Cracking the Code of Human Diseases Using Next-Generation Sequencing: Applications, Challenges, and Perspectives

Next-generation sequencing (NGS) technologies have greatly impacted on every field of molecular research mainly because they reduce costs and increase throughput of DNA sequencing. These features, together with the technology's flexibility, have opened the way to a variety of applications including the study of the molecular basis of human diseases. Several analytical approaches have been developed to selectively enrich regions of interest from the whole genome in order to identify germinal and/or somatic sequence variants and to study DNA methylation. These approaches are now widely used in research, and they are already being used in routine molecular diagnostics. However, some issues are still controversial, namely, standardization of methods, data analysis and storage, and ethical aspects. Besides providing an overview of the NGS-based approaches most frequently used to study the molecular basis of human diseases at DNA level, we discuss the principal challenges and applications of NGS in the field of human genomics

Differences in DNA methylation profile of Th1 and Th2 cytokine genes are associated with tolerance acquisition in children with IgE-mediated cow's milk allergy

Epigenetic changes in DNA methylation could regulate the expression of several allergy-related genes. We investigated whether tolerance acquisition in children with immunoglobulin E (IgE)-mediated cow's milk allergy (CMA) is characterized by a specific DNA methylation profile of Th2 (IL-4, IL-5) and Th1 (IL-10, IFN-γ)-associated cytokine genes

Rapporto sul fenomeno di uso ed abuso di sostanze stupefacenti nella Regione Abruzzo. Anno 2005.

Report on the state of legal and illegal substances use in the territory of Abruzzo RegionIl report analizza il fenomeno delle dipendenze nel territorio della Regione Abruzzo. La descrizione del fenomeno si sviluppa intorno all\u27analisi degli indicatori individuati dall\u27Osservatorio Europeo delle Dipendenze di Lisbona (OEDT): 1-uso di sostanze nella popolazione generale (questo indicatore va a rilevare i comportamenti nei confronti di alcol e sostanze psicoattive da parte della popolazione generale); 2-prevalenza d\u27uso problematico delle sostanze psicoattive; 3-domanda di trattamento degli utilizzatori di sostanze; 4-mortalit? degli utilizzatori di sostanze; 5-malattie infettive. Altri due importanti indicatori che si stanno sviluppando, e che vengono qui illustrati, sono l\u27analisi delle Schede di Dimissione Ospedaliera (SDO) e gli indicatori relativi alle conseguenza sociali dell\u27uso di droghe (criminalit? droga correlata). Inoltre sono state applicate diverse metodologie standard di stima sia per quantificare la quota parte sconosciuta di utilizzatori di sostanze che non afferiscono ai servizi, sia per identificarne alcune caratteristiche

Rapporto sul fenomeno di uso e abuso di sostanze stupefacenti nella Regione Abruzzo. Anno 2006

Report on the state of legal and illegal substances use in the territory of the Region AbruzzoIl report analizza il fenomeno delle dipendenze nel territorio della ASL Milano 2. La descrizione del fenomeno si sviluppa intorno all\u27analisi degli indicatori individuati dall\u27Osservatorio Europeo delle Dipendenze di Lisbona (OEDT): 1) uso di sostanze nella popolazione generale (questo indicatore va a rilevare i comportamenti nei confronti di alcol e sostanze psicoattive da parte della popolazione generale; 2) prevalenza d\u27uso problematico delle sostanze psicoattive; 3) domanda di trattamento degli utilizzatori di sostanze; 4) mortalit? degli utilizzatori di sostanze; 5) malattie infettive. Altri due importanti indicatori che si stanno sviluppando, e che vengono qui illustrati, sono l\u27analisi delle Schede di Dimissione Ospedaliera (SDO) e gli indicatori relativi alle conseguenza sociali dell\u27uso di droghe (criminalit? droga correlata). Inoltre sono state applicate diverse metodologie standard di stima sia per quantificare la quota parte sconosciuta di utilizzatori di sostanze che non afferiscono ai servizi, sia per identificarne alcune caratteristiche

Il fenomeno delle dipendenze nella regione Abruzzo. Rapporto anno 2010

-Il Report analizza il fenomeno delle dipendenze nella regione Abruzzo. La descrizione del fenomeno si sviluppa intorno all\u27analisi degli indicatori individuati dall\u27Osservatorio Europeo delle Dipendenze di Lisbona (OEDT): 1-uso di sostanze nella popolazione generale (questo indicatore va a rilevare i comportamenti nei confronti di alcol e sostanze psicoattive da parte della popolazione generale); 2-prevalenza d\u27uso problematico delle sostanze psicoattive; 3-domanda di trattamento degli utilizzatori di sostanze; 4-mortalit? degli utilizzatori di sostanze; 5-malattie infettive. Altri due importanti indicatori che si stanno sviluppando, e che vengono qui illustrati, sono l\u27analisi delle Schede di Dimissione Ospedaliera (SDO) e gli indicatori relativi alle conseguenza sociali dell\u27uso di droghe (criminalit? droga correlata). Inoltre sono state applicate diverse metodologie standard di stima sia per quantificare la quota parte sconosciuta di utilizzatori di sostanze che non afferiscono ai servizi, sia per identificarne alcune caratteristiche

Rapporto sul fenomeno di uso e abuso di sostanze stupefacenti nella Regione Abruzzo. Anno 2007.

