Helicobacter pylori infection and phagocytosis

Helicobacter pylori is a chronic infectious agent defined as the major pathogen causing gastritis, gastric and duodenal ulcer, gastric carcinoma and mucosa associated lenfoid tissue (MALT) lymphoma. H.pylori is the only microorganism known to get colonized in human stomach and inhabit in gastric mucosal cells. To achieve this, H.pylori must escape from both innate and adaptive immune responses. The host immune response is unable to eliminate the infection and this is generally associated with pathogenesis. The persistence of the induced H.pylori infection suggests that the response is not effective to eliminate the infection., In this review article, the correlation between H.pylori infection and innate immune response with emphasis on the avoidance of killing by phagocytosis, have been discussed

Importance of antimicrobial susceptibility testing for the management of eradication in Helicobacter pylori

The management of Helicobacter pylori (H. pylori) infection treatment differs from the common treatment protocol for other infectious diseases. Because culture-or molecular-guided approaches face several practical issues, such as the invasive procedures required to obtain gastric biopsy specimens and the lack of availability of routine laboratory testing in some places, H. pylori treatment includes the administration of two or three empirically selected antibiotics combined with a proton pump inhibitor rather than evidence-based eradication treatment. The efficacy of empirical therapy is decreasing, mostly due to increasing multiple resistance. Multiresistance to levofloxacin, clarithromycin, and metronidazole, which are commonly used in empirical treatments, appears to have increased in many countries. Mutations play a primary role in the antimicrobial resistance of H. pylori, but many different mechanisms can be involved in the development of antibiotic resistance. Determining and understanding these possible mechanisms might allow the development of new methods for the detection of H. pylori and the determination of antimicrobial resistance. A treatment based on the detection of antimicrobial resistance is usually more effective than empirical treatment. Nevertheless, such an approach before treatment is still not recommended in the Maastricht guidelines due to the difficulty associated with the routine application of available culture-or molecular-based susceptibility tests, which are usually administered in cases of treatment failure. The management of first and rescue treatments requires further research due to the steadily increase in antimicrobial resistance

Importance of antimicrobial susceptibility testing for the management of eradication in Helicobacter pylori infection

The management of Helicobacter pylori (H. pylori) infection treatment differs from the common treatment protocol for other infectious diseases. Because culture-or molecular-guided approaches face several practical issues, such as the invasive procedures required to obtain gastric biopsy specimens and the lack of availability of routine laboratory testing in some places, H. pylori treatment includes the administration of two or three empirically selected antibiotics combined with a proton pump inhibitor rather than evidence-based eradication treatment. The efficacy of empirical therapy is decreasing, mostly due to increasing multiple resistance. Multiresistance to levofloxacin, clarithromycin, and metronidazole, which are commonly used in empirical treatments, appears to have increased in many countries. Mutations play a primary role in the antimicrobial resistance of H. pylori, but many different mechanisms can be involved in the development of antibiotic resistance. Determining and understanding these possible mechanisms might allow the development of new methods for the detection of H. pylori and the determination of antimicrobial resistance. A treatment based on the detection of antimicrobial resistance is usually more effective than empirical treatment. Nevertheless, such an approach before treatment is still not recommended in the Maastricht guidelines due to the difficulty associated with the routine application of available culture-or molecular-based susceptibility tests, which are usually administered in cases of treatment failure. The management of first and rescue treatments requires further research due to the steadily increase in antimicrobial resistance

Investigation of Phospholipase Activity in Candida albicans Strains Isolated From Blood and Oral Cavity Specimens

