Marcadores séricos e espectrometria de massa no diagnóstico do câncer Serum markers and mass spectrometry in the diagnosis of cancer

Esta revisão abrange as principais técnicas, limitações e utilidades da espectrometria de massa aplicada à análise de fluidos biológicos para buscar biomarcadores com potencialidade de diagnóstico médico. Atualmente esse método é capaz de discernir, em segundos, padrões moleculares diferencialmente expressos entre indivíduos controles e com câncer. Resultados da literatura apontam a espectrometria de massa como metodologia promissora no futuro do diagnóstico.<br>This manuscript reviews mass spectrometry methods and limitations for analisys of biological fluids in the search for biomarkers that can aid medical diagnosis. Currently, mass spectrometry has the ability to discriminate differentially expressed molecular patterns among cancer patients and control subjects. Results in the literature point mass spectrometry as having a major role in the future of medical diagnosis

Ellipsoid clustering machine: a front line to aid in disease diagnosis - DOI: 10.3395/reciis.v1i2.Sup.101en

This study presents a new machine learning strategy to address the disease diagnosis classification problem that comprises an unknown number of disease classes. This is exemplified by a software called Ellipsoid Clustering Machine (ECM) that identifies conserved regions in mass spectrometry proteomic profiles obtained from control subjects and uses these to estimate classification boundaries based on sample variance. The software can also be used for visual inspection of data reproducibility. ECM was evaluated using mass spectrometry protein profiles obtained from serum of Hodgkin’s disease patients (HD) and control subjects. According to the leave-one-out cross validation, ECM completely separated both groups based only on the information derived from four selected mass spectral peaks. Classification details and a 3D graphical model showing the separation between the control subject cluster and HD patients is also presented. The software is available on the project website together with online interactive models of the dataset and an animation demonstrating the method

Ellipsoid clustering machine: a front line to aid in disease diagnosis

Made available in DSpace on 2017-01-30T12:01:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 13.pdf: 1122813 bytes, checksum: 3850fc68537318894332cad2238295a8 (MD5) Previous issue date: 2007Universidade Federal do Rio de Janeiro. Programa de Engenharia de Sistemas e Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Centro Industrial de Curitiba, Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Programa de Engenharia de Sistemas e Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Este estudo apresenta nova estratégia de inferência direcionada a detectar presença de doenças em amostras biológicas. Diferencialmente dos métodos existentes, esta técnica é aplicável quando o número de patologias e as mesmas são desconhecidos. Esta é exemplificada através de software que denominamos “Máquina de Agrupamento por Elipsóide”, do inglês, Ellipsoid Clustering Machine (ECM). O mesmo identifica regiões conservadas em perfis proteômicos obtidos por espectrometria de massa de amostras biológicas de indivíduos controles e estima limites para classifica- ção baseando-se na variância da expressão protéica. O software também pode ser utilizado para inspeção visual de reprodutibilidade de dados. O ECM foi avaliado utilizando perfis protéicos do soro de pacientes com a doença de Hodgkin e de indivíduos controle. De acordo com a validação cruzada leave-one-out, o ECM separou corretamente os grupos se baseando apenas na informação de quatro picos espectrais selecionados. Este trabalho descreve o algoritmo e apresenta imagens de modelos 3D representativos da separação. O software está disponível na página do projeto na internet junto com modelos interativos e uma animação demonstrando o método.This study presents a new machine learning strategy to address the disease diagnosis classification problem that comprises an unknown number of disease classes. This is exemplified by a software called Ellipsoid Clustering Machine (ECM) that identifies conserved regions in mass spectrometry proteomic profiles obtained from control subjects and uses these to estimate classification boundaries based on sample variance. The software can also be used for visual inspection of data reproducibility. ECM was evaluated using mass spectrometry protein profiles obtained from serum of Hodgkin’s disease patients (HD) and control subjects. According to the leave-one-out cross validation, ECM completely separated both groups based only on the information derived from four selected mass spectral peaks. Classification details and a 3D graphical model showing the separation between the control subject cluster and HD patients is also presented. The software is available on the project website together with online interactive models of the dataset and an animation demonstrating the method

