436 research outputs found
The Impact of Parallel Processing on Operating Systems
The base entity in computer programming is the process or task. The parallelism can be achieved by executing multiple processes on different processors. Distributed systems are managed by distributed operating systems that represent the extension for multiprocessor architectures of multitasking and multiprogramming operating systems.
The Pareto Principle in the Modern Economy
Despite of its age, the Pareto Principle is still a strong mechanism constantly used in quality control of projects from various areas, including the IT field.
Managing Software Development Projects, The Project Management Process
Software development projects are logically divided into phases that are composing the project life cycle. The name and number of these phases are industry dependent, so they are completely different from one field of activity to another. Typically, the phases are scheduled sequentially but in some cases a project may take clear advantages by running the phases concurrently.
Applications of Parallel Processing in Mobile Banking
The future of mobile banking will be represented by such applications that support mobile, Internet banking and EFT (Electronic Funds Transfer) transactions in a single user interface. In such a way, the mobile banking will be able to cover all the types of applications demanded at the market level. The parallel processing of credit card bank transactions could be performed with the help of a grid network. Excluding some limitations, the grid processing offers huge opportunities to exploit the parallelism. For this reason, a lot of applications of waiting queues in grid processing were developed in the last years. Grid networks represent a distinctive and very modern field of the parallel and distributed processing.mobile banking, electronic transactions, electronic funds transfer, mobile terminal, PDA, SSL, parallel processing, grid networks, clusters
Management of Software Development Projects
Any major software development starts with the Initiating process group. Once the charter document is approved, the Planning and then to the Executing stages will follow. Monitoring and Controlling is measuring the potential performance deviation of the project in terms of schedule and costs and performs the related Integrated Change Control activities. At the end, during the Closing, the program/project manager will check the entire work is completed and the objectives are met.
The ProCard mobile banking system
The mobile banking involves the use of some mobile telecommunication devices (such phones or PDAs - Personal Digital Assistants) in order to complete, in a secure manner, banking transactions (like payments, transfers, account information and so on). It doesn't matter where the user is physically located. Also, the hour when the services are requested is not important anymore, because, thanks to the internet banking, the offices are virtually opened 24 hours per day. The ProCard system represents a suite of applications used to perform mobile banking. It was intended to be a universal solution that allows EFT, Internet and mobile banking in a single package. No special software or hardware is requiredInternet banking, mobile banking, electronic transactions, electronic funds transfer, mobile terminal, PDA, SSL, parallel processing, grid networks, clusters of workstations, grid processing.
QUALITY METRICS FOR IT PROJECT MANAGEMENT
Using metrics and indicators for the evaluation of the IT projects management have the advantage of providing rigorous details about the required effort and the boundaries of the IT deliverables. There are some disadvantages, as well, due to the fact the input data contains errors and the value of metrics depends on the quality of data used in models. Despite of its age, the Pareto Principle is still a strong mechanism constantly used in quality control of projects from various areas, including the IT field.Project Management, Information Technology, Metrics, Pareto Principle
