Pathways to folding, nucleation events and native geometry

We perform extensive Monte Carlo simulations of a lattice model and the Go potential to investigate the existence of folding pathways at the level of contact cluster formation for two native structures with markedly different geometries. Our analysis of folding pathways revealed a common underlying folding mechanism, based on nucleation phenomena, for both protein models. However, folding to the more complex geometry (i.e. that with more non-local contacts) is driven by a folding nucleus whose geometric traits more closely resemble those of the native fold. For this geometry folding is clearly a more cooperative process.Comment: Accepted in J. Chem. Phy

Composição bromatológica, digestibilidade in vitro e produção de biomassa de leguminosas forrageiras lenhosas cutivadas em solo arenoso

Com o objetivo de avaliar o valor nutritivo e a produtividade das leguminosas forrageiras lenhosas: Albizia lebbeck (Albízia), Cajanus cajan (Feijão-Guandu), Cratylia argentea (Cratília), Gliricidia sepium (Gliricídia) e Leucaena leucocephala (Leucena), a serem utilizadas na suplementação de bovinos como banco de proteína, conduziu-se um experimento em Neossolo Quartzarênico. O experimento foi realizado entre março de 2006 e outubro de 2007. As avaliações foram realizadas em dois períodos (chuvoso e seco), com dois cortes para cada período. Não houve diferença no acúmulo de matéria seca nos cortes do período chuvoso para as espécies estudadas. Já no período seco de avaliação, a A. lebbeck e a C. argentea foram superiores às demais leguminosas. O C. cajan não se recuperou após os corte do período chuvoso, o que resultou em um baixo acúmulo de matéria seca nos cortes do período seco. As folhas da A. lebbeck apresentaram os maiores conteúdos de proteína bruta nos dois cortes dos períodos de avaliação (210 a 212 g/kg). A digestibilidade in vitro da matéria seca nas folhas da A. lebbeck foi superior, com valores médios de 568 g/kg. A. lebbeck, Cratylia argentea e Gliricidia sepium apresentaram os maiores conteúdos para digestibilidade das hastes finas. A. lebbeck e C. argentea apresentaram acúmulo de massa seca superior às demais espécies testadas (19,3 e 24,3 t/ha, respectivamente) e ainda, os melhores valores para as características qualitativas. Essas duas últimas são as espécies mais promissoras e adaptadas para a formação de bancos de proteínas nesses tipos de solos

Simultaneous selection of cupuassu tree and Brazilian mahogany genotypes in an agroforestry system in Pará state, Brazil.

Este trabalho teve por objetivo avaliar e selecionar progênies e matrizes de irmãos completos de cupuaçuzeiro e, simultaneamente, selecionar matrizes de mogno brasileiro com características superiores, para utilização em sistemas agroflorestais (SAFs). Foram avaliadas 25 progênies de irmãos completos de cupuaçuzeiro e uma progênie de meio irmão de mogno brasileiro. O estudo foi conduzido por 14 anos em uma propriedade comercial em Tomé Açu, Pará. Para o cupuaçuzeiro, foram utilizadas como variáveis de resposta o número e a produção de frutos por planta, e a taxa de plantas com sintomas da doença vassoura-de-bruxa. Para o mogno, empregou-se a altura total, altura comercial, altura da copa, DAP e volume de madeira comercial. Os resultados revelaram cinco progênies de cupuaçuzeiro com características interessantes para emprego em SAFs. Com base nos altos valores observados na acurácia de seleção e herdabilidade, inferimos um bom potencial de seleção de indivíduos promissores na população de cupuaçuzeiro. Dez matrizes de cupuaçuzeiro foram selecionadas com base no ranqueamento dos valores genotípicos e desempenho agronômico. Para o mogno brasileiro, três matrizes apresentaram ótimo desempenho silvicultural. As matrizes destas duas espécies deverão ser propagadas vegetativamente, para avaliação em ensaios clonais

Levantamento de solos de alta intensidade e mapeamento da cobertura vegetal e uso da terra do município de Colares - Estado do Pará.

bitstream/item/61924/1/Oriental-Doc27.pdfAnexo mapa: Levantamento de solos de alta intensidade do Município de Colares-PA

Facing Erosion Identification in Railway Lines Using Pixel-wise Deep-based Approaches

Soil erosion is considered one of the most expensive natural hazards with a high impact on several infrastructure assets. Among them, railway lines are one of the most likely constructions for the appearance of erosion and, consequently, one of the most troublesome due to the maintenance costs, risks of derailments, and so on. Therefore, it is fundamental to identify and monitor erosion in railway lines to prevent major consequences. Currently, erosion identification is manually performed by humans using huge image sets, a time-consuming and slow task. Hence, automatic machine learning methods appear as an appealing alternative. A crucial step for automatic erosion identification is to create a good feature representation. Towards such objective, deep learning can learn data-driven features and classifiers. In this paper, we propose a novel deep learning-based framework capable of performing erosion identification in railway lines. Six techniques were evaluated and the best one, Dynamic Dilated ConvNet, was integrated into this framework that was then encapsulated into a new ArcGIS plugin to facilitate its use by non-programmer users. To analyze such techniques, we also propose a new dataset, composed of almost 2,000 high-resolution images

Avaliação da aptidão agrícola das terras do município de Colares - Estado do Pará.

bitstream/item/61860/1/Oriental-Doc21.pdfAnexo mapa: Mapa da aptidão agrícola das terras do Município de Colares-PA

Atratividade do parasitoide de moscas-das-frutas, Diachasmimorpha longicaudata (Hymenoptera: Braconidae), a diferentes frutos cultivados no Vale do São Francisco.

SICONBIOL 2013