Induction to alternative splicing of BACE1 gene with sodium butyrate and butein in SH SY5Y cell line and identification of resulting isoform profile

TEZ13219Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2017.Kaynakça (s. 58-64) var.XIII, 66 s. :_res. (bzs. rnk.), tablo ;_29 cm.Nörodejeneratif hastalıklar grubunda ilk sırada yer alan Alzheimer hastalığına yönelik tedavi yaklaşımlarında BACE1 enzimi (beta-bölgesi amiloid prekürsör proteini kesim enzimi) oldukça önemli bir yere sahiptir. Bu enzim Alzheimer hastalığının önemli nedenlerinden biri olan ß-amiloidin oluşumundan sorumludur. Bu enzimin beyin dokusundaki tam uzunluktaki aktif olan formunun dışında farklı dokularda da birden fazla izoforma sahip olduğu bildirilmiştir. Ayrıca alternatif kırpılma sonucu oluşan izoformlardaki artışın ß-amiloid miktarını azalttığı gösterilmiştir. Çalışmamızda; histon deasetilaz inhibitörü olarak bilinen sodyum bütirat ve büteinin Alzheimer hastalığında önemli rolü olduğu bilinen BACE1 enziminin alternatif kırpılma sonucu oluşmuş izoformlarına olan etkisi incelenmiştir. SHSY5Y hücrelerine iki farklı dozda uygulanan sodyum bütirat (1 mM ve 5 mM) ve büteinin (2µM ve 10µM), farklı alternatif kırpılmalar sonucu oluşmuş izoformların ifade düzeylerine etkisi Real-Time PCR yöntemiyle değerlendirilmiştir. Mann- Whitney U-testine göre, hem sodyum bütiratın hem de büteinin iki dozu arasında anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. (p>0.05) Hem 1 mM’lık hem de 5 mM’lık sodyum bütirat dozu kontrol grubu ile karşılaştırıldığında BACE501 ekspresyonunu artırmıştır. 1mM NaB BACE1457 ve BACE1432 ekspresyonunu azaltırken, 5 mM NaB BACE1457 ve BACE1432 ekspresyonunu artırmıştır. Hem 2 µM’lık hem de 10 µM’lık bütein konsantrasyonu kontrol grubu ile karşılaştırıldığında BACE1501 ekspresyonunu artırmıştır. 2 µM bütein BACE1457 ekspresyonunu bir miktar artırırken, 10 µM bütein BACE1432 ekspresyonunu 3 kat artırmıştır. 2 µM bütein BACE1432 üzerinde herhangi bir değişiklik yapmazken, 10 µM bütein BACE1432 ekspresyonunu yaklaşık 2 kat artırmıştır. Sonuç olarak kullandığımız HDAC inhibitörlerinin seçici olarak, ekspresyon düzeyinde anlamlı değişikliklere sebep olabileceğini düşünülen BACE1 izoformları üzerinde beklenilen etkiye neden olmadığı saptanmıştır.BACE1 enzyme (beta-site amyloid precursor protein enzyme 1) has a highly important role in treatment for Alzheimer Disease which is in first place within group of neurodegenerative disease. The enzyme is responsible for production ß- amyloid which is hallmark of Alzheimer’s Disease. It is reported that the enzyme has several isoform in different tissues apart from full-lenght active form in brain tissue. Also it is shown that increase in amount of these alternatively spliced isoforms reduces amount of ß-amyloid which has important function in Alzheimer’s Disease. In this study, it has been examined effect of sodium butyrate and butein known as histone deacetylase inhibitor on alternative splicing of the BACE1 enzyme known importance in Alzheimer’s Disease. It has evaluated effect of sodium butyrate (1 mM and 5 mM) and butein (2 µM and 10 µM) treated to SHSY5Y cell on expression of alternatively spliced isoforms by Real-Time PCR. According to Mann-Whitney U test, it has not found significant differences between dozes of both sodium butyrate and butein (p>0.05) Both 1 mM and 5 mM concentration of sodium butyrate has increased in expression of BACE1501 compared to control group. While 1mM sodium butyrate has decreased in expression of BACE1457 and BACE1432, 5 Mm sodium butyrate has increased in BACE1457 and BACE1432. Both 2 µM and 10 µM butein has increased in expression of BACE1501 compared to control group. Whereas 2 µM butein has increased in expression of BACE1457 a little bit, 10 µM butein has tripled expression of BACE1432. While 2 µM butein has no change on BACE1432, 10 µM butein has approximately doubled expression of BACE1432. As a result, it has been determined that HDAC inhibitors which we used selectively didn’t cause effect which we estimated as significant changes in expression level on BACE1 isoforms.Bu tez, Öğretim Üyesi Yetiştirme Programı (ÖYP) tarafından desteklenmiştir

