Detergents and Chaotropes for Protein Solubilization before Two-Dimensional Electrophoresis

Because of the outstanding separating capabilities of two-dimensional electrophoresis for complete proteins, it would be advantageous to be able to apply it to all types of proteins. Unfortunately, severe solubility problems hamper the analysis of many classes of proteins, but especially membrane proteins. These problems arise mainly in the extraction and isoelectric focusing steps, and solutions are sought to improve protein solubility under the conditions prevailing during isoelectric focusing. These solutions deal mainly with chaotropes and new detergents, which are both able to enhance protein solubility. The input of these compounds in proteomics analysis of membrane proteins is discussed, as well as future directions.Comment: link to publisher's site http://biomed.humanapress.com

Silver Staining of Proteins in 2DE Gels

Silver staining detects proteins after electrophoretic separation on polyacrylamide gels. Its main positive features are its excellent sensitivity (in the low nanogram range) and the use of very simple and cheap equipment and chemicals. The sequential phases of silver staining are protein fixation, then sensitization, then silver impregnation, and finally image development. Several variants of silver staining are described here, which can be completed in a time range from 2 h to 1 day after the end of the electrophoretic separation. Once completed, the stain is stable for several weeks

Technical aspects of Thesaurus Construction in TIPS

This paper describes the work done in the TIPS project about the construction of a thesaurus. This construction is a merge from a compilation of data from several web sources. These data comes from manual work, some data are real thesaurus, other are indexing recommendations. The merge is done with automatically extracted terms from large text corpora. The automatic extraction is based on both syntax and statistics. We present in this paper the way thesaurus are built and the results on Scientific corpus in the context of the TIPS project. This short paper emphasis on some technical aspects

Typologie des moteurs de recherche sur le WEB, Rapport tâche T1.1 du projet SIIRI

L'état des lieux des moteurs de recherche sur le WEB, nous permet de dire que pour l'instant les systèmes proposés sont basés sur des technologie très basiques sans aucun traitement de l'information (langue, termes). Ces systèmes sont plus proches des données brutes que du besoin de l'utilisateur. Ce dernier doit alors faire de gros effort pour trouver une requête capable d'approcher son besoin. Seul les systèmes EuroFerret et Google proposent une approche légèrement plus élevée que les autres systèmes. Nous avons constaté que lorsqu'une version simplifiée de la syntaxe des requêtes était fournie, sa sémantique n'était pas évidente. Nous en concluons que pour réaliser une application frontale à ces systèmes, il est plus sur, quand c'est possible, d'utiliser la syntaxe complète du langage de l'algèbre de Boole. Il est frappant également de constater que la technologie mise en œuvre dans des systèmes date en faite des années 50, c'est à dire des tous débuts des recherches dans le domaine de la recherche d'information. La raison est probablement technique car pour couvrir la masse d'information colossale que représente le Web, ces techniques frustres sont faciles à implanter. Mais c'est aussi un choix technologique car l'exemple du système Google montre que l'on peut s'écarter du système basique booléen et fournir out de même des bons résultats avec une syntaxe des requêtes réduite à une séquence de mots. Notre proposition dans le projet SIRII d'utiliser ces moteurs de recherche comme élément basique à travers une interface d'analyse de la requête prend alors tous son sens : le moteur de recherche est vu comme une simple mais très vaste base de données d'indexation plein texte simple. Le rôle de cette interface sera alors de tirer au mieux partie des spécificités des moteurs que nous avons étudiés dans ce projet

E.L.E.N. : Un Système d'interrogation d'une base de logiciels

National audienceL'augmentation de la taille et de la durée de vie des logiciels fait ressortir certains problèmes liés à l'activité du génie logiciel parmi lesquels : la cohérence entre les documents et les logiciels, la gestion des versions, le morcellement de l'information parmi les participants au projet, la vérification et la correction du logiciel, la recherche de codes réutilisables, etc. Une gestion complète et uniforme des logiciels et de leurs documentations, ainsi que la possibilité d'interroger les informations ainsi gérées, permet de simplifier un certain nombre de ces problèmes. L'information de tout le projet est alors regroupée dans un même formalisme et elle est rapidement accessible grâce à un système d'interrogation. Ainsi il est plus aisé de produire un gros logiciel et d'en effectuer la maintenance. Le système ELEN (géniE logicieL et recherchE d'informatioNs) a donc pour objectif la gestion et l'interrogation des logiciels et de leurs documentations associées. Dans cet article, nous nous intéressons plus particulièrement à la fonction d'interrogation des codes sources, qui est fondée sur une extension du modèle des graphes conceptuels

