Molecular characterization of polish blueberry red ringspot virus isolate

In this study, we determined the complete sequence of the genomic DNA of a Polish isolate of Blueberry red ringspot virus (BRRSV24) and compared it with a Czech (Darrow 5), and the US isolates of the virus and those of other Caulimoviridae family. The genomic DNA of BRRSV24 consists of 8,265 nucleotides and encodes eight open reading frames (ORFs). The sequence homologies of the eight ORFs of BRRSV24 were from 95 to 98% in respect of Darrow 5 and from 91 to 98% in respect of the US isolates at the amino acid level. This high level of amino acid sequence identity within the coding regions among the Czech, the US and Polish BRRSV isolates is suggestive of their common origin

Population genetics analysis of Garlic virus A, Garlic virus B, Garlic virus C and Garlic virus X

Garlic virus A (GarV-A), Garlic virus B (GarV-B), Garlic virus C (GarV-C) and Garlic virus X (GarV-X) are members of the genus Allexivirus in the family Alphaflexiviridae. In this study, we collected 10, 30, 10 and 14 isolates of GarV-A, GarV-B, GarV-C and GarV-X, respectively, from different parts of Poland. All sequences of coat protein (CP) and nucleic-acid binding protein (NABP) regions of Allexivirus isolates available in GenBank were also included in this study. The nucleotide and amino acid sequences identities within each population differed substantially depending on the region of the genome and virus species. The results of selection pressure analysis showed that populations of each Allexivirus underwent negative selection, but the extent of the negative selection varied. It was also concluded that the GarV-A and GarV-C populations underwent a decrease in population size or balancing selection, while the GarV-B and GarV-X populations underwent an increase in population size. It was concluded that both populations of GarV-X evolved independently in each respective area, in contrast to populations of GarV-A, GarV-B and GarV-C

Zróżnicowanie genetyczne genu kodującego białko płaszcza izolatów Prunus necrotic ringspot virus

We have obtained and described the nucleotide sequences corresponding to ilarvirus Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV] coat protein (CP) gene in eleven Polish isolates, from different Prunus and Rosa species and four isolates provided in plant material from Australia, Hungary and Italy. Virus identification was possible using specific primers allowed amplifying the 700 bp amplicon of coat protein gene. The product was obtained used IC-RT-PCR. The results indicated no association between the host species or the geographic origin and the PNRSV CP sequence specificity. The CP gene nucleotide sequence of studied isolates allowed for clustering them into the previously reported PV32-I, PV96-II and PE5-III phylogroups.W pracy uzyskano i opisano sekwencje genu kodującego białko płaszcza 11 izolatów wirusa nekrotycznej pierścieniowej plamistości wiśni (Prunus necrotic ringspot virus, PNRSV) z różnych gatunków roślin z rodzaju Prunus i Rosa pochodzących z Polski oraz czterech izolatów wirusa uzyskanych w materiale roślinnym z Australii, Węgier i Włoch. Wykorzystując specyficzne startery, uzyskano produkt 700 par zasad obejmujący gen kodujący białko płaszcza wirusa. Do amplifikacji zastosowano technikę IC-RT-PCR. Wykazano brak korelacji pomiędzy gatunkiem, pochodzeniem izolatu, a sekwencją nukleotydów białka jego płaszcza. Sekwencje genu kodującego CP badanych izolatów przyporządkowano do trzech głównych filogenetycznych grup wzorcowych: PV32-I, PV96-II i PE5-III

Ocena stanu porażenia przez allexiwirusy roślin czosnku w Polsce

Garlic (Allium sativum L.) plants may be infected in the field by viruses of the genera Potyvirus, Carlavirus and Allexivirus. These viruses are transmitted by vegetative propagation and by vectors. Detection and identification of allexiviruses was carried out in 2011–2012. It was based on ELISA and RT-PCR assays. Samples of plant material were collected from 26 garlic production fields located in different regions of Poland. Garlic virus D, Garlic virus B and Garlic virus X were the most abundant viruses in all examined regions and were identified in 79%, 64% and 59% of all garlic samples, respectively. Garlic virus A and Garlic virus C were identified in all studied regions with low frequency. Garlic virus E was detected with 100% frequency in east-central Poland. None of the tested garlic samples were infected with Shallot virus X. Allexiviruses were always present in garlic plants in mixed infections.Czosnek (Allium sativum L.) może być porażany przez wiele gatunków wirusów należących do rodzajów: Potyvirus, Carlavirus i Allexivirus, które przenoszone są z materiałem rozmnożeniowym, a w okresie wegetacji za pośrednictwem wektorów. Badania przeprowadzono w latach 2011–2012. Ich celem było wykrywanie allexiwirusów porażających rośliny czosnku w Polsce oparte na teście serologicznym ELISA oraz technice RT-PCR. Próby materiału roślinnego pobierano losowo z 26 pól produkcyjnych czosnku. Wirus D czosnku, wirus B czosnku oraz wirus X czosnku były wykrywane we wszystkich badanych rejonach w, odpowiednio, 79, 64 i 59% badanych prób. Wirus A czosnku oraz wirus C czosnku występowały w mniejszej liczbie prób. Wirus E czosnku został wykryty we wszystkich próbach pobranych z pól zlokalizowanych w centralno-wschodniej Polsce. W żadnej z badanych prób nie stwierdzono obecności wirusa X szalotki. Allexiwirusy w roślinach czosnku zawsze występowały w mieszanych infekcjach

