Electronic Health Records: From the Management of Patients to the Research Use of Clinical Data

Paper based medical records are still widespread in Italian hospitals and the workflow to manage outpatients\u2019 visits is critical. Too many isolated software programs coexist in hospital wards and cause confusion and disorganization. A computerized medical record that unifies all the data contained in the various applications should be of fundamental importance in supporting physician\u2019s daily activities. Moreover, with the digital clinical record, data can be re-used for research purposes. The aim of this project is to create a web application for the management of outpatient visits to the Infectious Diseases Unit of the San Martino Hospital in Genoa. In order to orchestrate all the software programs acting in the visit workflow, a client application was developed to speed up the work of the medical staff at the time of the visits, ameliorating the quantity and quality of relevant information from a clinical point of view. A further extension allows standard data exchange between the developed application and the Ligurian HIV Network, which is the main regional research platform

From dynamics to structure and function of model biomolecular systems

The purpose of this thesis was to extend recent works on structure and dynamics of hydrogen bonded crystals to model biomolecular systems and biological processes. The tools that we have used are neutron scattering (NS) and density functional theory (DFT) and force field (FF) based simulation methods. The quantitative and parameterfree link (in the case of DFT methods) between structure and dynamics has been applied to strong hydrogen bonded crystals and bio-polymers such as collagen and DNA. In several SSHB crystals, DFT normal modes and molecular dynamics calculations revealed the mechanism of proton transfer as being driven by low frequency phonons. The natural extension of these methods was oriented to polymers. Due to the lack of long range order, obtaining structural information of amorphous bio-polymeric systems requires the determination of the amide bands, which are the vibrations of the peptide groups C(=O)-N-H. We have used the DFT and inelastic neutron scattering approach to determine the spectral profile of the amide-V band and therefore the packing of 2D molecular sheets in Kevlar and the signature of the tertiary structure in Collagen. Depending on the secondary structure, the trends of the amide-I band has been well reproduced for simple polypeptides chains like polyglycine and polyproline. Water surrounding the protein is a huge subject of research. Water molecules are linked together to form different amorphous hydration shells. DFT methods are seen to suffer from a poorly defined minimum in the PES, resulting in negative frequencies in a normal mode analysis. Using force fields methods overcomes this problem but introduces a parameterization of the total energy calculation. In DNA, the structure-dynamics-function that we have focused on is base-pair opening, which is related to various bio-physical processes like replication and transcription. We used force field methods and normal mode analysis to identify modes with base-pair opening character. The oriented DNA films for experiments were made using the wet spinning method and the equipment was successfully installed and modernized during the thesis at ILL.Applied Science

Les semences locales dans la restauration écologique en montagne - Production et utilisation de mélanges pour la préservation

[Departement_IRSTEA]Territoires [TR1_IRSTEA]SEDYVINNational audienceLes grandes espaces ouverts des Alpes sont un atout reconnu pour les activités agricoles, mais également pour les loisirs comme la randonné ou le ski. Les aménagements nécessaires à la bonne gestion des terrains agricoles ou bien pour l'exploitation touristique nécessitent parfois des lourdes interventions telles que des terrassements dans un milieu reconnu fragile. La revégétalisation de terrain en montagne suite à ces travaux est maintenant appliquée systématiquement. Autrefois appelé « reverdissement » nous sommes aujourd'hui loin des premières expériences menés il y a quelques décennies. Les traitements du sol se sont améliorés et répandus sur tous les massifs alpins. Les techniques de mise en place de semences ont vu des innovations techniques qui facilitent l'épandage de semences et leur maintien sur place. Toutes ces progressions nous ont amené à une situation qui permet d'obtenir un couvert végétal assez rapidement après les interventions. Les enjeux environnementaux sont aujourd'hui centraux au sein des questions liées au développement des territoires. Les collectivités locales, tout autant que les structures privées (telles que les stations de ski, les entreprises de travaux publics, etc...), sont ainsi de plus en plus attentives à inscrire leurs actions d'aménagement dans le cadre du développement durable. L'agriculture au sens large, et plus particulièrement les activités agricoles liées à l'élevage, sont aujourd'hui reconnues dans les espaces de montagne comme pourvoyeuses de biodiversité, que soit par l'entretien des espaces ouverts ou par le fait qu'ils abritent de nombreuses espèces patrimoniales caractéristiques des milieux alpins. Valoriser le rôle de l'agriculture dans la fourniture de biens et services favorisant la biodiversité et la patrimonialité sur les zones d'aménagement apparaît, dans ce contexte, comme une piste intéressante pouvant contribuer à la diversification des revenus agricoles. Malgré des efforts importants fournis par la recherche sur les revégétalisations en montagne, la provenance des semences reste un aspect qui mérite d'être mieux étudié. Il est largement admis que les semences adaptées à leur futur emplacement pourront mieux résister à des conditions parfois extrêmes comme on les rencontre fréquemment en montagne et notamment dans les altitudes élevées. Des expériences menées dans les Pyrénées et dans les Alpes orientales ont souligné la supériorité des semences dites « locales » par rapport à celles obtenues à partir des plantes peu adaptées aux conditions climatiques particulières en altitude. Un deuxième aspect pourrait également favoriser l'utilisation des semences locales par rapport à d'autres : la récolte directe, mais également leur multiplication pourrait représenter un revenu supplémentaire pour les exploitations qui souhaitent investir dans ce domaine. La recréation d'espaces prairiaux semi-naturels présentant une forte biodiversité patrimoniale est devenue un enjeu reconnu, qui peut potentiellement ouvrir une voie de diversification pour les agriculteurs via la production de graines d'espèces autochtones au sein de leurs prairies. Ces graines pourraient être utilisées pour des opérations de semis sur ces espaces à revégétaliser. Ce contexte apparaît donc comme favorable à la création et au développement d'une filière économique nouvelle et pérenne pour l'agriculture de montagne qui s'appuie sur une dynamique d'avenir : celle de l'aménagement durable du territoire

To which extent do breast cancer survivors feel well informed about disease and treatment 5 years after diagnosis?

Objective In this study, we investigated to which extent patients feel well informed about their disease and treatment, which areas they wish more or less information and which variables are associated with a need for information about the disease, medical tests and treatment. Methods In a German multi-centre prospective study, we enrolled 759 female breast cancer patients at the time of cancer diagnosis (baseline). Data on information were captured at 5 years after diagnosis with the European Organisation for Research and Treatment of Cancer (EORTC) Information Module (EORTC QLQ-INFO24). Good information predictors were analysed using linear regression models. Results There were 456 patients who participated at the 5-year follow-up. They reported to feel well informed about medical tests (mean score 78.5) and the disease itself (69.3) but relatively poorly about other services (44.3) and about different places of care (31.3). The survivors expressed a need for more information concerning: side effects and long-term consequences of therapy, more information in general, information about aftercare, prognosis, complementary medicine, disease and therapy. Patients with higher incomes were better informed about medical tests (β 0.26, p 0.04) and worse informed with increasing levels of fear of treatment (β − 0.11, p 0.02). Information about treatment was reported to be worse by survivors > 70 years old (β -0.34, p 0.03) and by immigrants (β -0.11, p 0.02). Survivors who had received additional written information felt better informed about disease, medical tests, treatment and other services (β 0.19/0.19/0.20/0.25; each p < 0.01). Conclusion Health care providers have to reconsider how and what kind of information they provide. Providing written information, in addition to oral information, may improve meeting those information needs