Технологии комплексного интеллектуального анализа клинических данных

The paper presents the system for intelligent analysis of clinical information. Authors describe methods implemented in the system for clinical information retrieval, intelligent diagnostics of chronic diseases, patient’s features importance and for detection of hidden dependencies between features. Results of the experimental evaluation of these methods are also presented.Background: Healthcare facilities generate a large flow of both structured and unstructured data which contain important information about patients. Test results are usually retained as structured data but some data is retained in the form of natural language texts (medical history, the results of physical examination, and the results of other examinations, such as ultrasound, ECG or X-ray studies). Many tasks arising in clinical practice can be automated applying methods for intelligent analysis of accumulated structured array and unstructured data that leads to improvement of the healthcare quality.Aims: the creation of the complex system for intelligent data analysis in the multi-disciplinary pediatric center.Materials and methods: Authors propose methods for information extraction from clinical texts in Russian. The methods are carried out on the basis of deep linguistic analysis. They retrieve terms of diseases, symptoms, areas of the body and drugs. The methods can recognize additional attributes such as «negation» (indicates that the disease is absent), «no patient» (indicates that the disease refers to the patient’s family member, but not to the patient), «severity of illness», «disease course», «body region to which the disease refers». Authors use a set of hand-drawn templates and various techniques based on machine learning to retrieve information using a medical thesaurus. The extracted information is used to solve the problem of automatic diagnosis of chronic diseases. A machine learning method for classification of patients with similar nosology and the method for determining the most informative patients’ features are also proposed.Results: Authors have processed anonymized health records from the pediatric center to estimate the proposed methods. The results show the applicability of the information extracted from the texts for solving practical problems. The records of patients with allergic, glomerular and rheumatic diseases were used for experimental assessment of the method of automatic diagnostic. Authors have also determined the most appropriate machine learning methods for classification of patients for each group of diseases, as well as the most informative disease signs. It has been found that using additional information extracted from clinical texts, together with structured data helps to improve the quality of diagnosis of chronic diseases. Authors have also obtained pattern combinations of signs of diseases.Conclusions: The proposed methods have been implemented in the intelligent data processing system for a multidisciplinary pediatric center. The experimental results show the availability of the system to improve the quality of pediatric healthcare. Обоснование. Медицинские учреждения генерируют большой поток как структурированных, так и неструктурированных данных, содержащих важную информацию о пациентах. В структурированном виде, как правило, хранятся результаты анализов, однако подавляющее количество данных хранится в неструктурированной форме в виде текстов на естественном языке (анамнезы, результаты осмотров, описания результатов обследований, таких как УЗИ, ЭКГ, рентгеновских исследований и др.). Используя методы интеллектуальной обработки накопленных массивов структурированных и неструктурированных данных, можно автоматизировать решение многих задач, возникающих в клинической практике и повысить качество медицинской помощи.Цель исследования: создание комплексной системы интеллектуальной обработки данных в многопрофильном педиатрическом центре.Методы. Извлечение информации из клинических текстов на русском языке осуществляется на основе полного лингвистического анализа. Извлекаются упоминания заболеваний, симптомов, областей тела, лекарственных препаратов. В тексте также распознаются атрибуты заболеваний: «отрицание» (указывает на то, что заболевание отсутствует), «не пациент» (указывает на то, что заболевание относится не к пациенту, а к его родственнику), «тяжесть заболевания», «течение заболевания», «область тела, к которой относится заболевание». Для извлечения информации используются медицинские тезаурусы, набор вручную составленных шаблонов, а также различные методы на основе машинного обучения. Полученные из текстов данные используются для решения задачи автоматической диагностики хронических заболеваний. Предложен метод на основе машинного обучения для классификации пациентов со схожими нозологиями, а также метод для определения наиболее информативных признаков.Результаты. Экспериментальное исследование разработанных методов проводилось на обезличенных историях болезни пациентов педиатрического центра. Проведена оценка качества разработанных методов извлечения информации из клинических текстов на русском языке. Проведена экспериментальная оценка метода автоматической диагностики на данных пациентов с аллергическими заболеваниями и болезными органов дыхания, нефрологическими и ревматическими заболеваниями. Определены наиболее подходящие методы машинного обучения для классификации пациентов для каждой группы заболеваний, а также наиболее информативные признаки. Использование данных, извлеченных из клинических текстов совместно со структурированными данными, позволило повысить качество диагностики хронических заболеваний по сравнению с использованием лишь доступных структурированных данных. Получены также шаблонные комбинации признаков заболеваний.Заключение. Разработанные методы были реализованы в системе интеллектуальной обработки данных в многопрофильном педиатрическом центре. Проведенные исследования свидетельствуют о перспективности использования системы для повышения качества медицинской помощи пациентам детской возрастной категории

