Evaluation of the Blue-Carba test for rapid detection of carbapenemases in gram-negative Bacilli

The Blue-Carba test (BCT) is a biochemical test for rapid (2 h)detection of carbapenemase production in Gram-negative bacillidirectly from bacterial culture . It is based on the in vitrohydrolysis of imipenem by bacterial colonies (direct inoculationwithout prior lysis), which is detected by changes in pH valuesrevealed by the indicator bromothymol blue (blue to green/yellowor green to yellow). It was reported to be 100% sensitive andspecific for Enterobacteriaceae, Pseudomonasspp., and Acinetobacterspp. harboring carbapenemases . We evaluated a simplifiedprotocol of the BCT against various Gram-negative species, includingcombinations of bacterial species/resistance mechanismsthat were not previously evaluated.Fil: Pasteran, Fernando. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Veliz, Omar. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Ceriana, Paola. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Lucero, María Celeste. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Rapoport, Melina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Albornoz, Ezequiel Pablo. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Gómez, Sonia Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Corso, Alejandra. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; Argentin

Capability of national reference laboratories in Latin America to detect emerging resistance mechanisms

Fil: Corso, Alejandra. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Guerriero, Leonor. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Pasterán, Fernando. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Ceriana, Paola. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Callejo, Raquel. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Bacteriología Especial; Argentina.Fil: Prieto, Mónica. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Bacteriología Especial; Argentina.Fil: Tuduri, Ezequiel. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Lopardo, Horacio. Hospital de Pediatría S.A.M.I.C. "Prof Dr. Juan Garrahan"; Argentina.Fil: Vay, Carlos. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Hospital de Clínicas "José de San Martín"; Argentina.Fil: Smayevsky, Jorgelina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina.Fil: Tokumoto, Marta. Fundación Favaloro; Argentina.Fil: Alvarez, Jorge Matheu. Organización Panamericana de la Salud. Área de Vigilancia de la Salud y Prevención y Control de Enfermedades; Estados Unidos.Fil: Ramón Pardo, Pilar. Organización Panamericana de la Salud. Área de Vigilancia de la Salud y Prevención y Control de Enfermedades; Estados Unidos.Galas, Marcelo. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.OBJETIVO: Evaluar la capacidad de 17 laboratorios nacionales de referencia que participan en el Programa Latinoamericano de Control de Calidad en Bacteriología y Resistencia a los Antimicrobianos (LA-EQAS) para detectar mecanismos de resistencia emergentes, a saber: resistencia de enterobacterias a carbapenemes por presencia de Klebsiella pneumoniae carbapenemasa (KPC); resistencia de enterobacterias a carbapenemes por presencia de metalobetalactamasas (MBL) tipo IMP, y resistencia intermedia a vancomicina de aislamientos de Staphylococcus aureus (VISA). MÉTODOS: Se enviaron los siguientes tres aislamientos a los 17 laboratorios participantes del LA-EQAS: Klebsiella pneumoniae OPS-161 productor de KPC, Enterobacter cloacae OPS-166 productor de IMP y S. aureus OPS-165 con resistencia intermedia a vancomicina. Se evaluó la interpretación de las pruebas de sensibilidad y detección del mecanismo de resistencia y el tamaño de los halos de inhibición (método de difusión por discos) o valor de la concentración inhibitoria mínima (CIM). RESULTADOS: La concordancia en la detección de los mecanismos de resistencia fue de 76,4%, 73,3% y 66,7% con respecto a la cepas K. pneumoniae OPS-161, E. cloacae OPS-166 y S. aureus OPS-165, respectivamente. La concordancia entre las zonas de inhibición obtenidas por los laboratorios participantes y los rangos establecidos por el laboratorio coordinador fue aceptable en los tres aislamientos, ya que alcanzó 90,8%, 92,8% y 88,9%, respectivamente, para cada cepa. CONCLUSIONES: La concordancia global en la detección de los mecanismos de resistencia KPC, MBL y VISA fue de 72,1%. Consideramos que los laboratorios nacionales de referencia de América Latina son capaces de reconocer estos mecanismos de resistencia emergentes y se espera que en el futuro la concordancia alcance su nivel máximo

Emergence of optrA-mediated linezolid resistance in clinical isolates of Enterococcus faecalis from Argentina

ABSTRACT: Objectives: The aim of this study was to characterize the first 14 optrA-carrying linezolid resistant E. faecalis clinical isolates recovered in seven Argentinian hospitals between 2016 and 2021. The epidemiology of optrA-carrying isolates and the optrA genetic context were determined. Methods: The isolates were phenotypically and genotypically characterized. Susceptibility to 13 antimicrobial agents was performed; clonal relationship was assessed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Data provided by the whole-genome sequencing were used for identification of sequence types, antimicrobial resistance genes, optrA variants, phylogenetic tree, and mobile genetic elements responsible to the dissemination of these strains. Results: All the optrA-carrying E. faecalis isolates were multidrug-resistant and harboured several antimicrobial resistance genes. They carried three optrA variants and belonged to different lineages; however, three of them belonged to the hyperepidemic CC16. Mobile genetic elements were detected in all the isolates. The analysis of the optrA flanking region suggests the plasmidic localization in most of the isolates. Conclusions: To the best of our knowledge, this is the first report of optrA-mediated linezolid resistance in Argentina. The emergence and dissemination of the optrA genes in clinical E. faecalis isolates are of concern and highlights the importance of initiating the antimicrobial surveillance of Enterococcus spp. under a One Health strategy

