Note technique et d'expertise (version courte) : « Indice Diatomique Antilles : Vers l'IDA-2 (10-04-2019)

Fiche techniqueL'évaluation de l'état écologique (EEE) des cours d'eau des Antilles Françaises, comme celle des pays de l'Europe continentale et des autres DOM, doit être réalisée en conformité avec la Directive Communautaire sur l'Eau (DCE). Cependant, le contexte biogéographique particulier des Antilles, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole, a nécessité la mise en place d'un programme spécifique de recherche-développement de 4 à 5 ans qui a conduit, en 2014, à la mise en place de l'IDA. Cet indice, passé dans le domaine réglementaire via l'Arrêté Evaluation du 27 Juillet 2015, est maintenant utilisé en routine dans le cadre des réseaux de surveillance et donne des résultats d'évaluation plutôt satisfaisants. Cependant, suite au premier programme, la connaissance des assemblages naturels locaux manquait encore d'un peu de recul historique et, dans des séquences bioclimatiques particulières (ex : 2018), il est possible de trouver des effectifs significatifs d'espèces nouvelles ou trop peu connues, qui n'avaient pas été prises en compte dans le calcul de l'indice et qui viennent altérer la confiance dans les résultats de certains calculs indiciels. La présente note d'expertise en version raccourcie, établie à la demande de l'Office de l'Eau de la Martinique, fait un point actualisé des problèmes rencontrés qui, comme pour toute méthode biologique récente, conduisent à recommander dès que possible une actualisation de cet indice permettant, grâce au recul-données plus important actuellement disponible, la prise en compte d'un nombre accru d'espèces indicielles. Comme indiqué, le re-versionnage pourrait être réalisé : 1) en procédant à l'identique par rapport à la première démarche d'élaboration, ce qui conduirait à un IDA-2 fonctionnant à nouveau sur un principe de fonctionnement composite ; ou alors, 2) à s'orienter vers une logique de bio-indication plutôt multi-métrique, récemment utilisée pour établir les 2 nouveaux indices diatomiques de Nouvelle-Calédonie (2017) et de Guyane (début 2019). Sur la base d'une quantité de travail comparable, l'alternative envisagée aurait l'avantage pour les décideurs et gestionnaires d'être plus scientifiquement actuelle et d'ouvrir sur des possibilités de diagnostic très directement en phase avec l'évaluation d'état écologique réalisée. La fin de la note aborde le calage dans le temps des réalisations au cas où cette action puisse se mettre en place en 2020

Note technique et d'expertise « Indice Diatomique Antilles : Vers l'IDA-2 (29-03-2019)

Fiche techniqueL'évaluation de l'état écologique (EEE) des cours d'eau des Antilles Françaises, comme celle des pays de l'Europe continentale et des autres DOM, doit être réalisée en conformité avec la Directive Communautaire sur l'Eau (DCE). Cependant, le contexte biogéographique particulier des Antilles, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole, a nécessité la mise en place d'un programme spécifique de recherche-développement de 4 à 5 ans qui a conduit, en 2014, à la mise en place de l'IDA. Cet indice, passé dans le domaine réglementaire via l'Arrêté Evaluation du 27 Juillet 2015, est maintenant utilisé en routine dans le cadre des réseaux de surveillance et donne des résultats d'évaluation plutôt satisfaisants. Cependant, suite au premier programme, la connaissance des assemblages naturels locaux manquait encore d'un peu de recul historique et, dans des séquences bioclimatiques particulières (ex : 2018), il est possible de trouver des effectifs significatifs d'espèces nouvelles ou trop peu connues, qui n'avaient pas été prises en compte dans le calcul de l'indice et qui viennent altérer la confiance dans les résultats de certains calculs indiciels. La présente note détaillée fait un point actualisé des problèmes rencontrés qui, comme pour toute méthode biologique récente, conduisent à recommander dès que possible une actualisation de cet indice permettant, grâce au recul-données plus important actuellement disponible, la prise en compte d'un nombre accru d'espèces indicielles. Comme indiqué, le re-versionnage pourrait être réalisé : 1) en procédant à l'identique par rapport à la première démarche d'élaboration, ce qui conduirait à un IDA-2 fonctionnant à nouveau sur un principe de fonctionnement composite ; ou alors, 2) à s'orienter vers une logique de bio-indication plutôt multi-métrique, récemment utilisée pour établir les 2 nouveaux indices diatomiques de Nouvelle-Calédonie (2017) et de Guyane (début 2019). Sur la base d'une quantité de travail comparable, l'alternative envisagée aurait l'avantage pour les décideurs et gestionnaires d'être plus scientifiquement actuelle et d'ouvrir sur des possibilités de diagnostic très directement en phase avec l'évaluation d'état écologique réalisée

