Linguistic Miner

Abstract: In this paper we present a project titled "Linguistic Miner", designed and coordinated by Eugenio Picchi. The project arises from the availability of the PiSystem tools and the familiarity with the automatic treatment of human language. The project goal is the extraction of linguistic information from the texts and the validation of linguistic patterns. We show the objectives and the results of the project as achieved in the first months of work

Complication of nasal piercing by Staphylococcus aureus endocarditis: a case report and a review of literature

Body piercing, a growing trend especially in young people, is often complicated by severe infections. We present a case of acute bacterial endocarditis by Staphylococcus aureus complicated by multiple cerebral, kidney, spleen embolisms in a young girl, with no known previous cardiac abnormalities, following the piercing of nasal septum. This case highlights the importance of education of patients with and without structural heart disease to the potential dangerous and even life threatening infectious complications of piercing, and stimulate further discussion on the possibility of antibiotic prophylaxis of such procedures

Diffusional Kurtosis Imaging of White Matter Degeneration in Glaucoma

Glaucoma is an optic neuropathy characterized by death of retinal ganglion cells and loss of their axons, progressively leading to blindness. Recently, glaucoma has been conceptualized as a more diffuse neurodegenerative disorder involving the optic nerve and also the entire brain. Consistently, previous studies have used a variety of magnetic resonance imaging (MRI) techniques and described widespread changes in the grey and white matter of patients. Diffusion kurtosis imaging (DKI) provides additional information as compared with diffusion tensor imaging (DTI), and consistently provides higher sensitivity to early microstructural white matter modification. In this study, we employ DKI to evaluate differences among healthy controls and a mixed population of primary open angle glaucoma patients ranging from stage I to V according to Hodapp−Parrish−Anderson visual field impairment classification. To this end, a cohort of patients affected by primary open angle glaucoma (n = 23) and a group of healthy volunteers (n = 15) were prospectively enrolled and underwent an ophthalmological evaluation followed by magnetic resonance imaging (MRI) using a 3T MR scanner. After estimating both DTI indices, whole-brain, voxel-wise statistical comparisons were performed in white matter using Tract-Based Spatial Statistics (TBSS). We found widespread differences in several white matter tracts in patients with glaucoma relative to controls in several metrics (mean kurtosis, kurtosis anisotropy, radial kurtosis, and fractional anisotropy) which involved localization well beyond the visual pathways, and involved cognitive, motor, face recognition, and orientation functions amongst others. Our findings lend further support to a causal brain involvement in glaucoma and offer alternative explanations for a number of multidomain impairments often observed in glaucoma patients

DESCRIZIONE DI 3 CASI DI EPATITE ACUTA C ITTERICA IN ADULTI IMMUNOCOMPETENTI AD EVOLUZIONE SPONTANEA FAVOREVOLE.

