APOBEC3G expression and HIV-1 infection in Burkina Faso

APOBEC3G is a potent inhibitor of HIV-1 replication, and act by deaminating cytidines in uracil on the negative strand of the viral cDNA. In this case-control study, APOBEC3G expression in subjects’ naïve to HAART infected by HIV-1 and the effect of APOBEC3G polymorphism on its expression were evaluated. The results show that the HIV-1 infected carriers of the G minor alleles of the variant rs8177832 had a higher expression of APOBEC3G mRNA than the controls carriers of the G minor allele. APOBEC3G polymorphisms could play an important role in the modulation of the HIV-1 dissemination

INSIGHTS INTO THE INTERPLAY BETWEEN KIR GENE FREQUENCIES AND CHRONIC HBV INFECTION IN BURKINA FASO

Background/Objective: The receptors of natural killer cells "Killer Cell Immunoglobulin-Like Receptor" (KIR) regulate the activity of Natural killer cells in the innate response against viral infections. To date there is no accurate method to identify high risk groups for cirrhosis and HCC in Sub-Saharan Africa. Therefore, this investigation was undertaken to assess the association between KIR genes frequencies and chronic infection HBV infection in Burkina Faso’s population. Methods: Chronic HBV carriers and healthy patients were selected for this study. The viral load for HBV were performed to confirm the serological status for HBV of the studied cohort. In addition, SSP-PCR was used to characterize the frequencies of KIR genes. Results: The study suggested that inhibitory genes KIR2DL2, KIR2DL3 and activator gene KIR2DS2 (p˂0.001 for all and OR = 2.82; 2.48 and 3.84 respectively) might be associated with chronic stages of HBV infection.  While inhibitory genes KIR3DL1 (p = 0.0018 OR = 0.49), KIR3DL2 (p = 0.005 OR = 0.40), the activator gene KIR2DS1 (p = 0.014 OR = 0.47) and the pseudo gene KIR2DP1 (p = 0.011 OR = 0.49) could be associated with immunity against HBV infection. Patients who carried the KIR3DL2 gene had a high HBV viral load compared to the rest of the study population. Conclusion: Our data showed an evidence of correlation between the propensity of developing chronic HBV infection and certain KIR gene frequencies and that KIR3DL1, KIR3DL2, KIR2DS1 and KIR2DP1 might confer a protective status against chronic HBV infection in Burkina Faso’s patients

Diagnostic biologique différentiel entre le paludisme et la dengue chez des patients fébriles à Ouagadougou au Burkina Faso dans un contexte d’endémie des deux maladies

La dengue constitue un problème de santé publique au Burkina Faso. Notre objectif était de faire le diagnostic biologique de la dengue chez des patients fébriles. Cette étude a porté sur 204 patients. Les kits « Dengue Duo de SD Bioline » ont été utilisés pour le dépistage. Une recherche de Plasmodium par la méthode de goutte épaisse a été réalisée chez les patients ainsi que le dosage du taux de CRP. La RT- PCR en temps réel a été utilisée pour confirmer les résultats positifs au test rapide. Environ 25,98 % des patients étaient TDR positif. L'étude a confirmé la présence de DENV chez 3,77 % des patients avec une association statistiquement significative entre le taux de plaquettes et la positivité à l’Ag NS1. Environ 87,87 % des patients qui avaient des gouttes épaisses positives présentaient également des taux de CRP élevés comparativement aux patients qui avaient des taux de CRP normaux et des gouttes épaisses positives (7,01 %) avec une différence statistiquement significative. Dans cette étude, nous proposons des pistes de diagnostic différentiel entre la dengue et le paludisme, dans un contexte d’endémie des deux maladies, à partir de paramètres biologiques tels que les taux de plaquettes et de CRP.Mots-clés: Dengue, Diagnostic, RT-PCR, Burkina FasoEnglish Title: Differential biological diagnosis between malaria and dengue in febrile patients in Ouagadougou, Burkina Faso in a context of endemic diseaseEnglish AbstractDengue fever is a public health problem in Burkina Faso. The goal of this study was to make the biological diagnosis of dengue in clinically suspect patients. This study involved 204 clinically suspected dengue patients. Dengue Duo kits from SD Bioline were used for screening. Plasmodium was investigated by the thick-film method in all patients included as well as the dosage of CRP. Complementary biological analyzes were carried out. Real-time RT-PCR was used to confirm positive results in the rapid test. Rapid tests revealed a 25.98% positive Dengue rate. The study confirmed by RT-PCR the effective presence of DENV in 3.77% of patients. Our study revealed a statistically significant association (p = 0.046) between platelet count and NS1 Ag positivity. In contrast, 87.87% (29/33) of patients who had malaria also had high CRP levels compared to patients with normal CRP and thick positive seizures (7.02%) with a statistically significant difference (p = 0.018). In this study, we confirm the responsibility of dengue arboviruses in cases of disease in our country, but also we propose ways of differential diagnosis between dengue and malaria, in an endemic context of both diseases, based on biological parameters such as platelet and CRP levels.Keywords: DENV, Diagnostic, RT-PCR, Burkina Fas

