Kefirden İzole Edilen Probiyotik Lactobacillus Acidophilus Suşlarının Rapd-Pcr İlealttiplemesi

Kapsam: Bu çalışmada genotipik farklılığı ortaya koyan RAPD-PCR (randomly amplified polymorphic DNA - Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile L. acidophilus suşlarının alttiplemesi planlanmaktadır. Yöntem: RAPD yönteminde gelişigüzel biçimde sentezlenmiş primerler yardımı ile çoğaltılan DNA bölgeleri suş bazında değişiklik göstermektedir. Bu da farklı suşların tanısını kolaylaştırmak da birbirine daha yakın olan suşların ise benzerliklerini göstermeketedir. Bu benzerlikler ve farklılıklar RAPD deneylerinin sonucunda dendogram kullanılarak gösterilir. Planlanan çalışmamızda Kefir tanelerinden izole edilmiş olan L.acidophilus suşları ve ticari olarak kullanılmakta olan L. acidophilus suşları RAPD (randomly amplified polymorphic DNA) sistemi içinde ayrıştırılacaktır. Gerekçe: Bu çalışmada genotipik farklılığı ortaya koyan RAPD-PCR (randomly amplified polymorphic DNA - Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile L. acidophilus suşlarının alttiplemesi projenin ana amacıdır. Beklenen bulgu/sonuç: Bu yöntem ile suşların genetik farklılıkları (strain diversity) tanımlanabilecek, diğer ticari kültürlerden genotipik farklılıkları gözlemlenebilecektir. Bu sayede ticari olarak kullanılmakta olan ve yurtdışından gelen probiyotik organizmalar yerine Türkiye orijinli kefir izolatı olan kültürler probiyotik yoğutlara eklenebilecek, Türkiye izolatlarının moleküler bazda farklılaştırılması sağlanmış olacak ve önemli suşlar için patent uygulamaları için bir bilgi birikimi oluşturulabilecektir

Süt Ve Süt Ürünlerinde Salmonella Spl.'nin Real - Time Pcr Yöntemi İle Tanısı İçin Kullanılan İki Önemli Gen Bölgesinin Karşılaştırılması

Son yıllarda geliştirilen primer ve probların Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve Real-Time PZR (Gerçek-Zamanlı PZR) yöntemleri ile yapılan denemeler başarılı sonuçlar vermektedir. Ancak bu çalışmaların çoğunluğu farklı gıdalarla çalışılmış, farklı primer ve problarla denenmiştir. Henüz gıda ürünlerinde Salmonella spp. tanısı için Real-Time PZR yöntemi ile geliştirilen uluslararası bir standart bulunmamaktadır. Projenin amacı farklı iki primer ve prob grubundan oluşan yöntemleri kıyaslayarak süt ve süt ürünlerinde standardizasyon sağlamaktır. Bu amaç çerçevesinde tüketim için sunulan süt ve süt ürünlerinde yapay kontaminasyon ile analiz yapılacaktır. Projenin bir diğer amacı ise, daha önce genetiği değiştirilmiş gıdaların (GDO) analizlerinde kullandığımız Real-Time PZR cihazımızın kullanım etkinliğini arttırmaktır. Bu amaçla, Salmonella türü bir başlangıç olacak ve laboratuvarımızda gıdalardan diğer patojen türlerinin de benzer yöntemlerle hızlı teşhisi çalışmaları yapılabilecektir. Böylece bu proje bölümümüz Gıda Analiz Laboratuvarı'nda (GAL) yöntemin kullanılması için ön çalışma niteliğindedir. - Zamana bağlı iş planı: 0-3 Ay Sarf malzemelerinin temini ve S. Typhimurium ATCC 14028 suşu için Real-Time PZR standart eğrilerinin oluşturulması. 3-6 Ay Örnek süt ve süt ürünlerinin yapay kontaminasyonu; önzenginleştirme ve DNA izolasyonu. 6-9 Ay Tüm örnekler için Real-Time PZR analizleri. 9-12 Ay Real-Time PZR analizlerinin tamamlanması; istatistiksel analizlerin yapılması ve sonuç raporunun yazılması. Daha önce Salmonella spp.'ye spesifik olarak dizayn edilen ve pek çok araştırmacı tarafından kullanılan primer ve probların süt ve süt ürünlerinde Salmonella spp. tanısı için etkinlikleri ortaya konacaktır. Etkin olan yöntem ile süt endüstrisinde Salmonella'nın hızlı tanısını sağlayacaktır. Bu ise gerek halk sağlığını korumak ve gerekse endüstrideki ürün kayıplarını azaltmayı sağlayacaktır. Uluslararası standart olarak önerilen her iki primer ve prob grubu farklı çalışmalarda değerlendirilmiş, ancak süt ve süt ürünleri için bir karşılaştırılma yapılmamıştır. Çalışmamız bu iki yöntemin süt ve süt ürünleri için etkinliğini karşılaştırarak en uygun yöntemi ortaya koyacaktır

