Use of electronic patient data storage for evaluating and setting the risk category of late effects in childhood cancer survivors

Background: Many of the late effects of cancer treatment in childhood may occur even decades after the treatment, and only a minority of the survivors remain as healthy as their peers. Providing appropriate long-term care for childhood cancer survivors after transition to primary health care is a challenge. Both survivors and primary care providers need information on potential late effects. The lack of a systematic late effect follow-up plan may lead to excessive use of health care services or delayed intervention. While manual compilation of individual follow-up plans is time consuming for experienced clinicians, electronic algorithms may be feasible.Procedure: In Finland, international guidelines for determining the risk of late effects have been implemented. Nationally, Turku University Hospital was asked with developing an automatized system for calculating the risk of late effects, based on electronic patient records saved in the hospital data lake. An electronic algorithm that uses details from exposure-based health screening guidelines published by the Children's Oncology Group was created. The results were compared with those manually extracted by an experienced clinician.Results: Significant concordance between the manual and algorithm-based risk classification was found. A total of 355 patients received a classification using the algorithm, and 325 of those matched with the manual categorization, producing a Cohen's coefficient of 0.91 (95% confidence interval 0.88-0.95).Conclusion: Automated algorithms can be used to categorize childhood cancer survivors efficiently and reliably into late effect risk groups. This further enables automatized compilation of appropriate individual late effect follow-up plan for all survivors. </p

Proficiency test 12/2022: Wastewaters and fly ash metal analyses

Proftest Syke carried out the proficiency test (PT) for analysis of metals in wastewaters and fly ash in October-November 2022. The measurands for the synthetic sample and industrial as well as municipal wastewater samples were Al, As, B, Ba, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, Hg, Mn, Mo, Ni, Pb, S, Sb, Se, Sr, Ti, U, V, and Zn. Acid soluble measurands for the fly ash sample were: As, Ba, Cd, Cr, Cu, Hg, Mo, Ni, Pb, Se, V, and Zn. In total, there were 27 participants in the PT. In this PT, 90 % of the results evaluated with z scores were satisfactory when total deviation of 10–25 % from the assigned value was accepted. Of the results evaluated with En scores, 91 % were satisfactory. Basically, either the metrologically traceable concentration or the robust mean, the mean or the median of the results reported by the participants was used as the assigned value for measurands. Warm thanks to all participants in this proficiency test! Pätevyyskoe 12/2022:Jätevesien ja lentotuhkan metallimääritykset Proftest Syke järjesti loka-marraskuussa 2022 pätevyyskokeen laboratorioille, jotka tekevät jätevesien ja lentotuhkan metallimäärityksiä. Pätevyyskokeessa määritettiin synteettisestä näytteestä ja jätevesinäytteistä seuraavat testisuureet: Al, As, B, Ba, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, Hg, Mn, Mo, Ni, Pb, S, Sb, Se, Sr, Ti, U, V ja Zn. Lentotuhkasta testattiin happoliukoiset pitoisuudet testisuureille: As, Ba, Cd, Cr, Cu, Hg, Mo, Ni, Pb, Se, V ja Zn. Pätevyyskokeeseen osallistui yhteensä 27 laboratoriota. Koko aineistossa oli 90 % hyväksyttäviä tuloksia z-arvoilla arvioituna, kun tulosten sallittiin poiketa vertailuarvosta 10–25 %. Tuloksista, jotka arvioitiin En-arvoilla, hyväksyttyjä oli 91 %. Testisuureen vertailuarvona käytettiin metrologisesti jäljitettävää pitoisuutta tai osallistujien raportoimien tulosten robustia keskiarvoa, keskiarvoa tai mediaania. Kiitos pätevyyskokeen osallistujille

Low-Resource Active Learning of Morphological Segmentation

Peer reviewe

Interlaboratory Proficiency Test 06/2020. Chlorophyll a, oxygen, salinity, SiO2, TIC and TOC in natural waters

Proftest SYKE carried out the proficiency test for the determination of chlorophyll a, oxygen, salinity, SiO2, TIC, and TOC in natural waters in May 2020 (NW 06/2020). In total, 27 participants joined in the proficiency test. Either the calculated concentration or the robust mean, the mean or the median of the results reported by the participants was chosen to be the assigned value for the measurands. For the synthetic sample of salinity the mean of the results measured by the salinometry was used as the assigned value. The performance of the participants was evaluated by using z scores. In this proficiency test 85 % of the results were satisfactory, when deviation 3.5–30 % from the assigned value was accepted. Warm thanks to all the participants in this proficiency test