L'epatite acuta C, asintomatica nel 70-80% dei casi e, per questo, usualmente non diagnosticata, presenta un tasso elevato di cronicizzazione. Un trattamento precoce con alfa-interferon di 12-24 settimane previene la cronicizzazione nella maggioranza dei pazienti trattati. Tuttavia la tossicità della terapia non la rende sicura per tutti i pazienti. Descriviamo tre casi di epatite acuta C osservati presso il reparto di degenza e il Day-Hospital della nostra U.O.C negli ultimi 9 mesi. Si tratta di 2 F e 1 M di età compresa tra 40 e 50 anni, tutti senza segni di significativa immunocompromissione, esorditi con malessere, dispepsia e ittero. In 2 casi per la gravità dei sintomi è stato necessario un breve ricovero in degenza. Comorbosità: in tutti i casi osservati era presente comorbosità psichiatrica con prevalenti sintomi di tipo depressivo ed in 2 casi era già stato iniziato, da tempo, trattamento farmacologico. Le 2 donne avevano avuto nelle settimane precedenti l'esordio, rapporti sessuali non protetti con partner maschi tossicodipendenti affetti da Epatite Cronica C, non seguiti presso il nostro centro, il M , invece, riferiva rapporti sex promiscui non protetti e faceva uso sporadicamente sostanze illecite. Diagnosi: in tutti i casi non era stato controllato nei 6 mesi precedenti lo stato sierologico per HCV; tuttavia, in aggiunta al quadro clinico di epatite acuta, erano presenti, nei tre casi, ALT oltre 10 volte i limiti normali, iperbilirubinemia e segni di infezione da HCV (anticorpi e genoma), in assenza di altre cause, infettive e non, di danno epatico acuto. In tutti i casi si è assistito ad una evoluzione spontanea favorevole nei 4 mesi successivi alla diagnosi, con remissione dei sintomi, normalizzazione degli indici di danno epatico e negativizzazione dell'HCV-RNA. Conclusioni: all'alba di una nuova era per il trattamento dell'epatite C esiste ancora una prevalenza significativa di portatori in alcune categorie a rischio come i tossicodipendenti, che rappresentano una potenziale fonte di infezione per i partner sex, specie in caso di rapporti non protetti. I casi osservati recentemente presso la nostra UO, tutti adulti immunocompetenti, appartenenti ad una fascia di età sensibilizzata da tempo riguardo ai rischi del sesso non protetto, avevano tuttavia frequenti comportamenti ad alto rischio. Qualora l'evoluzione clinica non fosse stata favorevole, il trattamento con alfa-interferone di questi pazienti sarebbe stato più difficile a causa della loro "HCV-RNA

SUCCESFULL TREATMENT OF PULMONARY NOCARDIOSIS WITH LINEZOLID

Nocardiosis is an opportunistic infection, with high mortality especially in immunocompromised patients. Up to one-third of patients with nocardiosis, however, are immunocompetent and the occurrence of the disease in these patients especially with chronic obstructive pulmonary disease (COPD) as the present case, can delay diagnosis and lead to rapidly respiratory failure. A 82-years-old men, affected by COPD and chronic HBV-related hepatitis, was admitted in November 2012 to a regional hospital because of fever and cough (July 2012), with temporary benefit from a previously prescribed antibiotic treatment. He underwent chest High-Resolution-TC (HRTC) which showed lower left lobe pneumonia and was treated with ceftriaxone, with subsequent apyrexia. After discharging fever and cough relapsed and he was again admitted in hospital. HRTC showed widespread focal areas of pneumonia and a bronchoscopy was performed. Bronchial washing culture showed Nocardia spp colonies, but microbial identification was not done. A therapy with trimethoprim-sulphamethoxazole (TMP-SMX, TMP 240 mg-SMX 1200 mg TID) intravenously (i.v) was started, with initial slow improvement of clinical conditions, followed by relapse of fever and increasing values of white blood cells and reactive-C-protein (RCP, 15.2 mg/dl). The patient was thus admitted at our Institution in January 2013 and antibiotic therapy was intensified (TMP 240 mg-SMX 1200 mg QID plus amikacin 1 g QD i.v). Clinical conditions improved and WBC and RCP values decreased. A lung TC showed no differences with the previous one. After 2 weeks he developed respiratory failure; a chest x-rays showed a significant widespread pneumonia and RCP values increased; amikacin was ended and meropenem 4g daily i.v was started. One week after, no clinical, laboratory or radiologic improvement was observed; TMP-STX was discontinued and Linezolid 1200 mg daily i.v was started. Respiratory failure rapidly disappeared. After two weeks of treatment, clinical conditions markedly improved, RCP values decreased and radiological findings were less extended. Therapy is still ongoing. This will be switched orally and continued for 4-6 months, according to clinical and radiological findings. Optimal antimicrobial treatment regimens for nocardiosis have not been firmly established. Moreover, as described for N. farcinica in Northern Italy, resistance to first-line regimens can occur, but most laboratories are not able to identify species and perform antibiogram, thus therapy can be quite empiric. TMP-SMX resistance, as this case remarks, can develop in vivo after initial effective treatment. Linezolid administration has been successfully reported for brain abscess and pneumonia caused by different Nocardia spp, because of its efficacy and good penetration in lung and CNS. Oral formulation is useful for long-lasting treatment as required, although bone-marrow and neurologic toxicity must be carefully evaluated

