Microsatellite instability and intratumoural heterogeneity in 100 right-sided sporadic colon carcinomas

Microsatellite instability has been proposed as an alternative pathway of colorectal carcinogenesis. The aim of this study was to evaluate the interest of immunohistochemistry as a new tool for highlighting mismatch repair deficiency and to compare the results with a PCR-based microsatellite assay. A total of 100 sporadic proximal colon adenocarcinomas were analysed. The expression of hMLH1, hMSH2 and hMSH6 proteins evaluated by immunohistochemistry was altered in 39% of the cancers, whereas microsatellite instability assessed by PCR was detected in 43%. There was discordance between the two methods in eight cases. After further analyses performed on other tumoural areas for these eight cases, total concordance between the two techniques was observed (Kappa=100%). Our results demonstrate that immunohistochemistry may be as efficient as microsatellite amplification in the detection of unstable phenotype provided that at least two samples of each carcinoma are screened, because of intratumoural heterogeneity

Discrimination of wheat varieties by hyperspectral imaging and near-infrared spectrometry

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Potentialité de la spectroscopie visible & proche infrarouge couplée ou non à de l’imagerie pour identifier les grains de différents génotypes au sein de lots de grains de 2 variétés de blé dur

Historiquement l’expérience basée sur l’analyse de données spectrales collectées sur le grain tel quel nous a permis de d’inférer des traits liés à la physique du grain et à leur contenu biochimique. Les propriétés optiques des grains peuvent être utilisées pour caractériser la composition d’un mélange de grains. Dans le cas des mélanges variétaux, l’analyse et la compréhension de leurs performances agronomiques nécessite de disposer d’indicateurs pertinents notamment lors de l’analyse de la récolte. L’évaluation de l’aptitude des variétés au mélange nécessite donc de développer, outre des prédictions quantitatives des propriétés physiques et biochimiques des grains, des méthodologies permettant une caractérisation rapide, non destructive et non invasive de l’importance relative de chaque composante au sein d’un mélange. Nous avons testé les potentialités de la spectrométrie couplée ou non à de l’imagerie pour identifier les grains de 2 génotypes au sein d’un mélange. Quelle que soit la technique utilisée, les résultats obtenus suggèrent qu’une analyse discriminante basée sur des modèles linéaires permet de discriminer les signatures spectrales génotypiques et de caractériser la proportion de chaque composante au sein du mélange. Des investigations complémentaires sont nécessaires notamment pour préciser le domaine de validité de ces résultats : compte tenu de la faiblesse de la base d’apprentissage (2 ans), la robustesse inter annuelle du modèle reste limitée et nécessite le redéveloppement d’un modèle par expérience

Discrimination of wheat varieties in the field by hyperspectral imaging on canopies

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Mesure de la qualité du grain de blé dur par spectrométrie proche infrarouge

Le blé dur fait l'objet de nombreux programmes d'amélioration génétique qui, outre la sélection sur des caractères agronomiques (productivité, résistance aux maladies), portent sur l’amélioration des propriétés du grain en relation avec sa valorisation dans le processus de transformation en semoule et/ou en pâtes. Au cours de ce processus industriel, différents critères liés au contenu biochimique du grain (teneur en azote, couleur) ou à ses propriétés physiques (taille, masse volumique, taux de mitadin) sont pris en considération. Le coût des analyses nécessaires, leur caractère destructif, la diversité des appareillages nécessaires font qu’il n’est pas réaliste de mesurer l’ensemble de ces paramètres sur un très grand nombre de génotypes comme cela est classiquement le cas dans les programmes de sélection. La spectrométrie proche infrarouge (en anglais NIRS: Near InfraRed Spectroscopy) a été utilisée afin de développer une méthode rapide et non destructive, directement sur les grains entiers. Les spectres obtenus par réflectance ont été collectés dans les zones du visible et du proche infrarouge (400-2500nm). En parallèle, des mesures ont été réalisées au laboratoire en suivant les méthodes chimiométriques normalisées permettant de construire des modèles statistiques. Les calibrations/ validations obtenues permettent de correctement prédire la teneur en protéines, le taux de mitadin, le rendement semoulier (R² > 0.85). Les calibrations pour le poids de 1000 grains et l’indice de jaune ont des résultats légèrement inférieurs (0.68 < R² < 0.80)

