Efeitos da quitosana no desenvolvimento in vitro de videiras cv. merlot e no crescimento micelial do fungo elsinoe ampelina.

Objetivou-se, neste trabalho, avaliar o efeito da quitosana no desenvolvimento in vitro de plântulas de videira cv. Merlot e sua atividade antifúngica sobre Elsinoe ampelina. No primeiro experimento, explantes da cultivar Merlot foram transferidos para meio de cultura DSD1, acrescido das concentrações 0; 25; 50,100; 150 e 200 mg L-1 de quitosana. Após 90 dias de cultivo in vitro, as plântulas foram avaliadas quanto ao número de raízes e de folhas, porcentagem de enraizamento e brotação, comprimento de raízes e de parte aérea, massa fresca da planta. No segundo experimento, incorporou-se às concentrações 0, 60, 120, 180, 240 e 300 mg L-1 de quitosana ao meio BDA, onde inoculou-se o fungo. Posteriormente, avaliou-se o crescimento micelial aos 6 e 9 dias de incubação a 25º C no escuro. No primeiro experimento para as variáveis comprimento médio da parte aérea, massa fresca da planta inteira, porcentagem de enraizamento e porcentagem de estacas brotadas houve decréscimo linear em função das concentrações de quitosana. No segundo experimento, houve efeito linear negativo em função das concentrações crescentes de quitosana, sendo que a inibição do crescimento micelial foi de 81,7%, demonstrando o grande potencial do uso de quitosana no controle da antracnose da videira

Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

Using the Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) technology, the FANTOM5 consortium provided one of the most comprehensive maps of transcription start sites (TSSs) in several species. Strikingly, ~72% of them could not be assigned to a specific gene and initiate at unconventional regions, outside promoters or enhancers. Here, we probe these unassigned TSSs and show that, in all species studied, a significant fraction of CAGE peaks initiate at microsatellites, also called short tandem repeats (STRs). To confirm this transcription, we develop Cap Trap RNA-seq, a technology which combines cap trapping and long read MinION sequencing. We train sequence-based deep learning models able to predict CAGE signal at STRs with high accuracy. These models unveil the importance of STR surrounding sequences not only to distinguish STR classes, but also to predict the level of transcription initiation. Importantly, genetic variants linked to human diseases are preferentially found at STRs with high transcription initiation level, supporting the biological and clinical relevance of transcription initiation at STRs. Together, our results extend the repertoire of non-coding transcription associated with DNA tandem repeats and complexify STR polymorphism

Cogumelo "shiitake" (Lentinula edodes) reduz o crescimento de fitopatógenos e a severidade de manchas foliares em sorgo “shiitake” (Lentinula edodes) mushroom reduces growth of plant pathogens and leaf spot severity in sorghum

Lentinula edodes (cogumelo "shiitake") é um fungo basidiomiceto que apresenta propriedades nutricionais, medicinais e antibióticas. Compostos de interesse para o homem têm sido isolados do basidiocarpo e dos filtrados de cultura obtidos a partir do crescimento micelial. O presente trabalho teve como objetivos avaliar o efeito de diferentes preparações de L. edodes sobre patógenos da cultura do sorgo, Exserohilum turcicum e Colletotrichum sublineolum, bem como a proteção das plantas de sorgo contra estes patógenos. Em testes com placas de Petri e lâminas de vidro para microscopia, extratos aquosos obtidos do basidiocarpo inteiro e de suas partes individualizadas, píleo e estipe, reduziram a taxa de crescimento micelial e inibiram a germinação de esporos dos fungos, enquanto a atividade antifúngica do filtrado de crescimento micelial foi menos pronunciada. Em mesocótilos de sorgo, as diferentes preparações do "shiitake" não provocaram o acúmulo de fitoalexinas. O extrato aquoso do basidiocarpo e o composto lentinana reduziram parcialmente a severidade das doenças provocadas por E. turcicum na cv. Brandes e por C. sublineolum na cv. Tx-398-B, quando pulverizados 48 horas antes da inoculação das plantas, sob condições de casa de vegetação. Portanto, L. edodes apresenta potencial como agente de controle biológico ou como um modelo para a síntese de substâncias fungicidas.<br>Lentinula edodes ("shiitake" mushroom) is a fungus that presents nutritional, medicinal and antibiotic properties. Valuable compounds have been isolated from the fruiting bodies and from mycelium growth filtrates. The present work had as objectives the evaluation of the effect of L. edodes preparations on two sorghum pathogens, Exserohilum turcicum and Colletotrichum sublineolum, as well as the protection of sorghum plants against those fungi. When in vitro studies were carried out, aqueous extracts from the whole fruiting bodies and also from fruiting body parts, cap and stem, reduced the mycelium growth and the spore germination of the plant pathogens, while the antifungal activity of L. edodes´s mycelium growth filtrate was less pronounced. The shiitake preparations did not induce phytoalexin accumulation in sorghum mesocotyls. Aqueous extracts from fruiting bodies and lentinan partially reduced disease severity caused by E. turcicum in the cv. Brandes and by C. sublineolum in the cv. Tx-398-B, when applied 48 hours before plant inoculation. Therefore, L. edodes exhibits potential as a biological control agent or as a model for the synthesis of fungicidal compounds