Evaluation de l'état écologique des cours d'eau de Guyane : Un nouvel indice diatomique pour la Guyane Française (l'IDGF): Rapport final (V1 du 30-04-2019)

The Water Framework Directive (WFD) requires European Union Member States to monitor the ecological quality of their water bodies through the study of key biological compartments in the aquatic environment. French Guiana is an Overseas Department (DOM) located in the Amazonian part of South America. Despite its geographical remoteness, this department is a European territory like all the other French overseas departments and is therefore subject to the requirements of the WFD. Previous works over the past decade, notably on the diatom compartment, have led to the development of several new biological indexes specifically adapted to the biogeographic conditions (geological substrates, climate, local fauna and flora) of each of these overseas territories. However, work progressed at a slower rate on the diatoms of French Guiana, due to the particular natural conditions that lead to very specific and still largely unknown diatomic communities. Since no more appropriate system was available, an evaluation system based on a local adaptation of the Specific Polluosensitivity Index (SPI) has been previously set up to access the ecological state of French Guiana's watercourses (see the French Evaluation Decree of 27 July 2015), despite obvious weaknesses linked to the biogeographical mismatch of the ecological profiles of many taxa (based on the worldwide scale) inside this index. However, the regular increase in the quantity of data gathered through Guianese monitoring networks over the past 9 years, as well as the progress made on diatom taxonomy, allowed the development of the 2017-2018 present study leading to the development of the new French Guiana Diatom Index (FGDI or IDGF in French). Inspired by the experience of previous diatomic indices developed in other French overseas departments, a methodology adapted to the Guianese context has been developed based on (i) a reduction in the number of taxa taken into account in diatom communities and on (ii) the search for warning taxa in a multimetric approach. This approach leads to a WFD-compatible index (which integrates deviation from regional references) providing results that are relevant, according to the opinion of local experts, and consistent with the natural context and anthropogenic activities encountered in French Guiana. The French Guiana Diatom Index thus produced is a first version, stabilized in its conception but perfectible in the years to come, notably by the acquisition of more data: 1) under intermediate anthropogenic impact (where little information was available in this first study); 2) in fluvial lentic zones; 3) as well as by the continuation of calibration works for the relevant evaluation of the sites under intermittent haline influence. The improvement of the index's response stability and the resolution of its perfectible aspects are directly linked to the incrementation of new data coming from the future WFD monitoring networks, but also to the acquisition of additional data specifically acquired for a better illustration of the above described.La Directive Cadre sur l'Eau (DCE) impose aux états membres de l'Union Européenne un suivi de la qualité écologique de leurs masses d'eau via l'étude de compartiments biologiques clés du milieu aquatique. La Guyane Française est un Département d'Outre-Mer (DOM) situé dans la partie Amazonienne de l'Amérique du sud. Ce département, malgré son éloignement, est un territoire européen comme tous les autres DOM et est donc soumis aux prescriptions de la DCE. Les travaux de la dernière décennie, notamment sur le compartiment diatomique, ont mené à l'élaboration de plusieurs nouveaux indices biologiques spécifiquement adaptés aux conditions biogéographiques (substrats géologiques, climat, faune et flore locale) de chacun de ces territoires ultramarins. Cependant, la conception d'un indice diatomique spécifique à la Guyane a connu une progression plus lente, du fait des conditions naturelles particulières qui mènent à des cortèges diatomiques très spécifiques et encore fortement méconnus. En l'absence d'un dispositif plus adapté, un système réglementaire d'évaluation basé sur une adaptation locale de l'IPS a été mis en place pour mesurer l'État Écologique des cours d'eau de Guyane (cf. Arrêté Évaluation du 27 Juillet 2015), malgré des faiblesses évidentes liées au décalage biogéographique du profil de beaucoup de taxons de l'IPS, établis à partir de données mondiales. Cependant, l'augmentation progressive des référentiels capitalisés dans le cadre des réseaux de suivi Guyanais sur ces 9 dernières années, ainsi que les progrès réalisés sur la taxonomie, ont rendu possible la réalisation de la présente étude 2017-2018 visant à l'élaboration d'un nouvel Indice Diatomique pour la Guyane Française (IDGF). En tirant les enseignements adéquats des précédents indices diatomiques élaborés dans d'autres DOM-COM, une méthodologie adaptée au contexte Guyanais a été développée en se basant (i) sur une réduction du nombre de taxons pris en compte dans les assemblages et (ii) sur la recherche de taxons d'alerte dans une optique multimétrique. Cette approche a permis la conception d'un indice qui présentant une évaluation écologique compatible avec les préconisations de la DCE (notion d'écart à une référence régionale) et donnant des résultats pertinents, selon l'avis des experts locaux, et cohérents par rapport au contexte naturel et aux activités anthropiques rencontrés en Guyane. L'indice Diatomique de Guyane Française ainsi produit est une première version stabilisée dans sa conception mais perfectible dans les années à venir, notamment par l'acquisition de plus de données : 1) en conditions d'altération intermédiaires (où très peu d'informations ont pu être mobilisées dans cette première étude), 2) en zones lentiques fluviales, ainsi que 3) par la poursuite de travaux de calibration pour l'évaluation pertinente des sites subissant des influences halines intermittentes. L'amélioration de la stabilité de réponse de l'indice et la résolution de ses aspects perfectibles sont directement liés à l'incrémentation de nouvelles données issues des futurs réseaux de suivis DCE, mais aussi à l'acquisition de données complémentaires spécifiquement acquises pour mieux illustrer des situations environnementales particulières précitées