Report on the state of legal and illegal substances use in the territory of Abruzzo Region.Il report analizza il fenomeno delle dipendenze nel territorio della Regione Abruzzo. La descrizione del fenomeno si sviluppa intorno all\u27analisi degli indicatori individuati dall\u27Osservatorio Europeo delle Dipendenze di Lisbona (OEDT): 1-uso di sostanze nella popolazione generale (questo indicatore va a rilevare i comportamenti nei confronti di alcol e sostanze psicoattive da parte della popolazione generale); 2-prevalenza d\u27uso problematico delle sostanze psicoattive; 3-domanda di trattamento degli utilizzatori di sostanze; 4-mortalit? degli utilizzatori di sostanze; 5-malattie infettive. Altri due importanti indicatori che si stanno sviluppando, e che vengono qui illustrati, sono l\u27analisi delle Schede di Dimissione Ospedaliera (SDO) e gli indicatori relativi alle conseguenza sociali dell\u27uso di droghe (criminalit? droga correlata). Inoltre sono state applicate diverse metodologie standard di stima sia per quantificare la quota parte sconosciuta di utilizzatori di sostanze che non afferiscono ai servizi, sia per identificarne alcune caratteristiche

Il Fenomeno delle Dipendenze nella Regione Abruzzo. Rapporto Anno 2009

Report on the state of legal and illegal substances use in the territory of Abruzzo RegionIl Report analizza il fenomeno delle dipendenze nella Regione Abruzzo. La descrizione del fenomeno si sviluppa intorno all\u27analisi degli indicatori individuati dall\u27Osservatorio Europeo delle Dipendenze di Lisbona (OEDT): 1-uso di sostanze nella popolazione generale (questo indicatore va a rilevare i comportamenti nei confronti di alcol e sostanze psicoattive da parte della popolazione generale); 2-prevalenza d\u27uso problematico delle sostanze psicoattive; 3-domanda di trattamento degli utilizzatori di sostanze; 4-mortalit? degli utilizzatori di sostanze; 5-malattie infettive. Altri due importanti indicatori che si stanno sviluppando, e che vengono qui illustrati, sono l\u27analisi delle Schede di Dimissione Ospedaliera (SDO) e gli indicatori relativi alle conseguenza sociali dell\u27uso di droghe (criminalit? droga correlata). Inoltre sono state applicate diverse metodologie standard di stima sia per quantificare la quota parte sconosciuta di utilizzatori di sostanze che non afferiscono ai servizi, sia per identificarne alcune caratteristiche

Sistema Integrato Multicentrico di Indicatori. Rapporto 2005. Provincia di Pescara

The SIMI (Integrated System of Indicators multicenter) Project contributes to the development of an integrated management of informative data streams related to drug addicted persons. This report analyzes the phenomenon of addiction on the territory of Pescara province through a description of the network services that provide care and rehabilitation of those addicted. Besides the characteristics of users of local services for addictions, has been developed the analysis of the subjects reported to the prefectures for use of illegal drugs and any action taken. Standard methods of estimation were also applied to quantify the proportion of users of substances that do not relate to services and to identify certain characteristics.Il Progetto SIMI (Sistema Integrato Multicentrico di Indicatori) intende contribuire allo sviluppo di una gestione integrata e sinergica dei flussi informativi relativi ai consumatori di sostanze stupefacenti afferenti alle diverse amministrazioni dello Stato. In linea con quanto proposto dall\u27Osservatorio europeo di Lisbona, per la descrizione e analisi del fenomeno connesso all\u27uso/abuso di sostanze, risulta di fondamentale importanza la possibilit? di ottenere informazioni esaustive e comparabili sulle persone che usano e/o abusano di sostanze psicotrope. Il presente rapporto analizza il fenomeno delle dipendenze sul territorio della provincia di Pescara attraverso la descrizione della rete dei servizi preposti alla cura e riabilitazione dei soggetti tossicodipendenti. Accanto alle caratteristiche degli utenti dei servizi territoriali per le dipendenze, ? stata sviluppata l\u27analisi dei soggetti segnalati alle Prefetture per uso di sostanze illegali e degli eventuali provvedimenti adottati. Sono state inoltre applicate metodologie standard di stima per quantificare la quota parte di utilizzatori di sostanze che non afferiscono ai servizi e per identificarne alcune caratteristiche

Epigenetic features of FoxP3 in children with cow’s milk allergy

BACKGROUND: DNA methylation of the Th1 and Th2 cytokine genes is altered during cow's milk allergy (CMA). Forkhead box transcription factor 3 (FoxP3) is essential for the development and function of regulatory T cells (Tregs) and is involved in oral tolerance acquisition. We assessed whether tolerance acquisition in children with IgE-mediated CMA is associated with DNA demethylation of the Treg-specific demethylated region (TSDR) of FoxP3. RESULTS: Forty children (aged 3-18 months) were enrolled: 10 children with active IgE-mediated CMA (group 1), 10 children who outgrew CMA after dietary treatment with an extensively hydrolyzed casein formula containing the probiotic Lactobacillus rhamnosus GG (group 2), 10 children who outgrew CMA after treatment with other formulas (group 3), and 10 healthy controls (group 4). FoxP3 TSDR demethylation and expression were measured in mononuclear cells purified from peripheral blood of the four groups of children. FoxP3 TSDR demethylation was significantly lower in children with active IgE-mediated CMA than in either children who outgrew CMA or in healthy children. Formula selection influenced the FoxP3 TSDR demethylation profile. The FoxP3 TSDR demethylation rate and expression level were correlated. CONCLUSIONS: Tolerance acquisition in children with IgE-mediated CMA involves epigenetic regulation of the FoxP3 gene. This feature could be a new target for preventive and therapeutic strategies against CMA