Corrigendum: A dataset of Zostera marina and Zostera noltei structure and functioning in four sites along the French coast over a period of 18 months

In the original article, Figure 7 has been erroneously replaced by Figure

Incertitudes des méthodes d’évaluation « eaux littorales » : utilisation de modèles linéaires dynamiques pour l’évaluation des incertitudes des paramètres hydrologiques

L’incertitude associée à une mesure a pour origine d’une part la variabilité environnementale et d’autre part l’ensemble du processus d’acquisition depuis le prélèvement jusqu’à la saisie de la donnée dans une base. L’estimation de l’ensemble de cette variabilité est un exercice complexe à réaliser dans le cadre d’un plan d’expérience. En revanche, les longues séries temporelles de données présentent la caractéristique d’intégrer toutes les variabilités. L’analyse de ces séries en termes de signal et bruit doit permettre de quantifier l’amplitude des incertitudes. Toutefois, les séries temporelles d’observation présentent un ensemble de caractéristiques les rendant difficiles à analyser. Les modèles linaires dynamiques constituent une approche adaptée à l’analyse de ces données particulières en faisant l’hypothèse de paramètres variables dans le temps. L’objet du présent travail consiste à estimer les variances liées au processus d’observation à l’aide de modèles linéaires dynamiques. Les données étudiées sont les paramètres physico-chimiques (température, turbidité, matières en suspension, oxygène dissous, nitrate+nitrite, ammonium, phosphate, silicate) enregistrés sur les lieux de surveillance REPHY « Arcachon-Bouée- 7 » et « Teychan bis ». Les résultats montrent pour la température qu’en dépit d’une mesure très maîtrisée, la variance d’observation, est de l’ordre de 1 °C2. Le signal reste néanmoins très peu bruité comme pour la concentration en oxygène dissous pour laquelle la variance d’observation est de 0.05 (mg/L)2. Pour les autres paramètres, les contributions non-structurelles aux bornes des intervalles de confiance à 90 % des observations en pourcentage de la médiane varient de -20 % à -60 % pour la borne inférieure et de 60 % à 500 % pour la borne supérieure. Les contributions les plus réduites sont le fait des mesures réalisées au lieu « Teychan bis » pour lequel les séries sont plus courtes, la fréquence d’échantillonnage variable dans le temps et le plan déséquilibré sur les saisons. Au regard de la complexité des écosystèmes marins et les interdépendances multiples des phénomènes en jeu, la construction d’un modèle considérant conjointement plusieurs paramètres et leurs interactions apparaît incontournable

Incertitudes des méthodes d’évaluation « eaux littorales » : utilisation de modèles linéaires dynamiques pour l’évaluation des incertitudes (chlorophylle a, phytoplancton)

L’incertitude associée à une mesure a pour origine d’une part la variabilité environnementale et d’autre part l’ensemble du processus d’acquisition depuis le prélèvement jusqu’à la saisie de la donnée dans une base. L’estimation de l'ensemble de cette variabilité est un exercice complexe à réaliser dans le cadre d’un plan d’expérience. En revanche, les séries temporelles présentent la caractéristique d’intégrer toutes les variabilités et ainsi l’analyse de ces séries en terme de signal et bruit doit permettre de quantifier l’amplitude des incertitudes. Toutefois, les séries temporelles d’observation présentent un ensemble de caractéristiques les rendant difficiles à analyser. Les modèles linaires dynamiques constituent une approche adaptée à ces données particulières en faisant l’hypothèse de paramètres variables dans le temps. Ainsi, l’objet du présent travail consiste à estimer les variances liées au processus d’observation à l’aide de modèles linéaires dynamiques. Plus particulièrement, les mesures considérées sont la chlorophylle a et l’abondance phytoplanctonique aux lieux de surveillance REPHY « Arcachon-Bouée- 7 » et « Teychan bis ». Les résultats montrent que pour la chlorophylle a, la variabilité d’observation est responsable de l’ordre de 80 % de la variabilité totale. Pour l’abondance phytoplanctonique, elle est également de 80 % à « Arcachon-Bouée 7 » mais de l’ordre de 70 % à « Teychan bis ». Ainsi la part de « bruit » est liée au lieu et au paramètre considéré. Exprimée en pourcentage de la médiane de la chlorophylle a, la variance d’observation place les bornes de l’intervalle de confiance à 95 % des observations à des valeurs de l’ordre de -40 % et +120 % de la médiane, l’intervalle étant sous estimé car ne prenant pas en compte la variabilité structurelle. Pour l’abondance phytoplanctonique en log10 cell./L, les ordres de grandeur correspondant en pourcentage de la moyenne sont de ± 13.5 %. Pour les deux paramètres, ces valeurs sont compatibles avec l’expérience des experts. Ainsi, l’approche mise en oeuvre s’est avérée riche d’enseignements en matière d’incertitude de mesure et les nombreuses améliorations méthodologiques envisagées ouvrent des perspectives fécondes à tout point de vue

