The electronic nose: a fast and efficient tool for characterizing dates : un instrumento rapido y eficaz para la caracterizacion de los datiles

Introduction. Les arômes sont souvent utilisés comme marqueur de la qualité du fruit. Pour la caractérisation des dattes (Phoenix dactylifera), plusieurs chercheurs ont utilisé l'analyse des composés volatils. Néanmoins, il est difficile d'analyser cet arôme ténu malgré les nombreuses techniques disponibles, comme les extractions liquide-liquide et l'analyse d'espace de tête. L'utilisation du nez électronique, qui nécessite une manipulation minimale de l'échantillon, est une autre technique; elle est rapide et efficace. Cet outil assez nouveau, qui simule le comportement du nez humain, a donc éveillé notre intérêt pour une application aux dattes. Matériel et méthodes. Les dattes de neuf variétés de dattier ont été récoltées, en 2005, au stade Tamar, à Zagora, Maroc. Elles ont été congelées après récolte et envoyées par avion au laboratoire du CIRAD (Montpellier, France). Toutes les données ont été collectées en même temps. Cinq cents g de dattes ont été prélevés au hasard parmi la récolte. Celles-ci ont été dénoyautées et découpées en petits morceaux. Après homogénéisation, une partie aliquote de 3.0 g a été mise dans un flacon d'espace de tête de 10 mL et immédiatement scellée. Six répétitions par échantillon ont été préparées pour les analyses au nez électronique ultérieures. Un nez électronique (Alpha MOS) équipé de capteurs à base d'oxydes métalliques a été utilisé. Les données ont été traitées par une analyse en composantes principales (ACP). L'index de discrimination (DI), créé par Alpha MOS, a été utilisé pour décrire le pouvoir discriminatoire de la séparation des groupes. Alpha MOS considère que de bonnes discrimination et fiabilité sont obtenues pour des DI supérieures à 80%. Résultats. Des index de discrimination supérieurs à 88% et les moyennes des coefficients de variation obtenus pour chaque capteur inférieures à 4% montrent le haut niveau de performance et la bonne reproductibilité du nez électronique. Conclusion. Le nez électronique est sensible aux émissions volatiles de dattes. Toutes les variétés de datte étudiées ont été bien séparées. Cette technique rapide de criblage, qui crée une empreinte olfactive spécifique comme véritable carte d'identité, pourrait être utilisée pour suivre des changements de maturité, vérifier l'identité d'un bon nombre de dattes et détecter des adultérations. (Résumé d'auteur

SAT, a flexible and optimized Web application for SSR marker development

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Simple Sequence Repeats (SSRs), or microsatellites, are among the most powerful genetic markers known. A common method for the development of SSR markers is the construction of genomic DNA libraries enriched for SSR sequences, followed by DNA sequencing. However, designing optimal SSR markers from bulk sequence data is a laborious and time-consuming process.</p> <p>Results</p> <p>SAT (SSR Analysis Tool) is a user-friendly Web application developed to minimize tedious manual operations and reduce errors. This tool facilitates the integration, analysis and display of sequence data from SSR-enriched libraries.</p> <p>SAT is designed to successively perform base calling and quality evaluation of chromatograms, eliminate cloning vector, adaptors and low quality sequences, detect chimera or partially digested sequences, search for SSR motifs, cluster and assemble the redundant sequences, and design SSR primer pairs. An additional virtual PCR step establishes primer specificity. Users may modify the different parameters of each step of the SAT analysis.</p> <p>Although certain steps are compulsory, such as SSR motifs search and sequence assembly, users do not have to run the entire pipeline, and they can choose selectively which steps to perform. A database allows users to store and query results, and to redo individual steps of the workflow.</p> <p>Conclusion</p> <p>The SAT Web application is available at <url>http://sat.cirad.fr/sat</url>, and a standalone command-line version is also freely downloadable. Users must send an email to the SAT administrator <email>[email protected]</email> to request a login and password.</p