Genetic characterization of cassava (Manihot esculenta) landraces in Brazil assessed with simple sequence repeats

Based on nine microsatellite loci, the aim of this study was to appraise the genetic diversity of 42 cassava (Manihot esculenta) landraces from selected regions in Brazil, and examine how this variety is distributed according to origin in several municipalities in the states of Minas Gerais, São Paulo, Mato Grosso do Sul, Amazonas and Mato Grosso. High diversity values were found among the five above-mentioned regions, with 3.3 alleles per locus on an average, a high percentage of polymorphic loci varying from 88.8% to 100%, an average of 0.265 for observed heterozygosity and 0.570 for gene diversity. Most genetic diversity was concentrated within the regions themselves (HS = 0.52). Cluster analysis and principal component based scatter plotting showed greater similarity among landraces from São Paulo, Mato Grosso do Sul and Amazonas, whereas those from Minas Gerais were clustered into a sub-group within this group. The plants from Mato Grosso, mostly collected in the municipality of General Carneiro, provided the highest differentiation. The migration of human populations is one among the possible reasons for this closer resemblance or greater disparity among plants from the various regions

Contributions of biotechnology to cassava for Africa

Nous utilisons des marqueurs moléculaires multi-loci, sur un échantillonnage de plantes représentant autant que possible la distribution géographique et écologique des espèces considérées et en complément de la botanique et de l'écologie, pour caractériser : la structure génétique du manioc en relation avec les espèces sauvages du genre #Manihot et le processus de domestication du manioc. Non seulement une taxonomie numérique du genre en est attendue mais aussi la définition de stratégies pour la conservation et l'utilisation de ces ressources génétiques. L'analyse du polymorphisme de longueur de fragments amplifiés (AFLP trademark) est utilisée. Les résultats présentés concernent un ou deux PK, sur : 276 plantes représentant une grande part de la diversité des espèces sauvages du genre, ainsi que quelques hybrides inter-spécifiques spontanés ; et 82 plantes de manioc choisies pour représenter les cultivars en collection dans le monde et les variétés présentes dans un seul champ amazonien. Les deux premiers axes de variation (PCo de la matrice de similarité en comparaisons 2 à 2) extraient, de l'ensemble du genre, le manioc et plusieurs espèces qui lui sont étroitement apparentées, dont les sous-espèces #M. esculenta spp. #flabellifolia et #peruviana et des espèces moins étroitement apparentées mais qui forment des hybrides avec le manioc. La question du rôle des hybridations inter-spécifiques dans la domestication du manioc est ainsi reposée, d'autant que l'existence d'hybridations interspécifiques spontanées dans le genre #Manihot$ est confirmée, ainsi qu'un rapport élevé de la diversité intra/interspécifique. La diversité génétique du manioc est forte mais une diversité sensiblement égale, bien que légèrement divergente, est trouvée dans un seul champ amazonien au niveau de ces marqueurs AFLP... (D'après résumé d'auteur

Contributions of biotechnology to cassava for Africa

Nous utilisons des marqueurs moléculaires multi-loci, sur un échantillonnage de plantes représentant autant que possible la distribution géographique et écologique des espèces considérées et en complément de la botanique et de l'écologie, pour caractériser : la structure génétique du manioc en relation avec les espèces sauvages du genre #Manihot et le processus de domestication du manioc. Non seulement une taxonomie numérique du genre en est attendue mais aussi la définition de stratégies pour la conservation et l'utilisation de ces ressources génétiques. L'analyse du polymorphisme de longueur de fragments amplifiés (AFLP trademark) est utilisée. Les résultats présentés concernent un ou deux PK, sur : 276 plantes représentant une grande part de la diversité des espèces sauvages du genre, ainsi que quelques hybrides inter-spécifiques spontanés ; et 82 plantes de manioc choisies pour représenter les cultivars en collection dans le monde et les variétés présentes dans un seul champ amazonien. Les deux premiers axes de variation (PCo de la matrice de similarité en comparaisons 2 à 2) extraient, de l'ensemble du genre, le manioc et plusieurs espèces qui lui sont étroitement apparentées, dont les sous-espèces #M. esculenta spp. #flabellifolia et #peruviana et des espèces moins étroitement apparentées mais qui forment des hybrides avec le manioc. La question du rôle des hybridations inter-spécifiques dans la domestication du manioc est ainsi reposée, d'autant que l'existence d'hybridations interspécifiques spontanées dans le genre #Manihot$ est confirmée, ainsi qu'un rapport élevé de la diversité intra/interspécifique. La diversité génétique du manioc est forte mais une diversité sensiblement égale, bien que légèrement divergente, est trouvée dans un seul champ amazonien au niveau de ces marqueurs AFLP... (D'après résumé d'auteur

A comparative genetic diversity assessment of industrial and household Brazilian cassava varieties using SSR markers

This study was carried out in order to assess the genetic diversity of 20 cassava (Manihot esculenta Crantz) genotypes with high phenotypic performance using microsatellite markers. Two groups were considered for this study: eleven varieties for industrial uses and nine for household consumption. By using nine microsatellite primers, high polymorphism was identified in all the loci analyzed, with values reaching 100%. On average, 3.4 alleles per locus were found, with 0.371 the value estimated for the observed heterozygosity and 0.555 for gene diversity for the entire set of varieties. The genetic variability found in both varieties, cultivated on a large-scale in the South Center region of Brazil, is wide enough to allow the choice of divergent parental genotypes to be used in crosses to obtain new recombinant genotypes. Furthermore, the analyses indicated a high genetic variability within the two groups (I: varieties for industrial uses; II: varieties for household consumption). However, varieties for household consumption attain higher genetic variability, probably due to high priority placed on selection of different sensorial traits. In the cluster analysis, a tendency for separation of varieties for industrial use and household consumption was verified. Our results represent an important source of information to the cassava breeding program in Brazil