Etude phénotypique par analyse numérique de souches de Pseudomonas isolées d'eaux minérales naturelles, appartenant ou apparentées au groupe « fluorescent »

Les eaux minérales naturelles possèdent une flore bactérienne autochtone dont la composante principale appartient au groupe des Pseudomonas à pigment fluorescent. Ce groupe taxonomique défini par Palleroni (ARNr I) est extrêmement complexe. En particulier les espèces P. fluorescens et P. putida qui le composent représentent des ensembles hétérogènes qui doivent faire l'objet d'une réévaluation. Les eaux de nappe profonde comme le sont les eaux minérales constituent un gisement particulièrement riche en bactéries de ce groupe et dont les critères apparaissent particulièrement originaux. Quarante-six souches isolées d'eaux minérales naturelles et 10 souches d'origine clinique appartenant ou apparentées au groupe des Pseudomonas « fluorescents » ont été étudiées par analyse numérique des caractères phénotypiques (281 tests) ; 43 souches de collection, incluant toutes les souches types des espèces du groupe d'ARNr I de Palleroni ont été ajoutées à l'échantillonnage, à titre de témoins. La similitude entre les souches a été calculée par l'indice de DICE. La classification a été établie par la méthode hiérarchique d'agrégation selon la distance moyenne. Cette méthode a permis de définir 8 groupes phénotypiques (I à VIII). Parmi ceux-ci, les groupes phénotypiques I, II et IV sont subdivisés en 9 sous-groupes phénotypiques. Les souches isolées d'eaux minérales se répartissent principalement dans les sous-groupes phénotypiques Ib et IIa ainsi que dans le groupe phénotypique V. Les sous-groupes Ib (8 souches) et IIa (14 souches) rassemblent uniquement des souches sauvages provenant d'eaux minérales ; ils ne contiennent ni souches types ni souches de collection, alors que le groupe phénotypique V réunit 13 souches sauvages isolées d'eaux minérales et 2 souches de collection de Pseudomonas fluorescens biovar III. Des études d'hybridation ADN/ADN seront nécessaires pour définir la position taxonomique de ces 3 groupes phénotypiques au sein du genre Pseudomonas

Caractérisation par hybridation ADN/ADN de trois groupes phénotypiques de souches de Pseudomonas isolées d'eaux minérales naturelles

Au cours d'un travail de taxonomie numérique portant sur des souches de Pseudomonas à pigment fluorescent isolées des eaux minérales naturelles et comparées à des souches de référence et des souches d'autres origines, ELOMARI et al. (1994) ont mis en évidence 14 groupes ou sous groupes phénotypiques. Trois d'entre eux, les groupes Ib, IIa et V qui rassemblent uniquement des souches provenant des eaux minérales ont été étudiés par hybridation ADN/ADN. Les souches du groupe Ib présentent entre elles un taux d'homologie supérieur à 80 %. Le groupe IIa se divise en deux sous-groupes IIa1 et IIa2 dont les taux d'homologie sont respectivement de 84-100 % et 44-53 %. Le groupe V est formé de 15 souches dont 2 souches de P. fluorescens biovar III ; les taux d'homologie avec les deux souches de P. fluorescens biovar III laisse entendre que ce groupe pourrait appartenir à l'espèce P. fluorescens. Les deux groupes Ib et IIa1 sont distincts génétiquement et forment deux nouvelles espèces

A numerical study of fluorescent Pseudomonas strains isolated from three Lebanese spring waters

A numerical analysis based on 161 phenotypic characteristics was performed with 58 strains of fluorescent pseudomonads isolated from 3 Lebanese spring waters, and 49 type or collection strains belonging or related to genus Pseudomonas. The data were analysed using the Dice similarity coefficient (SD) and the unweighted pair group algorithm with arithmetic averages. Eleven clusters (I to XI) were defined at the 72% similarity level. Clusters I, III to V, and VIII were further divided into 14 subclusters. Three subclusters: Vb (eight strains), Vd (seven strains) and Ve (nine strains), contained only strains isolated from the 3 Lebanese spring waters, without any type or collection strains. Genomic studies such as DNA/DNA hybridization and 16S rDNA sequence analysis will be necessary to specify the taxonomic status of these three groups within the genus Pseudomonas