Potentialité de la spectroscopie visible & proche infrarouge couplée ou non à de l’imagerie pour identifier les grains de différents génotypes au sein de lots de grains de 2 variétés de blé dur

National audienceHistoriquement l’expérience basée sur l’analyse de données spectrales collectées sur le grain tel quel nous a permis de d’inférer des traits liés à la physique du grain et à leur contenu biochimique. Les propriétés optiques des grains peuvent être utilisées pour caractériser la composition d’un mélange de grains. Dans le cas des mélanges variétaux, l’analyse et la compréhension de leurs performances agronomiques nécessite de disposer d’indicateurs pertinents notamment lors de l’analyse de la récolte. L’évaluation de l’aptitude des variétés au mélange nécessite donc de développer, outre des prédictions quantitatives des propriétés physiques et biochimiques des grains, des méthodologies permettant une caractérisation rapide, non destructive et non invasive de l’importance relative de chaque composante au sein d’un mélange. Nous avons testé les potentialités de la spectrométrie couplée ou non à de l’imagerie pour identifier les grains de 2 génotypes au sein d’un mélange. Quelle que soit la technique utilisée, les résultats obtenus suggèrent qu’une analyse discriminante basée sur des modèles linéaires permet de discriminer les signatures spectrales génotypiques et de caractériser la proportion de chaque composante au sein du mélange. Des investigations complémentaires sont nécessaires notamment pour préciser le domaine de validité de ces résultats : compte tenu de la faiblesse de la base d’apprentissage (2 ans), la robustesse inter annuelle du modèle reste limitée et nécessite le redéveloppement d’un modèle par expérience

Estimation des proportions variétales de grains de blé par SPIR et imagerie hyperspectrale

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Mixture varieties: discrimination of wheat varieties in the field by hyperspectral imaging

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Assessing leaf nitrogen content and leaf mass per unit area of wheat in the field throughout plant cycle with a portable spectrometer

Leaf nitrogen content (LNC) and leaf mass per unit area (LMA) were assessed by near-infrared spectroscopy (NIRS) on fresh and dried plants of durum wheat (Triticum turgidum ssp). Individual leaves were scanned with a portable spectrometer and reference analyses of LNC and LMA were then carried out. Partial least squares (PLS) regression was used for calibration and cross-validation. INC was accurately predicted for both fresh and dry leaves whatever the phenologic stage (correlation coefficient of calibration R(2)cal ranging from 0.932 to 0.958, standard error of cross-validation SECV ranging from 0.215 to 0.320% (dry matter)). LMA was predicted with R(2)cal = 0.942 and SECV = 4.84g m(-2). The combination of these two calibrations made it possible to predict leaf nitrogen per unit area (R(2)cross-validation = 0.94, SECV = 0.248 gN m(-2)) and provides a relevant and non-destructive tool for following the dynamics of three major leaf parameters

Rapid phenotyping of the tomato fruit model, Micro-Tom, with a portable VISeNIR spectrometer

International audienceTomato (Solanum lycopersicum) quality traits such as juice soluble solid content (Brix), juice pH, color parameters (Hue and Chroma), firmness and water content, are critical factors for fruit quality assessment. The need for screening very large numbers of fruit has led to the development of a highthroughput method using visibleenear infrared (VISeNIR) spectrometry. We are reporting here a set of results obtained with a portable spectrometer using the 350e2500 nm range, showing good prediction of the quality traits cited above, over a wide range of developmental stages from immature green to ripe tomato fruit, cv. Micro-Tom. This is a rather good set of quality traits compared to previous publications predicting tomato quality with VIS-NIR spectrometry, and the prediction is robust, as it was obtained by grouping sets of different operators. This would be a useful tool to phenotype hundreds of Micro-Tom per day, making it possible to follow the dynamics of the described parameters on growing fruits. Thus the method can be used to study the biochemistry and physiology of fruit development in planta