The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Caractérisation des contraintes chimiques dans les périmètres maraîchers des Niayes : cas du lac Wouye, littoral nord du Sénégal

Les Niayes sont des dépressions interdunaires intercalées entre le système dunaire ogolien fixé (dunes rouges) et le système dunaire semi-fixé (dunes jaunes). Ce sont des unités morphopédologiques posées sur une nappe peu profonde à subaffleurante ayant incorporé un matériau salé durant les transgressions du Quaternaire. Elles assurent plus de 50 % de la production maraîchère du Sénégal (Sy B. A. et al., 2022) et sont affectées par plusieurs contraintes de production notamment chimiques. L’objet de cette contribution est de mesurer la salinité et l’acidité des sols et des eaux dans les périmètres maraichers du lac Wouye. Elle vise à caractériser les contraintes chimiques sur les espèces cultivées et les espaces de culture dans cette partie des Niayes de la Grande Côte du Sénégal. Pour ce faire, un prélèvement de 20 échantillons de sols a été effectué en 2010 et en 2018 en vue d’une analyse de la CE et du pH. Trois échantillons d’eau du lac de 2007, de 2010 et de 2018 ont été aussi analysés. En sus, des enquêtes ont été menées sur le terrain pour déterminer le niveau de production actuelle et le comportement des cultures développées. Les indicateurs relevés de ces différentes recherches témoignent d’une salinisation et d’une alcalinisation des sols et des eaux source de vulnérabilité dans le lac Wouye. Même si les sols sont légèrement salés, la CE des eaux du lac qui inondent les parcelles de culture s’élève en 2018 à 12 000 µS/cm, le pH montre des sols très alcalins avec 9,26 pour les sols en 2018 et 8,28 pour les eaux du lac. Cela se traduit par une perte substantielle des aires de culture estimée à 92 ha, soit 90,2 % dans le lac Wouye en 2018. Ces contraintes chimiques limitent considérablement la production agricole dans les Niayes du lac Wouye

Annexe 23.1. Témoignage : le travail des enquêteurs sur le terrain

Le travail des enquêteurs sur le terrain, sans lequel aucun projet de recherche ne peut être réalisé, est rarement décrit dans les publications scientifiques. Ernest Faye, Bassirou Fall, Émile Ndiaye, et Samba Diatte ont bien voulu témoigner de l’évolution de leurs activités sur le terrain depuis les années 1960 et du rôle qu’ils ont joué sur chaque projet, dans des configurations associant diversement les enquêtes démographiques et de santé. Cette contribution collective met en lumière trois..

Quality assessment of malaria microscopic diagnosis at the Aristide Le Dantec University Hospital of Dakar, Senegal, in 2020

Abstract Background Following WHO guidelines, microscopy is the gold standard for malaria diagnosis in endemic countries. The Parasitology-Mycology laboratory (LPM) is the National Reference Laboratory and is currently undergoing ISO 15189 accreditation. In this context, we assessed the performance of the laboratory by confirming the reliability and the accuracy of results obtained in accordance with the requirements of the ISO 15189 standards. This study aimed to verify the method of microscopic diagnosis of malaria at the LPM, in the Aristide Le Dantec hospital (HALD) in Dakar, Senegal. Methods This is a validation/verification study conducted from June to August 2020. Twenty (20) microscopic slides of thick/thin blood smear with known parasite densities (PD) selected from the Cheick Anta Diop University malaria slide bank in Dakar were used for this assessment. Six (6) were used to assess microscopists’ ability to determine PD and fourteen (14) slides were used for detection (positive vs negative) and identification of parasites. Four (4) LPM-HALD microscopists read and recorded their results on prepared sheets. Data analysis was done with Microsoft Excel 2010 software. Results A minimum threshold of 50% concordance was used for comparison. Of the twenty (20) slides read, 100% concordance was obtained on eight (8) detection (positive vs negative) slides. Four (4) out of the six (6) parasite density evaluation slides obtained a concordance of less than 50%. Thirteen (13) out of the fourteen (14) identification slides obtained a concordance greater than 50%. Only one (1) identification slide obtained zero agreement from the microscopists. For species identification a concordance greater than 80% was noted and the microscopists obtained scores between 0.20 and 0.4 on a scale of 0 to 1 for parasite density reading. The microscopists obtained 100% precision, sensitivity, specificity and both negative and positive predictive values. Conclusion This work demonstrated that the microscopic method of malaria diagnosis used in the LPM/HALD is in accordance with the requirements of WHO and ISO 15189. Further training of microscopists may be needed to maintain competency

Niakhar, mémoires et perspectives

Fondé en 1962 en zone rurale à 150 km de Dakar, en pays Sereer, l'observatoire de Niakhar est le plus ancien observatoire de population en Afrique encore en activité. Au cœur d'une histoire scientifique et humaine originale, il a permis d'assurer, depuis sa création, le suivi sanitaire, démographique, social, économique et environnemental de plus de deux générations. Les résultats de recherche de Niakhar, avec des indicateurs suivis dans le temps long, ont éclairé et accompagné les politiques nationales et internationales en matière de santé, notamment pour la prévention du paludisme. En revisitant 50 années de recherche sur le site de Niakhar, cet ouvrage décrit et analyse la construction de cette plate-forme d'observation prospective pluridisciplinaire. Il illustre l'intérêt de l'approche sur le long terme dans les différents domaines de recherche et ouvre une réflexion sur les enjeux éthiques particuliers à cet instrument de collecte. Enfin, il propose des pistes d'évolution méthodologique et de gouvernance pour la recherche. Cette première synthèse sur l'observatoire de Niakhar permettra à l'État sénégalais et aux décideurs ouest-africains, avec les institutions internationales et les scientifiques, de disposer de bases concrètes pour optimiser ces plates-formes de recherche et les mobiliser dans la perspective des objectifs de développement durable

Risques climatiques et agriculture en Afrique de l’Ouest

Le futur de l’Afrique de l’Ouest dépend de la capacité du secteur de l’agriculture à s’adapter pour garantir la sécurité alimentaire dans un contexte de changement climatique et de croissance démographique. Pour faciliter cette adaptation, la recherche a déployé d’importants efforts pour améliorer les connaissances sur les mécanismes climatiques et leurs impacts sur les systèmes agropastoraux. Or, ces avancées issues de la recherche ne sont que rarement prises en compte dans la planification et la prise de décision. Partant de ce constat, un projet de recherche « Agriculture et gestion des risques climatiques : outils et recherches en Afrique », soutenu par le ministère français des Affaires étrangères et du Développement international est mené entre 2016 et 2018 dans plusieurs pays d’Afrique de l’Ouest. Il a pour objectif d’élaborer des outils efficaces de gestion du risque climatique pour les agriculteurs, en co-construisant avec des réseaux de chercheurs et d’acteurs directement impliqués dans l’accompagnement de l’agriculture des stratégies innovantes basées sur les résultats de la recherche. Cet ouvrage restitue les principales avancées de cette recherche-action sur trois thématiques prioritaires : les services climatiques pour l’agriculture, la gestion des ressources en eau et l’intensification écologique. Il permet aux acteurs du secteur agricole (organisations paysannes, filières, secteur privé agricole, banques de développement agricole, fournisseurs d’intrants, services agricoles et de météorologie) de s’approprier de nouvelles connaissances et de nouveaux outils pour une meilleure prise en compte des risques climatiques dans la gestion des systèmes de production