Prevalence, genetic variants and clinical implications of G-6-PD deficiency in Burkina Faso: a systematic review

Résumé Contexte Il est. actuellement bien connu que certains antipaludiques comme la primaquine, peuvent induire des crises d’anémie hémolytique graves chez les personnes présentant un déficit en G-6-PD. Les prescriptions de médicaments antipaludiques doivent donc tenir compte du statut G-6-PD du patient dans les zones d’endémie du paludisme comme le Burkina Faso où la prévalence de cette anomalie génétique est. relativement élevée. En dépit d’une grande hétérogénéité clinique observée selon la nature moléculaire du déficit et l’activité résiduelle de l’enzyme dans le globule rouge, il existe très peu de données sur la prévalence du déficit en G-6-PD et la distribution des variants génétiques en cause au Burkina Faso. Dans cette revue de la littérature nous présenterons la synthèse des différents travaux réalisés sur le déficit en G-6-PD au Burkina Faso afin de déterminer sa prévalence, la distribution probable des variants génétiques en cause et leurs implications cliniques en vue d’une politique nationale de dépistage systématique au sein des groupes les plus vulnérables au paludisme. Méthodes Une revue systématique a été réalisée pour analyser les données publiées disponibles sur la prévalence, les phénotypes et les mutations du déficit en G-6-PD au Burkina Faso Les mots clés utilisés étaient « G6PD deficiency AND Burkina Faso » en anglais ou « Déficit en G6PD AND Burkina Faso en français ». Pour identifier les articles pertinents, deux examinateurs indépendants ont examiné les titres, les résumés et le texte intégral des articles retenus. Résultats Une prévalence moyenne de 16,6% (183/1100; IC 95%: 0,145–0,190) et 6,5% (69/1066; IC 95%: 0,051–0,081) du déficit en G-6-PD a été observée respectivement chez les hommes et les femmes dans cette revue systématique. Malgré la prédominance (99,8% des cas de déficients en G-6-PD) du variant G-6-PD A- 202A/376G, les variants Santamaria et Betica Selma ont été identifiées au Burkina Faso. Indépendamment de la méthode utilisée, la prévalence du déficit enzymatique était significativement plus élevée chez les hommes (2,5–20,5%) comparativement aux femmes (3,3–12,3%). Conclusion Cette revue systématique suggère qu’en dépit de l’ubiquité du variant G-6-PD A- 202A/376G au Burkina Faso, il est. nécessaire de prendre en compte les variants Santamaria et Betica Selma, bien que leurs fréquences restent à préciser. Un dépistage systématique de la déficience en G-6-PD est. également nécessaire pour prévenir la survenue d’accidents hémolytiques iatrogènes notamment chez les populations les plus vulnérables au paludisme

Distribution of high- and low-risk human papillomavirus genotypes and their prophylactic vaccination coverage among West African women: systematic review

Abstract Introduction The second most deadly gynecological cancer worldwide, cervical cancer is steadily on the rise in sub-Saharan Africa, while vaccination programs are struggling to get off the ground. This systematic review’s aim was to assess the prevalence and distribution of high- and low-risk HPV genotypes in West African women. Methods Original studies were retrieved from PubMed/Medline, Embase, Scopus, Google Scholar, and Science Direct. In these studies, Human papillomavirus (HPV) DNA was assessed in cervical samples by polymerase chain reaction (PCR), Hybrid capture, and sequencing. The quality of the articles was assessed and the results were extracted and reviewed. Results Thirty-nine studies from 10 West African countries were included for the systematic review including 30 for the pooled analysis. From an overall of 17358 participants, 5126 of whom were infected with at least one HPV genotype, the systematic review showed a prevalence varying from 8.9% to 81.8% in the general population. In contrast, the pooled prevalence of infection was 28.6% (n = 3890; 95% CI 27.85–29.38), and HPV-52 (13.3%), HPV-56 (9.3%), and HPV-35 (8.2) were the most frequent. Quadrivalent and nonavalent vaccines covered 18.2% and 55.8% of identified genotypes respectively. Conclusion Faced with this growing public health challenge in West Africa, it would be necessary for all its countries to have reliable data on HPV infection and to introduce the nonavalent vaccine. A study of the genotypic distribution of HPV in high-grade precancerous lesions and cervical cancer would be very useful in West Africa