Mise au point de l'IDGF pour l'évaluation de l'état écologique des cours d'eau de Guyane Française

National audienceLa Directive Cadre sur l'Eau (DCE) impose aux états membres de l'Union Européenne un suivi de la qualité écologique de leurs masses d'eau utilisant différents compartiments biologiques-clés du milieu aquatique. Cette obligation doit aussi s'appliquer dès que possible dans certains territoires ultramarins des Pays-Membres, dont les DOM Français. La Guyane Française, située en zone équatoriale dans la partie Amazonienne de l'Amérique du Sud, est donc soumise à cette obligation. Cependant, une difficulté locale particulière se pose ici pour la mise au point d'outils de bio-indication, du fait de son isolement vis-à-vis d'autres zones équatoriales qui a occasionné un fort endémisme et un important déficit de connaissance des espèces locales. Sur le plan local, les cours d'eau sont officiellement évalués depuis début 2016 à partir d'un dispositif d'évaluation diatomique transitoire reposant sur une adaptation locale de l'IPS (Coste, 1982), indice diatomique mondial dont certains profils spécifiques se trouvent en décalage avec les conditions locales et dont d'autres, pour raison de fort endémisme, n'existent pas forcément (avec un recours fréquent à l'utilisation du profil au genre). Le présent programme, mené dans le cadre d'un partenariat entre Irstea et les Bureaux d'Etude Asconit (tombé depuis en faillite) et Hydreco Guyane, avec le soutien de l'AFB, de l'Office de l'Eau Guyane et de la DEAL Guyane, avait donc pour but de mettre au point un nouvel indice diatomique adapté aux conditions particulières de Guyane, à partir de jeux de données abiotiques et diatomiques acquis localement. Des doublets de données acquises entre les années 2012 et 2017 sur 189 sites différents, dans le cadre des réseaux de surveillance et d'études particulières, ont ainsi servi à la prise de connaissance des gradients abiotiques présents sur les systèmes naturels de ce département, ainsi des gradients de pollution occasionnés par différentes activités anthropiques (agriculture, urbanisation, pollutions domestiques et industrielles, foresterie, carrières, orpaillage...). La présente communication vise à faire le point avec l'ONB et le Ministère de l'Ecologie / Direction de l'Eau, de la démarche d'élaboration suivie pour la genèse du nouvel outil indiciel (l'Indice Diatomique de Guyane Française, ou IDGF) produit dans le cadre de cu programme "Mise au point d'un nouvel indice diatomique pour les cours d'eau de Guyane" (Fiche-Action AFB-Irstea N° 87 (2017-2018), à partir de données strictement issues de Guyane. Cette réunion a par ailleurs l'objectif d'organiser les opérations utiles pour le transfert de ce nouvel outil vers le domaine opérationnel, dans le cadre d'une nouvelle Fiche-Action ONB-INRAE N°3 : "Transfert Opérationnel de l'IDGF" (2019-2021). En tirant les enseignements des démarches d'élaboration des précédents indices diatomiques mis en place dans le contexte d'autres DOM-COM (Réunion, Antilles, Nouvelle-Calédonie), une méthodologie efficiente et bien adaptée au contexte Guyanais a été développée en se basant sur : 1) une réduction du nombre de taxons pris en compte dans les assemblages (sur 1648 taxons différents identifiés au cours de ce programme, 446 taxons "indiciels" sont effectivement pris en compte dans le calcul du nouvel IDGF) et 2) la recherche de taxons d'alerte, qui ont pu être sélectionnés à l'aide du logiciel TITAN vis-à-vis de 11 mono-gradients environnementaux (DBO5, PO4, NO3, NH4 etc...). L'outil mobilise et agrège les résultats des métriques unitaires de réponse des communautés diatomiques aux 11 paramètres abiotiques susceptibles de subir une altération en liaison avec les différentes catégories d'impacts anthropiques rencontrés en Guyane. Sa formulation finale est donc multimétrique. Outre la mesure de la déviation d'état écologique telle que requise par la mise en application de la DCE, la construction de cet indice ouvre vers une utilisation directe pour le diagnostic plus détaillé d'impact(s) anthropique(s), à partir d'une utilisation cohérente de la même information que celle utilisée pour l'évaluation. Selon l'avis des experts locaux, ce nouvel outil donne des résultats cohérents et plus pertinents que l'IPS par rapport au contexte naturel et aux activités anthropiques rencontrés en Guyane

