Diversity of metallo-β-lactamase-encoding genes found in distinct species of Acinetobacter isolated from the Brazilian Amazon Region

Evandro Chagas Institute, CAPES grants to APS and CSN (DS-CAPES), CNPq (grant to ACG - Process nº 305535/2014-5).Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Diadema, SP, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Departamento de Medicina. Escola Paulista de Medicina. Laboratório Alerta. Disciplina de Infectologia. São Paulo, SP, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Departamento de Medicina. Escola Paulista de Medicina. Laboratório Alerta. Disciplina de Infectologia. São Paulo, SP, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Centro de Inovação Tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Centro de Inovação Tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Centro de Inovação Tecnológica. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Departamento de Medicina. Escola Paulista de Medicina. Laboratório Alerta. Disciplina de Infectologia. São Paulo, SP, Brasil.Hospital Fundação Santa Casa de Misericórdia do Pará. Belém, PA, Brasil.BACKGROUND: The multidrug resistance (MDR) phenotype is frequently observed in Acinetobacter baumannii, the most clinically relevant pathogenic species of its genus; recently, other species belonging to the A. calcoaceticus-A. baumannii complex have emerged as important MDR nosocomial pathogens. OBJECTIVES: The present study aimed to verify the occurrence of metallo-β-lactamase genes among distinct Acinetobacter species in a hospital located in the Brazilian Amazon Region. METHODS: Antimicrobial susceptibility profiles were determined by broth microdilution. The genetic relationships among these isolates were assessed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Pyrosequencing reads of plasmids carrying the bla NDM-1 gene were generated using the Ion Torrent™ platform sequencing. FINDINGS: A total of six isolates carried bla NDM-1: A. baumannii (n = 2), A. nosocomialis (n = 3), and A. pittii (n = 1); three carried bla IMP-1: A. baumannii, A. nosocomialis, and A. bereziniae. Resistance to colistin was observed for an NDM-1-producing A. nosocomialis isolate. Diverse PFGE patterns and sequence types were found among A. nosocomialis and A. baumannii isolates. The bla NDM-1 sequence was inserted in a Tn125 transposon, while the bla IMP-1 was found as a gene cassette of the class 1 integron In86. MAIN CONCLUSIONS: To the best of our knowledge, this is the first report describing the dissemination of bla NDM-1 among distinct Acinetobacter species recovered from the same hospital in South America

Genomic characterization of BKC-1–producing Klebsiella pneumoniae strain belonging to high-risk clone sequence type 11 isolated from a river in Brazil

Evandro Chagas Institute , Secretariat of Health Surveillance , Brazilian Ministry of Health .Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Departamento de Medicina, Escola Paulista de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Programa de Pós-graduação em Doenças Tropicais. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Medicina Tropical. Programa de Pós-graduação em Doenças Tropicais. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil.Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae is a common cause of healthcare-related infections, and it is widespread in hospitals and diverse environments with potentially serious public health implications. Herein, we have reported the isolation and characterization of an environmental Brazilian Klebsiella carbapenemase (BKC-1)–producing K. pneumoniae strain (IEC1205) isolated in 2018 from a river in the Amazon region, Brazil. Antimicrobial susceptibility of this strain was evaluated by broth microdilution and demonstrated resistance to several antibiotics including β-lactams, aminoglycosides, fluoroquinolones, and polymyxins. It has an extensively drug-resistant phenotype. Genomic analysis revealed that IEC1205 belonged to sequence type 11, clonal complex 258 and the presence of blaBKC-1 and two other β-lactamase–encoding genes (blaCTX-M-15 and blaSHV-11). The predicted virulence was associated with biofilm formation–related genes, a type VI secretion system, siderophore production, and type I and II fimbriae formation. We have identified an IncQ1 plasmid, named pIEC1205, harboring blaBKC-1 with high similarity to previously described plasmids carrying blaBKC-1 and blaBKC-2 genes. To our knowledge, this is the first report of an environmental BKC-1–producing K. pneumoniae strain

Genetic and biochemical characterization of BIM-1, a novel acquired subgroup B1 MBL found in a Pseudomonas sp. strain from the Brazilian Amazon region

