Estudos estruturais das enzimas envolvidas com o mecanismo de produção de ácidos orgânicos da bactéria G. Diazotrophicus utilizando métodos computacionais.

Ga5DH é uma enzima que exerce um papel fundamental na regulação do fluxo das fontes de carbono e energia nas bactérias, e na produção de Ácidos Orgânicos, entre eles o 5-Ceto-D-Gluconato (5KGA) [1,2]. Devido à importância deste ácido na indústria química [3], há um grande interesse em sua estrutura. Isto nos leva a apresentar a estrutura teórica de Ga5DH de Gluconacetobacter diazotrophicus, obtida com Modelagem por Homologia. Dez modelos foram gerados no programa MODELLER [4], baseados na estrutura de Gluconate 5- dehydrogenase de Streptococcus suis (PDB 3cxr), a única proteína Ga5DH resolvida experimentalmente até então.Trabalho apresentado na V Mostra de Trabalhos de Estagiários e Bolsistas, Campinas, out. 2009

Emerging biotechnologies: bioinformatics services applied to agriculture.

Abstract - Bioinformatics is an emergent biotechnological field of study marked by interdisciplinarity and complexity. It involves the application and development of computational tools to biological data in order to process, generate, and disseminate biological knowledge. Bioinformatics is characterized by an intense generation of data and information (configured as a context of big data and e-science), associated with the need for computational resources with high processing and storage capacities and highly qualified and interdisciplinary staff, often found only in academia. The objective of this paper is to describe the organizational model and collaborative innovation activities of the Bioinformatics Multi-user Laboratory (LMB, in the acronym in Portuguese). The LMB is a facility located at the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), the main Brazilian agricultural research public institute, formed by 46 Research and Service Centers distributed throughout Brazil and by several laboratories and business offices abroad, in America, Africa, Asia and Europe. Its mission involves to contribute to the advance of the frontier of knowledge in bioinformatics by: incorporating new technologies and enabling efficient solutions to the demands related to this field; providing access to high performance computing infrastructure and developing human skills. Considering the importance of biotechnology in the context of agricultural research, Embrapa implemented the LMB in 2011, with the purpose of increasing the efficiency of the use of computational, human and technological resources of Embrapa by providing access to bioinformatics computational resources, offering research collaboration possibilities and consultation on project design and biological data analysis. A case-study was conducted based on documentary research and interviews. The main findings of this research are: the description of the organizational model of LMB, the management team and roles; theservices it provides; its access policies and procedures of customer service.Altec 2015

Genetic variability and natural selection at the ligand domain of the Duffy binding protein in Brazilian Plasmodium vivax populations.

Background. Plasmodium vivax malaria is a major public health challenge in Latin America, Asia and Oceania, with 130-435 million clinical cases per year worldwide. Invasion of host blood cells by P. vivax mainly depends on a type I membrane protein called Duffy binding protein (PvDBP). The erythrocyte-binding motif of PvDBP is a 170 amino-acid stretch located in its cysteine-rich region II (PvDBPII), which is the most variable segment of the protein. Methods. To test whether diversifying natural selection has shaped the nucleotide diversity of PvDBPII in Brazilian populations, this region was sequenced in 122 isolates from six different geographic areas. A Bayesian method was applied to test for the action of natural selection under a population genetic model that incorporates recombination. The analysis was integrated with a structural model of PvDBPII, and T- and B-cell epitopes were localized on the 3-D structure. Results. The results suggest that: (i) recombination plays an important role in determining the haplotype structure of PvDBPII, and (ii) PvDBPII appears to contain neutrally evolving codons as well as codons evolving under natural selection. Diversifying selection preferentially acts on sites identified as epitopes, particularly on amino acid residues 417, 419, and 424, which show strong linkage disequilibrium. Conclusions. This study shows that some polymorphisms of PvDBPII are present near the erythrocyte-binding domain and might serve to elude antibodies that inhibit cell invasion. Therefore, these polymorphisms should be taken into account when designing vaccines aimed at eliciting antibodies to inhibit erythrocyte invasion

Termos técnicos úteis na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa: uma compilação de definições.

Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Informática Agropecuária", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram ativamente membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biblioteconomia aplicada a dados, em especial, na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Neste documento estão reunidos os principais termos catalográficos utilizados na linguagem corrente e empregados por catalogadores. A publicação tem o propósito de apoiar os catalogadores - autores de datasets e bibliotecários, entre outros atores -, na compreensão e apropriação dos principais conceitos e definições, sobretudo no processo de representação descritiva. Além de contribuir para o mapeamento da linguagem corrente praticada pelos catalogadores e demais interessados na catalogação de datasets ômicos, a obra beneficiará diretamente a implementação de boas práticas de catalogação. Ademais, esta compilação de termos é uma contribuição efetiva para a implementação do processo de gestão de dados biológicos na Embrapa, pois além do seu valor intrínseco, é também um documento complementar às orientações para catalogação de datasets no Redape, publicadas na série Documentos, pela Embrapa Agricultura Digital. Destaca-se, ainda, a contribuição desta compilação de termos técnicos para o processo de gestão de dados de pesquisa na Embrapa, visto que oferece um recurso adicional no apoio a ações de capacitação e divulgação, previstas na Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa (PGDIC)

Termos de Biologia e áreas afins úteis na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa: uma compilação de definições.

Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Agricultura Digital", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram os membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biologia, Bioquímica, Biologia Molecular e Bioinformática, especialmente voltado para catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Neste documento estão reunidos os principais termos biológicos utilizados na linguagem corrente e empregados por catalogadores de datasets ômicos. A publicação tem o propósito de apoiar os catalogadores - autores de datasets e bibliotecários, entre outros atores -, na compreensão e apropriação das principais definições, em apoio ao processo de representação descritiva. Além de contribuir para o mapeamento da linguagem corrente praticada pelos catalogadores e demais interessados na catalogação de datasets ômicos, a obra beneficiará diretamente a implementação de boas práticas de catalogação. Ademais, esta compilação de termos é uma contribuição efetiva para a imple-mentação do processo de gestão de dados biológicos na Embrapa, pois além do seu valor intrínseco, é também uma fonte de informação complementar às orientações para catalogação de datasets no Redape, publicadas na série Documentos, pela Embrapa Agricultura Digital. Destaca-se, ainda, o mérito desta obra que arrola 378 verbetes, acompanhados de definições extraídas da literatura científica, as quais se encontravam dispersas em diferentes fontes bibliográficas e que, a partir de agora, estão reunidas em uma única publicação. O documento traz também uma contribuição para o processo de gestão de dados de pesquisa, visto que oferece à comunidade científica um recurso adicional no apoio a ações de capacitação e divulgação, previstas na Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa (PGDIC)

Open access resources for genome-wide association mapping in rice.

Increasing food production is essential to meet the demands of a growing human population, with its rising income levels and nutritional expectations. To address the demand, plant breeders seek new sources of genetic variation to enhance the productivity, sustainability and resilience of crop varieties. Here we launch a high-resolution, open-access research platform to facilitate genome-wide association mapping in rice, a staple food crop. The platform provides an immortal collection of diverse germplasm, a high-density single-nucleotide polymorphism data set tailored for gene discovery, well-documented analytical strategies, and a suite of bioinformatics resources to facilitate biological interpretation. Using grain length, we demonstrate the power and resolution of our new high-density rice array, the accompanying genotypic data set, and an expanded diversity panel for detecting major and minor effect QTLs and subpopulation-specific alleles, with immediate implications for rice improvement.Article number:10532

The evolution of galaxies and clusters at high spatial resolution with AXIS

Stellar and black hole feedback heat and disperse surrounding cold gas clouds, launching gas flows off circumnuclear and galactic disks and producing a dynamic interstellar medium. On large scales bordering the cosmic web, feedback drives enriched gas out of galaxies and groups, seeding the intergalactic medium with heavy elements. In this way, feedback shapes galaxy evolution by shutting down star formation and ultimately curtailing the growth of structure after the peak at redshift 2-3. To understand the complex interplay between gravity and feedback, we must resolve both the key physics within galaxies and map the impact of these processes over large scales, out into the cosmic web. The Advanced X-ray Imaging Satellite (AXIS) is a proposed X-ray probe mission for the 2030s with arcsecond spatial resolution, large effective area, and low background. AXIS will untangle the interactions of winds, radiation, jets, and supernovae with the surrounding ISM across the wide range of mass scales and large volumes driving galaxy evolution and trace the establishment of feedback back to the main event at cosmic noon.Comment: 29 pages, 18 figures; this white paper is part of a series commissioned for the AXIS Probe mission concep