A Structural Split in the Human Genome

Background: Promoter-associated CpG islands (PCIs) mediate methylation-dependent gene silencing, yet tend to co-locate to transcriptionally active genes. To address this paradox, we used data mining to assess the behavior of PCI-positive (PCI+) genes in the human genome. Results: PCI+ genes exhibit a bimodal distribution: (1) a 'housekeeping-like' subset characterized by higher GC content and lower intron length/number, and (2) a 'pseudogene paralog' subset characterized by lower GC content and higher intron length/number (p<0.001). These subsets are functionally distinguishable, with the former gene group characterized by higher expression levels and lower evolutionary rate (p<0.001). PCI-negative (PCI-) genes exhibit higher evolutionary rate and narrower expression breadth than PCI+ genes (p<0.001), consistent with more frequent tissue-specific inactivation. Conclusions: Adaptive evolution of the human genome appears driven in part by declining transcription of a subset of PCI+ genes, predisposing to both CpG→TpA mutation and intron insertion. We propose a model of evolving biological complexity in which environmentally-selected gains or losses of PCI methylation respectively favor positive or negative selection, thus polarizing PCI+ gene structures around a genomic core of ancestral PCI- genes. © 2007 Tang, Epstein.published_or_final_versio

Profilaxia para tromboembolismo venoso em um hospital de ensino Venous thromboembolism prophylaxis at a teaching hospital

OBJETIVO: Verificar se a profilaxia da trombose venosa profunda está sendo utilizada de maneira correta e rotineira em um hospital de ensino. MÉTODOS E CASUÍSTICA: Foi realizado um estudo transversal de pacientes internados em sete setores (enfermarias) do Conjunto Hospitalar de Sorocaba (Hospital de Ensino), no período de agosto de 2004 a agosto de 2005. Para estratificação do risco de trombose venosa profunda de cada paciente, foram pesquisados fatores clínicos e cirúrgicos, segundo o protocolo preconizado pela Sociedade Brasileira de Angiologia e Cirurgia Vascular. No período estudado, foram analisados 216 prontuários, dos quais 30 eram da cirurgia abdominal, 30 da cirurgia vascular, 30 da urologia, 31 da clínica médica, 31 da unidade de terapia intensiva, 31 da ortopedia e 33 da ginecologia/obstetrícia. RESULTADOS: Do total de pacientes, foi efetuada profilaxia para trombose venosa profunda em 57 (26%), sendo que, em 51 (89%), a execução foi de maneira correta e, em 6 (11%), não-preconizada. O método profilático mais utilizado foi o medicamentoso; 49 de 57 pacientes fizeram uso de heparina de baixo peso molecular. Também foi verificada a utilização de meias elásticas em cinco pacientes e deambulação precoce em sete. Já a compressão pneumática intermitente não foi utilizada em nenhum deles. CONCLUSÃO: De acordo com os resultados e com base no protocolo, concluiu-se que, no período da pesquisa, a profilaxia para trombose venosa profunda, no Conjunto Hospitalar de Sorocaba, foi executada rotineiramente e de forma adequada em apenas 23,6% (51 do total de 216 pacientes).<br>OBJECTIVE: To verify whether deep venous thrombosis prophylaxis is being correctly and routinely used at a teaching hospital. METHODS: A cross-sectional study of hospitalized patients on seven sectors at Conjunto Hospitalar de Sorocaba (Hospital de Ensino) was performed from August 2004 to August 2005. For the deep venous thrombosis risk stratification of each patient, clinical and surgical factors were investigated, according to the protocol recommended by Sociedade Brasileira de Angiologia e Cirurgia Vascular. During the period, 216 medical charts were analyzed. Of these, 30 were from abdominal surgery, 30 from vascular surgery, 30 from urology, 31 from medical clinic, 31 from intensive care unit, 31 from orthopedics and 33 from obstetrics/gynecology. RESULTS: Out of the total number of patients, deep venous thrombosis prophylaxis was performed in 57 (26%), considering that in 51 (89%) the procedure was correct and in six (11%) it did not follow the standard. The most used type of prophylaxis was drug treatment; 49 out of 57 patients used low-molecular-weight heparin. We also observed the use of elastic socks in five patients and early ambulation in seven. On the other hand, intermittent pneumatic compression was not used for any patient. CONCLUSION: According to the results and based on the protocol, we concluded that, during the period of the research, deep venous thrombosis prophylaxis, at Conjunto Hospitalar de Sorocaba, was routinely and correctly performed in only 23.6% of the patients (51 out of 216)

Estudo experimental dos efeitos da heparina de baixo peso molecular (Enoxaparina) na formação de calo ósseo em fêmures de ratos The effects of low-molecular-weight heparin (Enoxaparin) on bony callus formation in rats' femurs - an experimental study

