Aplicación web para convertir archivos a un formato compatible entre diferentes softwares de análisis de redes biológicas

Se presenta una aplicación Web de acceso libre destinado a lacomunidad científica. Su objetivo es compatibilizar formatos de diversos software utilizados en el análisis de redes biológicas (redes génicas, regulatorias, de señales, y/o metabólicas). La aplicación web transforma los archivos con sintaxis tipo CellNetAnalyzer a otros formatos aptos para los programas Cytoscape, Binom, Diva,y MFinder. Ello permite así potenciar las prestaciones obtenibles de cada software. Además, la aplicación web también computa la matriz de incidencia, siendo ésta un insumo para la posterior determinación de la estructura modular del sistema. La aplicación web desarrollada tiene múltiples ventajas: (a) cubre una necesidad previamente insatisfecha; (b) permite el ingreso y procesamiento de datos de redes de gran tamaño evitando el ingreso individual de datos a través de interfaces gráficas; (c) no se requiere de ningún conocimiento de programación para su utilización; (d) el debugging incorporado localiza y facilita la corrección de errores en el archivo fuente. En conclusión, más investigadores podrán aplicar las herramientas del análisis de redes en los campos de biomedicina y biotecnología, así como su enseñanza en el ámbito universitario. La aplicación web se encuentra accesible para ser utilizada online en la dirección www.desarrollosdg.com.ar/Guebel/archivo1.phpA web application devoted to the scientific community with interest in the analysis of biological networks is presented. By this open service, different software packages frequently used for the analysis of complex biological networks (genes, regulatory, signals, and/or metabolic) can be reconciled. In this way, the practical scope of software packages is synergized. Hence, files with CellNetAnalyzer syntax can be transformed into other formats by the application developed, thus enabling the usage of the software Cytoscape, Binom, Diva, and MFinder. In addition, the web application also computes the incidence matrix, this being an input for the subsequent determination of the modular structure of the system. The application developed has several advantages: (a) it covers a need previously unsatisfied; (b) allows the entry and processing of data from large networks avoiding individual income data through graphical interfaces; (c) does not require any programming knowledge to use; (d) the built-in debugging locates and facilitates correction of errors in the source file. In conclusion, more investigators can apply this type of analysis in biomedicine and biotechnological research, as well as for teaching these disciplines at the university.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Aplicación web para convertir archivos a un formato compatible entre diferentes softwares de análisis de redes biológicas

Se presenta una aplicación Web de acceso libre destinado a lacomunidad científica. Su objetivo es compatibilizar formatos de diversos software utilizados en el análisis de redes biológicas (redes génicas, regulatorias, de señales, y/o metabólicas). La aplicación web transforma los archivos con sintaxis tipo CellNetAnalyzer a otros formatos aptos para los programas Cytoscape, Binom, Diva,y MFinder. Ello permite así potenciar las prestaciones obtenibles de cada software. Además, la aplicación web también computa la matriz de incidencia, siendo ésta un insumo para la posterior determinación de la estructura modular del sistema. La aplicación web desarrollada tiene múltiples ventajas: (a) cubre una necesidad previamente insatisfecha; (b) permite el ingreso y procesamiento de datos de redes de gran tamaño evitando el ingreso individual de datos a través de interfaces gráficas; (c) no se requiere de ningún conocimiento de programación para su utilización; (d) el debugging incorporado localiza y facilita la corrección de errores en el archivo fuente. En conclusión, más investigadores podrán aplicar las herramientas del análisis de redes en los campos de biomedicina y biotecnología, así como su enseñanza en el ámbito universitario. La aplicación web se encuentra accesible para ser utilizada online en la dirección www.desarrollosdg.com.ar/Guebel/archivo1.phpA web application devoted to the scientific community with interest in the analysis of biological networks is presented. By this open service, different software packages frequently used for the analysis of complex biological networks (genes, regulatory, signals, and/or metabolic) can be reconciled. In this way, the practical scope of software packages is synergized. Hence, files with CellNetAnalyzer syntax can be transformed into other formats by the application developed, thus enabling the usage of the software Cytoscape, Binom, Diva, and MFinder. In addition, the web application also computes the incidence matrix, this being an input for the subsequent determination of the modular structure of the system. The application developed has several advantages: (a) it covers a need previously unsatisfied; (b) allows the entry and processing of data from large networks avoiding individual income data through graphical interfaces; (c) does not require any programming knowledge to use; (d) the built-in debugging locates and facilitates correction of errors in the source file. In conclusion, more investigators can apply this type of analysis in biomedicine and biotechnological research, as well as for teaching these disciplines at the university.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Aplicación web para convertir archivos a un formato compatible entre diferentes softwares de análisis de redes biológicas