Wykrywanie wirusa oparzeliny borówki wysokiej w różnych okresach roku

Viral diseases are a worldwide problem of blueberry which a major limiting factor for production. A survey for Blueberry scorch virus (BlScV) by DAS-ELISA in various organs of highbush blueberry conducted from May 2010 to April 2011, showed the occurrence of these virus in cvs Bluecrop and Herbert, which showing virus-like symptoms. Samples of plant materials (bud flower, flower, leaf, bark) were collected individually from each highbush blueberry plant of every cultivar. It was established that the detection of virus of each the investigated bushes cvs Bluecrop and Herbert depended on the tested plant materials as well as the period in which the tests were performed. The effectiveness of the virus detection varied for the investigated cultivars. The presence of the BlScV was confirmed in leaves samples with specific primer pair which amplifies a 430 bp fragment of the 5’-proximal ORF I [RNA-dependent RNA polymerase (RdRp)].Celem przeprowadzonych badań było wykrywanie i identyfikacja wirusa oparzeliny borówki wysokiej (Blueberry scorch virus, BlScV) w różnych organach pobieranych z krzewów borówki wysokiej odmian Bluecrop i Herbert rosnących na plantacji produkcyjnej zlokalizowanej w centralnej Polsce. Badania byáy prowadzone w okresie od maja 2010 do kwietnia 2011 r. przy użyciu testu serologicznego DAS-ELISA. Próby materiału roślinnego (pąki kwiatowe, kwiaty, liście, kora) pobierano indywidualnie z krzewów kaĪdej z badanych odmian. Ustalono, że wykrywanie wirusów w krzewach odmian Bluecrop i Herbert zależało od testowanego organu oraz terminu, w którym przeprowadzono test. Obecność BlScV w krzewach badanych odmian potwierdzono przy pomocy techniki RT-PCR z wykorzystaniem starterów amplifikujących fragment 5’ genu kodującego polimerazą RNA zależną od RNA

Efficacy of biochemical preparations and extract from Hypericum perforatum against bacterial diseases

The biotechnical preparations: Biosept Active (based on a grapefruit extract) and BioZell (based on thyme oil) as well as Hypericum perforatum extract, streptomycin solution and fungicide Champion 50WP (active ingredient substance – e.i. 50% copper hydroxide) were investigated for antimicrobial effects against plant pathogenic bacteria: Agrobacterium tumefaciens, Pseudomonas syringae pv. syringae and Xanthomonas arboricola pv. corylina. The screening was carried out in vitro on three media: Nutrient Agar (NA Difco), Pseudomonas Agar F (Merck) – analogue of King B and 523. In the experiments, the agar plate method was applied. There were no statistically significant differences in the effect of streptomycin and Champion 50WP on the growth inhibition of three bacteria strains for medium 523 and Nutrient Agar and of P. syringae pv. syringae and X. arboricola pv. corylina for medium King B. It was determined that the antibacterial activity of Biosept Active and BioZell biopreparations and H. perforatum extract against Agrobacterium tumefaciens (strain C58), Pseudomonas syringae pv. syringae (strain 760) and Xanthomonas arboricola pv. corylina (strain RIPF-x13) were dependent on the strain of pathogen as well as the growth medium used. According to the research results obtained, the Biosept Active preparation and H. perforatum extract demonstrated high bacteriostatic activity against three bacterial strains grown on the Nutrient Agar medium

