Saint-Savinien-sur-Charente – Place du Champ de Foire

Le diagnostic réalisé sur la place du Champ de Foire sur une surface de 6 199 m2 n’a livré que quelques structures contemporaines. Des traces d’extraction du calcaire rectilignes et très peu profondes représentent vraisemblablement une volonté de niveler ce lieu de rassemblement commercial. Ce nivellement intervient à la fin du xixe s., au moment où l’activité de la ville s’étend vers le sud, en direction de la gare localisée en face de l’intervention

Melle – Place de Strasbourg

Le diagnostic réalisé à Melle place de Strasbourg sur une surface de 5 037 m2 a concerné un secteur stratégique de la ville. Les textes indiquent que le site est occupé depuis le ixe s. au moins avec, au xe s., la présence d’une motte castrale à proximité immédiate. Le Moyen Âge classique voit le déplacement du pôle de pouvoir vers la partie nord de l’éperon. Le secteur de l’hôpital est quant à lui encore densément occupé par des quartiers d’habitat. Au xviie s., les Capucins s’installent à c..

Dompierre-sur-Mer – 4 rue des Fontaines

Les deux diagnostics jointifs réalisés rue des Fontaines, à proximité de l’église paroissiale, n’ont livré aucun vestige archéologique. Le terrain, d’une surface de 632 m2, a été fortement remblayé et seule une fosse charbonneuse médiévale a été mise au jour à 0,85 m de profondeur

Thouars – Square Roosevelt et place Flandres-Dunkerque

L’intervention sur ce vaste espace public (11 122 m2) que constituent le square Roosevelt et la place Flandres-Dunkerque a montré que des vestiges médiévaux et modernes étaient conservés dans le sous-sol, uniquement dans le square Roosevelt. Une nécropole médiévale y a été mise au jour. Elle se poursuivait vers le nord sous la poste actuelle mais cette partie a été détruite dans les années 1970. Vers le sud, le vaste fossé longeant les remparts de la ville a été mis en évidence. La proximité ..

L’Houmeau – Le Moulin du Bonheur

Le diagnostic réalisé sur le tracé d’un gazoduc au lieu-dit Le moulin du Bonheur portait sur une surface de 6 760 m2. Il n’a livré aucun vestige archéologique autre qu’un chemin utilisé jusque dans les années 1960

Andilly – 7 rue du Cimetière

Le diagnostic réalisé à Andilly rue du Cimetière, porte sur une surface de 6 938 m2 à proximité du marais et de l’église paroissiale. Il n’a livré que de rares traces de fréquentation antique et notamment une extraction de marne. Ces éléments viennent conforter une occupation déjà connue sur la commune dont le terroir est occupé depuis la période néolithique. Signalons aussi quelques structures modernes (fossés de parcellaire) et contemporaines (puits et carrière liés à la construction de la ..

Les Mathes – Place des Halles

Le diagnostic a été réalisé sur une surface de 2 110 m2. L’intérêt majeur de cette intervention réalisée en centre-ville est d’avoir mis en évidence sur les flancs ouest et nord d’une butte calcaire, une occupation de l’âge du Bronze incluse dans un niveau sableux gris clair et recouvert de sable dunaire jaune. Compte-tenu de l’étroitesse des sondages, les artefacts sont abondants et en bon état indiquant un site en place. Ces vestiges attestent de la densité de l’occupation de ces secteurs e..

NF-kappa B genes have a major role in Inflammatory Breast Cancer

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>IBC (Inflammatory Breast cancer) is a rare form of breast cancer with a particular phenotype. New molecular targets are needed to improve the treatment of this rapidly fatal disease. Given the role of NF-κB-related genes in cell proliferation, invasiveness, angiogenesis and inflammation, we postulated that they might be deregulated in IBC.</p> <p>Methods</p> <p>We measured the mRNA expression levels of 60 NF-κB-related genes by using real-time quantitative RT-PCR in a well-defined series of 35 IBCs, by comparison with 22 stage IIB and III non inflammatory breast cancers. Twenty-four distant metastases of breast cancer served as "poor prognosis" breast tumor controls.</p> <p>Results</p> <p>Thirty-five (58%) of the 60 NF-κB-related genes were significantly upregulated in IBC compared with non IBC. The upregulated genes were NF-κB genes (<it>NFKB1</it>, <it>RELA</it>, <it>IKBKG</it>, <it>NFKBIB</it>, <it>NFKB2</it>, <it>REL</it>, <it>CHUK</it>), apoptosis genes (<it>MCL1L</it>, <it>TNFAIP3/A20</it>, <it>GADD45B</it>, <it>FASLG</it>, <it>MCL1S</it>, <it>IER3L</it>, <it>TNFRSF10B/TRAILR2</it>), immune response genes (<it>CD40</it>, <it>CD48</it>, <it>TNFSF11/RANKL</it>, <it>TNFRSF11A/RANK</it>, <it>CCL2/MCP-1</it>, <it>CD40LG</it>, <it>IL15</it>, <it>GBP1</it>), proliferation genes (<it>CCND2</it>, <it>CCND3</it>, <it>CSF1R</it>, <it>CSF1</it>, <it>SOD2</it>), tumor-promoting genes (<it>CXCL12</it>, <it>SELE</it>, <it>TNC</it>, <it>VCAM1</it>, <it>ICAM1</it>, <it>PLAU/UPA</it>) or angiogenesis genes (<it>PTGS2/COX2</it>, <it>CXCL1/GRO1</it>). Only two of these 35 genes (<it>PTGS2/COX2 </it>and <it>CXCL1/GRO1</it>)were also upregulated in breast cancer metastases. We identified a five-gene molecular signature that matched patient outcomes, consisting of <it>IL8 </it>and <it>VEGF </it>plus three NF-κB-unrelated genes that we had previously identified as prognostic markers in the same series of IBC.</p> <p>Conclusion</p> <p>The NF-κB pathway appears to play a major role in IBC, possibly contributing to the unusual phenotype and aggressiveness of this form of breast cancer. Some upregulated NF-κB-related genes might serve as novel therapeutic targets in IBC.</p

