The establishment of the infant intestinal microbiome is not affected by rotavirus vaccination

The microbial colonization of the intestine during the first months of life constitutes the most important process for the microbiota-induced host-homeostasis. Alterations in this process may entail a high-risk for disease in later life. However, the potential factors affecting this process in the infant are not well known. Moreover, the potential impact of orally administered vaccines upon the establishing microbiome remains unknown. Here we assessed the intestinal microbiome establishment process and evaluated the impact of rotavirus vaccination upon this process. Metagenomic, PCR-DGGE and faecal short chain fatty acids analyses were performed on faecal samples obtained from three infants before and after the administration of each dose of vaccine. We found a high inter-individual variability in the early life gut microbiota at microbial composition level, but a large similarity between the infants' microbiomes at functional level. Rotavirus vaccination did not show any major effects upon the infant gut microbiota. Thus, the individual microbiome establishment and development process seems to occur in a defined manner during the first stages of life and rotavirus vaccination appears to be inconsequential for this process.This work was funded by a CSIC intramural project (Ref. 201370E019) and Spanish Ministry of Economy and Competitiveness project AGL2013-43770R.Peer Reviewe

Establecimiento del microbioma intestinal durante los primeros meses de vida e impacto de la vacunación frente a rotavirus

Trabajo presentado en el VI Workshop Probióticos, Prebióticos y Salud: Evidencia Científica, celebrado en Oviedo (España) el 5 y 6 de febrero de 2015La colonización microbiana del intestino del niño resulta esencial para la posterior salud del individuo. Sin embargo, aún se desconoce el efecto que diversos factores, con potencial para afectar este proceso, tienen sobre el establecimiento de la microbiota intestinal. En este sentido, el impacto de prácticas habituales, como la administración de la vacuna oral frente a rotavirus, sobre el desarrollo del microbioma apenas ha sido estudiado. El objetivo de este estudio fue caracterizar el establecimiento del microbioma intestinal durante los primeros meses de vida y evaluar el efecto de la vacunación frente a rotavirus. Para ello se tomaron muestras fecales de tres niños sanos, antes y después de la administración de cada una de las tres dosis de la vacuna Rotateq. Se realizaron análisis, mediante PCR-DGGE y metagenómica, para caracterizar la microbiota fecal y se determinaron los niveles de ácidos grasos de cadena corta. Los resultados mostraron una elevada variabilidad en la composición de los microbiomas de los diferentes niños durante los primeros meses de vida, sin embargo se observó una elevada similitud entre los mismos a nivel funcional. Así mismo, no se observó ningún efecto significativo de la vacuna sobre el establecimiento del microbioma intestinal. Los resultados obtenidos ponen de manifiesto que el proceso de establecimiento y desarrollo del microbioma intestinal es específico para cada individuo a nivel de composición microbiana pero similar entre individuos a nivel funcional. Además, este proceso no se ve afectado por la administración de la vacuna oral frente a rotavirusPeer reviewe