Evaluation de l'état écologique des cours d'eau de Guyane : L'indice Diatomique pour la Guyane Française (IDGF)

International audienceLa Directive Cadre sur l'Eau (DCE) impose aux états membres de l'Union Européenne un suivi de la qualité écologique de leurs masses d'eau via l'étude de compartiments biologiques clés du milieu aquatique. La Guyane Française est un Département d'Outre-Mer (DOM) situé dans la partie Amazonienne de l'Amérique du sud. Ce département, malgré son éloignement, est un territoire européen comme tous les autres DOM et est donc soumis aux prescriptions de la DCE. Les travaux de la dernière décennie, notamment sur le compartiment diatomique, ont mené à l'élaboration de plusieurs nouveaux indices biologiques spécifiquement adaptés aux conditions biogéographiques (substrats géologiques, climat, faune et flore locale) de chacun de ces territoires ultramarins. Cependant, la conception d'un indice diatomique spécifique à la Guyane a connu une progression plus lente, du fait des conditions naturelles particulières qui mènent à des cortèges diatomiques très spécifiques et encore fortement méconnus. En l'absence d'un dispositif plus adapté, un système réglementaire d'évaluation basé sur une adaptation locale de l'IPS a été mis en place pour mesurer l'État Écologique des cours d'eau de Guyane (cf. Arrêté Évaluation du 27 Juillet 2015), malgré des faiblesses évidentes liées au décalage biogéographique du profil de beaucoup de taxons de l'IPS, établis à partir de données mondiales. Cependant, l'augmentation progressive des référentiels capitalisés dans le cadre des réseaux de suivi Guyanais sur ces 9 dernières années, ainsi que les progrès réalisés sur la taxonomie, ont rendu possible la réalisation de la présente étude 2017-2018 visant à l'élaboration d'un nouvel Indice Diatomique pour la Guyane Française (IDGF). En tirant les enseignements adéquats des précédents indices diatomiques élaborés dans d'autres DOM-COM, une méthodologie adaptée au contexte Guyanais a été développée en se basant (i) sur une réduction du nombre de taxons pris en compte dans les assemblages et (ii) sur la recherche de taxons d'alerte dans une optique multimétrique. Cette approche a permis la conception d'un indice qui présente une évaluation écologique compatible avec les préconisations de la DCE (notion d'écart à une référence régionale) et donne des résultats pertinents, selon l'avis des experts locaux, et cohérents par rapport au contexte naturel et aux activités anthropiques rencontrés en Guyane

Evaluation de l'état écologique des cours d'eau de Guyane : L'indice Diatomique pour la Guyane Française (IDGF)