SUCCESFULL TREATMENT OF PULMONARY NOCARDIOSIS WITH LINEZOLID

Nocardiosis is an opportunistic infection, with high mortality especially in immunocompromised patients. Up to one-third of patients with nocardiosis, however, are immunocompetent and the occurrence of the disease in these patients especially with chronic obstructive pulmonary disease (COPD) as the present case, can delay diagnosis and lead to rapidly respiratory failure. A 82-years-old men, affected by COPD and chronic HBV-related hepatitis, was admitted in November 2012 to a regional hospital because of fever and cough (July 2012), with temporary benefit from a previously prescribed antibiotic treatment. He underwent chest High-Resolution-TC (HRTC) which showed lower left lobe pneumonia and was treated with ceftriaxone, with subsequent apyrexia. After discharging fever and cough relapsed and he was again admitted in hospital. HRTC showed widespread focal areas of pneumonia and a bronchoscopy was performed. Bronchial washing culture showed Nocardia spp colonies, but microbial identification was not done. A therapy with trimethoprim-sulphamethoxazole (TMP-SMX, TMP 240 mg-SMX 1200 mg TID) intravenously (i.v) was started, with initial slow improvement of clinical conditions, followed by relapse of fever and increasing values of white blood cells and reactive-C-protein (RCP, 15.2 mg/dl). The patient was thus admitted at our Institution in January 2013 and antibiotic therapy was intensified (TMP 240 mg-SMX 1200 mg QID plus amikacin 1 g QD i.v). Clinical conditions improved and WBC and RCP values decreased. A lung TC showed no differences with the previous one. After 2 weeks he developed respiratory failure; a chest x-rays showed a significant widespread pneumonia and RCP values increased; amikacin was ended and meropenem 4g daily i.v was started. One week after, no clinical, laboratory or radiologic improvement was observed; TMP-STX was discontinued and Linezolid 1200 mg daily i.v was started. Respiratory failure rapidly disappeared. After two weeks of treatment, clinical conditions markedly improved, RCP values decreased and radiological findings were less extended. Therapy is still ongoing. This will be switched orally and continued for 4-6 months, according to clinical and radiological findings. Optimal antimicrobial treatment regimens for nocardiosis have not been firmly established. Moreover, as described for N. farcinica in Northern Italy, resistance to first-line regimens can occur, but most laboratories are not able to identify species and perform antibiogram, thus therapy can be quite empiric. TMP-SMX resistance, as this case remarks, can develop in vivo after initial effective treatment. Linezolid administration has been successfully reported for brain abscess and pneumonia caused by different Nocardia spp, because of its efficacy and good penetration in lung and CNS. Oral formulation is useful for long-lasting treatment as required, although bone-marrow and neurologic toxicity must be carefully evaluated

PLASMABLASTIC LYMPHOMA OF ORAL CAVITY WITH GASTRIC AND BONE-MARROW INVOLVEMENT IN A YOUNG PATIENT WITH MOTHER-TO-CHILD TRANSMITTED HIV