Genetik Modifiye (gm) Mısırlarda Etiketleme Gereği "quantifikasyon"

Avrupa Birliğin (AB) de ve Japonya, Kore, Avusturalya gibi daha bir çok ülkede genetik modifiye organizma içeren gıda maddelerinin marketlerde kullanılmaları için onaylanmaları ve bu onaylı ürünlerin bile , kantitatif çalışmalar sonucunda etiketlenmeleri gerekmektedir. AB de 0.9% un üzerinde Genetik modifikasyon bulundurması durumunda gıda maddesinin veya hayvan yeminin etiketlenmesi zorunludur. Bu nedenle, genetik modifiye gıdaların kantitasyon ve tespit çalışmaları bu gıdaların yasal düzenlemelerinde önemli rol oynamaktadır. Türkiye de ise bazı hazırlık çalışmaları olmasına rağmen, henüz GDO modifiye gıdalar için yasal bir düzenleme bulunmamaktadır. Mısırlarda olası genetik modifikasyonların olduğunu gösteren Türkiye de yürütülmüş sınırlı çalışma bulunmaktadır (Gürakan. et al., 2006; Baran-Ekinci, M., PhD thesis). Bugüne kadar labratuvarımızda yapılan çalışmalarda konvansiyonel PCR yöntemleri ile 35S promotör ve nos-terminatör bölgelerinin tespit edilmesi, ve yine aynı yöntemle yapılan çalışmalarımız , bu genetik modifikasyonların genellikle AB de onaylı Bt 11 mısır çeşidine ait olduğunu ortaya koymuştur. Bu sonuç da genetiği değişitirilmiş mısırlarda kantitasyon çalışmalarının gereğini ortaya çıkarmıştır. Bu projede amaç örneklerimiz arasında tespit etmiş olduğumuz Bt11 mısır çeşidi için detaylı kantifikasyon (quantifikasyon) çalışmaları yapmak ve kantitatif analizi optimize etmektır

PFGE yöntemi ile Geleneksel yoğurtlardan izole edilmiş Streptococcus thermophilus kültürlerinin (PFGE) ve RAPD-PCR metotları ile genotipik farklılıklarının belirlenmesi

Starter kültür üretici firmalar, istenen özelliklere; örneğin daha uzun raf ömrü, daha iyi yapısı, tat ve kalitesi olan yoğurt geliştirmek için, sürekli yeni yoğurt suşları aramakta ve bu amaçla izolasyon, tarama, tanı ve karakterizasyon çalışmalarını sürdürmektedirler. Türkiye, yoğurdun anavatanı olarak (AnaBritanika) istenen özellikleri taşıyan birçok suşa sahiptir. Bu çalışmada Türkiye’nin değişik bölgelerinde ticari yoğurt kültürü kullanılmadan üretilmiş yoğurtlardan (geleneksel yoğurtlar) izole edilen ve biyokimyasal yöntemlerle taniları yapılmış 56 adet Streptococcus thermophilus izolatı kullanılacaktır. Ayrıca ticari starter kültürlerden izole edilmiş 4 adet S. thermophilus geleneksel kültürlerle ticari kültürlerin kıyaslanabilmesi için çalışmalara dahil edileceklerdir. Bu kültürlerden S. thermophilus izolatlarının tamamının tanıları 16S rRNA geni dizi analizi ile doğrulanmıştır. Bu proje kapsamında koleksiyondaki S. thermophilus kültürlerinin PFGE ile karakterizasyonu RAPD-PCR metodu ile çalışılacak ve böylelikle S. thermophilus için RAPD-PCR metodu altın metot olarak bilinen PFGE ile kıyaslanacaktır