National audienceLa Directive Cadre sur l'Eau (DCE) impose aux états membres de l'Union Européenne un suivi de la qualité écologique de leurs masses d'eau via l'étude de compartiments biologiques clés du milieu aquatique, cette obligation ayant aussi force d'application dans certains territoires ultramarins des Pays-Membres, dont les DOM Français. La Guyane Française, située en zone équatoriale dans la partie Amazonienne de l'Amérique du Sud, est soumise à cette obligation. Cependant, il se pose ici une difficulté particulière pour la mise au point d'outils de bio-indication, du fait de son isolement d'autres zones équatoriales ayant conduit à un fort endémisme et à un déficit de connaissance des espèces locales. Sur le plan diatomique, les cours d'eau sont officiellement évalués depuis début 2016 à partir d'un dispositif transitoire reposant sur une adaptation locale de l'IPS (Coste, 1982), indice diatomique mondial dont certains profils spécifiques se trouvent en décalage avec les conditions locales, et dont d'autres n'existent pas forcément pour les nombreuses espèces endémiques (avec un recours fréquent à l'utilisation du profil au genre). Le présent programme, mené dans le cadre d'un partenariat entre Irstea et les Bureaux d'Etude Asconit (tombé depuis en faillite) et Hydreco Guyane, avec l'appui de l'AFB, de l'Office de l'Eau Guyane et de la DEAL Guyane, avait donc pour but de mettre au point un nouvel indice diatomique adapté aux conditions particulières de Guyane, à partir de jeux de données abiotiques et diatomiques acquis localement. Des doublets de données acquises sur 189 sites dans le cadre des réseaux de surveillance et d'études particulières, entre les années 2012 et 2017 ont ainsi servi à la prise de connaissance des gradients abiotiques présents sur les systèmes naturels de ce département, ainsi des gradients de pollution occasionnés par différentes activités anthropiques (agriculture, urbanisation, pollutions domestiques et industrielles, foresterie, carrières, orpaillage...). La présente communication vise à présenter aux partenaires locaux de Bassin, à l'occasion d'une mission terrain sur place de la diatomiste Anne Eulin (Hydreco Guyane), la démarche d'élaboration qui a été suivie, ainsi que le nouvel outil indiciel (l'Indice Diatomique de Guyane Française, ou IDGF) produit dans le cadre de ce programme, à partir de données strictement issues de Guyane. En tirant les enseignements des démarches d'élaboration des précédents indices diatomiques produits pour d'autres DOM-COM (Réunion, Antilles, Nouvelle-Calédonie), une méthodologie efficiente et bien adaptée au contexte Guyanais a été développée en se basant sur : 1) une réduction du nombre de taxons pris en compte dans les assemblages (partant de 1648 taxons différents identifiés au cours du programme, 446 taxons indiciels ont été effectivement pris en compte dans le nouvel IDGF) et 2) la recherche de taxons d'alerte, sélectionnés à l'aide du logiciel TITAN vis-à-vis de 11 mono-gradients environnementaux (DBO5, PO4, NO3, NH4 etc...). L'outil mobilise et agrège les résultats des métriques unitaires de réponse des communautés diatomiques aux 11 paramètres abiotiques susceptibles de subir une altération du fait des différentes catégories d'impacts anthropiques rencontrés en Guyane. Sa formulation finale est donc multimétrique. Outre la mesure de la déviation d'état écologique telle que requise par la mise en application de la DCE, la construction de cet indice ouvre vers une utilisation directe pour le diagnostic plus détaillé d'impact(s) anthropique(s), à partir d'une utilisation cohérente de la même information que celle utilisée pour l'évaluation. Selon l'avis des experts locaux, ce nouvel outil donne des résultats pertinents et cohérents par rapport au contexte naturel et aux activités anthropiques rencontrés en Guyane

Un nouvel indice multimétrique pour l'évaluation de l'état écologique des cours d'eau de Guyane Française basé sur les diatomées benthiques

International audienceThe Water Framework Directive (WFD) requires European Union Member States to monitor the ecological quality of their water bodies through the responses of key biological compartments to anthropogenic alteration in the aquatic environment. French Guiana is a French overseas department located in the Amazonian part of South America. Despite its geographical remoteness, this department is a European territory like all the other French overseas departments and is therefore subjected to the requirements of the WFD. Previous work over the past decade, especially on benthic diatoms, have led to the development of several new biological indices specifically adapted to the biogeographic conditions (geological substrates, climate, local fauna and flora) of each of these overseas territories. However, work has progressed at a slower rate on the diatoms of French Guiana, due to the particular natural conditions that lead to very specific and still largely unknown diatomic communities. Since no convenient local system was available, an evaluation system based on a local adaptation of a generalist diatom index (SPI) has been previously set up to assess the ecological state of French Guiana's watercourses, despite obvious weaknesses linked to the biogeographical mismatch of the ecological profiles of many taxa. The increase in the quantity of data gathered through Guyanese monitoring networks over the past 9 years, as well as the progress made on diatom taxonomy, allowed the development of the new French Guiana Diatomic Index (FGDI) presented in this paper. A methodology adapted to the Guyanese context has been developed based on (i) a reduction in the number of taxa taken into account in diatom communities and on (ii) the search for alert taxa in a multimetric approach. The FGDI allows a relevant and consistent ecological status evaluation of French Guiana's streams based on benthic diatoms following the WFD framework and, due to its multimetric construction, it also allows a comprehensive ecological diagnosis which will be of great benefit for water managers

Les diatomées benthiques tropicales de Guyane : Taxonomie des assemblages et définition des conditions environnementales déterminant la composition et la structure des communautés des rivières - Guide Iconographique

