Biostatistical Analysis Methods Used in the Development of Biotechnological Vaccines and One Minitab Practise

Amaç: Bu çalışmada, biyoteknolojik aşı geliştirmek için kullanılan biyoistatistik analiz yöntemlerinin tanıtılması amaçlanmıştır. Tanıtılan tekniklerden örneklem büyüklüğü belirleme yöntemi kullanılarak örnek olay üzerinden Minitab uygulaması yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma kapsamında öncelikli olarak biyoistatistiğin kullanım amaçları tanıtılmıştır. Aşı geliştirmede kullanılan biyoistatistik teknikler teorik olarak anlatılmıştır. Binom ve stokastik aktarım modelleri ve geliştirilen aşının koruyucu etkilerinin değerlendirilmesi başlıkları dâhilinde analiz yöntemleri detaylandırılmıştır. Teorik altyapısı detaylı biçimde anlatılan tekniklerin istatistik formülleri ve formüllerin açıklamaları belirtilmiştir. Örnek bir senaryo verilerek Minitab paket programında aşı denemesi için gereken örneklem sayısı hesaplanmıştır. Bulgular: Standart sapma, hata payı, güç ve beklenen ortalama koruyuculuk oranına göre Minitab paket programında örneklem sayısı hesaplanmıştır. %80 koruyuculuk oranı için örneklem sayısı 18, %90 koruyuculuk oranı için örneklem sayısı 30 ve %99 koruyuculuk oranı için örneklem sayısı 58 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: Aşı geliştirme sürecinin farklı aşamaları için farklı istatistik tekniklere ihtiyaç duyulduğu görülmüştür. Aşı geliştirme sürecinde başvurulan istatistik yöntemler küçük bir örneklemin analiz edilmesinden random olarak gerçekleştirilen saha denemelerine kadar çeşitlenmektedir. Bu nedenle İstatistik bilimi modern teknoloji kullanılarak aşı geliştirme sürecinin vazgeçilmez bir unsuru haline gelmiştir. Bu yöntemlerin başlıcalarının; binom ve stokastik aktarım modelleri, deterministik diferansiyel denklem modelleri ve geliştirilen aşıların koruyucu etkilerinin değerlendirildiği istatistik analizler olduğu görülmüştür

Evaluation of COVID-19 Antibody Positivity of Health Professionals

Amaç: Koronavirüs hastalığı 2019 (COVID-19) kısa bir sürede pandemi haline gelmiş enfeksiyöz bir hastalıktır. COVID-19 hastalarında 7-11 gün sonra antikor cevabı gelişmektedir. Salgın süresince sağlık çalışanlarının durumunu kontrol etme açısından serolojik testlerin faydalı olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada salgının başlangıcında hastanemiz sağlık personelinin antikor pozitifliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Nisan 2020-Mayıs 2020 tarihleri arasında hastanemizde yapılan COVID-19 antikor taramasına katılan 150 adet sağlık personeline ait sonuçlar retrospektif olarak değerlendirildi. Kan örneklerinden elde edilen serumlara kolloidal altın bazlı immunokromatografik test yöntemi uygulandı. Demografik özellikler, lökosit sayısı, lenfosit sayısı, C-reaktif protein değerleri ve akciğer Bilgisayarlı Tomografi (BT) bulguları çalışmaya dahil edildi. Bulgular: Çalışmaya yaş ortalaması 39,5 ± 9,3 yıl olan toplam 150 kişi (95 kadın) dahil edildi. Yedi kişide (%4,6) antikor pozitifliği saptandı. İki pozitif kişinin akciğer BT’sinde viral pnömoni ile uyumlu buzlu cam infiltrasyonlarının varlığı gözlendi. Sonuç: Salgının ilk döneminde hastanemiz sağlık çalışanlarında yaklaşık %5 oranında antikor pozitifliği saptanması COVID-19 açısından riskli grupta olan sağlık personelinin devamlı izlenmesi ve tedbirlerin alınması gerekliliklerini ortaya koymaktadır.Objective: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is an infectious disease which has become a pandemic in a short time-period. Antibody response develops after 7 11 days in COVID-19 patients. Serologic tests are thought to be beneficial for checking status of the health professionals during the pandemic. In the present study, it was aimed to evaluate the antibody levels of the health professionals who work in our hospital at the beginning of the pandemic. Material and Method: The results of 150 health professionals who participated in the COVID-19 antibody screening which was performed in our hospital between April 2020 and May 2020 were evaluated retrospectively. Colloidal gold-based immunochromatographic test was performed on the serums which was obtained from the blood samples. Demographic characteristics, leukocyte counts, lymphocyte counts, C-reactive protein values, and lung Computed Tomography (CT) findings were included in the study. Results: A total of 150 subjects (95 females) with a mean age of 39.5 ± 9.3 years were included in the study. Antibody positivity was detected in seven (4.6%) subjects. Ground-glass infiltrates consistent with viral pneumonia were observed in the lung CT of two positive subjects Conclusion: Detecting approximately 5% antibody positivity in the health professionals who work in our hospital at the beginning of the pandemic, indicates the necessities of pursuing the health professionals who are in the risky group for COVID-19 and taking precautions

