Towards a genome-wide transcriptogram: the Saccharomyces cerevisiae case

A genome modular classification that associates cellular processes to modules could lead to a method to quantify the differences in gene expression levels in different cellular stages or conditions: the transcriptogram, a powerful tool for assessing cell performance, would be at hand. Here we present a computational method to order genes on a line that clusters strongly interacting genes, defining functional modules associated with gene ontology terms. The starting point is a list of genes and a matrix specifying their interactions, available at large gene interaction databases. Considering the Saccharomyces cerevisiae genome we produced a succession of plots of gene transcription levels for a fermentation process. These plots discriminate the fermentation stage the cell is going through and may be regarded as the first versions of a transcriptogram. This method is useful for extracting information from cell stimuli/responses experiments, and may be applied with diagnostic purposes to different organisms

Transformação estável da linhagem celular BTI-Tn-5B1-4 utilizando o gene 25KFP do baculovirus AgMNPV.

bitstream/CENARGEN/29465/1/bp188.pd

Identifying and correcting oblique striping in the topodata digital elevation model.

The Topodata digital elevation model (DEM) is the best DEM available for digital soil mapping (DSM) in Brazil. However, it is not ready to use. We show that the kriging interpolator used to downscale the SRTM DEM from 3 arc-seconds to 1 arc-second spatial resolution increased the double oblique striping (15º and 60º) so common to SRTM DEMs. This is because kriging is quite sensitive to outliers. Besides, the Gaussian model of spatial covariance used in the downscaling enhanced the sensitivity of kriging to outliers, thus enhancing the striping. 2D Fast Fourier Transform can be used to identify whether a destriping procedure need to be employed. The bilinear or cubic resampling methods should be used to warp Topodata DEMs because they are insensitive to the double oblique striping

Macrologística da exportação de grãos: atualidades e perspectivas dos portos do arco norte.

O Brasil vem superando anualmente seus recordes de produção agropecuária, balizando grande parte desta evolução no aumento da produção de milho e soja. Essa safra percorre trajetos complexos e sujeitos a pontos frágeis desde sua origem na produção até o seu destino no mercado nacional e internacional. Frente à degradação e à insuficiência da malha viária, as melhorias logísticas podem, em muitos casos, representar ganhos superiores aos da adoção de novas tecnologias agrícolas. Em especial, a logística direcionada para os portos do norte do país, região mais próxima dos mercados internacionais. Objetivou-se com este trabalho quantificar e qualificar os portos dos estados do Amazonas, Pará, Amapá e Maranhão, chamados de Arco Norte, de forma a verificar se a capacidade atual e futura dos mesmos será suficiente para escoar a produção brasileira de milho e soja em um cenário de levar 40% da safra para o norte. Conclui-se que a capacidade atual dos portos do Arco Norte é suficiente para o escoamento das safras frente ao cenário atual, mas demanda uma expansão se for considerado um cenário de projeções mais otimistas

Black soils.

Definition and description; Global distribution of hotspot; Global carbon stocks and additional carbon storage potential; Importance of black soil conservation for the provision of specific ecosystem services; General challenges and trends related to the black soils

Comparison of methods for organic matter removal applied in Brazilian Ferralsols.

Latossolos podem apresentar dispersão deficiente na análise granulométrica, devido à presença de microagregados de alta estabilidade, contribuindo para superestimar a fração silte. O objetivo desse estudo foi avaliar qualitativamente os métodos do hipoclorito de sódio (NaClO) e peróxido de hidrogênio (H2O2) para remoção da matéria orgânica do solo (MOS) em horizontes A e B de cinco perfis de Latossolos de várias regiões do Brasil. O método do NaClO foi mais rápido e prático, porém mostrou interações com a fração mineral, haja vista o padrão de dispersão de amostras do horizonte A. As interações entre a MOS e os óxidos parecem regular o efeito dispersivo do NaClO. Já o H2O2 foi considerado inapropriado para laboratórios de análises de rotina, devido, principalmente, ao longo tempo necessário para completar a reação. Efeitos sobre a fração mineral foram deduzidos pela dispersão da fração mais fina e alterações em minerais no solo. Assim, a aplicabilidade dos dois métodos aos Latossolos requer adaptações e, portanto, estudos mais detalhados

Avaliação do Cenário Agropecuário Atual de Assentamentos Rurais do MATOPIBA.

Land use and suitability are essential tools for territorial planning of rural settlement. This work describes an analysis of these factors in a group of 18 MATOPIBA consolidated rural settlements created more than 10 years ago. These settlements are located in 12 different cities, 1 in Bahia, 6 in Maranhão and 11 in Tocantins, summarizing more than 77 thousand hectares and sheltering almost one thousand families. Regional scale data allows an overview of the situation. A land use analysis indicates a majority of natural vegetation and pasture, which represents 56% and 36%, respectively. Land suitability presents that 63% of the area is suitable for crops use and 36% for pasture. The intensive use for crops heavily depends on the use of technology. This can be a limiting factor for the development of many rural settlements. The intensive use to the land for agriculture heavily depends on the technology application. These results provide a background to discussions about suitable land use and regional development

Caracterização do gene 25k FP de Anticarsia gemmatalis nucleopolyhedrovirus.

bitstream/CENARGEN/24691/1/bp044.pd

Bringing together Brazilian soil scientists to share soil data.

Brazilian soil scientists have recently created a soil data repository using community-built standards and following open data policies in an attempt to address the issues mentioned above. The Free Brazilian Repository for Open Soil Data - febr -, accessible through www.ufsm.br/febr, is a centralized repository targeted at storing open soil data and serving it in a standardized and harmonized format, for various applications. This paper describes the features of febr and the opportunities that it creates for soil science.Na publicação: Wenceslau Teixeira