Introduction: Incidence of non-Hodgkin lymphoma (NHL) is 200 times higher in HIV-positive patients than otherwise healthy persons. Plasmablastic lymphoma (PBL) accounts for less than 3% of all NHL in HIV patients and it’s associated with very poor prognosis. Immunodeficiency and HIV viremia are major risk factors for developing cancers, and high adherence to highly active antiretroviral therapy (HAART) has a protective role. Case: We report here a case of 21-year-old HIV positive boy, presented to our Emergency Room for persisting dysphagia, vomit and weight-loss. He had a history of mother-to-child HIV transmission and multiple virological failures due to his poor HAART-adherence. On oral examination a mass in mandibular gingiva and one in hard palate were detected in association with oral candidiasis. Blood test revealed T-CD4+ cells 16/µl and HIV viral load 161.000 copies/µl. An esophagogastroduodenoscopy showed a 70 mm diameter mass on gastric small curvature. Total body CT scan documented also bilateral expansive lesions of maxillary sinus. Biopsies of gingival, palatine and gastric lesions were performed and all showed CD138+, CD20-, Epstein-Barr-virus (EBV)-associated PBL. Osteomedullary biopsy was positive for bone marrow involvement. The patient (classified as IV/B Ann-arbor stage) re-started HAART and initially underwent 2 CHOP regimens without benefits, thus DHAP chemotherapy was started, but also this proved ineffective. The patient received radiotherapy combined to corticosteroids and gemcitabine until his death, that occurred during a hospitalization for febrile neutropenia 6 months after PBL diagnosis. Conclusions NHL is the most common HIV related cancer after Kaposi’s sarcoma. AIDS-related NHLs are predominantly aggressive high-grade B-cell lymphomas, such as PBL. This, like in our case, is characterized by weak/absent expression of conventional B-cell markers (CD20,CD45), by strong expression of plasma cell marker(CD138) and by EBV-relationship. Recognition of this entity by pathologists and clinicians is not easy but mandatory in order to start correct and early treatment. This lymphoma shows a tropism to the oral cavity, but involvement of areas other than head and neck (such as gastrointestinal tract) is rarely described. In literature, the apparent rarity of extra-oral sites and of such an advanced stage, as our patient, may be due to a closer follow up of HIV patients (among whom this lymphoma is more common) in addition to a lack of recognition. To the best of our knowledge, this is the first report of this entity in a vertically transmitted HIV-positive young man. This case highlights the increased risk of NHL in young people with vertical HIV infection, because of persistent immunodeficiency and viremia. Indeed low adherence to HAART, typical in this group of patients, might represent an emerging problem and NHL screening should be offered, in association with intervention to improve adherence, such as HAART simplification, if possible

ASCESSI TUBERCOLARI INTRACRANICI MULTIPLI IN SOGGETTO IMMUNOCOMPETENTE. DESCRIZIONE DI UN CASO CLINICO

Premessa. Gli ascessi tubercolari (ATB) rappresentano una rara forma di TB cerebrale, mal distinguibili da tubercolomi caseosi, ascessi da piogeni, neoplasie. Obiettivo. Descriviamo un caso di ATB in paziente non immunocompromesso. Risultati. Un uomo di 52 anni, con riferita anamnesi di contatto TB attiva nell’infanzia, viene ricoverato in Neurologia per impaccio motorio (brutto), aprassia (abbigliamento) e parestesie. Circa 1 mese prima era insorta broncopolmonite febbrile trattata con amoxicillina/clavulanato. La TC ed RMN evidenziano lesioni cerebrali occipitali, parietali e temporali di aspetto multiloculare con ring-enhancement ed edema circostante, associate ad area di addensamento polmonare, per cui viene trattato empiricamente con Ceftriaxone, Metronidazolo oltre ad antiedemigeno e cortisosteroidi con beneficio. Dopo rachicentesi si estrae liquor limpido negativo per cellule, germi comuni e BK (esame diretto e PCR). Anche il broncolavaggio (BAL) risulta negativo e le biopsie trans-bronchiali mostrano processo flogistico suppurativo. Una biopsia cerebrale stereotassica, dà esito negativo all’esame microbiologico del materiale prelevato; il reperto istolopatologico non è dirimente tra processo flogistico o neoplastico. Alla terapia antibiotica precedente si aggiunge Linezolid e Voriconazolo che vengono poi proseguiti a domicilio per alcune settimane. Per peggioramento del quadro clinico neurologico il paziente viene ricoverato in Malattie Infettive a 2 mesi dall’esordio della sintomatologia. Si interrompe la terapia antibiotica. Gli esami di laboratorio sononella norma, la PCR è negativa, mentre il quantiFERON è positivo per infezione tubercolare latente. La RMN mostra aumento dell'edema perilesionale e lieve riduzione di di alcune lesioni focali cerebrali; la TC torace, riduzione dell’area di consolidamento. Un ulteriore BAL è positivo per E. coli, K. Oxytoca, S. parasanguinis. Si effettua craniotomia con asportazione di lesione parietale solida destra, la cui analisi microbiologica intraoperatoria risulta negativa per germi comuni e micobatteri; il successivo esame istologico rivela flogosi granulomatosa con necrosi centrale e cellule giganti multinucleate, con presenza di bacilli Ziehl Nielsen positivi. Viene quindi iniziata terapia antitubercolare standard a 3 mesi dall’esordio, che il paziente prosegue tuttora con notevole miglioramento clinico e radiologico. Tutti gli esami colturali per micobatteri eseguiti sono risultati negativi. Conclusioni. La diagnosi di ATB è resa difficoltosa dalla non specificità del quadro radiologico e scara sensibilità degli esami su liquor, inclusa PCR per BK, per cui è opportuno effettuare, quando possibile, un esame invasivo delle lesioni. Nel nostro caso è stata necessaria una seconda biopsia, non stereotassica, per ottenere una diagnosi definitiva. Di dubbia interpretazione il concomitante quadro polmonare. L’inappropriato uso di farmaci ad azione ATB (Linezolid) nonché la contemporanea terapia antiedemigena possono essere elementi confondenti