INdices de DIversité taxonomique, fonctionnelle et GENétique et Etat de contamination des herbiers de zostères

Among benthic marine ecosystems, seagrass meadows are recognized for their important role in coastal zones and are also used as bioindicators of aquatic environment quality as part of the implementation of various directives (WFD, MSFD). These ecosystems are today subject to multiple pressures (chemical and physical, etc.) likely to lead to profound changes within them (degradation, regression, modification of associated communities, etc.). However, their responses to these disturbances are still poorly known and the link between their state of health and the ecological state of the water bodies which shelter them has yet to be consolidated. Better understanding the functioning of these ecosystems is therefore a priority in order to better characterize the modifications they undergo and thus better preserve them. As part of the INDIGENE project, several study sites spread over the three metropolitan coasts of France were monitored to improve the knowledge linked to the evaluation of the conservation state of the water bodies concerned by these priority benthic habitats. The objectives of the project were multiple. The first involved examining the potential of functional and genetic diversity associated with seagrass beds as indicators of the ecological state of seagrass beds, using a genomic scanning approach. A second objective was to characterise the chemical exposure of seagrasses in different seasons, by focusing on contaminants known to have a negative impact on phanerogams (pesticides, trace metals, organic compounds) or suspected of being so, in order to investigate: (i) the transfer of chemical contaminants from the surrounding water to the above- and below-ground tissues of the seagrass beds and (ii) the link between this contamination, the environmental as well as physicochemical conditions and the ecological state of the seagrass beds as defined in WFD assessments. This report describes the strategies and methods used and highlights the main results of these different approaches, particularly with a view to improving the indication of the quality of the biological element “eelgrass beds”. It has been shown that seagrasses are important for maintaining biological diversity but the link with the ecological state is not so easy to establish. Once they are present, seagrasses readily support high diversity. The environmental conditions in which seagrasses live, however, impact them through the bioaccumulation of chemical contaminants in their tissues, which may harm their growth. Several biological, environmental and contamination variables have been described as important variables conditioning the ecological state of seagrass beds and their more systematic monitoring could make it possible to improve or optimize regulatory assessments in the future. Recommendations in terms of observation and management have also been reformulated.Parmi les écosystèmes marins benthiques, les herbiers de phanérogames sont reconnus pour leur rôle important dans les zones côtières et sont également utilisés comme bio-indicateurs de la qualité du milieu aquatique dans le cadre de la mise en oeuvre des différentes directives (DCE, DCSMM). Ces écosystèmes sont aujourd’hui soumis à de multiples pressions (chimiques et physiques…) de nature à entrainer de profonds changements en leur sein (dégradation, régression, modification des communautés associées…). Cependant, leurs réponses face à ces perturbations sont encore mal connues et le lien entre leur état de santé et l’état écologique des masses d’eau qui les abritent doit encore être consolidé. Mieux connaitre le fonctionnement de ces écosystèmes constitue donc une priorité afin de mieux caractériser les modifications qu’ils subissent et ainsi mieux les préserver. Dans le cadre du projet INDIGENE, plusieurs sites d’étude répartis sur les trois façades métropolitaines, ont été suivis en vue d’améliorer l’expertise liée à l’évaluation de l’état de conservation des masses d’eau concernées par ces habitats benthiques prioritaires. Les objectifs du projet ont été multiples. Il s’agissait d’une part d’examiner le potentiel de la diversité fonctionnelle et génétique associée aux herbiers comme indicateur de l’état écologique des herbiers, en utilisant une approche de scan génomique. D’autre part, de caractériser l’exposition chimique des herbiers à différentes saisons, en s’intéressant aux contaminants connus pour présenter un impact négatif sur les phanérogames (pesticides, métaux traces, composés organiques), ou suspectés de l’être, afin d’investiguer : (i) le transfert de contaminants chimiques de l’eau environnante vers les tissus hypogés ou épigés des herbiers et (ii) le lien entre cette contamination, les conditions environnementales et physico-chimiques et l’état écologique des herbiers tel que défini dans les évaluations DCE. Le présent rapport décrit les stratégies et méthodes utilisées et met en lumière les principaux résultats de ces différentes approches notamment dans l’optique d’améliorer l’indication de la qualité de l’élément biologique « Herbiers de zostères ». Il a été montré que l’herbier est important pour maintenir la diversité biologique mais le lien avec l’état écologique n’est pas si évident à établir. Dès lors qu’il y a présence d’herbier il y a en effet une diversité importante. Les conditions environnementales dans lesquelles vivent les herbiers impactent cependant ces derniers par la bioaccumulation de contaminants chimiques dans leurs tissus, susceptibles de porter atteinte à leur croissance. Plusieurs variables biologiques, environnementales et de contamination ont été décrits comme des variables importantes conditionnant l’état écologique des herbiers et leur suivi plus systématique pourrait permettre d’améliorer ou d’optimiser les évaluations règlementaires à l’avenir. Des recommandations en termes d’observation et de gestion ont également été reformulées