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) for providing grants to A.P.S. and C.S.N., and to the National Council for Science and Technological Development (CNPq) for providing grants to A.V.S. and A.C.G. (process number: 312066/2019).Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório ALERTA. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Laboratório de Bacteriologia e Imunologia. Diadema, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório ALERTA. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório ALERTA. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório ALERTA. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório ALERTA. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório ALERTA. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. School of Pharmacy. Department of Clinical Analysis. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Epidemiologia e Vigilância em Saúde. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Ecologia Aquática e Pesca. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. / Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Ecologia Aquática e Pesca. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil. / Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Ecologia Aquática e Pesca. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Biophysics. Laboratório de Enzimologia. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. School of Pharmacy. Department of Clinical Analysis. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Biophysics. Laboratório de Enzimologia. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. School of Pharmacy. Department of Clinical Analysis. São Paulo, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Infectologia. Laboratório ALERTA. São Paulo, SP, Brazil.Objectives: To characterize a novel acquired MBL, BIM-1, in a Pseudomonas #2 (subgroup P. guariconensis) strain isolated from the Aurá river located in the Brazilian Amazon hydrographic basin. Methods: WGS using an Illumina® MiSeq System was used to characterize the genome of Pseudomonas sp. IEC33019 strain. Southern blotting/hybridization assays were performed to confirm the location of the MBL-encoding gene, blaBIM-1 (Belém Imipenemase). Antimicrobial susceptibility testing, cloning, and biochemical and phenotypic characterization were performed to determine BIM-1 kinetics. Results: The IEC33019 strain showed high resistance rates to β-lactams, ciprofloxacin and aminoglycosides, being susceptible only to polymyxins and susceptible, increased exposure to aztreonam. WGS analysis revealed a novel acquired MBL-encoding gene, blaBIM-1, found as a gene cassette inserted into a class 1 integron (In1326) that also carried qnrVC1 and aadA11e. In1326 was located in a complex transposon, Tn7122, carried by a 52.7 kb conjugative plasmid (pIEC33019) with a toxin/antitoxin system (vapB/vapC). BIM-1 belongs to the molecular subgroup B1 and shares 70.2% and 64.9% similarity with SIM-1 and IMP-1, respectively. Kinetics analysis of BIM-1 showed hydrolytic activity against all β-lactams tested. Conclusions: BIM-1 is a novel acquired MBL encoded by a gene carried by mobile genetic elements, which can be transferred to other Gram-negative bacilli (GNB). Because the IEC33019 strain was recovered from a river impacted by a populous metropolitan region with poor basic sanitation and served by limited potable freshwater, it would be important to establish the role of the BIM-1-producing GNB as nosocomial pathogens and/or as colonizers of the riverside population in this geographical region

The changing epidemiology of Acinetobacter spp. producing MA. carbapenemases causing bloodstream infections in Brazil: a BrasNet report

Made available in DSpace on 2019-09-12T16:53:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015Merieux Research Grants - Institut MerieuxWe evaluated the epidemiology of Acinetobacter spp. recovered from patients diagnosed with bloodstream infections in 9 tertiary hospitals located in all Brazilian geographic regions between April and August 2014. Although OXA-23-producing Acinetobacter baumannii clones were disseminated in most hospitals, it was observed for the first time the spread of OXA-72 among clonally related A. baumannii isolated from distinct hospitals. Interestingly, Acinetobacter pittii was the most frequent species found in a Northern region hospital. Contrasting with the multisusceptible profile displayed by A. pittii isolates, the tetracyclines and polymyxins were the only antimicrobials active against all A. baumannii isolates. (C) 2015 Elsevier Inc. All rights reserved.[Vasconcelos, Ana Tereza R.] Lab Nacl Comp Cient LNCC MCTI, Petropolis, RJ, Brazil[Barth, Afonso L.; Zavascki, Alexandre P.] Univ Fed Rio Grande do Sul, Hosp Clin Porto Alegre, Lab Pesquisa Resistencia Bacteriana LABRESIS, Porto Alegre, RS, Brazil[Gales, Ana C.; Furtado, Guilherme H. C.; da Silva, Juliana O.; Correa, Luci; Cayo, Rodrigo; Martins, Willames M. B. S.] Univ Fed Sao Paulo UNIFESP, Disciplina Infectol, Dept Med, Sao Paulo, SP, Brazil[Levin, Anna S.; Rossi, Flavia; Silva, Mariama T.; Oliveira, Maura S.; Dalben, Mirian F.; Santos, Sania A.] Univ Sao Paulo, Inst Med Trop USP LIM 54, Dept Patol LIM 03, Hosp Clin,Fac Med, Sao Paulo, SP, Brazil[Lucarevschi, Bianca R.; Moreira, Marina] Universidade de Taubaté (Unitau) , Dept Med[Cabral, Blenda G.; Brasiliense, Danielle M.; Carneiro, Irna Carla R. S.; Lima, Karla V. B.; da Conceicao, Marilia L.] Fundacao Santa Casa Misericordia Para UFPA, Belem, Para, Brazil[Cabral, Blenda G.; Brasiliense, Danielle M.; Carneiro, Irna Carla R. S.; Lima, Karla V. B.; da Conceicao, Marilia L.] Inst Evandro Chagas SVS MS, Belem, Para, Brazil[Ribeiro, Julival; Guzman, Ricardo D.] Hosp Base, Brasilia, DF, Brazil[Correa, Luci; Martino, Marines D. V.] Hosp Israelita Albert Einstein HIAE, Sao Paulo, SP, Brazil[Correa, Luci; Martino, Marines D. V.] Fac Ciencias Med Santa Casa Sao Paulo, Sao Paulo, SP, Brazil[Britto, Maria H.; de Freitas, Manse R.; Morais, Rosangela] Univ Fed Rio Grande Norte UFRN, Ctr Patol Clin, Natal, RN, Brazi