Molecular characterization of a clinical Haemophilus parainfluenzae isolate with cefotaxime resistance and decreased susceptibility to fluoroquinolones

We report an H. parainfluenzae clinical isolate resistant to cefotaxime and with decreased susceptibility to ciprofloxacinrecovered from a patient with cystic fibrosis. The isolate had elevated MICs of ampicillin (256 mg/L), amoxicillin-clavulanate(8 mg/L), cefuroxime (8 mg/L) and cefotaxime (4 mg/L), and showed a β-lactamase-producing amoxicillin-clavulanicacid-resistant (BLPACR) phenotype. A blaTEM-1 plus five amino acid substitutions in the PBP3 were found:Ser385Thr, Val511Ala, Ile519Val, Asn526Lys and Asp551Leu. MIC of ciprofloxacin was 0.5 mg/L, and substitutions ingyrA (Ser84Tyr) and parC (Ser84Phe) genes were detected.Fil: Faccone, Diego Francisco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Lopez Ruitti, Paula. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Vazquez, Miryam. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez"; ArgentinaFil: Guerriero, Leonor. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Lucero, Celeste. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Gagetti, Paula Silvana. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Ceriana, Paola. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Corso, Alejandra. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; Argentin

First Description of mcr-1 -Mediated Colistin Resistance in Human Infections Caused by Escherichia coli in Latin America

Yi-Yun Liu and colleagues recently reported the emergence of plasmid-mediatedcolistin resistance in China, raising a great concern around the world (1-5). The mcr-1 gene was originally detected in commensal Escherichia coli from pigs, but immediately associated with other Enterobacteriaceae species from farm animals, meat, and human Origin (1-5). A previous study reported short-term intestinal colonization in travelers to South America, suggesting the presence of mcr-1 gene in the Region (4). In this manuscript, we describe the detection of mcr-1 in E. coli isolates causing human Infections in Argentina.Fil: Rapoport, Melina. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Faccone, Diego Francisco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Pasteran, Fernando. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Ceriana, Paola. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Albornoz, Ezequiel Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Petroni, Alejandro. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: MCR Group. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; ArgentinaFil: Corso, Alejandra. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Área de Antimicrobianos; Argentin

Daptomycin Resistance in Clinical MRSA Strains Is Associated with a High Biological Fitness Cost

Daptomycin remains as one of the main treatment options for Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Sporadic resistance cases reported in patients treated with either daptomycin or glycopeptides are a growing concern. In a previous study, we described a clinical case of a patient with a community-acquired MRSA infection resistant to daptomycin and with intermediate resistance to vancomycin who developed a recurrent infection with a susceptible isogenic strain. In the present work, we further investigated the sequential events to determine whether the switch from a daptomycin resistance to a susceptible phenotype was due to a phenomenon of resistance reversion or recurrent infection with a susceptible strain. Pairwise competition experiments showed that the susceptible clinical recurrent SA6850 strain had increased fitness when compared to the resistant counterpart SA6820 strain. In fact, although we have demonstrated that reversion of daptomycin resistance to daptomycin susceptible can occur in vitro after serial passages in drug-free media, phylogenetic analysis suggested that the in vivo process was the result of a recurrent infection with a previous susceptible isolate carried by the patient rather than a resistance reversion of the strain. Whole genome sequence of evolved strains showed that daptomycin resistance in MRSA is associated with a high fitness cost mediated by mutations in mprF gene, revealed as a key element of the biological cost. Moreover, we determined that daptomycin resistance-associated fitness cost was independent of vancomycin intermediate resistance phenotype, as demonstrated in additional clinical MRSA vancomycin susceptible strains. This study highlights important observations as, despite daptomycin offers a useful treatment option for the patients with persistent infections, it has to be carefully monitored. The high fitness cost associated to daptomycin resistance may explain the reduced dissemination of daptomycin resistance and the absence of daptomycin reported outbreaks

First isolation in Argentina of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus with intermediate susceptibility to vancomycin and nonsusceptibility to daptomycin

Fil: Errecalde, L. Sección Microbiología, Hospital General de Agudos J. A. Fernández; Argentina.Fil: Ceriana, Paola G. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Gagetti, Paula. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Erbín, Mariana. Sección Microbiología, Hospital General de Agudos J. A. Fernández; Argentina.Fil: Duarte, Andrea. División Infectología, Hospital General de Agudos J. A. Fernández; Argentina.Fil: J Rolón, María. División Infectología, Hospital General de Agudos J. A. Fernández; Argentina.Fil: Cuatz, Daniel. División Infectología, Hospital General de Agudos J. A. Fernández; Argentina.Fil: Corso, Alejandra. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Kaufman, Sara. Sección Microbiología, Hospital General de Agudos J. A. Fernández; Argentina.We report the first case in Argentina of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus with intermediate susceptibility to vancomycin and nonsusceptibility to daptomycin

Molecular epidemiology of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in Argentina

Fil: Corso, Alejandra. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Gagetti, Paula. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Rodríguez, Marisa M. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Melano, Roberto. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Ceriana, Paola G. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Faccone, Diego. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: Galas, Marcelo F. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio Antimicrobianos; Argentina.Fil: The VRE Argentinean Collaborative Group; Argentina.OBJECTIVE To characterize the mechanism of glycopeptide resistance and to determine the genetic relatedness among strains by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) in vancomycin-resistant Enterococcus faecium from Argentina. MATERIALS AND METHODS A total of 189 vancomycin-resistant single-patient isolates of Enterococcus faecium recovered between January 1997 and December 2000 from 30 hospitals in Argentina were studied. Minimum inhibitory concentrations were determined by the agar dilution method and van genes were detected by PCR. PFGE was used for molecular typing. RESULTS All isolates except three (vanB) were of genotype vanA. For 189 vancomycin-resistant Enterococcus faecium, SmaI-PFGE indicated 35 clonal types. Most of the isolates (56%) belonged to the same clonal type 1, which was present in 19 hospitals and dominant in 17. CONCLUSIONS The emergence of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in Argentina seems to be related to the intra- and inter-hospital dissemination of an epidemic clone carrying the vanA element

Simple phenotypic tests to improve accuracy in screening chromosomal and plasmid-mediated colistin resistance in gram-negative bacilli

Fil: Pasteran, Fernando. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Danze, Diego. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Menocal, Alejandra. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Cabrera, Carla. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Castillo, Ignacio. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Albornoz, Ezequiel. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Lucero, Celeste. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Rapoport, Melina. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Ceriana, Paola. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Corso, Alejandra. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.CLSI and EUCAST recommends that only broth microdilution (BMD) should be used for routine colistin susceptibility testing, however, it could be difficult to perform in resource-poor settings. The purpose of this study was to evaluate the accuracy of an agar spot test (COL-AS) and a colistin drop test (COL-DT) as compared to BMD. COL-AS and COL-DT were challenged with a collection of 271 Gram-negative bacilli clinical isolates: 195 Enterobacterales (including 63 mcr-1 positive strains), 37 Acinetobacter spp. and 39 Pseudomonas aeruginosa For COL-AS, 3.0μg/ml (final concentration) of colistin was added to a Mueller-Hinton agar plate and subsequently swabbed with a 0.5 McFarland suspension of tested strain within 1cm2 spot. For COL-DT, 10μl of a 16μg/ml colistin solution was dripped on the surface of a Mueller-Hinton agar plate, previously inoculated with a lawn of tested strain (0.5 McFarland). Colistin solution was made either, by dissolving powder or by disk elution in CA-MHB. Overall, 141/271 (52%) isolates were categorized as colistin resistant by reference BMD. COL-AS yielded a categorical agreement (CA) of 95.5% compared to BMD, with 0.7% very major errors and 3.8% major errors. COL-DT yielded a CA of 96.2% compared to BMD, with 0.7% and 0% very major errors and 3.1% and 3.8% major errors, for colistin powder and disk elution solutions, respectively. Most major errors occurred for mcr-1 producing strains with MICs that fluctuated from 2 to 4 μg/ml according to the method used. In conclusion, we developed and validated methods suited to the systematic screening of resistance to colistin in gram negative bacilli.Clinical relevance: colistin continues to be one of the last-line therapeutic options to treat carbapenemase-producing gram negative bacilli. The BMD reference methodology, recommended by current standards for evaluating colistin sensitivity, is difficult to implement in laboratories from low-resource countries. Recently CLSI endorsed two MIC-based alternative methods for testing colistin in Enterobacterales and P. aeruginosa, a colistin broth disk elution (CBDE) and a colistin agar test (CAT).In this work, we propose two simple methodologies, related to CLSI methods, to screen for colistin resistance, with a performance equivalent to the reference method in detecting resistance to colistin, both of plasmid (mcr) and chromosomal nature. Furthermore, the methods validated here allowed a better identification of those producers of mcr producer with borderline MICs. These screening tests can be routinely performed in addition to the tests currently in use, showed long stability during storage and some of them do not require colistin powder as the source of antibiotic, an important limitation in low-resource countries

Molecular characteristics of mcr-1-carrying plasmids and new mcr-1 variant recovered from polyclonal clinical Escherichia coli from Argentina and Canada.

We have characterized nine mcr-1-harboring plasmids from clinical Escherichia coli isolates previously described in Argentina and Canada. Three of these plasmids carried a mcr-1-variant called here mcr-1.5. All these E. coli isolates were not clonally related and were recovered in different years and locations. However, their mcr-1-harboring plasmids showed high identity among them and to others characterized in other countries, which strongly suggests that this plasmid-type is playing an important role in spreading this mechanism of resistance to polymyxins