Characteristics of Valdensia heterodoxa Peyr. as an Ericaceae pathogen in Poland

Valdensia heterodoxa as a parasitic fungus was observed on Ericaceae family plants i.e. blueberry (Vaccinium corymbosum L.), bilberry (V. myrtillus L.) and lingonberry (V. vitis-idaea L.). Isolates of this polyphagous were obtained from the infected leaves of different cultivars of highbush blueberry collected from commercial plantation in Mazovia province and from bilberry collected from forests in Pomerania province. PCR amplification of selected rDNA fragments (ITS1, 5.8S, ITS2) was done with ITS1F and ITS4A primers. Bioinformatic analysis revealed similarity 99–100% between selected nucleotide sequences of V. heterodoxa isolates from bilberry and highbush blueberry. The sequences of bilberry isolates were obtained and described for the first time in Poland. Their reference sequence was deposited in GenBank (KT121733). In laboratory experiments conidia of selected bilberry isolates on OA medium were 278 ±6 × 140 ±4 μm. Conidia from highbush blueberry, bilberry, and lingonberry were measured. Depending on the host plant conidia were different in the length of the arms and width of the head. The growth of the fungal isolates on PDA (potato dextrose agar), OA (oatmeal agar), WOA (weak oatmeal agar), SNA (salt nutrient agar) media was examined. The cultures were divided into two groups based on their morphology on PDA medium

Wykrywanie i identyfikacja wirusów borówki wysokiej i żurawiny przy użyciu testu serologicznego ELISA oraz technik biologii molekularnej

The problems in the cultivation of highbush blueberry and cranberry are diseases caused by infections factor, particularly by fungi and lately also by viruses. In the years 2008–2010 research concerning the detection and identification of viruses occurring on production plantations of the highbush blueberry located in the central and southeastern Poland and the cranberry growing on the separate parts of the plantation in the central Poland using the serological ELISA test and PCR technique were performed. The results of the performed serological ELISA test showed the presence on the bushes of various cultivars of the Blueberry shoestring virus (BSSV) and Peach rosette mosaic virus (PRMV) (central and south-eastern Poland) and the Blueberry scorch virus (BlScV) and Tobacco ringspot virus (TRSV) (central Poland). During the observations carried out on the plantings of the highbush blueberry only the symptoms characteristic for the infection with the BlScV were noted (central Poland). This virus was also detected using DASELISA test in the cranberry plants growing in the separate parts of plantations in the central region of Poland (Plantation A/W), which did not show any disease symptoms. In Europe it is the first report on the occurrence of BlScV in the cranberry bushes. What is more, it was established that the viruses can be detected in the leaves, the flowers and the phloem + periderm + cortex parenchyma samples in which the investigations could be performed in various months in the year. In the bushes of the blueberry of the Darrow and Herbert cultivars from Plantation A/W (central Poland) showing the symptoms in the form of red spots on the leaves or red spots and rings on the stems the presence of the Blueberry red ringspot virus (BRRSV) was confirmed using the PCR technique. In Poland it is the first report concerning the occurrence of the virus in the bushes of the highbush blueberry following those published in the Czech Republic and Slovakia.Jednym z istotnych problemów w uprawie borówki wysokiej i żurawiny są choroby infekcyjne powodowane przez grzyby i wirusy. W latach 2008–2010 prowadzono badania dotyczące wykrywania i identyfikacji wirusów występujących na plantacjach produkcyjnych borówki wysokiej zlokalizowanych w centralnej i południowo-wschodniej Polsce oraz żurawiny rosnącej na wydzielonej części plantacji w rejonie centralnym kraju przy użyciu testu serologicznego ELISA oraz technik biologii molekularnej. Wyniki przeprowadzonych testów serologicznych ELISA wskazują na obecność w krzewach różnych odmian wirusa nitkowatości borówki wysokiej i wirusa mozaikowatej rozetowatości brzoskwini (centralna i południowo-wschodnia Polska) oraz wirusa oparzeliny borówki wysokiej i wirusa pierścieniowej plamistości tytoniu (centralna Polska). Podczas obserwacji prowadzonych w badanych nasadzeniach borówki wysokiej zanotowano jedynie objawy charakterystyczne dla infekcji przez wirus oparzeliny borówki wysokiej (centralna Polska). BlScV został także wykryty w niewykazujących jakichkolwiek objawów chorobowych roślinach żurawiny rosnących na wydzielonej części plantacji w centralnym rejonie kraju przy użyciu testu DAS-ELISA. W Europie jest to pierwsze doniesienie o występowaniu wirusa w krzewach żurawiny. Ponadto ustalono, że wirusy można wykrywać w liściach, kwiatostanach lub próbach łyko + miękisz korowy + peryderma i prowadzić w różnych miesiącach. W krzewach borówki wysokiej odmian Darrow i Herbert (Plantacja A/W, centralna Polska) wykazujących objawy w postaci czerwonych plam na liściach oraz czerwonych plam i pierścieni na pędach ustalono obecność wirusa czerwonej pierścieniowej plamistości borówki wysokiej (ang. Blueberry red ringspot virus, BRRSV) przy użyciu techniki PCR. W Polsce jest to pierwsze doniesienie o występowaniu wirusa w krzewach borówki wysokiej, a kolejne po Czechach i Słowacji w Europie