Considerações sobre proteômica no câncer gástrico

Submitted by Luciane Willcox ([email protected]) on 2017-04-11T19:19:32Z No. of bitstreams: 1 Considerations about gastric cancer proteomics.pdf: 626072 bytes, checksum: ad7ba958118ce570d3def56c2f39fd44 (MD5)Approved for entry into archive by Manoel Barata ([email protected]) on 2017-07-28T12:59:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Considerations about gastric cancer proteomics.pdf: 626072 bytes, checksum: ad7ba958118ce570d3def56c2f39fd44 (MD5)Made available in DSpace on 2017-07-28T12:59:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Considerations about gastric cancer proteomics.pdf: 626072 bytes, checksum: ad7ba958118ce570d3def56c2f39fd44 (MD5) Previous issue date: 2016Department of Pathology. Faculty of Medicine. Federal University of Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Department of Pathology. Faculty of Medicine. Federal University of Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Amazonas, AM, Brasil.Department of Surgery. Faculty of Medicine. Federal University of Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Department of Pathology. Faculty of Medicine. Federal University of Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.A frequência de estudos moleculares visando a analisar os promotores de metilação de genes supressores de tumor e proteômica globais na carcinogênese gástrica está aumentando. No entanto, apenas alguns consideraram os diferentes tipos de células do estômago, a localização do tumor e a influência da infecção por Helicobacter pylori e pelo vírus Epstein-Barr (EBV). Diferenças moleculares relacionadas com áreas tumorais anatômicas e histológicas também foram recentemente descritas. Os autores propõem uma classificação molecular de câncer gástrico, dividindo-o em quatro subtipos: tumores positivos para o EBV; tumores microssatélite instáveis; tumores genomicamente estáveis e tumores com instabilidade cromossômica.The frequency of molecular studies aimed to analyze promoter methylation of tumor suppressor genes and global proteomics in gastric carcinogenesis is increasing. Nonetheless, only a few considered the different types of stomach cells, the tumor location and the influence of Helicobacter pylori and Epstein Barr virus infection (EBV). Molecular differences relating to anatomical and histological tumor areas were also recently described. The authors propose a molecular classification of gastric cancer, dividing it into four subtypes: tumors positive for EBV; microsatellite unstable tumors; genomically stable tumors and tumors with chromosomal instability

Efeito do álcool perílico na expressão gênica de células de adenocarcinoma de pulmão humano Effect of perillyl alcohol on gene expression of human pulmonary adenocarcinoma cells

OBJETIVO: Estudar a ação do álcool perílico na expressão gênica de células de adenocarcinoma de pulmão humano. MÉTODOS: Incubaram-se células de adenocarcinoma de pulmão com álcool perílico em diluições que variaram entre 0,03% e 0,0003% por 48 horas. Observaram-se as alterações na morfologia celular e quantificou-se a viabilidade celular pelo método do MTT (3-(4,5-dimetiltiazol-2-yl)-2,5 difeniltertrazolim brometo). Analisou-se a síntese de proteínas das amostras previamente marcadas radioativamente com 35S, através de eletroforese em gel de poliacrilamida. Determinou-se a expressão das proteínas p53 e p42/44 através do método de Western Blot. RESULTADOS: Após 48 horas de incubação, observaram-se alterações na morfologia celular para a diluição de 0,03% de álcool perílico, as quais foram pouco verificadas em diluições superiores a 0,003%. A inibição da viabilidade celular foi de 60,17% (p OBJECTIVE: To study the effect of perillyl alcohol on the gene expression of human pulmonary adenocarcinoma cells. METHODS: Pulmonary adenocarcinoma cells were incubated with perillyl alcohol in dilutions ranging from 0.03% to 0.0003% for 48 hours. Alterations were observed in the cell morphology, and cell viability was quantified using [3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide] assays. Protein synthesis of samples previously targeted with S35 was analyzed using electrophoresis on a polyacrylamide gel. Expression of the proteins p53 and p44/42 was determined using the Western blot method. RESULTS: After 48 hours of incubation, greater nsumbers of morphological alterations were observed in cells treated with the 0.03% perillyl alcohol dilution than in those treated with perillyl alcohol diluted to 0.003% or further. Treatment with perillyl alcohol dilutions of 0.03%, 0.003% and 0.0003% inhibited cellular viability by 60.17% (p < 0.001), 15.62% (p < 0.001) and 11.53% (p < 0.05), respectively. The results show that 28-kDa, 42-kDa and 110-kDa proteins were induced. No statistically significant effect on p53 expression was observed. In comparison with the expression of alpha-tubulin, the 0.003% perillyl alcohol dilution induced an increase in p42 phosphorylation and a marked decrease in p44 phosphorylation. CONCLUSION: The results suggest that there are other, previously undescribed, metabolic pathways for perillyl alcohol effects in human pulmonary adenocarcinoma cells