Amaç: Bu çalışmada, kan ve oral kavite örneklerinden soyutlanan Candida albicans suşlarında, konak hücre membranlarındaki fosfolipitleri parçalayan fosfolipaz B1, B2, C1 ve D1 aktivitesinin incelenmesi ve grup farklılıklarının araştırılması amaçlandı.Yöntem: Suşların fosfolipaz aktivitesi, plak yöntemi ve ters transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (RT-PZT) ile araştırıldı.Bulgular: Plak yöntemi ile kan ve oral kavite suşlarının sırasıyla 26 (%86.7) ve 24’ünde (%80.0) fosfolipaz aktivitesi belirlendi. Grupların fosfolipaz olumluluk oranları karşılaştırıldığında, anlamlı bir fark gözlenmedi (χ2=0.48; p=0.49) ancak Pz ortalamaları (0.6138±0.9823, 0.6988±0.9910) arasında anlamlı bir fark saptandı (p=0.007). RT-PZT ile kan ve oral izolatların tümünde (%100) PLB1, sırasıyla 29 (%96.7) ve 30 (%100.0)’unda PLB2, 27 (%90.0)’si ve 22 (%73.3)’sinde PLC1, 27 (%90.0) ve 21 (%70.0)’inde ise PLD1 ekspresyonu belirlendi. PLB1 ekspresyonu açısından iki grup arasında anlamlı bir fark saptanmazken (t=-0.307; p=0.760), PLB2 ekspresyonu kan izolatlarında anlamlı derecede yüksek bulundu (p=0.043). PLC1 ekspresyon düzeyi oral suşlarda anlamlı derecede yüksek (p&lt;0.001) saptanırken, PLD1 ekspresyonu açısından iki grup arasında istatistiksel fark izlenmedi (p=0.732). PLB1, PLB2, PLC1 ve PLD1 ekspresyonunun fenotipik yöntemle sırasıyla %100, %81.7, %71.6 ve %76.7 oranlarında; tüm genlerin ekspresyonu dikkate alındığında da %83.3 uyumlu olduğu görüldü. Pz değerleri ile fosfolipaz genlerinin ekspresyon düzeyleri arasında bir korelasyon saptanmadı (sırasıyla p=0.602; p=0.555; p=0.241; p=0.096).Sonuç: Çalışmamıza alınan C. albicans izolatlarında yüksek oranlarda fosfolipaz aktivitesinin belirlenmesi, bu enzimlerin üretiminin virulans açısından önemli bir rol oynadığını desteklemekte olup, bulgularımız doğrultusunda PLB2 ve PLC1 enzimlerinin sırasıyla invaziv ve oral enfeksiyonlarda daha etkin olduğu söylenebilir, ancak bu konuda daha geniş kapsamlı çalışmalara gereksinim söz konusudur.Objective: The aim of the present study was to investigate and compare the phospholipase B1, B2, C1 and D1 activities in C.albicans strains isolated from blood cultures and oral cavity specimens.Method: Phospholipase activity of the strains was examined by plate method and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PZT).Results: Twenty-six (86.7%) strains isolated from blood and 24 (80.0%) from oral cavities revealed phospholipase activity by plate method. No statistically significant difference (χ2=0.48; p=0.49) was observed between the groups. However statistical difference was determined between the mean Pz values (0.6138±0.9823; 0.6988±0.9910) (p=0.007). PLB1 expression was detected in all (100%), PLB2 in 29 (96.7%) and 30 (100.0%), PLC1 in 27 (90%) and 22 (73.3%), PLD1 in 27 (90.0%) and 21 (70.0%) of blood and oral strains, respectively. While no significant difference was detected between PLB1 expression values of the groups (t=-0.307; p=0.760), PLB2 and PLC1 expressions were found to be significantly higher in blood (p=0.043) and oral cavity isolates (p&lt;0.001), respectively. No difference was observed between PLD1 expressions (p=0.732). PLB1, PLB2, PLC1 and PLD1 expressions were 100%, 81.7%, 71.6% and 76.7% in agreement with the plate method. The agreement was 83.3% when all the phospholipase genes were considered. No correlation was detected between the Pz values and phospholipase expressions (p=0.602; p=0.555; p=0.241; p=0,096, respectively).Conclusion: The high rates of phospholipase activity of the C.albicans isolates in our study, support the important roles of these enzymes in virulence. Our results may indicate that phospholipase enzymes encoded by PLB2 and PLC1 genes play more important roles for invasive and oral cavity infections, respectively; however large scale studies are needed on this issue</p

Comparison of Sequential and Standard Therapy for Helicobacter pylori Eradication in Children and Investigation of Clarithromycin Resistance (Retracted article. See vol. 56, pg. 239, 2013)

Aims: The aim of the present study was to compare the efficacy of sequential and standard triple-drug regimen for Helicobacter pylori (H pylori) eradication in children and to determine the primary resistance rate to clarithromycin

Karbapenemaz Üreten Klebsiella pneumoniae İzolatlarının Hastanemizde Yayılımı: Moleküler Tiplendirme ve Klonal İlişkinin Araştırılması§

Amaç: Özellikle son 10 yılda Enterobacterales üyeleri arasında karbapenem direnci artan sıklıkta rapor edilmeye başlanmıştır. Karbapenemaz üreten izolatların taranması ve saptanması, hem tedavinin doğru yönlendirilebilmesi hem de yayılımın önüne geçilebilmesi açısından önem taşımaktadır. Çalışmamızda hastanemiz Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen örneklerden ardışık olarak soyutlanan karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarının karbapenemaz tipleri ve moleküler epidemiyolojik ilişkilerinin saptanması amaçlanmıştır. Yöntem: Temmuz- Eylül 2014 tarihleri arasında Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen örneklerden soyutlanan toplam 32 karbapeneme dirençli K. pneumoniae izolatı çalışmaya alındı. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması klasik yöntemlere ek olarak BD Phoenix ID/AST otomatize sistemi ile yapıldı. İzolatların karbapenemaz tipleri (blaOXA-48, blaNDM, blaIMP, blaKPC, blaVIM ve blaGES) PCR ile araştırıldı. İzolatlar arasındaki klonal ilişki PFGE ile değerlendirildi. Bulgular: Onsekiz izolatın yoğun bakım ünitelerinden, dokuz izolatın servislerden ve beş izolatın polikliniklerden gönderilen örneklerden izole edildikleri görülmüştür. İzolatların tümünde blaOXA48 geni pozitif olarak saptanmış, diğer karbapenemaz genleri bulunmamıştır. Hastanemizde 32 farklı hastadan üretilen izolatların A-L olarak adlandırılan 12 farklı PFGE pulsotipine sahip olduğu belirlendi. Bunlar arasında en fazla görülenler B (n=18) ve bununla yakın ilişkili B1 paterni (n=2) idi. Geriye kalan izolatlar, birbirinden farklı olan 11 tiple temsil edildi. Salgından sorumlu B pulsotipine sahip ilk izolatın Genel Yoğun Bakım ünitesinden kaynaklanarak yayılım göstermiş olduğu görüldü. Sonuç: Karbapeneme dirençli K. pneumoniae izolatlarının hastanede yayılımının gastrointestinal kolonizasyonu olan hastalardan, hastane personelleri aracılığıyla diğer hastalara izolatların transferi yoluyla gerçekleşmiş olduğu düşünülmüştür. Bu nedenle aktif sürveyans programları ile kolonizasyonun saptanarak temas izolasyonu ve etkin enfeksiyon kontrol önlemlerinin uygulanması yoluyla hastanelerde izolatların yayılımı sınırlandırılabilir