New methods for automated NMD data analysis and protein structure determination
Die Ermittlung von Proteinstukturen mittels NMR-Spektroskopie ist ein komplexer Prozess, wobei die Resonanzfrequenzen und die SignalintensitĂ€ten den Atomen des Proteins zugeordnet werden. Zur Bestimmung der rĂ€umlichen Proteinstruktur sind folgende Schritte erforderlich: die PrĂ€paration der Probe und 15N/13C Isotopenanreicherung, DurchfĂŒhrung der NMR Experimente, Prozessierung der Spektren, Bestimmung der Signalresonanzen ('Peak-picking'), Zuordnung der chemischen Verschiebungen, Zuordnung der NOESY-Spektren und das Sammeln von konformationellen Strukturparametern, Strukturrechnung und Strukturverfeinerung. Aktuelle Methoden zur automatischen Strukturrechnung nutzen eine Reihe von Computeralgorithmen, welche Zuordnungen der NOESY-Spektren und die Strukturrechnung durch einen iterativen Prozess verbinden. Obwohl neue Arten von Strukturparametern wie dipolare Kopplungen, Orientierungsinformationen aus kreuzkorrelierten Relaxationsraten oder Strukturinformationen, die sich in Gegenwart paramagnetischer Zentren in Proteinen ergeben, wichtige Neuerungen fĂŒr die Proteinstrukturrechnung darstellen, sind die Abstandsinformationen aus NOESY-Spektren weiterhin die wichtigste Basis fĂŒr die NMR-Strukturbestimmung. Der hohe zeitliche Aufwand des 'peak-picking' in NOESY-Spektren ist hauptsĂ€chlich bedingt durch spektrale Ăberlagerung, Rauschsignale und Artefakte in NOESY-Spektren. Daher werden fĂŒr das effizientere automatische 'Peak-picking' zuverlĂ€ssige Filter benötigt, um die relevanten Signale auszuwĂ€hlen. In der vorliegenden Arbeit wird ein neuer Algorithmus fĂŒr die automatische Proteinstrukturrechnung beschrieben, der automatisches 'Peak-picking' von NOESY-Spektren beinhaltet, die mit Hilfe von Wavelets entrauscht wurden. Der kritische Punkt dieses Algorithmus ist die Erzeugung inkrementeller Peaklisten aus NOESY-Spektren, die mit verschiedenen auf Wavelets basierenden Entrauschungsprozeduren prozessiert wurden. Mit Hilfe entrauschter NOESY-Spektren erhĂ€lt man Signallisten mit verschiedenen Konfidenzbereichen, die in unterschiedlichen Schritten der kombinierten NOE-Zuordnung/Strukturrechnung eingesetzt werden. Das erste Strukturmodell beruht auf stark entrauschten Spektren, die die konservativste Signalliste mit als weitgehend sicher anzunehmenden Signalen ergeben. In spĂ€teren Stadien werden Signallisten aus weniger stark entrauschten Spektren mit einer gröĂeren Anzahl von Signalen verwendet. Die Auswirkung der verschiedenen Entrauschungsprozeduren auf VollstĂ€ndigkeit und Richtigkeit der NOESY Peaklisten wurde im Detail untersucht. Durch die Kombination von Wavelet-Entrauschung mit einem neuen Algorithmus zur Integration der Signale in Verbindung mit zusĂ€tzlichen Filtern, die die Konsistenz der Peakliste prĂŒfen ('Network-anchoring' der Spinsysteme und Symmetrisierung der Peakliste), wird eine schnelle Konvergenz der automatischen Strukturrechnung erreicht. Der neue Algorithmus wurde in ARIA integriert, einem weit verbreiteten Computerprogramm fĂŒr die automatische NOE-Zuordnung und Strukturrechnung. Der Algorithmus wurde an der Monomereinheit der Polysulfid-Schwefel-Transferase (Sud) aus Wolinella succinogenes verifiziert, deren hochaufgelöste Lösungsstruktur vorher auf konventionelle Weise bestimmt wurde. Neben der Möglichkeit zur Bestimmung von Proteinlösungsstrukturen bietet sich die NMR-Spektroskopie auch als wirkungsvolles Werkzeug zur Untersuchung von Protein-Ligand- und Protein-Protein-Wechselwirkungen an. Sowohl NMR Spektren von isotopenmarkierten Proteinen, als auch die Spektren von Liganden können fĂŒr das 'Screening' nach Inhibitoren benutzt werden. Im ersten Fall wird die SensitivitĂ€t der 1H- und 15N-chemischen Verschiebungen des ProteinrĂŒckgrats auf kleine geometrische oder elektrostatische VerĂ€nderungen bei der