La DCE a force d'application dès que possible en Guyane, comme dans les autres DOM français, et le maillon des diatomées benthiques y est jugé pertinent pour l'évaluation des cours d'eau. Or jusqu'à présent, du fait des très grandes spécificités de la faune et de la flore locale (dont beaucoup d'espèces sont endémiques du bouclier amazonien), aucune méthode hydrobiologique indicielle n'était encore validée pour une utilisation dans ce contexte naturel, et ce DOM n'avait donc pas de dispositif applicable pour l'évaluation de l'Etat Ecologique. Un premier dispositif d'évaluation diatomique des cours d'eau à partir de l'IPS vient juste d'être proposé pour la prochaine version d'Arrêté Evaluation (à paraître courant 2015). Bien qu'il donne des résultats relativement consistants sur le plan global, cet indice, qui n'a pas pu être calé sur l'écologie locale des taxons Guyanais, connaît quelques problèmes spécifiques d'application d'ores et déjà repérés en Amazonie et sur criques du Nord. L'étape suivante sera donc de mettre en place un nouvel indice diatomique Guyanais (IDGy) dont l'écologie des taxons contributeurs aura été réellement calculée à partir de données environnementales locales. Dans le cadre d'un partenariat entre partenaires institutionnels et privés implantés localement (Office de l'Eau et DEAL Guyane, Bureaux d'Etude Hydreco et Asconit), organismes nationaux de recherche (IRD, ex-ORSTOM, Irstea, ex-Cemagref) et de gestion des milieux aquatiques (l'ONEMA), une re-capitalisation des données historiques utilisables, dont certaines ont été collectées et exploitées avant les années 2000, a pu être réalisée. D'autre part, diverses acquisitions de données plus récentes, les unes émanant des réseaux de surveillance, qui sont en fonctionnent régulier depuis 2007, d'autres originaires d'études scientifiques ou de surveillance à objectifs plus spécifiques (étude QUES 2007-2009, campagnes « Petites Masses d'Eau », ont pu être mises en commun et harmonisées. Les données du présent guide se sont appuyées sur un corpus de plus de 140 relevés diatomiques associant données abiotiques et comptages des inventaires collectés. Ces référentiels vont encore être amenés à augmenter rapidement année après année (action Office de l'Eau-Asconit prévue prochainement sur zones de transition eau douce-eau salée du littoral Nord, poursuite du fonctionnement des réseaux de surveillance et de l'étude PME). Ces données donnent lieu à deux utilisations différentes, très complémentaires : Une utilisation floristique, qui a d'ores et déjà permis l'élaboration du présent atlas iconographique. Cet ouvrage recense et re-situe dans la classification taxonomique 733 espèces de diatomées qui ont à ce jour été inventoriées et recensées dans les relevés diatomiques des cours d'eau de Guyane, apportant 49 taxons complémentaires par rapport à une version précédente de Novembre 12013. Ces espèces, dont 70 % environ sont encore sous numéro (endémiques ou non encore répertoriées dans la bibliographie taxonomique mondiale), appariennent pour l'instant à 64 genres connus, auxquels il faudra rajouter plusieurs genres dans le groupe des centrophycidées (groupe des centriques indéterminées) et dans celui des Naviculacées (groupe des genres inconnus). Une utilisation servant à formaliser l'information auto-écologique des espèces de diatomées de Guyane qui, entreprise dans les 2 à 3 ans à venir, s'appuiera sur la mise en correspondance de données d'analyses d'eau validées couplées avec des données d'inventaires diatomiques acquises en un même lieu à la même date. Cette approche d'auto-écologie des taxons servira de base solide pour la conception d'un nouvel indice diatomique bien adapté au contexte biogéographique local, l'Indice Diatomique de Guyane (ou IDGy). Le présent guide iconographique des diatomées des cours d'eau de Guyane est un document porteur d'une plus-value importante, à savoir qu'il agrège, en un seul document rédigé en langue française, une expertise taxonomique et bibliographique considérable résultant d'une prospection et d'une exploitation mondiale. Les ouvrages taxonomiques de référence peuvent être rédigés dans de multiples langages (allemand, anglais, français, espagnol, portugais, diverses langues asiatiques...) et certains d'entre eux, plus ou moins confidentiels selon leur origine, sont difficiles d'accès. Ces difficultés pratiques sont ainsi aplanies pour les intervenants futurs qui auront à déterminer les assemblages diatomiques dans le cadre guyanais afin de les utiliser en bio-indication d'état écologique. Il vient combler le maillon manquant entre une connaissance scientifique relativement exhaustive et une possibilité effective et facilitée de mise en ½uvre locale de la bio-indication diatomique. Pour les taxons déjà décrits dans la bibliographie, ce guide constitue une information résumée permettant d'établir facilement le lien vers des sources d'information plus complètes des auteurs ayant nommé le taxon. Cependant, pour conforter son identification et éventuellement, la connaissance pré-existante sur l'auto-écologie du taxon, il appartient à l'utilisateur, autant que de besoin, d'aller se référer aux sources bibliographiques originelles

