On the Influence of the instance structure for metaheuristic performances -- Application to a graph drawing problem

International audienceMetaheuristics are now so common that for some classical hard combinatorial problems, there exist more than ten variants. Thus, the issue of comparing optimization methods is crucial. In this paper, we focus on one aspect of this question: the impact of the choice of the test instances on the metaheuristic performances and the possible link with the fitness landscape structure. We base our experimental framework on the arc crossing minimization problem for layered digraphs. We compare a hybridized genetic algorithm and a multistart descent which are among the best approaches to this problem. We worked on two instance families with various sizes and structural complexities: small graphs which are easy to draw on a standard size support, and large graphs specifically built for our experiments. We show that, for the smallest instances, there is no significant difference between methods whereas for graphs similar to those classically used nowadays in applications the genetic algorithm is better, and for the largest graphs (with a scaling factor up to $10^{300}$), the multistart descent is the best method. These results suggest that for ``structured'' fitness landscapes associated with real-life instances the GA exploits its implicit learning. On the other hand for very large landscapes with probably numerous local optima, only one exploration on a larger scale can be provided by local searches from a random starting point, cheap in computing effort

Un guide sur la toile pour sélectionner un logiciel de tracé de graphes

Nouvelle adresse du site : http://gvsr.polytech.univ-nantes.frNational audienceLes graphes permettent d'une part, en tant qu'objets combinatoires, de modéliser et d'analyser des systèmes de relations complexes entre des entités et d'autre part, de représenter ces relations sur des supports visuels afin de les rendre accessibles à un utilisateur non spécialiste. Si ces derniers sont rapidement devenus des outils privilégiés pour de nombreuses problématiques applicatives comme la découverte de relations non explicites en veille technologique, le choix d'une méthode de visualisation efficace reste encore très souvent une question ouverte pour l'utilisateur. Afin de guider ce dernier dans sa sélection, nous dressons une typologie succincte des principaux modes de représentation à savoir le tracé statique, le tracé interactif et le tracé des très grands graphes, et nous finissons par la présentation d'un nouveau site Web, dédié au référencement des logiciels de tracés de graphes. Le site est consultable à l'adresse : http://hulk.knowesis.fr/GVSR http://gvsr.polytech.univ-nantes.fr. Son originalité réside en particulier dans une présentation homogène des informations pertinentes mises en œuvre au travers d'un ensemble de fiches codées en XML

Découverte interactive de règles d'association via une interface visuelle

En nous appuyant sur des hypothèses majoritairement empruntées à des travaux sur les systèmes anthropocentrés d'aide à la décision, nous décrivons dans cet article un environnement interactif de fouille de règles d'association dans lequel l'utilisateur pilote le processus, en jouant le rôle d'une heuristique dans un environnement de recherche complexe. Afin de permettre à la fois une représentation visuelle accessible et une instanciation aisée des outils d'interactivité le modèle choisi est ici un graphe en niveaux - les niveaux étant associés aux cardinaux des sous-ensembles d'attributs des prémisses. Le processus a été déployé dans un logiciel prototype dont l'analyse des résultats ouvre de nouvelles perspectives sur l'analyse comportementale d'un utilisateur en situation de fouille

A detailed inventory of DNA copy number alterations in four commonly used Hodgkin's lymphoma cell lines

Background and Objectives Classical Hodgkin's lymphoma (cHL) is a common malignant lymphoma characterized by the presence of large, usually multinucleated malignant Hodgkin and Reed Sternberg (HRS) cells which are thought to be derived from germinal center B-cells. In cHL, the HRS cells constitute less than 1% of the tumor volume; consequently the profile of genetic aberrations in cHL is still poorly understood. Design and Methods In this study, we subjected four commonly used cHL cell lines to array comparative genomic hybridization (aCGH) in order to delineate known chromosomal aberrations in more detail and to search for small hitherto undetected genomic imbalances. Results The aCGH profiles of the four cell lines tested confirmed the complex patterns of rearrangements previously demonstrated with multicolor fluorescence in situ hybridization and chromosomal CGH (cCGH). Importantly, aCGH allowed a much more accurate delineation of imbalances as compared to previous studies performed at a chromosomal level of resolution. Furthermore, we detected 35 hitherto undetected aberrations including a homozygous deletion of chromosomal region 15q26.2 in the cell line HDLM2 encompasing RGMA and CHD2 and an amplification of the STAT6 gene in cell line L1236 leading to STAT6 overexpression. Finally, in cell line KM-H2 we found a 2.35 Mb deletion at 16q12.1 putatively defining a small critical region for the recurrent 16q deletion in cHL. This region contains the CYLD gene, a known suppressor gene of the NF-kappa B pathway. Interpretation and Conclusions aCGH was performed on four cHL cell lines leading to the improved delineation of known chromosomal imbalances and the detection of 35 hitherto undetected aberrations. More specifically, our results highlight STAT6 as a potential transcriptional target and identified RGMA, CHD2 and CYLD as candidate tumor suppressors in cHL

L'outil d'aide à la décision GeDSeT : évaluer les impacts et bénéfices de différentes options de gestion des sédiments

National audienceThe GeDSeT decision support tool: evaluating impacts and benefits of different options for sediment managemen

Avant propos au numéro spécial : "Analyse statistique implicative"

Photograph taken by Salt Lake Tribune staf