Ligandbindung als Indikator benutzt. Als 'Screening'-Verfahren, bei denen Ligandensignale beobachtet werden, stehen verschiedene Methoden zur VerfĂŒgung: Transfer-NOEs, SĂ€ttigungstransferdifferenzexperimente (STD, 'saturation transfer difference'), ePHOGSY, diffusionseditierte und NOE-basierende Methoden. Die meisten dieser Techniken können zum rationalen Design von inhibitorischen Verbindungen verwendet werden. FĂŒr die Evaluierung von Untersuchungen mit einer groĂen Anzahl von Inhibitoren werden effiziente Verfahren zur Mustererkennung wie etwa die PCA ('Principal Component Analysis') verwendet. Sie eignet sich zur Visualisierung von Ăhnlichkeiten bzw. Unterschieden von Spektren, die mit verschiedenen Inhibitoren aufgenommen wurden. Die experimentellen Daten werden zuvor mit einer Serie von Filtern bearbeitet, die u.a. Artefakte reduzieren, die auf nur kleinen Ănderungen der chemischen Verschiebungen beruhen. Der am weitesten verbreitete Filter ist das sogenannte 'bucketing', bei welchem benachbarte Punkte zu einen 'bucket' aufsummiert werden. Um typische Nachteile der 'bucketing'-Prozedur zu vermeiden, wurde in der vorliegenden Arbeit der Effekt der Wavelet-Entrauschung zur Vorbereitung der NMR-Daten fĂŒr PCA am Beispiel vorhandener Serien von HSQC-Spektren von Proteinen mit verschiedenen Liganden untersucht. Die Kombination von Wavelet-Entrauschung und PCA ist am effizientesten, wenn PCA direkt auf die Wavelet-Koeffizienten angewandt wird. Durch die Abgrenzung ('thresholding') der Wavelet-Koeffizienten in einer Multiskalenanalyse wird eine komprimierte Darstellung der Daten erreicht, welche Rauschartefakte minimiert. Die Kompression ist anders als beim 'bucketing' keine 'blinde' Kompression, sondern an die Eigenschaften der Daten angepasst. Der neue Algorithmus kombiniert die Vorteile einer Datenrepresentation im Wavelet-Raum mit einer Datenvisualisierung durch PCA. In der vorliegenden Arbeit wird gezeigt, dass PCA im Wavelet- Raum ein optimiertes 'clustering' erlaubt und dabei typische Artefakte eliminiert werden. DarĂŒberhinaus beschreibt die vorliegende Arbeit eine de novo Strukturbestimmung der periplasmatischen Polysulfid-Schwefel-Transferase (Sud) aus dem anaeroben gram-negativen Bakterium Wolinella succinogenes. Das Sud-Protein ist ein polysulfidbindendes und transferierendes Enzym, das bei niedriger Polysulfidkonzentration eine schnelle Polysulfid-Schwefel-Reduktion katalysiert. Sud ist ein 30 kDa schweres Homodimer, welches keine prosthetischen Gruppen oder schwere Metallionen enthĂ€lt. Jedes Monomer enhĂ€lt ein Cystein, welches kovalent bis zu zehn Polysulfid-Schwefel (Sn 2-) Ionen bindet. Es wird vermutet, dass Sud die Polysulfidkette auf ein katalytischen MolybdĂ€n-Ion transferiert, welches sich im aktiven Zentrum des membranstĂ€ndigen Enzyms Polysulfid-Reduktase (Psr) auf dessen dem Periplasma zugewandten Seite befindet. Dabei wird eine reduktive Spaltung der Kette katalysiert. Die Lösungsstruktur des Homodimeres Sud wurde mit Hilfe heteronuklearer, mehrdimensionaler NMR-Techniken bestimmt. Die Struktur beruht auf von NOESY-Spektren abgeleiteten DistanzbeschrĂ€nkungen, RĂŒckgratwasserstoffbindungen und Torsionswinkeln, sowie auf residuellen dipolaren Kopplungen, die fĂŒr die Verfeinerung der Struktur und fĂŒr die relative Orientierung der Monomereinheiten wichtig waren. In den NMR Spektren der Homodimere haben alle symmetrieverwandte Kerne Ă€quivalente magnetische Umgebungen, weshalb ihre chemischen Verschiebungen entartet sind. Die symmetrische Entartung vereinfacht das Problem der Resonanzzuordnung, da nur die HĂ€lfte der Kerne zugeordnet werden mĂŒssen. Die NOESY-Zuordnung und die Strukturrechnung werden dadurch erschwert, dass es nicht möglich ist, zwischen den Intra-Monomer-, Inter-Monomer- und Co-Monomer- (gemischten) NOESY-Signalen zu unterscheiden. Um das Problem der Symmetrie-Entartung der NOESY-Daten zu lösen, stehen zwei Möglichkeiten zur VerfĂŒgung: (I) asymmetrische