Laboratorioiden välinen pätevyyskoe 14/2021 - Jätevesimääritykset II

Proftest SYKE järjesti marras-joulukuussa 2021 pätevyyskokeen jätevesiä analysoiville laboratorioille. Pätevyyskokeessa määritettiin kloridi, ravinteet (NNH4, NNO2+NO3, Ntot, PPO4, Ptot), pH, sulfaatti, sähkönjohtavuus ja väri synteettisestä näytteestä ja viemärilaitoksen sekä massa- ja paperiteollisuuden jätevedestä. Pätevyyskokeeseen osallistui yhteensä 54 laboratoriota. Testisuureiden vertailuarvoina käytettiin joko laskennallista pitoisuutta tai osallistujien tulosten robustia keskiarvoa, keskiarvoa tai mediaania. Osallistujien pätevyyden arviointi tehtiin z-arvojen ja osittain myös En-arvojen avulla. Koko tulosaineistossa oli z-arvoilla arvioituna 89 % hyväksyttäviä tuloksia, kun vertailuarvosta sallittiin pH-määrityksissä 0,2 pH-yksikön ja muissa määrityksissä 5–20 %:n poikkeama. Jätevesinäytteiden värinmääritystulokset arvioitiin osittain En-arvoilla ja näistä tuloksista 92 % oli hyväksyttäviä. Kiitos pätevyyskokeen osallistujille!Interlaboratory Proficiency Test 14/2021 Proftest SYKE carried out the proficiency test (PT) for analysis of chloride, colour, conductivity, nutrients, pH, and sulphate in waste waters in November-December 2021. In total, there were 54 participants in the PT. Either the calculated concentration or the robust mean, the mean or the median of the reported results was used as the assigned values for the measurands. The overall performance of the participants was evaluated by using z scores. In some cases also En scores were used. In this PT 89 % of the results were satisfactory when total deviation of 0.2 pH units for pH values and 5–20 % for the other measurands was accepted from the assigned value. The results of the colour determinations of the waste water samples were partially evaluated by using En scores and 92 % of those were satisfactory. Warm thanks to all participants in this proficiency test

Interlaboratory Proficiency Test 02/2021. Natural water analyses

Proftest SYKE carried out the proficiency test (PT) for analysis of chlorophyll a, colour, conductivity, nutrients, pH and turbidity in natural waters in February-March 2021. In total, there were 34 participants in the PT. Either the calculated concentration or the robust mean, the mean or the median of the reported results was used as the assigned values for the measurands. The overall performance of the participants was evaluated by using z scores. In this PT 90 % of the results were satisfactory when total deviation of 0.2 pH units for pH values and 5–35 % for the other measurands was accepted from the assigned value. Warm thanks to all participants in this proficiency test

Interlaboratory Proficiency Test 06/2021. Radon in ground water

Proftest SYKE carried out the proficiency test (PT) in cooperation with the Finnish Radiation and Nu-clear Safety Authority (STUK) for laboratories conducting radon measurements in ground water in May 2021. In total, 25 participants took part in the PT and three of them provided two sets of results. Two ground water samples were provided, of which one contained lower (GRn1; < 1000 Bq/l) and the other contained higher radon concentration (GRn2; 1000-8000 Bq/l). The median of the participant results was used as the assigned value for radon concentration. The evaluation of the results was based on z scores. In total 88 % of the results were satisfactory when total deviations of 20 % from the assigned value was accepted. Warm thanks to all the participants of this proficiency test

Interlaboratory Proficiency Test 10/2021 - Wastewater and soil metal analyses

Interlaboratory Proficiency Test 10/2021 Proftest SYKE carried out the proficiency test for analysis of metals and mercury in wastewaters and soil in October-November 2021. In total, there were 26 participants in the PT. The measurands for the synthetic sample, industrial and municipal wastewater samples as well as soil sample were Al, As, B, Ba, Ca, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, Hg, K, Mg, Mn, Mo, Na, Ni, Pb, S, Sb, Se, Ti, V, and Zn. Also, N and P were analysed for the soil sample. In total, 93 % of the results evaluated with z scores were satisfactory when total deviation of 10–35 % from the assigned value was accepted. Of the results evaluated with En scores, 82 % were satisfactory. Basically, either the metrologically traceable concentration or the robust mean, the mean or the median of the results reported by the participants was used as the assigned value for measurands. Warm thanks to all participants in this proficiency test!Laboratorioiden välinen pätevyyskoe 10/2021 Proftest SYKE järjesti loka-marraskuussa 2021 pätevyyskokeen laboratorioille, jotka määrittävät metalleja ja elohopeaa jätevesistä ja maasta. Pätevyyskokeessa määritettiin synteettisistä näytteistä, teollisuuden ja viemärilaitoksen jätevesinäytteistä sekä maasta testisuureet Al, As, B, Ba, Ca, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, Hg, K, Mg, Mn, Mo, Na, Ni, Pb, S, Sb, Se, Ti, V ja Zn. Lisäksi maasta määritetiin N ja P. Pätevyyskokeeseen osallistui yhteensä 26 laboratoriota. Koko aineistossa oli 93 % hyväksyttäviä tuloksia z-arvoilla arvioituna, kun tulosten sallittiin poiketa vertailuarvosta 10–35 %. Tuloksista, jotka arvioitiin En-arvoilla, hyväksyttyjä oli 82 %. Testisuureen vertailuarvona käytettiin metrologisesti jäljitettävää pitoisuutta tai osallistujien raportoimien tulosten robustia keskiarvoa, keskiarvoa tai mediaania. Kiitos pätevyyskokeen osallistujille