Se presenta una aplicación Web de acceso libre destinado a lacomunidad científica. Su objetivo es compatibilizar formatos de diversos software utilizados en el análisis de redes biológicas (redes génicas, regulatorias, de señales, y/o metabólicas). La aplicación web transforma los archivos con sintaxis tipo CellNetAnalyzer a otros formatos aptos para los programas Cytoscape, Binom, Diva,y MFinder. Ello permite así potenciar las prestaciones obtenibles de cada software. Además, la aplicación web también computa la matriz de incidencia, siendo ésta un insumo para la posterior determinación de la estructura modular del sistema. La aplicación web desarrollada tiene múltiples ventajas: (a) cubre una necesidad previamente insatisfecha; (b) permite el ingreso y procesamiento de datos de redes de gran tamaño evitando el ingreso individual de datos a través de interfaces gráficas; (c) no se requiere de ningún conocimiento de programación para su utilización; (d) el debugging incorporado localiza y facilita la corrección de errores en el archivo fuente. En conclusión, más investigadores podrán aplicar las herramientas del análisis de redes en los campos de biomedicina y biotecnología, así como su enseñanza en el ámbito universitario. La aplicación web se encuentra accesible para ser utilizada online en la dirección www.desarrollosdg.com.ar/Guebel/archivo1.phpA web application devoted to the scientific community with interest in the analysis of biological networks is presented. By this open service, different software packages frequently used for the analysis of complex biological networks (genes, regulatory, signals, and/or metabolic) can be reconciled. In this way, the practical scope of software packages is synergized. Hence, files with CellNetAnalyzer syntax can be transformed into other formats by the application developed, thus enabling the usage of the software Cytoscape, Binom, Diva, and MFinder. In addition, the web application also computes the incidence matrix, this being an input for the subsequent determination of the modular structure of the system. The application developed has several advantages: (a) it covers a need previously unsatisfied; (b) allows the entry and processing of data from large networks avoiding individual income data through graphical interfaces; (c) does not require any programming knowledge to use; (d) the built-in debugging locates and facilitates correction of errors in the source file. In conclusion, more investigators can apply this type of analysis in biomedicine and biotechnological research, as well as for teaching these disciplines at the university.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

T-lymphocyte subsets in liver tissues of patients with primary biliary cirrhosis (PBC), patients with primary sclerosing cholangitis (PSC), and normal controls

T lymphocytes infiltrating hepatic tissues were typed and enumerated in liver biopsies of patients with primary biliary cirrhosis (PBC), patients with primary sclerosing cholangitis (PSC), and normal controls using monoclonal antibodies and the avidin-biotin-immunoperoxidase technique. The peripheral blood mononuclear cells were studied also by flow cytometry. In PBC, T lymphocytes were decreased (P<0.001) in the blood [absolute number was 426±200 (SE) vs 1351±416 in 15 controls], as was the helper/suppressor (T4/T8) ratio (1.0±0.1 vs normal 2.3±0.3). T lymphocytes were the most numerous mononuclear cells infiltrating portal areas of PBC livers: 749±93/5 high-power fields (HPF) in PBC vs 98±15/5 HPF (P<0.01) in controls. The T4/T8 ratios varied from 0.9 to 2.3 (mean, 1.8±0.1) in the portal triads (normal mean, 1.6±0.1), with the T4+ cells accounting for more than 75% of infiltrating T cells. In contrast, the mean T4/T8 ratio in portal triads of PSC was reduced (1.0±0.3) due to a significant increase (P<0.001) in the number of T8+ cells. The T cells around and in the walls of bile ducts in PBC were mostly T8+, and the T4/T8 ratio was 0.8±0.2. No T8+ cells were seen in this location in PSC and normal livers. Few mononuclear cells were present in hepatic lobules. Subtyping of T lymphocytes in liver tissues of patients with PBC and PSC may be helpful in the differential pathologic diagnosis. In patients with advanced PBC, a decrease in T4+ cells in the blood appeared to be accompanied by their accumulation in the portal triads. In contrast, T8+ cells accumulated preferentially around bile ducts. © 1984 Plenum Publishing Corporation