Molecular diversity amongst Radopholus similis populations from Sri Lanka detected by RAPD analysis

La réaction de polymérase en chaîne (RAPD) a été utilisée pour comparer l'ADN de quatorze populations de #Radopholus similis provenant de différentes plantes hôtes et de régions variées du Sri Lanka, ainsi que l'ADN d'une nouvelle espèce de #Radopholus originaire de l'est de Java. Quatre populations isolées d'aréquier, théier, bananier et citrus semblent très différentes d'après leur profil de RAPD. L'analyse hiérarchisée des groupes des données obtenus d'après les profils de RAPD a permis un essai de regroupement des quinze populations en trois groupes et a montré l'éloignement de trois isolats demeurant jusqu'à maintenant monotypiques. Les résultats sont examinés dans le contexte de l'existence de biotypes de #R. similis$ et de leur divergence génétique au Sri Lanka. (Résumé d'auteur

Molecular diversity amongst Radopholus similis populations from Sri Lanka detected by RAPD analysis

La réaction de polymérase en chaîne (RAPD) a été utilisée pour comparer l'ADN de quatorze populations de #Radopholus similis provenant de différentes plantes hôtes et de régions variées du Sri Lanka, ainsi que l'ADN d'une nouvelle espèce de #Radopholus originaire de l'est de Java. Quatre populations isolées d'aréquier, théier, bananier et citrus semblent très différentes d'après leur profil de RAPD. L'analyse hiérarchisée des groupes des données obtenus d'après les profils de RAPD a permis un essai de regroupement des quinze populations en trois groupes et a montré l'éloignement de trois isolats demeurant jusqu'à maintenant monotypiques. Les résultats sont examinés dans le contexte de l'existence de biotypes de #R. similis$ et de leur divergence génétique au Sri Lanka. (Résumé d'auteur

Pan-cancer analysis of whole genomes

Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale. Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4-5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter; identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation; analyses timings and patterns of tumour evolution; describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity; and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes