Caracterização genética e morfofisiológica da "Coleção de culturas de microrganismos multifuncionais da Embrapa Soja".

A degradação do meio ambiente gera uma grande preocupação com a sustentabilidade do planeta para os anos futuros. A principal maneira de reverter essa situação é através do aproveitamento da biodiversidade em prol de sistemas de baixa emissão de carbono, biorremediação, produção de medicamentos, vacinas entre outros. Dentre os vários ecossistemas, o solo apresenta importante destaque, pois apesar da alta diversidade procariótica que possui, ainda precisa ser mais explorado para que essas informações sejam utilizadas a favor do aumento de produtividade da agricultura. A criação e a manutenção de coleções de culturas são de extrema importância para o estudo nas áreas biológicas e agronômicas. Nesse sentido, o Laboratório de Biotecnologia do Solo da Embrapa Soja mantém uma coleção de culturas seguindo rigorosos padrões de qualidade. O objetivo desse trabalho foi o de caracterizar morfofisiologicamente e geneticamente as bactérias dessa coleção. As características morfofisiológicas avaliadas foram: tamanho, forma e elevação da colônia, produção e consistência do muco e alteração de pH em meio YMA, enquanto que as análises genéticas consistiram do sequenciamento parcial do gene ribossomal 16S e a determinação do perfil genético por BOX-PCR. Das 4.000 estirpes da coleção, até o presente momento 1.681 foram caracterizadas morfofisiologicamente, 314 foram caracterizadas geneticamente pelo gene ribossomal 16S enquanto 709 através do BOX-PCR. A geração e preservação de dados da coleção de culturas são de extrema importancia para estudos futuros nas diversas áreas de conhecimento.Fertbio

Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja.

O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como ureídos na parte aérea. A variabilidade temporal de: carbono e nitrogênio, da biomassa microbiana, da respiração basal e do quociente metabólico microbiano foi adequada, e o coeficiente de variação máximo aceitável foi estimado em 35%. A homogeneidade entre repetições, tratamentos e coletas foi confirmada por DGGE. Em solos pobres em nitrogênio, os parâmetros de massa de nódulos e massa da parte aérea, com coeficiente de variação máximo de 33 e 18%, respectivamente, foram adequados para avaliar a fixação biológica do N, que contribuiu com 72 a 88% do nitrogênio total da parte aérea

Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a Specialized Diazotrophic Endophyte of Tropical Grasses

The molecular mechanisms of plant recognition, colonization, and nutrient exchange between diazotrophic endophytes and plants are scarcely known. Herbaspirillum seropedicae is an endophytic bacterium capable of colonizing intercellular spaces of grasses such as rice and sugar cane. The genome of H. seropedicae strain SmR1 was sequenced and annotated by The Paraná State Genome Programme—GENOPAR. The genome is composed of a circular chromosome of 5,513,887 bp and contains a total of 4,804 genes. The genome sequence revealed that H. seropedicae is a highly versatile microorganism with capacity to metabolize a wide range of carbon and nitrogen sources and with possession of four distinct terminal oxidases. The genome contains a multitude of protein secretion systems, including type I, type II, type III, type V, and type VI secretion systems, and type IV pili, suggesting a high potential to interact with host plants. H. seropedicae is able to synthesize indole acetic acid as reflected by the four IAA biosynthetic pathways present. A gene coding for ACC deaminase, which may be involved in modulating the associated plant ethylene-signaling pathway, is also present. Genes for hemagglutinins/hemolysins/adhesins were found and may play a role in plant cell surface adhesion. These features may endow H. seropedicae with the ability to establish an endophytic life-style in a large number of plant species