Importance of pre-analytical steps for transcriptome and RT-qPCR analyses in the context of the phase II randomised multicentre trial REMAGUS02 of neoadjuvant chemotherapy in breast cancer patients

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Identification of predictive markers of response to treatment is a major objective in breast cancer. A major problem in clinical sampling is the variability of RNA templates, requiring accurate management of tumour material and subsequent analyses for future translation in clinical practice. Our aim was to establish the feasibility and reliability of high throughput RNA analysis in a prospective trial.</p> <p>Methods</p> <p>This study was conducted on RNA from initial biopsies, in a prospective trial of neoadjuvant chemotherapy in 327 patients with inoperable breast cancer. Four independent centres included patients and samples. Human U133 GeneChips plus 2.0 arrays for transcriptome analysis and quantitative RT-qPCR of 45 target genes and 6 reference genes were analysed on total RNA.</p> <p>Results</p> <p>Thirty seven samples were excluded because <it>i) </it>they contained less than 30% malignant cells, or <it>ii) </it>they provided RNA Integrity Number (RIN) of poor quality. Among the 290 remaining cases, taking into account strict quality control criteria initially defined to ensure good quality of sampling, 78% and 82% samples were eligible for transcriptome and RT-qPCR analyses, respectively. For RT-qPCR, efficiency was corrected by using standard curves for each gene and each plate. It was greater than 90% for all genes. Clustering analysis highlighted relevant breast cancer phenotypes for both techniques (ER+, PR+, HER2+, triple negative). Interestingly, clustering on trancriptome data also demonstrated a "centre effect", probably due to the sampling or extraction methods used in on of the centres. Conversely, the calibration of RT-qPCR analysis led to the centre effect withdrawing, allowing multicentre analysis of gene transcripts with high accuracy.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our data showed that strict quality criteria for RNA integrity assessment and well calibrated and standardized RT-qPCR allows multicentre analysis of genes transcripts with high accuracy in the clinical context. More stringent criteria are needed for transcriptome analysis for clinical applications.</p

Gene Expression Profiling Reveals New Aspects of PIK3CA Mutation in ERalpha-Positive Breast Cancer: Major Implication of the Wnt Signaling Pathway

BACKGROUND: The PI3K/AKT pathway plays a pivotal role in breast cancer development and maintenance. PIK3CA, encoding the PI3K catalytic subunit, is the oncogene exhibiting a high frequency of gain-of-function mutations leading to PI3K/AKT pathway activation in breast cancer. PIK3CA mutations have been observed in 30% to 40% of ERα-positive breast tumors. However the physiopathological role of PIK3CA mutations in breast tumorigenesis remains largely unclear. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: To identify relevant downstream target genes and signaling activated by aberrant PI3K/AKT pathway in breast tumors, we first analyzed gene expression with a pangenomic oligonucleotide microarray in a series of 43 ERα-positive tumors with and without PIK3CA mutations. Genes of interest were then investigated in 249 ERα-positive breast tumors by real-time quantitative RT-PCR. A robust collection of 19 genes was found to be differently expressed in PIK3CA-mutated tumors. PIK3CA mutations were associated with over-expression of several genes involved in the Wnt signaling pathway (WNT5A, TCF7L2, MSX2, TNFRSF11B), regulation of gene transcription (SEC14L2, MSX2, TFAP2B, NRIP3) and metal ion binding (CYP4Z1, CYP4Z2P, SLC40A1, LTF, LIMCH1). CONCLUSION/SIGNIFICANCE: This new gene set should help to understand the behavior of PIK3CA-mutated cancers and detailed knowledge of Wnt signaling activation could lead to novel therapeutic strategies