Flore Diatomées des Antilles Françaises : volume introductif + 5 volumes

As part of the obligation to implement the WFD in the French overseas territories, a Research and Development Program, aimed at setting up a new diatom index dedicated to the French West Indies watercourses ecological status assessment, has been initiated and financed by the Water Offices of Martinique and Guadeloupe, with the assistance of the Environment Ministry Services of Martinique and Guadeloupe, as well as the AFB (ex-ONEMA). The initial program, followed by a complementary program aimed at better describing certain specific biogeographical aspects previously poorly covered, was implemented by the Asconit - Irstea partnership consortium from 2009 to the end of 2014, which also contributed a share of self-financing. The work resulted in the development of a first version of IDA (Indice Diatomique Antilles) in 2013, which was replaced the following year by a new version (IDA2) supported by data from the complementary program and better adapted to certain local specificities. This new version of IDA served as a basis for the publication of the Evaluation Decree of 27-07-2015 which, among other regulatory aspects, formalized the new diatom-based assessment system for the West-Indian rivers. Various complementary achievements have supported the effective operational transfer of this new method, namely: 1) the online access to a simplified script for calculating the regionalized ecological status derived from IDA2 under software R, accompanied by its user's manual; 2) editing of an IDA methodological guide; 3) the production of an IDA taxonomic guide including 186 taxon sheets which summarize, for each of the species contributing to the calculation of this index, the different types of information (morphological, taxonomic bibliography, chorological and auto-ecological) available at the end of the program. However, out of a total of 547 different taxa that could be identified as such and counted in West-Indian inventories at the end of this research program, nearly 2/3, still too lowly present for calculation of their ecological preferences and their index profile, were not ultimately included in the IDA taxonomic guide. However, despite their relative rarity, it is important to identify them correctly in local assemblages. Indeed, under condition of sufficient information on their ecology by then, they can participate in the foundation of future versions of this index. It is therefore with the aim of summarizing, valuing and making public all this knowledge accumulated on the diatoms of the West-Indian rivers, that the elaboration of the present work has been decided. That flora, which constitutes a 6-volume-reference book for the West Indian diatom species, will be of great help to the future contributors who will have to determine the diatoms within the framework of the surveillance networks. Indeed, in addition to taxa probably endemic to the West Indies, which do not seem to have been described in the classical taxonomic bibliography (taxon name under number), this flora recapitulates in French, in a single and accessible book, a taxonomic information at the worldwide level, previously fragmented in a large number of scientific articles and books often published in the native language of the country of origin, some of these references being furthermore difficult to access. Finally, this flora contains information on the 186 IDA index taxa, but also on the other taxa found at lower numbers, but identified at the specie level on the stations of the surveillance network and the complementary networks put in place, as well as on certain special situations found in Martinique and Guadeloupe (hydrothermal springs, downstream of sewage plants, "Biological Reservoirs" inventory sites, downstream sites of watercourses under coastal haline influence, etc…). Last, the study of some samples taken in Dominica revealed a great convergence of local diatomic communities with the flora of the French West Indies, but to date, some taxa found here have not yet been observed in Guadeloupe or Martinique. They have been integrated into this flora in dedicated boards.Dans le cadre de l'obligation de mise en application de la DCE dans les DOM, un programme de Recherche-Développement visant à mettre en place un indice diatomique pour l'évaluation d'état des cours d'eau des Antilles Françaises a été initié et financé par les Offices de l'Eau de Martinique et de Guadeloupe, avec le concours des DEAL de Martinique et de Guadeloupe, ainsi que de l'AFB (ex-ONEMA). La réalisation du programme initial, puis d'un programme complémentaire visant à mieux renseigner certains aspects biogéographiques spécifiques antérieurement mal couverts, a été prise en charge par le consortium partenarial Asconit - Irstea de 2009 à fin 2014, qui a aussi apporté une part d'autofinancement. Courant 2013, les travaux ont débouché sur la mise au point d'une première version d'IDA (Indice Diatomique des Antilles), qui a été remplacée dès l'année suivante par une nouvelle version (IDA2) confortée par les données du programme complémentaire et mieux adaptée à certaines particularités du contexte local. Cette nouvelle version d'IDA a servi de base à la publication de l'Arrêté Evaluation du 27-07-2015 qui, entre autres aspects réglementaires, a officialisé le nouveau dispositif d'évaluation diatomique des cours d'eau des Antilles. Diverses réalisations complémentaires sont venues appuyer le transfert opérationnel effectif de cette nouvelle méthode, à savoir : 1) la mise en ligne d'un script simplifié de calcul de l'état écologique régionalisé à partir de l'IDA2 sous logiciel R, accompagné de sa notice-utilisateur ; 2) l'édition d'un guide méthodologique IDA ; 3) la production d'un guide taxonomique IDA notamment constitué de 186 fiches-taxons qui récapitulent, pour chacune des espèces contributives au calcul de cet indice, les différents types d'informations (morphologiques, de bibliographie taxonomique, chorologiques et auto-écologiques) disponibles à l'issue du programme. Cependant, sur un total de 547 taxons différents ayant pu être identifiés en tant que tels et recensés dans les inventaires Antillais à l'issue de ce programme de recherche, près des 2/3, encore trop peu présents en occurrence et/ou en effectifs cumulés pour se voir calculer des préférences écologiques et un profil indiciel, n'ont pas été inclus au final dans le guide taxonomique IDA. Cependant, malgré leur relative rareté, il est important de les identifier correctement dans les assemblages locaux. En effet, sous réserve d'acquisition d'une information suffisante sur leur écologie d'ici là, ils pourront participer à l'assise des futures versions de cet indice. C'est donc dans le but de récapituler, de valoriser et de rendre publique toute cette connaissance accumulée sur les diatomées des cours d'eau des Antilles, que l'élaboration du présent ouvrage a été décidée. Cette flore en 6 volumes, qui constitue un recueil de référence pour déterminer la flore des cours d'eau des Antilles françaises, sera d'une aide précieuse aux futurs intervenants amenés à déterminer les diatomées dans le cadre des réseaux de surveillance. En effet, outre des taxons probablement endémiques aux Antilles qui ne semblent pas encore avoir été décrits dans la bibliographie taxonomique classique (taxons sous numéro), cette flore en Français récapitule dans un ouvrage unique et accessible une information taxonomique de portée mondiale, auparavant parcellisée dans un grand nombre d'articles scientifiques, d'ouvrages souvent été édités dans la langue du pays d'origine, certaines de ces références pouvant de plus se révéler difficiles d'accès. Au final, cette flore contient les informations sur les 186 taxons indiciels de l'IDA, mais aussi sur tous les autres taxons reconnus en tant que tels au niveau spécifique et trouvés à plus faibles effectifs sur les stations du réseau de surveillance et des réseaux complémentaires mis en place, ainsi que sur certaines situations spéciales de Martinique et de Guadeloupe (sources hydrothermales, stations à l'aval de STEPs, sites de l'étude d'inventaire « Réservoirs Biologiques », sites aval de cours d'eau subissant un certain niveau d'influence haline littorale etc…). Enfin, l'étude de quelques échantillons prélevés à la Dominique a révélé une grande convergence des communautés diatomiques locales avec la flore des Antilles françaises, mais quelques taxons qui y ont été trouvés n'ont encore été observés ni en Guadeloupe, ni en Martinique à ce jour. Ils ont donc été intégrés à cette flore dans des planches dédiées