SEPSI MICOBATTERICA CON COINVOLGIMENTO CARDIACO DA TB POLMONARE RIATTIVATA, IN PAZIENTE CON VASCULITE.

Premessa. La tubercolosi rappresenta un problema emergente e sottostimato di salute pubblica. Alterazioni della risposta immune cellulo-mediata, presenti in molte condizioni cliniche (HIV, neoplasie, terapie immunosoppressive), portano a riattivazione dell’infezione da M. tuberculosis e ad una malattia tubercolare spesso “subdola”, difficilmente diagnosticabile precocemente. Obiettivo. Riportiamo il caso di un paziente (anti-HCV+ e BPCO) affetto da sepsi tubercolare associata ad endocardite. Un uomo di 68 anni giungeva alla nostra osservazione per persistenza di iperpiressia e tosse, dopo dimissione da altro reparto, con diagnosi di polmonite necrotizzante apicale da K. pneumoniae multiresistente e riacutizzazione di vasculite crioglobulinemica già nota. Risultati. Il paziente veniva trattato con meropenem, colimicina, amikacina e rifampicina associata a terapia steroidea a dosi elevate. Il QuantiFERON era positivo per Infezione Tubercolare Latente (ITL), mentre l’ecocardiografia (EC) mostrava dubbia formazione aortica, come da slaminamento endocardico post-chirurgico. Per persistenza del quadro febbrile, veniva effettuata TC torace che mostrava peggioramento del quadro Rx, mentre gli esami colturali rilevavano positività per C. glabrata (100.000 CFU) fluconazolo-resistente, trattata con caspofungina per 21 giorni, con evidente miglioramento clinico. Sul BAL si documentava anche PCR-positività per BK rifampicina-sensibile, non confermata però da ulteriore broncoscopia con BAL. La ricerca diretta di BK risultava negativa. Per recidiva di iperpiressia, riacutizzazione della vasculite e comparsa di diarrea, veniva ripresa terapia steroidea a dosi elevate, a cui seguiva, dopo iniziale risposta, un peggioramento degli esami ematochimici e dei parametri emogasanalitici. La biopsia osteomidollare rilevava numerosi granulomi non necrotizzanti, istiociti epitelioidi e cellule giganti plurinucleate, in assenza di BK. Una nuova TC toracica mostrava un marcato peggioramento; l’EC evidenziava “materiale vegetante” al tratto di efflusso ventricolare sinistro. Veniva quindi intrapresa terapia antitubercolare standard. Le colture da sangue midollare e periferico, urine, feci e BAL risultavano in seguito positive per M. tuberculosis isoniazide-resistente. Attualmente, il paziente è stabilmente apiretico e prosegue RIF, PZA ed ETB. Conclusione. Dal caso descritto si evince la necessità di testare per ITL ed eventualmente sottoporre a trattamento tutti i pazienti affetti da severi disordini reumatologici in terapia steroidea cronica al fine di evitare riattivazioni TB con quadri clinici sfumati e conseguente ritardo diagnostico, condizionato anche da farmaci ad attività antimicobatterica (rifampicina, aminoglicosidi, fluorochinoloni), sugli esami colturali. Il coinvolgimento delle strutture valvolari cardiache in corso di TB è di raro riscontro (2). In assenza del criterio anatomo-patologico, le emocolture specifiche associate all’EC rappresentano un criterio fondamentale per la diagnosi