Proficiency Test 05/2022 : Ground and natural water metal analyses

Proftest SYKE carried out the proficiency test (PT) for analysis of metals in ground and natural waters in April-May 2022. The measurands were: Al, As, B, Ba, Be, Ca, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, Hg, K, Mg, Mn, Mo, Na, Ni, Pb, S, Sb, Se, Sn, Sr, Ti, Tl, U, V, and Zn. In total, there were 15 participants in the PT. Either the metrologically traceable concentration, the calculated concentration or the robust mean or the mean or the median of the results reported by the participants was used as the assigned value for the measurands. The performance of the participants was evaluated by using z and En scores. In this PT 84 % of the results were satisfactory when total deviation of 10–35 % for the measurands was accepted from the assigned value. The beryllium results of the synthetic sample were evaluated by using En scores and all results were satisfactory. Warm thanks to all participants in this proficiency test! Pätevyyskoe 05/2022: Pohja- ja luonnonvesien metallimääritykset Proftest SYKE järjesti pätevyyskokeen metallimäärityksiä tekeville laboratorioille huhti-toukokuussa 2022. Pätevyyskokeessa määritettiin synteettisestä näytteestä sekä pohja- ja luonnonvesinäytteistä testisuureet Al, As, B, Ba, Be, Ca, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, Hg, K, Mg, Mn, Mo, Na, Ni, Pb, S, Sb, Se, Sn, Sr, Ti, Tl, U, V ja Zn. Pätevyyskokeessa oli yhteensä 15 osallistujaa. Testisuureiden vertailuarvoina käytettiin joko metrologisesti jäljitettävää pitoisuutta, laskennallista pitoisuutta tai osallistujien ilmoittamien tulosten robustia keskiarvoa, keskiarvoa tai mediaania. Osallistujien pätevyyden arviointi tehtiin z- ja En-arvojen avulla. Koko tulosaineistossa oli z-arvoilla arvioituna 84 % hyväksyttäviä tuloksia, kun vertailuarvosta sallittiin 10–35 %:n poikkeama. Synteettisen näytteen berylliumin tulokset arvioitiin käyttäen Enarvoja ja kaikki tulokset olivat hyväksyttäviä. Kiitos pätevyyskokeen osallistujille

Kenttätoimijoiden välinen vertailumittaus 11/2021 - Luonnonvesien hapen, lämpötilan, pH:n, sähkönjohtavuuden ja sameuden kenttämittaukset

Proftest SYKE järjesti lokakuussa 2021 vesistöjen kenttämittausvertailun Oulun Merikosken alueella, jossa testattavina suureina olivat veden happipitoisuus, lämpötila, pH, sameus ja sähkönjohtavuus. Vertailumittaukseen osallistui kahdeksan toimijaa ja 10 mittalaitetta. Testisuureiden vertailuarvoina käytettiin osallistujatulosten keskiarvoa, mediaania tai Proftest SYKEn mittalaitteiden tulosten (sameus) keskiarvoa. Osallistujien pätevyyden arviointi tehtiin z-arvojen avulla. Sameustuloksille ei tehty pätevyyden arviointia. Hyväksyttäviä tuloksia oli 88 %, kun sallittiin 5–8 % poikkeama asetetusta vertailuarvosta. Osallistujien laadunvarmistustoimenpiteet olivat kehittyneet edelliseen kenttämittaukseen verrattuna. Kaksi osallistujaa ilmoitti mittausepävarmuudet ainakin osalle tuloksistaan. Lämmin kiitos kenttämittausvertailun osallistujille!Proftest SYKE carried out intercomparison test for field measurements of oxygen, temperature, pH, turbidity, and electrical conductivity in River Oulu in October 2021. In total, eight participants and 10 field meters took part in the intercomparison test. Either the mean or the median of the reported results or the average of the results of the Proftest SYKE’s field meters (turbidity) were used as the assigned values for the measurands. The overall performance of the participants was evaluated by using z scores. Performance of turbidity results was not evaluated. In the intercomparison test 88 % of the results were satisfactory when 5–8 % deviation from the assigned value was allowed. The quality control procedures of the participants had improved since the previous intercomparison test. Two participants reported measurement uncertainties for at least some of their results. Warm thanks to all participants in this proficiency test