İnterlökin-2 promotoru polimorfizmi ile preeklampsi arasındaki ilişki

Purpose: One of the cytokines involved in the immune system is interleukin-2 (IL-2). It is contemplated that polymorphisms in the promoter region of the IL-2 gene may be one of the determining factors in the maternal immunization system associated with abnormal placentation resulting in preeclampsia. This study tried to determine the protective genotypes for preeclampsia by genotyping the -384 polymorphisms in the promoter region of interleukin 2 gene in preeclamptic Turkish women. Material and Methods: 146 blood samples, 57 normal and 89 preeclampsia, were collected from unrelated pregnant women. -384 promoter region of IL-2 gene is amplified by using PCR and Restriction Fragment Length Polymorphism method is applied by using Bfa-1 enzyme to identify the polymorphisms. Results: Of the 89 preeclamptic women included in the study, 38 had TT, 36 had GT, 15 had GG alleles and of the 57 normal pregnant women, 28 had TT, 22 had GT, and 7 had GG alleles. Conclusion: Considering the close relationship of preeclampsia with the immune system and the response to inflammation, this study aimed to investigate the relationship between IL-2 gene -384 promoter region polymorphism and preeclampsia. No statistically significant relationship was found between the genotypes. We think that comprehensive genetic studies including all negative factors that are effective for placenta formation would be useful.Amaç: İmmün sistemde sistemde rol alan sitokinlerden biri de interlökin-2'dir. IL-2 geninin promotor bölgesindeki polimorfizmlerin preeklampsi ile sonuçlanan anormal plasentasyon ile ilişkilendirilen maternal savunma mekanizmasındaki belirleyici faktörlerden biri olabileceği ihtimali düşünülmektedir. Bu çalışmada preeklamptik Türk kadınlarında interlökin 2 geninin promotor bölgesindeki - 384 polimorfizmi çalışılarak genotiplendirme yapılmış ve hangi genotipin koruyucu olduğu belirlenmeye çalışılmıştır. Gereç ve Yöntem: 57 normal, 89 preeklampsi olmak üzere toplam 146 birbiri ile akraba olmayan kadından kan alındı. IL-2 geninin -384 promotor bölgesi PCR yöntemi ile amplifiye edildi ve polimorfizmlerin tespiti için Restriction Fragment Length Polymorphism yöntemi Bfa- 1 enzimi kullanılarak gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 89 preeklamptik kadından 38’inin TT, 36’sının GT, 15’inin GG; 57 normal gebe kadından 28’inin TT, 22’sinin GT ve 7’sinin GG alleline sahip olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Preeklampsi hastalığının immün sistem ve inflamasyon cevabıyla olan yakın ilişkisi göz önünde bulundurularak, bu çalışmada IL-2 geni -384 promotor bölgesi polimorfizmi ile preeklampsi ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Genotipler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Plasenta oluşumuna etkili olan tüm olumsuz faktörlerin dâhil edildiği genetik tabanlı kapsamlı araştırmaların yararlı olacağını düşünmekteyiz

Relationship between interleukin-2 promoter polymorphism and preeclampsia

Amaç: İmmün sistemde sistemde rol alan sitokinlerden biri bölgesindeki polimorfizmlerin preeklampsi ile sonuçlanan anormal plasentasyon ile ilişkilendirilen maternal savunma mekanizmasındaki belirleyici faktörlerden biri olabileceği ihtimali düşünülmektedir. Bu çalışmada preeklamptik Türk kadınlarında interlökin 2 geninin promotor bölgesindeki 384 polimorfizmi çalışılarak genotiplendirme yapılmış ve hangi genotipin koruyucu olduğu belirlenmeye çalışılmıştır. Gereç ve Yöntem: 57 normal, 89 preeklampsi olmak üzere toplam 146 birbiri ile akraba olmayan kadından kan alındı. IL-2 geninin -384 promotor bölgesi PCR yöntemi ile amplifiye edildi ve polimorfizmlerin tespiti için Restriction Fragment Length Polymorphism yöntemi Bfa1 enzimi kullanılarak gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 89 preeklamptik kadından 38'inin TT, 36'sının GT, 15'inin GG; 57 normal gebe kadından 28'inin TT, 22'sinin GT ve 7'sinin GG alleline sahip olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Preeklampsi hastalığının immün sistem ve inflamasyon cevabıyla olan yakın ilişkisi göz önünde bulundurularak, bu çalışmada IL-2 geni -384 promotor bölgesi polimorfizmi ile preeklampsi ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Genotipler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Plasenta oluşumuna etkili olan tüm olumsuz faktörlerin dâhil edildiği genetik tabanlı kapsamlı araştırmaların yararlı olacağını düşünmekteyiz.Purpose: One of the cytokines involved in the immune system is interleukin-2 (IL-2). It is contemplated that polymorphisms in the promoter region of the IL-2 gene may be one of the determining factors in the maternal immunization placentation resulting in preeclampsia. This study tried to determine the protective genotypes for preeclampsia by genotyping the -384 polymorphisms in the promoter region of interleukin 2 gene in preeclamptic Turkish women. Material and Methods: 146 blood samples, 57 normal and 89 preeclampsia, were collected from unrelated pregnant women. -384 promoter region of IL-2 gene is amplified by using PCR and Restriction Fragment Length Polymorphism method is applied by using Bfa-1 enzyme to identify the polymorphisms. Results: Of the 89 preeclamptic women included in the study, 38 had TT, 36 had GT, 15 had GG alleles and of the 57 normal pregnant women, 28 had TT, 22 had GT, and 7 had GG alleles. Conclusion: Considering the close relationship of preeclampsia with the immune system and the response to inflammation, this study aimed to investigate the relationship between IL-2 gene -384 promoter region polymorphism significant relationship was found between the genotypes. We think that comprehensive genetic studies including all negative factors that are effective for placenta formation would be useful. Key polymorphism