MENINGOENCEFALITE DA LISTERIA RESISTENTE AD AMPICILLINA E CARBAPENEMICO IN PAZIENTE IMMUNOCOMPETENTE

Premessa. Listeria monocytogenes (Lm) è un patogeno ad elevato tasso di mortalità nelle gravide e neonati con possibile esito fatale anche nel soggetto immunocompetente. Eccettuati i rari report di resistenza clinica, Lm è sensibile ad Ampicillina (Amp) farmaco tuttora di 1° scelta per le infezioni da Listeria. Obiettivo. Descriviamo un caso di meningoencefalite da Lm resistente ad Amp e Carbapenemico. Risultati. Una donna di 52 anni, immunocompetente, affetta da epatite cronica HCV-relata non cirrogena, si reca in PS per febbre elevata, cefalea, vomito, stato confusionale, agitazione, strabismo. L’esame obiettivo evidenzia rigor nucalis, deficit VI nervo cranico sn, dolenzia addominale diffusa. Gli esami ematochimici mostrano piastrinopenia, monocitosi ed aumento indici di flogosi. E’ presente rabdomiolisi e disfunzione renale. La TC cerebrale rileva edema cerebrale diffuso, mentre la rachicentesi, liquor limpido (prevalente quota monocitaria e neutrofila), glico-clorurorrachia diminuite, proteinorrachia aumentata. La paziente viene trattata empiricamente con Ceftriaxone, Levofloxacina (LF), Acyclovir ed in seguito con Rifampicina (RIF). Dopo 12 h si riscontra Lm in colture liquorali per cui inizia Amp; tuttavia, 24 ore dopo, l’ antibiogramma (ABG) rileva ceppo resistente (R) a Penicillina (Pen), Amp, Meropenem (Mer), per cui ad LF e RIF si aggiungono TMP/STX e Linezolid (LIN). Dopo iniziale miglioramento (TC) compaiono, a distanza di 72 h, stato soporoso e idrocefalo triventricolare; si posiziona quindi derivazione ventricolare esterna, con miglioramento clinico-radiologico. L’ABG supplementare (Vitek-2 con pannello per Stafilococchi) conferma Pen-R, Amp-R (MIC confermata 2 volte con e-test) e Mer-R, sensibilità intermedia a LF, LIN, sensibilità (intermedia o altro??) a TMP/STX, RIF, Gentamicina (*bp EUCAST per Stafilococco ove non disponibili per Listeria). LIN ed TMP/STX sono stati sospesi al 10° giorno e dopo 3 settimane, rispettivamente; LF e RIF, dopo 5 settimane. La paziente viene dimessa ad un mese dall’esordio in buone condizioni. Dopo 4 mesi presenta esiti RMN stabili e lamenta sporadici episodi di amnesia. Conclusioni. Ceppi di Listeria spp Amp-R mai segnalati da isolati umani, ambientali o alimentari fino al 1999, sono stati in seguito identificati nel cibo ed ambiente con trend di incremento di MIC nell’uomo. Nessun caso di Pen-R umano né resistenza ai carbapenemici erano stati finora documentati microbiologicamente. Due ceppi di Lm MDR sono stati isolati in Francia (1988 e 1990). Dal caso descritto si evidenzia che: 1) il consumo abbondante di formaggi e latticini non controllati alla fonte (Ucraina) per carenza di un’attenta sorveglianza alimentare, può aver favorito, considerata anche la sintomatologia addominale all’esordio, l’invasività del microrganismo, con interessamento del SNC; 2) un monitoraggio adeguato del profilo di resistenza agli antimicrobici diviene essenziale per determinare il trattamento adeguato, soprattutto in caso di resistenza all’Amp