An improved method for RNA extraction from common bean seeds and validation of reference genes for qPCR.

An RNA extraction method with high integrity and purity as well as the selection of adequate reference genes are prerequisites for gene expression analysis. For common bean seeds, there is no well-defined protocol that can be used in a laboratory routine for gene expression analysis. In this study, an extraction protocol for RNA from common bean seeds, which produced material with good integrity for qPCR (RIN ≥ 6.5), was optimized. In addition, 10 reference genes were evaluated under qPCR standard conditions using different tissue samples of common beans. Gene stabilities were analyzed using the delta-CT method, Bestkeeper, NormFinder and geNorm approaches. The genes β-tubulin and T197 were ranked as the most stable among the sample sets evaluated with different tissue samples, while PvAct and Pv18S were the least stable. To our knowledge, this is the first study evaluating RNA isolation methods and reference gene selection for seeds of Phaseolus vulgaris

Identificação, coleta, mapeamento e conservação de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz no Brasil.

Implementação de projeto que permitiu a identificação da ocorrência e coleta de acessos de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz em locais ainda não amostrados, complementando as coletas de germoplasma iniciadas há 26 anos no Brasil. Estes acessos foram localizados precisamente com aparelho GPS e estas informações (juntamente com as dos acessos já amostrados nos últimos 26 anos) foram utilizadas para posicioná-los no mapa do Brasil através do software Spring 3.5. Foram obtidos cinco mapas individuais (um para as variedades tradicionais e um para cada uma das espécies silvestres de Oryza), além de um mapa consenso reunindo todos estes mapas. Juntamente com os mapas, foi elaborado um banco de dados contendo as informações obtidas na coleta dos acessos (coordenadas geográficas, altitude, tipo de solo, clima, etc.). A realização de um seminário técnico, ao final do projeto, permitiu à equipe conhecer a extensão dos resultados obtidos, analisar estes resultados, e finalmente, compor o relatório final.bitstream/CNPAF-2009-09/27965/1/doc_220.pd

Identificação, coleta, mapeamento e conservação de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz no Brasil.

Implementação de projeto que permitiu a identificação da ocorrência e coleta de acessos de variedades tradicionais e espécies silvestres de arroz em locais ainda não amostrados, complementando as coletas de germoplasma iniciadas há 26 anos no Brasil. Estes acessos foram localizados precisamente com aparelho GPS e estas informações (juntamente com as dos acessos já amostrados nos últimos 26 anos) foram utilizadas para posicioná-los no mapa do Brasil através do software Spring 3.5. Foram obtidos cinco mapas individuais (um para as variedades tradicionais e um para cada uma das espécies silvestres de Oryza), além de um mapa consenso reunindo todos estes mapas. Juntamente com os mapas, foi elaborado um banco de dados contendo as informações obtidas na coleta dos acessos (coordenadas geográficas, altitude, tipo de solo, clima, etc.). A realização de um seminário técnico, ao final do projeto, permitiu à equipe conhecer a extensão dos resultados obtidos, analisar estes resultados, e finalmente, compor o relatório final.bitstream/CPAF-RR-2009-09/10887/1/doc_220.pd

Differentially expressed genes during flowering and grain filling in common bean (Phaseolus vulgaris) grown under drought stress conditions.

Drought stress, particularly during the flowering and grain-filling stages of growth, contributes to serious yield loss in common bean (Phaseolus vulgaris L.). The aim of this study was to identify genes induced in response to drought stress using transcriptome analysis of contrasting genotypes. Using leaf tissues of tolerant (BAT 477) and susceptible common bean genotypes (Pérola), collected at the flowering and grain-filling stages, four complementary deoxyribonucleic acid representational difference analysis subtractive libraries were constructed and then sequenced. A total of 7,203 (77.6 %) sequences with an average sequence size of 570 bp were considered valid, for a combined 4 Mbp sequence. According to a differential display analysis, 802 expressed sequence tags, distributed across 67 contigs, were differentially expressed by the tolerant (37 contigs) and susceptible genotypes (30 contigs) after identification under drought conditions during the two investigated plant developmental stages. Of these differential contigs, the 13 most frequent genes were exclusive to the tolerant genotype. Based on BLAST2GO, 73 % of the gene sequences were annotated and 12 % showed mapping results, with the highest similarity rate corresponding to Glycine max (41 %). According to gene ontology functional analysis, 48 % of the sequences were attributed to cell metabolic processes. Overall, 8.3 % of the transcribed sequences exhibited similarity to transcription factors, predominantly those of the AP2-EREBP family (97.8 %). Of the target sequences validated by quantitative real-time polymerase chain reaction, most genes showed an expression level that agreed with that predicted by in silico analysis. Thus, the drought transcriptome dataset is a valuable resource on the variation in these gene sequences, offering the opportunity to identify robust molecular markers tightly linked to trait-controlling loci for use in marker-assisted breeding

Caracterização do germoplasma de feijoeiro comum com base em marcadores DArt-Seq.

Esse estudo teve como objetivo identificar e caracterizar SNPs em um conjunto de acessos de feijão com alta diversidade genética através da metodologia de GbS via DArT-Seq

Validação de genes candidatos para tolerância à seca via qPCR em um amplo grupo de genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica.

Tem como objetivo avaliar o perfil de expressão de dezenas de genes previamente identificados como responsivos em condições de seca em genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica

Expressão de genes homólogos de Arabidopsis em arroz relacionados ao aumento do potencial produtivo.

O objetivo desse trabalho foi quantificar a expressão de genes de arroz homólogos de Arabidopsis previamente relacionados ao aumento do potencial produtivo (RUBIRICE, RUBICORN, AVP1, DA1 e TOR) por meio da análise de PCR quantitativo (qPCR). Os genótipos estudados nesse estudo foram BRSMG Curinga, Primavera e Douradão, os quais foram avaliados em um ensaio em casa de vegetação, cultivados sob dois níveis de fertilidade do solo (alta e baixa), em esquema fatorial, no delineamento inteiramente casualizado e com duas repetições

BRS Esplendor - cultivar de feijoeiro com grãos pretos, arquitetura ereta e resistência a doenças.

A BRS Esplendor é uma cultivar de feijoeiro comum com grãos pretos, indicada para 13 Estados brasileiros. Apresenta 2.112 kg/ha de produtividade média, 8,2% de superioridade em relação às testemunhas, alto potencial produtivo (4.120 kg/ha), arquitetura ereta e resistência a antracnose, murcha de fusarium e crestamento bacteriano comum e tolerância ao acamamento