Мониторинг чрезвычайных происшествий с помощью анализа данных из социальных сетей

The paper presents a prototype of a system for monitoring emergency events in a particular geographic region by analyzing social media data. We consider architecture, the main components of the system, as well as methods for crawling and processing emergency-related messages. The methods provide functionality for collecting emergency reports, information extraction, including the names of geographical locations and names of vessels, text classification, as well as new emergencies detection, and visualizing extracted events on a geographical map. As one of the possible future functions of the system, it is proposed to consider the evaluation of the informative nature of messages published in social networks and other sources. Evaluation of informativeness could be useful both in data collection and in the calculation of the relevance of answers when searching information in the system.Исследовано создание прототипа системы для решения задач мониторинга чрезвычайных ситуаций (ЧС) в заданной географической области на основе анализа данных из социальных сетей. Рассмотрена архитектура системы, ее основные компоненты, а также лежащие в их основе методы сбора и анализа текстовой информации. Описаны методы сфокусированного сбора сообщений о ЧС из разнородных источников, извлечения информации из текстов, включая названия географических объектов и наименования морских и речных судов, классификации сообщений, а также методы обнаружения новых ЧС в потоке сообщений и их визуализации на географической карте

Towards Automated Identification of Technological Trajectories

The paper presents a text mining approach to identifying technological trajectories. The main problem addressed is the selection of documents related to a particular technology. These documents are needed to identify a trajectory of the technology. Two different methods were compared (based on word2vec and lexical-morphological and syntactic search). The aim of developed approach is to retrieve more information about a given technology and about technologies that could affect its development. We present the results of experiments on a dataset containing over 4.4 million of documents as a part of USPTO patent database. Self-driving car technology was chosen as an example. The result of the research shows that the developed methods are useful for automated information retrieval as the first stage of the analysis and identification of technological trajectories. © Springer Nature Switzerland AG 2019

На пути к автоматизированному мета-анализу биомедицинских текстов в области клеточной иммунотерапии

Cell-based immunotherapy is a promising approach for the treatment of chronic infections, autoimmune disorders, and malignant tumors. There are many strategies of cell-based immunotherapy of cancer; these include injection of various immune effector cells, propagated and «trained» in a cell culture. Alternatively, cells presenting tumor antigens on their surface in a form recognized by the immune system can be used to achieve a therapeutic effect. The research results in this field are presented in thousands of texts, and their manual analysis is very complicated. We have developed an approach for automated text analysis in this area of biomedical science. Here we present the first results of the automated analysis of the data extracted from abstracts of scientific articles available in PubMed. These results demonstrate the associations between types of tumors and the most commonly used methods of their cell-based immunotherapy.Клеточная иммунотерапия это перспективный подход к лечению хронических инфекций, аутоиммунных нарушений и злокачественных опухолей. Существует множество стратегий иммунотерапии рака, включая инъекции различных иммунных эффекторных клеток, размноженных и «обученных» в клеточной культуре. В качестве альтернативы для достижения терапевтического эффекта могут быть использованы клетки, представляющие опухолевый антиген на своей поверхности в «понятном» для иммунной системы виде. Результаты исследований в этой области представлены в тысячах текстов, ручной анализ которых затруднен. Мы разработали подход для автоматического анализа текстов в этой области биомедицинской науки. В данной работе мы представляем первые результаты автоматического анализа данных, извлеченных из абстрактов научных статей, доступных в PubMed. На корпусе извлеченных текстов мы демонстрируем ассоциации между типами опухолей и наиболее часто используемыми способами клеточной терапии