Prévalence sous-estimée de Pneumocystis jirovecii chez les personnes séropositives au VIH-1 au Burkina Faso

La pneumocystose à Pneumocystis jirovecii (PCP) est une infection opportuniste grave chez l’immunodéprimé. L’objectif de cette étude était de déterminer la prévalence de la PCP chez patients VIH-1positifs. Des échantillons de crachat de 83 patients ont été collectés dans des boites à crachat à usage unique. Après un mélange de l’échantillon avec 4 % de solution de NaOH, une série de centrifugation a été effectuée. Le culot a été récupéré dans des tubes Eppendorf et conservé à -20°C avant l’extraction de l’ADN. L’extraction et l’amplification de l’ADN ont ét é faites avec le kit « Pneumocystis jirovecii (carinii) Real – TM ». L’appar eil Real Time PCR Fast 7500 a été utilisé pour l’amplification. Les résultats de notre étude ont montré la présence de la PCP chez 84,34 % des patients. Parmi eux 61,4% avaient un taux de CD4 compris entre 200 à 350 Cellules/μl et 38,6 % des patients avaient un taux de CD4 < 200 Cellules/μl. Les femmes étaient les plus to uchée s (74,7 %). La toux , l’expectoration et la fièvre sont les signes cliniques les plus asso cié es à la survenue d’une PCP. Notre travail a permis de révéler la présence de cette maladie au sein des patients VIH-1positifs suivis à l’Hopital Saint Camille de Ouagadougou.Mots-clés: Pneumocystis à P. jirovecii, VIH, PCR en Temps Réelle, Burkina FasoEnglish Title: Underestimated presence of Pneumocystis jirovecii in HIV-1 infected people in Burkina FasoEnglish AbstractPneumocystis jirovecii pne umoc ystis (PCP) is a severe opport unistic in fe ction in immunocompromised patients. The objective of this s tudy was to determine the prevalence of PCP in HIV- 1 patients. Sputum samples from 83 patients were collected in single-use sputum boxes. After mixing the sample with 4% NaOH solution, a series of centrifugation was performed. The pellet was recovered in Eppendorf tubes and stored at -20 ° C p rior to DNA e xtraction. Extraction and amplification of the DNA w as done with the kit "Pneumocystis jirovecii (Carinii) Real - TM". Real Time PCR Fast 7500 was used for amplification. The results of our study showed the presence of PCP in among 84.34% of the HIV-1 positive patients. Among them, 61.4% had a CD4 count between 200 and 350 cells / μl and 38.6% of patients had a CD4 count <200 cells / μl. Women were the most affected (74.7%). Cough, sputum and fever were the clinical signs mostly associated with the occurrence of PCP. Our work has revealed the presence of this disease in HIV-1 positive patients followed at St. Camille Hospital in Ouagadougou.Keywords: P. jirovecii Pneumocystis, HIV, Real-Time PCR, Burkina Fas

Oncogenic human papillomavirus infection and genotypes characterization among sexually active women in Tenkodogo at Burkina Faso, West Africa

Objective: This study was conducted to determine the prevalence and distribution of high-risk human papillomavirus (HR-HPV) genotypes among sexually active women in Tenkodogo, Burkina Faso. Methods: Among 131 sexually active women attending the Tenkodogo Urban Medical Center, endocervical samples were collected prior to screening for precancerous lesions. After viral DNA extraction, fourteen HR-HPV genotypes were characterized by real-time multiplex PCR in these cervical samples. Results: The mean age was 35.5 ± 9.5 years. Of the 131 women, 45 were infected with at least one HR-HPV genotype. The prevalence of HR-HPV infection among these women was 34.4%. Among the 45 oncogenic HPV-infected women, single HR-HPV genotype was found in 55.6% while 44.4% were infected with more than one HR-HPV genotype. The most frequent genotypes were HPV56 (36.5%), HPV66 (36.5%). Conclusion: Tenkodogo women included in this study had a higher prevalence of HPV 56, HPV 66. A larger study with a more representative sample would therefore be needed to determine predominant oncogenic genotypes in the subregion and especially in cancer cases. Keywords: High-risk HPV, Real time PCR, Genotypes, Multiple infections, Tenkodog

Genotypic distribution of human oncogenic papillomaviruses in sexually active women in Burkina Faso: Central, Central-Eastern and Hauts-Bassins regions

this study was conducted to determine the distribution of high-risk human papillomavirus (HR-HPV) genotypes in women in the general population of three regions of Burkina Faso