GELENEKSEL ŞARAP BAĞLANTILI SACCHAROMYCES CEREVİSİAE SUŞLARININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

GELENEKSEL ŞARAP BAĞLANTILI SACCHAROMYCES CEREVİSİAE SUŞLARININ MOLEKÜLER KARAKTERİZASYON

Effects of gamma irradiation on the survival of Listeria monocytogenes and on its growth at refrigeration temperature in poultry and red meat

Gamma irradiation sensitivity of a strain of Listeria monocytogenes was determined in trypticase soy broth supplemented with yeast extract (TSB-YE), in a slurry of chicken breast meat and in raw ground beef. D-10 values in these different media were 0.364, 0.599, and 0.699 kGy, respectively. This organism appeared most sensitive in TSB-YE, more resistant in minced fresh chicken breast meat, and most resistant in fresh minced beef. It was found that irradiation at 2.5 kGy prior to refrigeration is an efficient way for the presentation of meat products contaminated at 10(3) to 10(4) per gram initial load of L. monocytogenes for about 7 d. However, with this initial load, the injured cells might repair themselves and cause a health hazard during storage at 4 C in the presence of air after 7 d

Effects of starter culture combinations using isolates from traditional cheese on the quality of Turkish white cheese

Four types of Turkish white cheese with good curd and acid formation properties were produced, one by using commercial starter culture and the other three by using different combinations of isolates from traditional cheese with no starters added. The effects of using these combinations on quality were determined. Starter culture combinations did not influence the chemical properties of cheese significantly. However, one cheese type produced from combinations of isolates of rural cheese was found to be comparable to the samples produced from commercial starter cultures in terms of sensory and microbial quality. This combination could have promise for white cheese production

Molecular methods for identification of Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus and Streptococcus thermophilus using methionine biosynthesis and 16S rRNA genes

Yoghurt and starter culture producers are still searching strains of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus and Streptococcus thermophilus to produce healthier yogurt with longer shelf life, better texture, taste and quality. However, selective identification of Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus and Strep. thermophilus from a mixed population using microbiological and biochemical methods is difficult, time consuming and may not be accurate. In this study, a quick, sensitive and accurate method is proposed to identify both Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus and Strep. thermophilus using PCR. The method is comprised of two parts. In the first part, methionine biosynthesis genes, known to be present in both species were partially amplified by designed primers (cysmet2F and cysmet2R). Partial amplification of the methionine biosynthesis gene which gives 700 bp fragment resulted in selective identification of Lb. bulgaricus and Strep. thermophilus. All 16 Lb. bulgaricus and 6 Strep. thermophilus isolates assessed by this method gave the expected amplification. On the other hand, further analysis of other closely related species with the same primers have indicated that the same product was also amplified in two more lactobacilli namely, Lb. delbrueckii subsp. lactis and Lb. helveticus species. Thus, in the second part of the method, further differentiation of Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus and Strep. thermophilus from each other and these species was achieved using restriction analysis of 16S rRNA gene with EcoRl

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ/LİSANSÜSTÜ TEZ PROJESİ

PEYNİR ALTI SUYU TOZU VE PRİBİYOTİK KAPSÜLLENEN PEYNİR ALTI SUYU TOZUNUN YOĞURT RAF ÖMRÜ VE ÖZELLİKLERİ ÜZERİNDEKİ ETKİS