Next-generation mitogenomics: A comparison of approaches applied to caecilian amphibian phylogeny

Mitochondrial genome (mitogenome) sequences are being generated with increasing speed due to the advances of next-generation sequencing (NGS) technology and associated analytical tools. However, detailed comparisons to explore the utility of alternative NGS approaches applied to the same taxa have not been undertaken. We compared a 'traditional' Sanger sequencing method with two NGS approaches (shotgun sequencing and non-indexed, multiplex amplicon sequencing) on four different sequencing platforms (Illumina's HiSeq and MiSeq, Roche's 454 GS FLX, and Life Technologies' Ion Torrent) to produce seven (near-) complete mitogenomes from six species that form a small radiation of caecilian amphibians from the Seychelles. The fastest, most accurate method of obtaining mitogenome sequences that we tested was direct sequencing of genomic DNA (shotgun sequencing) using the MiSeq platform. Bayesian inference and maximum likelihood analyses using seven different partitioning strategies were unable to resolve compellingly all phylogenetic relationships among the Seychelles caecilian species, indicating the need for additional data in this case

Sites à réaménager en Wallonie : Méthodologie pour une optimisation du recensement des SAR

En Wallonie, de nombreuses activités se sont arrêtées ou ont été délocalisées laissant un nombre important de terrains et de bâtiments à l’abandon ou sous-utilisés. Ces derniers affectent le paysage urbain et nécessitent une réaffectation appropriée. Suite à l’élargissement de la notion de site qui intègre dorénavant l’ensemble des terrains abandonnés à l’exception de ceux occupés par du logement, nombre d’entre eux ne sont pas désignés en tant que sites à réaménager (SAR). C’est dans ce cadre que la Direction de l'Aménagement opérationnel (SPW-DGO4-DAO) ambitionne de réaliser un nouvel inventaire des sites à réaménager couvrant l’ensemble de la Wallonie. En vue d’alimenter ses réflexions, entre autres sur les modalités pratiques de réalisation de cet inventaire, l’administration a demandé à la CPDT d’élaborer une méthodologie pour une optimisation du recensement des sites à réaménager. L’optimisation du recensement des sites à réaménager doit faciliter la localisation et l’identification des SAR mais également éviter l’obsolescence systémique et prématurée de son système d’informations. Par conséquent, il est capital d’identifier ces sites abandonnés à l’aide d’un inventaire récent axé sur une philosophie d’actualisation continue. Cette philosophie d’actualisation continue se traduit par une identification des informations utiles pouvant être actualisées et s’inscrivant dans un processus de gestion centralisée au sein d’un système d’informations (source authentique). Ce dernier s’inscrivant dans une interopérabilité avec les autres sources de données authentiques