Investigation of the blastocystis hominis frequency in patients with irritable bowel syndrome

AimIn this study, it was aimed to investigate the relationship between Blastocystis hominis infection and inflammatory bowel syndrome (IBS). Methods: In this study, the frequency of B. hominis in the stool samples of 52 patients applied to Microbiology laboratory and pre-diagnosed with irritable bowel syndrome in January 2013-June 2013 was investigated, retrospectively. Microscopic investigations were evaluated after macroscopic examination. For this purpose, the stool samples of the diarrheal cases were investigated by trichrome staining after they were prepared by native-lugol and formol ethyl acetate concentration method. The results were compared with the examination of 2160 stool samples sent to our laboratory during the same period. Results: Stool samples of 52 patients pre-diagnosed with IBS were accepted to our laboratory in January 2013-June 2013. 13 of the patients were found as B. hominis positive. Weight loss and anorexia was identified only in one patient while abdominal pain, diarrhea and gas complaints were identified in all of the IBH and B. hominis positive patients. During the same period, parasites were detected in 96 (4.4%) of 2160 stool samples sent to our laboratory and the most common was B. hominis 48 (2.2%). 452 of these patients applied with diarrhea symptoms and B. hominis was detected in 36 samples (7.96%). Conclusion: The limited studies investigating the presence of B. hominis in patients with irritable bowel syndrome are far from illuminating the role of this agent in disease pathogenesis. We believe that further investigations should be performed. In this study, 25% of the patients were found as positive. J Clin Exp Invest 2014; 5 (2): 242-24

Evaluation of the Toxoplasma gondii IgG Avidity request and results in a tertiary care hospital

Objectives: Toxoplasmosis is a parasitic infection caused by Toxoplasma gondii (T. gondii) with various clinical outcomes. Serological tests determining IgG and IgM produced against T. gondii are widely used for laboratory diagnosis of the infection. IgG avidity test identifying the infection initiation in diagnosis is required when specific IgM antibodies are not able to be detected in early period of infection, IgM antibodies in patients with reactivation are not increased or especially in pregnant with IgM positivity. In this study, it was aimed to evaluate avidity test results and to determine the algorithmic place of this test in T. gondii infection. Methods: In this study, avidity test results requested from all of the clinics and services from serology laboratory in 1 January 2013-31 December 2013 were included. Totally, 84 anti-T. gondii IgG avidity was requested. The avidity value was researched by ELISA method using anti-T. gondii IgG avidity kit in patients included in this study. Anti-T. gondii IgG and IgM antibody tests were performed by ELISA method using commercial kit. Results: 61, 13 and 2 requests were evaluated as high avidity 72.6%, low avidity 15.5% and intermediate value 2.4%, respectively, while 8 requests were unnecessary. Conclusion: It was concluded that primarily anti-T. gondii IgG and IgM tests should be performed in suspicious cases in terms of toxoplasmosis and the IgG avidity tests should be requested from only suitable cases after the evaluation of the test results according to clinic table of the patients and/or the week of pregnancy. J Clin Exp Invest 2014; 5 (2): 246-24