Considerations about gastric cancer proteomics

ABSTRACT The frequency of molecular studies aimed to analyze promoter methylation of tumor suppressor genes and global proteomics in gastric carcinogenesis is increasing. Nonetheless, only a few considered the different types of stomach cells, the tumor location and the influence of Helicobacter pylori and Epstein Barr virus infection (EBV). Molecular differences relating to anatomical and histological tumor areas were also recently described. The authors propose a molecular classification of gastric cancer, dividing it into four subtypes: tumors positive for EBV; microsatellite unstable tumors; genomically stable tumors and tumors with chromosomal instability

Detecção de potenciais marcadores moleculares séricos da doença de Hodgkin

MOTIVAÇÃO: Neste trabalho foi analisado o perfil de proteínas séricas de pacientes com doença de Hodgkin (DH) localizada e avançada em busca de novos e potenciais biomarcadores para o diagnóstico médico. MATERIAIS E MÉTODOS: O perfil de proteínas presentes no soro de 14 indivíduos saudáveis, 14 pacientes com DH avançada e 15 pacientes com DH localizada, assim como pools de soro dos respectivos grupos, foi analisado em gel desnaturante de poliacrilamida a 12% corado pela prata. A densitometria e a intensidade média das bandas de interesse foram estudadas utilizando-se o Kodak 1D Scientific Imaging System. RESULTADOS E CONCLUSÕES: O perfil protéico apresentou acentuada variação entre os pacientes examinados; entretanto foi observada a indução predominante de determinadas proteínas (aproximadamente 26kDa e 18kDa), cuja expressão foi substancialmente diferente quando em comparação com os controles (p < 0,01). Estas proteínas podem potencialmente constituir-se em marcadores moleculares de acompanhamento da evolução e do tratamento da doença

Applications of formalin fixed paraffin-embedded tissue proteomics in the study of cancer

Submitted by Luciane Willcox ([email protected]) on 2016-10-03T13:45:20Z No. of bitstreams: 1 Applications of Formalin Fixed Paraffin.pdf: 2391243 bytes, checksum: feda99466885fc87415299073f9d1c5d (MD5)Approved for entry into archive by Luciane Willcox ([email protected]) on 2016-10-03T13:54:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Applications of Formalin Fixed Paraffin.pdf: 2391243 bytes, checksum: feda99466885fc87415299073f9d1c5d (MD5)Made available in DSpace on 2016-10-03T13:54:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Applications of Formalin Fixed Paraffin.pdf: 2391243 bytes, checksum: feda99466885fc87415299073f9d1c5d (MD5) Previous issue date: 2014-08-05CNPq, FAPERJ, Fundação do CâncerFundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Clementino Fraga Filho. Departamento de Patologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Clementino Fraga Filho. Departamento de Patologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica e Engenharia de Proteínas. Curitiba, PR, Brasil. / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Química. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Clementino Fraga Filho. Departamento de Patologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Clementino Fraga Filho. Departamento de Patologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Clementino Fraga Filho. Departamento de Patologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Among the many challenges in identifying novel tumoral diagnostic, prognostic, and personal therapy biomarkers we highlight the challenge of dealing with a single tumor’s molecular complexity and heterogeneity. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue specimens are commonly used by pathologists for diagnosing cancer; this material comprises a valuable resource for molecular studies addressing tumoral molecular profiles. Here we demonstrate the effectiveness of shotgun proteomics in assessing the cellular heterogeneity using FFPE tissues slides under three different scenarios: 1) Comparing astrocytoma grade I versus glioblastoma, 2) Assessing different morphological areas from the same histological slide of a glioblastoma and comparing the identifications with those from a fresh tissue, 3) Comparing two different histopathological profiles in the same patient’s liver: cirrhosis and cancer. Briefly, contents of FFPE slides were scraped, washed three times with xylene and then rehydrated in a grade ethanol series [100%, 90%(v/v), 70 % (v/v)]. A total of 100 µL of 0.2% (w/v) RapiGestTM in 50mM ammonium bicarbonate was then added to each sample. Tryptic digests were separated by reversed-phase capillary liquid chromatography coupled to nano-electrospray high-resolution mass spectrometry for identification. The samples were analyzed in technical replicates by LC-MS/MS on an Orbitrap XL. Our datasets enabled elucidating key tumoral regions allowing a better comprehension of such specific tumor areas; the identifications and raw data are available at http://max.ioc.fiocruz.br/julif/ffpecases