Markierungs-Experimente, um die intra- von den intermolekularen NOESY-Signalen zu unterscheiden, (II) spezielle Methoden der Strukturrechnung, die mit mehrdeutigen DistanzbeschrĂ€nkungen arbeiten können. Die in dieser Arbeit vorgestellte Struktur wurde mit Hilfe der Symmetrie-ADR- ('Ambigous Distance Restraints') Methode in Kombination mit Daten von asymetrisch isotopenmarkierten Dimeren berechnet. Die Koordinaten des Sud-Dimers zusammen mit den NMR-basierten Strukturdaten wur- den in der RCSB-Proteindatenbank unter der PDB-Nummer 1QXN abgelegt. Das Sud-Protein zeigt nur wenig Homologie zur PrimĂ€rsequenz anderer Proteine mit Ă€hnlicher Funktion und bekannter dreidimensionaler Struktur. Bekannte Proteine sind die Schwefeltransferase oder das Rhodanese-Enzym, welche beide den Transfer von einem Schwefelatom eines passenden Donors auf den nukleophilen Akzeptor (z.B von Thiosulfat auf Cyanid) katalysieren. Die dreidimensionalen Strukturen dieser Proteine zeigen eine typische a=b Topologie und haben eine Ă€hnliche Umgebung im aktiven Zentrum bezĂŒglich der Konformation des ProteinrĂŒckgrades. Die Schleife im aktiven Zentrum umgibt das katalytische Cystein, welches in allen Rhodanese-Enzymen vorhanden ist, und scheint im Sud-Protein flexibel zu sein (fehlende Resonanzzuordnung der AminosĂ€uren 89-94). Das Polysulfidende ragt aus einer positiv geladenen Bindungstasche heraus (Reste: R46, R67, K90, R94), wo Sud wahrscheinlich in Kontakt mit der Polysulfidreduktase tritt. Das strukturelle Ergebnis wurde durch Mutageneseexperimente bestĂ€tigt. In diesen Experimenten konnte gezeigt werden, dass alle AminosĂ€urereste im aktiven Zentrum essentiell fĂŒr die Schwefeltransferase-AktivitĂ€t des Sud-Proteins sind. Die Substratbindung wurde frĂŒher durch den Vergleich von [15N,1H]-TROSY-HSQC-Spektren des Sud-Proteins in An- und Abwesenheit des Polysulfidliganden untersucht. Bei der Substratbindung scheint sich die lokale Geometrie der Polysulfidbindungsstelle und der Dimerschnittstelle zu verĂ€ndern. Die konformationellen Ănderungen und die langsame Dynamik, hervorgerufen durch die Ligandbindung können die weitere Polysulfid-Schwefel-AktivitĂ€t auslösen. Ein zweites Polysulfid-Schwefeltransferaseprotein (Str, 40 kDa) mit einer fĂŒnffach höheren nativen Konzentration im Vergleich zu Sud wurde im Bakterienperiplasma von Wolinella succinogenes entdeckt. Es wird angenommen, dass beide Protein einen Polysulfid-Schwefel-Komplex bilden, wobei Str wĂ€ssriges Polysulfid sammelt und an Sud abgibt, welches den Schwefeltransfer zum katalytischen MolybdĂ€n-Ion auf das aktive Zentrum der dem Periplasma zugewandten Seite der Polysulfidreduktase durchfĂŒhrt. Ănderungen chemischer Verschiebungen in [15N,1H]-TROSY-HSQC-Spektren zeigen, dass ein Polysulfid-Schwefeltransfer zwischen Str und Sud stattfindet. Eine mögliche Protein-Protein-WechselwirkungsflĂ€che konnte bestimmt werden. In der Abwesenheit des Polysulfidsubstrates wurden keine Wechselwirkungen zwischen Sud und Str beobachtet, was die Vermutung bestĂ€tigt, dass beide Proteine nur dann miteinander wechselwirken und den Polysulfid-Schwefeltransfer ermöglichen, wenn als treibende Kraft Polysulfid prĂ€sent ist
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Any major software development starts with the Initiating process group. Once the charter document is approved, the Planning and then to the Executing stages will follow. Monitoring and Controlling is measuring the potential performance deviation of the project in terms of schedule and costs and performs the related Integrated Change Control activities. At the end, during the Closing, the program/project manager will check the entire work is completed and the objectives are met
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Despite of its age, the Pareto Principle is still a strong mechanism constantly used in quality control of projects from various areas, including the IT field
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