KOMODO2 - Large-scale genomic inference.

ISCB-Latin America 2014. Pôster D16

Desenvolvimento de software para a detecção de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva.

O presente trabalho descreve o desenvolvimento de um software para a busca por grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva. Nesse trabalho, desenvolveu-se um software em perl para integrar diversos softwares de terceiros capazes de realizar as tarefas individuais para a detecção de genes sob evidência de seleção positiva, conforme resumido na Figura 1

POTION: um software paralelizado para a detecção de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em escala genômica.

O presente trabalho descreve o desenvolvimento do software POTION (POsitive selecTION) para a busca por grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva

In vitro fibrin clot formation and fibrinolysis using heterozygous plasma fibrinogen from gamma Asn319, Asp320 deletion dysfibrinogen, Otsu I

ArticleTHROMBOSIS RESEARCH. 118(5): 651-661 (2006)journal articl

Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos.

A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos ao longo do tempo em ambos os genomas no que se refere aos genes envolvidos na relação molecular parasito-hospedeiro. Genes evoluindo sob esse tipo de pressão seletiva no sistema parasita-hospedeiro muitas vezes apresentam uma freqüência de mutações não-sinônimas e sinônimas mais elevada do que a da vasta maioria dos outros genes destes genomas, fenômeno este denominado seleção positiva. Assim, dentre todos os genes observados no genoma de hospedeiros e parasitas, genes sob evidência de seleção positiva são ótimos candidatos a genes envolvidos no relação ecológica de parasitismo. Entretanto, o software existente para o cálculo de seleção positiva é computacionalmente custoso, tornando proibitivo a busca por seleção positiva em escala genômica. Nesse cenário, o presente trabalho descreve um software que faz uso de paralelização para permitir a busca por seleção positiva em escala genômica em tempo exequível.CIIC 2012. No 12612

Anterior subtemporal approach for posteriorly projecting posterior communicating artery aneurysms

The original publication is available at www.springerlink.com.ArticleNeurosurgical Review. 30(3): 203-207 (2007)journal articl

POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes.

We present POTION, an open source, modular and end-to-end software for genome-scale detection of positive Darwinian selection in groups of homologous coding sequences. Our software represents a key step towards genome-scale, automated detection of positive selection, from predicted coding sequences and their homology relationships to high-quality groups of positively selected genes.X-meeting 2015

Traumatic middle cerebral artery aneurysm: case report and review of the literature

The original publication is available at www.springerlink.comArticleNEUROSURGICAL REVIEW. 30(3): 263-267 (2007)journal articl

Glycan shifting on hepatitis C virus (HCV) E2 glycoprotein is a mechanism for escape from broadly neutralizing antibodies

Hepatitis C virus (HCV) infection is a major cause of liver disease and hepatocellular carcinoma. Glycan shielding has been proposed to be a mechanism by which HCV masks broadly neutralizing epitopes on its viral glycoproteins. However, the role of altered glycosylation in HCV resistance to broadly neutralizing antibodies is not fully understood. Here, we have generated potent HCV neutralizing antibodies hu5B3.v3 and MRCT10.v362 that, similar to the previously described AP33 and HCV1, bind to a highly conserved linear epitope on E2. We utilize a combination of in vitro resistance selections using the cell culture infectious HCV and structural analyses to identify mechanisms of HCV resistance to hu5B3.v3 and MRCT10.v362. Ultra deep sequencing from in vitro HCV resistance selection studies identified resistance mutations at asparagine N417 (N417S, N417T and N417G) as early as 5 days post treatment. Comparison of the glycosylation status of soluble versions of the E2 glycoprotein containing the respective resistance mutations revealed a glycosylation shift from N417 to N415 in the N417S and N417T E2 proteins. The N417G E2 variant was glycosylated neither at residue 415 nor at residue 417 and remained sensitive to MRCT10.v362. Structural analyses of the E2 epitope bound to hu5B3.v3 Fab and MRCT10.v362 Fab using X-ray crystallography confirmed that residue N415 is buried within the antibody–peptide interface. Thus, in addition to previously described mutations at N415 that abrogate the β-hairpin structure of this E2 linear epitope, we identify a second escape mechanism, termed glycan shifting, that decreases the efficacy of broadly neutralizing HCV antibodies