NetTurnP – Neural Network Prediction of Beta-turns by Use of Evolutionary Information and Predicted Protein Sequence Features

UNLABELLED: β-turns are the most common type of non-repetitive structures, and constitute on average 25% of the amino acids in proteins. The formation of β-turns plays an important role in protein folding, protein stability and molecular recognition processes. In this work we present the neural network method NetTurnP, for prediction of two-class β-turns and prediction of the individual β-turn types, by use of evolutionary information and predicted protein sequence features. It has been evaluated against a commonly used dataset BT426, and achieves a Matthews correlation coefficient of 0.50, which is the highest reported performance on a two-class prediction of β-turn and not-β-turn. Furthermore NetTurnP shows improved performance on some of the specific β-turn types. In the present work, neural network methods have been trained to predict β-turn or not and individual β-turn types from the primary amino acid sequence. The individual β-turn types I, I', II, II', VIII, VIa1, VIa2, VIba and IV have been predicted based on classifications by PROMOTIF, and the two-class prediction of β-turn or not is a superset comprised of all β-turn types. The performance is evaluated using a golden set of non-homologous sequences known as BT426. Our two-class prediction method achieves a performance of: MCC=0.50, Qtotal=82.1%, sensitivity=75.6%, PPV=68.8% and AUC=0.864. We have compared our performance to eleven other prediction methods that obtain Matthews correlation coefficients in the range of 0.17-0.47. For the type specific β-turn predictions, only type I and II can be predicted with reasonable Matthews correlation coefficients, where we obtain performance values of 0.36 and 0.31, respectively. CONCLUSION: The NetTurnP method has been implemented as a webserver, which is freely available at http://www.cbs.dtu.dk/services/NetTurnP/. NetTurnP is the only available webserver that allows submission of multiple sequences

Membre du comité de rédaction de la Revue Recherches & Éducations. Le conseiller principal d’éducation : Un acteur éducatif méconnu ? Coord : Condette S. Relecture de tous les textes (corrections).

EXPERTISE - CORRECTIVES - COMITE de REDACTIO

Membre du comité de rédaction de la Revue Recherches & Educations pour le numéro 13 : Expériences corporelles et gestes professionnels Tome 2 Coord : Gal-Petitfaux N., Roche L.Relecture de tous les textes (corrections)

RELECTURE - COMITE de REDACTIO

Figures du victimaire face à la pandémie

Dans la présente communication, j’aborde le concept du victimaire et en fait des figures « en cinq peaux » par la notion centrale du « pharmakos » éclairée par la lumière des théories Déridiennes et Stiegleriennes déconstructivistes. Il s’agit d’interroger la dimension versatile de création du « pharmakos » comme stratégies des gouvernances et de réfléchir aux processus constitutifs des figures victimaires pour s’en déprendre…In this communication, I approach the concept of the victim and make figures of it into five skins by the central notion of "pharmakos" illuminated by the light of Déridiennes and Stiegleriennes deconstructivist theories. I wonder about the versatile dimension of creation of "pharmakos" as governance strategies. I reflect on the constitutive processes of victim figures to get rid of them and get rid of them by themselves

''Décorporéité du bouc – émissaire apsychique, désolé et désocialisé''.

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Journée d'étude internationale Chaire Unesco educations & Santé: « Du concept du victimaire ».

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Du concept du victimaire

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Axiomatique victimaire : une pratique du soi victimaire ?

« Là où l’âme prétend s’unifier, là où le Moi s’invente une identité ou une cohérence, le généalogiste part à la recherche du commencement des commencements innombrables qui laissent ce soupçon de couleur, cette marque presque effacée qui ne saurait tromper un œil un peu historique ; l’analyse de la provenance permet de dissocier le Moi et de faire pulluler, aux lieux et places de sa synthèse vide, mille événements maintenant perdus » (Foucault, 1971, p. 141).IntroductionL’objet de cet article n’

Axiomique victimaire. Une pratique du soi victimaire ?

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