Sweet silver: A formaldehyde-free silver staining using aldoses as developing agents, with enhanced compatibility with mass spectrometry

Protein detection methods after electrophoresis have to be sensitive, homogeneous, and not to impair downstream analysis of proteins by MS. Speed, low cost, and user friendliness are also favored features. Silver staining combines many of these features, but its compatibility with MS is limited. We describe here, a new variant of silver staining that is completely formaldehyde-free. Reducing sugars in alkaline borate buffer are used as developers. While keeping the benefits of silver staining, this method is shown to afford a much better performance in terms of compatibility with MS, both in PMF by MALDI and in LC/ESI/MS/MS

Utiliser les liens pour adapter les moteurs de recherche aux spécificités du WEB

International audienceLe WEB, hypertexte mondial, nécessite l'utilisation de moteurs de recherche pour retrouver l'information. Actuellement la notion de page WEB est communément utilisée comme atome d'information retourné à l'utilisateur. Les liens entre pages sont très peu utilisés pour améliorer la qualité des réponses. Nous proposons brièvement une utilisation simple des liens dans les pages WEB, et un niveau d'indexation indépendant de la page WEB, considérée comme granularité physique

Proposition d'un modèle relationnel d'indexation syntagmatique : mise en oeuvre dans le système iota

National audienceNous présentons un modèle supportant une indexation à base de syntagmes. Cette modélisation inclut une description formelle des termes d'indexation, un processus de dérivation, une fonction de correspondance, une sémantique du langage d'indexation et une fonction de pondération de la orrespondance entre termes d'indexation. Elle met en évidence les éléments qui doivent permettre de guider la conception de Systèmes de Recherche d'Informations à base de mots composés. Nous proposons également un choix de techniques pour mettre en oeuvre ce modèle, particulièrement dans l'extraction automatique des syntagmes et dans leur pondération pour le calcul de la mesure pertinence d'un document par rapport à une requête

Correspondances compatibles avec les fichiers inverses pour la recherche d'information.

National audienceCet article fait un retour sur l'un des éléments majeurs d'un système de recherche d'information : la correspondance basée sur des fichiers inverses car le passage d'une formule théorique à une implantation compatible avec des fichiers inverse est rarement explicitée dans les publications. Nous proposons ici de définir plus formellement l'expression d'une formule de correspondance compatible avec des fichiers inverses. Nous proposons deux niveaux de com- patibilité. Nous étudions les modèles les plus classiques en vérifiant leur compatibilité avec les fichiers inverses. Nous explorons la traduction d'une correspondance de Jensen-Shannon, initialement non-compatible avec les fichiers inverses, vers deux formules compatibles avec les fichiers inverses à chaque niveau. Une expérimentation simple, sur un corpus d'images, montre que la classique Divergence de Kullback-Leibler obtient des résultats moins bons que la Diver- gence de Jensen-Shannon compatible avec des fichiers inverses

Improved proteomic analysis of nuclear proteins, as exemplified by the comparison of two myelo\"id cell lines nuclear proteomes

One of the challenges of the proteomic analysis by 2D-gel is to visualize the low abundance proteins, particularly those localized in organelles. An additional problem with nuclear proteins lies in their strong interaction with nuclear acids. Several experimental procedures have been tested to increase, in the nuclear extract, the ratio of nuclear proteins compared to contaminant proteins, and also to obtain reproducible conditions compatible with 2D-gel electrophoresis. The NaCl procedure has been chosen. To test the interest of this procedure, the nuclear protein expression profiles of macrophages and dendritic cells have been compared with a proteomic approach by 2D-gel electrophoresis. Delta 2D software and mass spectrometry analyses have allowed pointing out some proteins of interest. We have chosen some of them, involved in transcriptional regulation and/or chromatin structure for further validations. The immunoblotting experiments have shown that most of observed changes are due to post-translational modifications, thereby a exemplifying the interest of the 2D gel approach. Finally, this approach allowed us to reach not only high abundance nuclear proteins but also lower abundance proteins, such as the HP1 proteins and reinforces the interest of using 2DE-gel in proteomics because of its ability to visualize intact proteins with their modifications