A novel multiplex qPCR targeting 23S rDNA for diagnosis of swine dysentery and porcine intestinal spirochaetosis

Figure S1. Consensus sequence alignment of the target DNA region within 23S ribosomal DNA. Primers (Brachy primer for. and Brachy primer rev.) on the target DNA are marked in grey. The probe for B. hyodysenteriae (Probe_hyo) is highlighted in yellow, the probe for B. pilosicoli (Probe_pilo) in purple, and the probe for the B. intermedia/B. innocens/B. murdochii (probe inter) in green. Differences in single residues are marked in red. (PDF 112 kb

Antimicrobial susceptibility of porcine Brachyspira hyodysenteriae isolates from Switzerland

The anaerobic spirochaete Brachyspira (B.) hyodysenteriae is the causative agent of swine dysentery (SD), a severe mucohaemorrhagic diarrheal disease in pigs worldwide. Currently, no data for antimicrobial susceptibility of B. hyodysenteriae from Switzerland are available and though antimicrobial treatment is the main therapy, no standardised methods for antimicrobial susceptibility testing are established. Therefore, a broth microdilution test was performed for 30 Swiss porcine field isolates and evaluated for its suitability in diagnostics. For the pleuromutilins, tiamulin and valnemulin, a good reproducibility in testing and susceptibility at low concentrations could be observed. The reproducibility for doxycycline was acceptable. A part of the isolates showed reduced susceptibility. For lincomycin and the macrolides, tylosin and tylvalosin, reproducibility was influenced by the occurrence of so-called skips. Furthermore, reduced susceptibility for lincomycin and resistance for tylosin could be detected. Sequencing of the 23S rDNA revealed, that a point mutation is responsible for resistance and a possible explanation for the skipped wells. In a European comparison Switzerland is still in a favourable situation. However, accurate determination of minimal inhibitory concentrations is questionable, and a classification of isolates into susceptible and resistant isolates is difficult due to the lack of unambiguous classification criteria. Zusammenfassung Die anaerobe Spirochäte Brachyspira (B.) hyodysenteriae ist der ursächliche Erreger der Schweinedysenterie (SD), einer weltweit vorkommenden schweren mukohämorrhagischen Durchfallerkrankung bei Schweinen. Derzeit gibt es keine Daten aus der Schweiz zur Antibiotikaempfindlichkeit von B. hyodysenteriae und obwohl die Behandlung mit Antibiotika die wichtigste Therapie ist, sind keine standardisierten Methoden zur Empfindlichkeitsprüfung etabliert. Deshalb wurden 30 Schweizer Feldisolate aus dem Schwein mittels eines Mikrodilutionstests untersucht und dessen Eignung für die Diagnostik evaluiert. Für die Pleuromutiline, Tiamulin und Valnemulin, konnte eine gute Reproduzierbarkeit unter der Testung und eine Hemmung bei geringen Konzentrationen beobachtet werden. Die Reproduzierbarkeit für Doxycyclin war akzeptabel. Ein Teil der Isolate zeigte eine reduzierte Empfindlichkeit. Für Lincomycin und die Makrolide Tylosin und Tylvalosin war die Reproduzierbarkeit von sogenannten Skips beeinflusst. Darüber hinaus konnte eine reduzierte Empfindlichkeit für Lincomycin und Resistenz bei Tylosin entdeckt werden. Die Sequenzierung der 23S rDNS zeigte, dass eine Punktmutation für die Resistenz verantwortlich ist. Ausserdem stellt sie eine mögliche Erklärung für die Skips dar. Im europäischen Vergleich ist die Situation der Schweiz immer noch günstig. Trotzdem ist die akkurate Bestimmung der minimalen Hemmstoffkonzentration fragwürdig und eine Klassifizierung der Isolate in sensibel und resistent ist aufgrund des Mangels an eindeutigen Klassifizierungskriterien schwierig.

Aetiologically relevant typing of E. Coli isolates from diseased pigs in Switzerland during 2014 and 2015

In this study, 210 intestinal Escherichia (E.) coli isolates from enteropathogenic diseased pigs were screened for their virulence factors (F4, F5, F6, F18, STa, STb, LT, STx2e and intimin) by PCR and serogrouped by slide-agglutination (O8:K87, O45, O138:K81, O139:K82, O141:K85, O147:K89, O157 and O149:K91). In total, 24.8% enterotoxigenic E. coli, 7.1% enteropathogenic E. coli and 5.2% oedema disease E. coli could be isolated. For enterotoxigenic E. coli, the most frequent virulence pattern was F4/STb/LT with the O-serogroup O149:K91 or O8:K87, followed by F18/STa/STb with the O-serogroup O141:K85. F18/STx2e was the common virulence pattern in oedema disease E. coli isolates and they were associated with the O-serogroups O139:K82 and O141:K85. Keywords: Escherichia coli, ETEC, EDEC, EPEC, pig, Switzerland