Approches biomathématiques pour la mise au point d'un indice diatomique adapté aux Antilles françaises, l'IDA, et pour l'évaluation écologique de leurs cours d'eau

International audienceLa Directive 2000/60/CE (DCE) vise à l'atteinte ou au maintien du Bon Etat Ecologique des masses d'eau européennes au terme de 2015. Cette Directive, qui a force d'application dans les Antilles Françaises comme pour la France métropolitaine, a cependant nécessité un délai inévitable de mise au point méthodologique de nouveaux outils utiles à sa mise en ½uvre dans le contexte local, les indices biologiques métropolitains (exemple des indices diatomiques IPS et IBD) n’étant pas adaptés biogéographiquement aux spécificités climatiques et floristiques qu’on y rencontre. Dans ce contexte, un programme de recherche trisannuel a été mis en place successivement en Martinique puis en Guadeloupe de 2009 à 2012, visant 1) à l'acquisition de la connaissance taxonomique et hydro-écologique nouvelle concernant les espèces et assemblages diatomiques de cette zone, dont l'information utile pour la surveillance sera reprise dans un guide taxonomique et 2) à la genèse d'un indice diatomique adapté au contexte Antillais et permettant l'évaluation judicieuse de l'Etat Ecologique. Des données complémentaires acquises les 2 années suivant l’achèvement de ce programme ont permis de combler des déficits de connaissance encore diagnostiqués à la fin du programme initial et de conforter la démarche d’analyse et d’élaboration de l’indice. La démarche biomathématique développée pour la conception du nouvel indice diatomique s'est articulée en 4 grandes étapes : 1) Une biotypologie réalisée à l'aide d'un réseau neuronal non supervisé (S.O.M.), a permis de repérer les principales communautés diatomiques et de préciser l'influence de leurs facteurs de forçage (naturels vs anthropiques). 2) Une analyse multivariée (ACC complète) a ensuite permis de repérer la structuration des gradients abiotiques naturels et d'anthropisation et leur influence sur les communautés des sites. 3) Une ACC restreinte basée sur une sélection de descripteurs abiotiques représentatifs des gradients anthropiques a servi à établir les profils écologiques des espèces constitutives de l’IDA. 4) Des grilles basées sur un zonage naturel des Antilles et formulées en équivalents de qualité écologique (EQRs) permettent d’évaluer l’Etat Ecologique au niveau de relevés individuels, ainsi qu’au niveau de sites après l’agrégation temporelle préconisée par Arrêté national