Quality indicators for colorectal cancer surgery and care according to patient-, tumor-, and hospital-related factors

Abstract Background Colorectal cancer (CRC) care has improved considerably, particularly since the implementation of a quality of care program centered on national evidence-based guidelines. Formal quality assessment is however still needed. The aim of this research was to identify factors associated with practice variation in CRC patient care. Methods CRC patients identified from all cancer centers in South-West France were included. We investigated variations in practices (from diagnosis to surgery), and compliance with recommended guidelines for colon and rectal cancer. We identified factors associated with three colon cancer practice variations potentially linked to better survival: examination of ≥12 lymph nodes (LN), non-use and use of adjuvant chemotherapy for stage II and stage III patients, respectively. Results We included 1,206 patients, 825 (68%) with colon and 381 (32%) with rectal cancer, from 53 hospitals. Compliance was high for resection, pathology report, LN examination, and chemotherapy use for stage III patients. In colon cancer, 26% of stage II patients received adjuvant chemotherapy and 71% of stage III patients. 84% of stage US T3T4 rectal cancer patients received pre-operative radiotherapy. In colon cancer, factors associated with examination of ≥12 LNs were: lower ECOG score, advanced stage and larger hospital volume; factors negatively associated were: left sided tumor location and one hospital district. Use of chemotherapy in stage II patients was associated with younger age, advanced stage, emergency setting and care structure (private and location); whereas under-use in stage III patients was associated with advanced age, presence of comorbidities and private hospitals. Conclusions Although some changes in practices may have occurred since this observational study, these findings represent the most recent report on practices in CRC in this region, and offer a useful methodological approach for assessing quality of care. Guideline compliance was high, although some organizational factors such as hospital size or location influence practice variation. These factors should be the focus of any future guideline implementation.</p

Quality indicators for colorectal cancer surgery and care according to patient-, tumor-, and hospitalrelated factors.

International audienceABSTRACT: Background and methods: Colorectal cancer (CRC) care has considerably improved considerably, particularly since the implementation of a quality of care program centered around national evidence-based guidelines. Formal quality assessmentevaluation of the quality of care is however still needed. The aim of this research was to identify factors associated with practice variation in CRC patient care. CRC patients identified from all cancer centers in South-West France were included. We investigated variations in practices (from diagnosis to surgery), and compliance with recommended guidelines for colon and rectal cancer. We identified factors associated with three colon cancer practice variations potentially linked to better survival: examination of [greater than or equal to]12 lymph nodes (LN), non-use and use of adjuvant chemotherapy for stage II and stage III patients, respectively. RESULTS: We included 1,206 patients, 825 (68%) with colon and 381 (32%) with rectal cancer, from 53 hospitals. For major practices cCompliance was high for (resection, pathology report, LN examination, and chemotherapy use for stage III patients. In). For colon cancer, patients, 26% of stage II patients received adjuvant chemotherapy and 71% of stage III patients. 84% of stage US T3T4 rectal cancer patients received pre-operative radiotherapy. In For colon cancer patients, factors associated with examination of <=12 LNs were: lower ECOG score, advanced stage and larger hospital volume; factors negatively associated were: left sided tumor location and one hospital district. Use of chemotherapy in stage II patients was associated with younger age, advanced stage, emergency setting and care structure (private and location); whereas under-use in stage III patients was associated with advanced age, presence of comorbidities and private hospitals. Limitations and conclusions: Although some changes in practices may have occurred since this observational study, these findings represent the most recent report on practices in CRC in this region, and offer a useful methodological approach for assessing quality of care. Guideline compliance was high, although several practice variations were highlighted in particular based on some organizational factors such as hospital size or location influence practice variation. These factors should be the focus of any future guideline implementation

Surveillance Ecologique du site du "Blayais" - année 2017

Monitoring n° 40 of the Blayais nuclear power plant takes into account studies conducted between April and November 2017. Physicochemistry, Bathymetry, Hydrobiology, Bacteriology, Zooplankton, Benthic macrofauna, are reported.L'étude de surveillance n° 40 du site électronucléaire du Blayais (département de la Gironde) concerne la période d’avril à novembre 2017. Les domaines pélagique et benthique sont étudiés (physico-chimie, bathymétrie, hydrobiologie, microbiologie, zooplancton, macrofaune benthique)