Modern temporal network theory: A colloquium

The power of any kind of network approach lies in the ability to simplify a complex system so that one can better understand its function as a whole. Sometimes it is beneficial, however, to include more information than in a simple graph of only nodes and links. Adding information about times of interactions can make predictions and mechanistic understanding more accurate. The drawback, however, is that there are not so many methods available, partly because temporal networks is a relatively young field, partly because it more difficult to develop such methods compared to for static networks. In this colloquium, we review the methods to analyze and model temporal networks and processes taking place on them, focusing mainly on the last three years. This includes the spreading of infectious disease, opinions, rumors, in social networks; information packets in computer networks; various types of signaling in biology, and more. We also discuss future directions.Comment: Final accepted versio

The trans-ancestral genomic architecture of glycemic traits

Glycemic traits are used to diagnose and monitor type 2 diabetes and cardiometabolic health. To date, most genetic studies of glycemic traits have focused on individuals of European ancestry. Here we aggregated genome-wide association studies comprising up to 281,416 individuals without diabetes (30% non-European ancestry) for whom fasting glucose, 2-h glucose after an oral glucose challenge, glycated hemoglobin and fasting insulin data were available. Trans-ancestry and single-ancestry meta-analyses identified 242 loci (99 novel; P < 5 x 10(-8)), 80% of which had no significant evidence of between-ancestry heterogeneity. Analyses restricted to individuals of European ancestry with equivalent sample size would have led to 24 fewer new loci. Compared with single-ancestry analyses, equivalent-sized trans-ancestry fine-mapping reduced the number of estimated variants in 99% credible sets by a median of 37.5%. Genomic-feature, gene-expression and gene-set analyses revealed distinct biological signatures for each trait, highlighting different underlying biological pathways. Our results increase our understanding of diabetes pathophysiology by using trans-ancestry studies for improved power and resolution.A trans-ancestry meta-analysis of GWAS of glycemic traits in up to 281,416 individuals identifies 99 novel loci, of which one quarter was found due to the multi-ancestry approach, which also improves fine-mapping of credible variant sets.Diabetes mellitus: pathophysiological changes and therap

Järven juoksutuksen laskenta Vesistömallijärjestelmässä

Suomen ympäristökeskuksen Vesistömallijärjestelmällä simuloidaan Suomen vesistöjä. Vesistömalli käyttää syötteinä säähavaintoja ja -ennusteita ja laskee veden kulkeutumisen vesistössä. Mallissa säännöstellyn järven juoksutuksen määrää säännöstelyohjeisto, joka on historian perusteella laadittu taulukko, josta juoksutus luetaan päivämäärän ja vedenkorkeuden mukaisesti. Säännöstelyohjeisto ei ota huomioon sää- ja tulovirtaamaennustetta ja järven valuma-alueen tilaa, minkä vuoksi juoksutukset ovat usein epärealistisia. Tässä diplomityössä on kehitetty menetelmä, jolla voidaan laskea säännöstellyn järven juoksutus siten, että se perustuu sää- ja tulovirtaamaennusteeseen sekä valuma-alueen tilaan. Järven juoksutuslaskentaa varten määritellään päivämäärien mukaiset tavoitealueet vedenkorkeudelle ja juoksutukselle. Juoksutuslaskenta ratkaisee monitavoitteisen, deterministisen, epälineaarisen ja dynaamisen optimointimallin siten, että vedenkorkeus ja juoksutus pysyvät mahdollisuuksien mukaan tavoitealueilla. Optimointimallin sileä kustannusfunktio minimoidaan gradienttiin perustuvalla BFGS-algoritmilla. Poikkeavissa tilanteissa säännöstelyohjeistoa pitää muokata, jotta juoksutus olisi realistista. Juoksutuslaskennan juoksutus on aina tilanteeseen sopivaa, joten muokkaamista ei tarvita. Tämä säästää työaikaa ja parantaa vesistöennusteita. Järven vedenkorkeus ja juoksutus pysyvät säännöstelyrajojen puitteissa paremmin kuin nykyisellä säännöstelyohjeistolla simuloitaessa, ja juoksutus on tasaisempaa. Tässä diplomityössä on saavutettu sille asetetut ensisijaiset tavoitteet