Investigation of in vitro Anti-trichomoniasis Effect of Nigella Sativa Oil against Trichomonas vaginalis

Amaç: Trikomoniyazın güncel tedavisinde 5-nitroimidazol türevleri (metronidazol, ornidazol) kullanılmasına rağmen, Trichomonas vaginalis türlerinin metronidazole karşı direnç geliştirdiği yaklaşık 50 yıldır bilinmektedir. Bu nedenle trikomoniyaz tedavisinde uzun süredir alternatif tedavi yöntemleri araştırılmaktadır. Bu çalışmada çörek otu yağının Trichomonas vaginalis’e karşı in vitro etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çörek otu yağı ve metronidazolün T. vaginalis’e karşı etkinliğinin araştırılması işlemi 24 kuyucuklu hücre kültürü plaklarında dilüsyon yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Bu işlem için kısaca, T. vaginalis trofozoitleri TYM besiyeri içeren hücre kültürü plaklarına alınmıştır. Daha sonra, çörek otu yağı ve metronidazolün farklı konsantrasyonları plaklara eklenmiş ve 37°C’de inkübe edilmişlerdir. Bulgular: İnkübasyonun 48. saatinde, 250 µg/ml konsantrasyonda hareketli trofozoitlerin görülmüş olmasına rağmen 500 µg/ml, 1000 µg/ml ve 2000 µl/ml konsantrasyonlarda hareket gözlenmemiştir. 72. saatte, 250 µl/mg konsantrasyonu hariç geriye kalan tüm konsantrasyonlarda hareket görülmemesine ek olarak hücre lizisi görülmüştür. Ayrıca 72. saat sonunda minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) 500µl/mg iken, minimum lethal konsantrasyon (MLK) 1000 µl/mg’dir. Sonuç: Bu çalışmada çörek otu yağı, trikomoniyazis tedavisi için alternatif bir terapötik ajan olarak in vitro ortamda denenmiş ve trikomoniyaz tedavisinde doğal önemli bir tedavi edici potansiyele sahip olduğu bulunmuştur. Bundan sonraki çalışmalarda daha ileri in vivo araştırmaların yapılması ve aktiviteden sorumlu olabilecek bileşenlerin tespiti planlanmaktadırObjective: Although 5-nitroimidazole derivatives (metronidazole, ornidazole) are being used in the current treatment of trichomoniasis, it has been known the presence of MTZ-resistant T. vaginalis strains for almost 50 years. Therefore, alternative treatment methods are being investigated for a long time for treatment of trichomoniasis. In this study, it was aimed to investigate in vitro activity of Nigella sativa oil against Trichomonas vaginalis. Material and Methods: In vitro testing of Nigella sativa and metronidazole against T. vaginalis was performed in cell culture plate by dilution method. Briefly, T. vaginalis trophozoites were transferred to 24-well plate containing TYM medium. Thereafter, different concentrations of Nigella sativa and metronidazole were added to each well and incubated at 37°C. Findings: At 48th hour of incubation, although motile trophozoites at 250 μg/ml concentration of Nigella sativa oil were observed, immotile trophozoites were detected at 500 μg/ml, 1000 μg/ml and 2000 μl/ml concentrations of Nigella sativa oil. At 72th hour, immotile trophozoites as well as trophozoite lysis were detected in all concentration of Nigella sativa oil, except for 250 μg/ ml concentration. Also at the end of 72th hour for Nigella sativa, MIC was 500 μl/mg while MLK was 1000μl/ mg. Conclusion: In this study, Nigella sativa oil was tested in vitro as an alternative therapeutic agent for treatment of trichomoniasis and it has been found that Nigella sativa oil has a naturally important therapeutic potential for trichomoniasis treatment. In vivo tests and the isolation and identification of compounds responsible for the detected activity are planned for further investigation

Evaluation of Hepatitis C Virus Genotype Results in Izmir Ataturk Training and Research Hospital

Objectives: The aim was to support both the clinical treatment and management and also to contribute to the epidemiological understanding of the hepatitis C virus (HCV) genotype in our region