratospheric flight. Antimicrobial resistance is a current real, global, and increasing problem, and our results can inform current understandings of antibiotic resistance mechanisms and development in bacteria