O tromboembolismo venoso é uma complicação grave que pode ocorrer após fraturas. O tratamento anticoagulante mais utilizado é com a heparina de baixo peso molecular (HBPM). Existem estudos que mostram que essa droga pode interferir no metabolismo ósseo. Com o objetivo de avaliar a influência da HBPM no processo de formação de calo ósseo, realizamos um estudo experimental em ratos. A amostra constituiu-se de 22 ratos de linhagem Wistar, machos, que foram submetidos à fratura diafisária de seus fêmures direitos. Foram divididos em dois grupos de 11. No grupo controle, os animais recebiam soro fisiológico e no grupo de estudo, recebiam HBPM, enoxaparina, diariamente, por 28 dias. Após este período os ratos foram submetidos à eutanásia e os fêmures foram avaliados. No estudo macroscópico foi constatada consolidação em 11 animais (100%) que não receberam enoxaparina, e, em dez animais (90,9%) que receberam a droga em estudo. No estudo histológico foi constatada a formação de calo ósseo em todos os fêmures. Concluiu-se neste experimento que a enoxaparina não altera o processo de consolidação óssea em fêmures de ratos Wistar.<br>Venous thromboembolism is a serious complication that may follow fractures. The most commonly used anticoagulant treatment is low-molecular-weight heparin (LMWH). There are some studies showing that this drug may interfere on bone metabolism. With the objective of evaluating the LMWH influence on the process of bony callus formation, we conducted an experimental study on rats. Sample was constituted of 22 Wistar male rats, which were submitted to diaphyseal fracture on their right femurs. They were divided into two groups of 11 subjects each. In the control group, the animals received saline solution and in the study group, they received LMWH - enoxaparin - in a daily basis, during 28 days. After that period, the rats were submitted to euthanasia for femur assessment purposes. At the macroscopic study, union was verified in 11 animals (100%) not receiving enoxaparin, and in 10 animals (90.9%) receiving the study drug. At the histological study, the formation of bony callus was verified in all femurs. It was concluded by this experiment that enoxaparin does not cause changes on the bone union process in Wistar rats' femurs

Fatores de risco e profilaxia para tromboembolismo venoso em hospitais da cidade de Manaus Risk factors and prophylaxis for venous thromboembolism in hospitals in the city of Manaus, Brazil

OBJETIVO: Identificar e classificar os fatores de risco para tromboembolismo venoso (TEV) em pacientes internados, avaliando as condutas médicas adotadas para a profilaxia da doença. MÉTODOS: Estudo observacional, de corte transversal no período de janeiro a março de 2006, envolvendo uma população de pacientes internados em três hospitais na cidade de Manaus (AM). A estratificação do risco para TEV foi feita com base nos critérios da Sociedade Brasileira de Angiologia e Cirurgia Vascular e da International Union of Angiology. Foram avaliados variáveis sobre os fatores de risco clínicos, cirúrgicos e medicamentosos, assim como os métodos profiláticos para TEV. Os dados foram analisados estatisticamente, adotando-se um alfa de 5% e IC95%. Os dados qualitativos foram analisados pelo teste do qui-quadrado e os dados quantitativos pelo teste t de Student. RESULTADOS: Foram estudados 1.036 pacientes num total de 1.051 internações, sendo 515 (49,7%) homens e 521 (50,3%) mulheres. Um total de 23 de fatores de risco para TEV foram identificados (número total de eventos, 2.319). O risco estratificado para TEV foi de 50,6%, 18,6% e 30,8% das internações para risco alto, moderado e baixo, respectivamente. Em 73,3% das internações, não foram adotadas medidas profiláticas não-medicamentosas durante o período do estudo, e em 74% das internações que apresentavam risco moderado ou alto, não foram adotadas quaisquer medidas terapêuticas medicamentosas. CONCLUSÕES: Este estudo evidenciou que, na população estudada, os fatores de risco foram frequentes e que medidas profiláticas não foram utilizadas para pacientes com riscos potenciais de desenvolverem TEV e suas complicações.<br>OBJECTIVE: To identify and classify risk factors for venous thromboembolism (VTE) in hospitalized patients, as well as to evaluate medical practices regarding prophylaxis for the disease. METHODS: An observational cross-sectional study, carried out between January and March of 2006, involving inpatients at three hospitals in the city of Manaus, Brazil. Risk stratification for VTE was based on the criteria established by the Brazilian Society of Angiology and Vascular Surgery and by the International Union of Angiology. Clinical, surgical and medication-related risk factors were analyzed. The statistical analysis of the data obtained was conducted, adopting an alpha error of 5% and 95% CI. Qualitative data were analyzed using the chi-square test, whereas quantitative data were analyzed using Student's t-test. RESULTS: Of the 1,036 patients included (total number of admissions, 1,051), 515 (49.7%) were male, and 521 (50.3%) were female. A total of 23 risk factors for VTE were identified (total number of occurrences, 2,319). The stratified risk for VTE was 50.6%, 16.6% and 30.8% among the admissions of high-, moderate- and low-risk cases, respectively. In 73.3% of the admissions, nonpharmacological prophylaxis was not employed at any point during the study period. In 74% of those classified as high- or moderate-risk cases, no prophylactic medications were administered. CONCLUSIONS: This study showed that, in the population studied, risk factors were common and that prophylactic measures were not employed in patients prone to developing VTE and its complications