Meta-analysis identifies seven susceptibility loci involved in the atopic March

Eczema often precedes the development of asthma in a disease course called the a 'atopic march'. To unravel the genes underlying this characteristic pattern of allergic disease, we conduct a multi-stage genome-wide association study on infantile eczema followed by childhood asthma in 12 populations including 2,428 cases and 17,034 controls. Here we report two novel loci specific for the combined eczema plus asthma phenotype, which are associated with allergic disease for the first time; rs9357733 located in EFHC1 on chromosome 6p12.3 (OR 1.27; P=2.1 × 10 a'8) and rs993226 between TMTC2 and SLC6A15 on chromosome 12q21.3 (OR 1.58; P=5.3 × 10 a'9). Additional susceptibility loci identified

Ассоциация генетических маркеров целиакии с репродуктивными нарушениями

Background: Numerous studies have shown a link between genes involved in the immune response and infertility and miscarriage. The most significant associations have been established for the cytokine genes (IL1B, IL6, IL10, IL18), chemokine genes (CXCL9, CXCL10, CXCL11), and genes of the major histocompatibility complex HLA II class (DQA1, DQB1, DRB1). HLA genes are associated with celiac disease, a genetically determined autoimmune disorder, where male and female reproduction impairment is one of the symptoms. Aim: To assess the prevalence of polymorphic variants of the immune response genes (HLA: DQA1 DQB1, DRB1; TNF, IL10, CXCL10) in patients with reproduction disorders. Materials and methods: This pilot study involved assessment of the following gene polymorphisms: IL10 (rs1800872), TNF (rs1800629), CXCL10 (rs4386624), and HLA class II (DQA1, DQB1, DRB1) in couples (n = 220) with reproduction disorders (infertility and miscarriage). Genotyping was performed by real-time polymerase chain reaction (PCR) and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) methods. The genotypes and alleles population data were used for comparison with the studied variants of the genes IL10 (rs1800872), TNF (rs1800629), and CXCL10 (rs4386624). Differences in the prevalence of alleles and genotypes were assessed by χ2 test. The differences were considered significant at p 0.05. Haplotype diversity was calculated by the Arlequin software, version 3.5.x. Results: Compared to the populational data, there was significant re-distribution of the genotypes and alleles to the TNF gene (rs1800629) variant in men with impaired reproductive functions. No differences were found for other gene variants studied. The frequency of HLA class II gene (DQA1, DQB1, DRB1) haplotypes associated with celiac disease (DQ2 and DQ8) in the study sample was 23.8%. Conclusion: The results indicate the important role of genes associated with celiac disease in the development of reproduction disorders.Обоснование. Многочисленные исследования показали связь генов, вовлеченных в иммунный ответ, с бесплодием и невынашиванием беременности. Наиболее значимые ассоциации установлены для генов цитокинов (IL1B, IL6, IL10, IL18), хемокинов (CXCL9, CXCL10, CXCL11), генов главного комплекса гистосовместимости HLA II класса (DQA1, DQB1, DRB1). Гены HLA ассоциированы с целиакией, генетически детерминированным аутоиммунным заболеванием, одним из симптомов которого является нарушение репродуктивной функции у мужчин и женщин. Цель – оценить распространенность полиморфных вариантов генов иммунного ответа (HLA: DQA1 DQB1, DRB1; TNF, IL10, CXCL10) у пациентов с нарушением репродуктивной функции. Материал и методы. В пилотном исследовании изучен полиморфизм генов IL10 (rs1800872), TNF (rs1800629), CXCL10 (rs4386624), HLA II класса (DQA1, DQB1, DRB1) у семейных пар (n = 220) с репродуктивными нарушениями (бесплодие и невынашивание беременности). Генотипирование осуществляли с помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (реал-тайм ПЦР) и рестрикционного анализа продуктов амплификации (ПЦР-ПДРФ). Для сравнения использовали популяционные данные о генотипах и аллелях по исследуемым вариантам генов IL10 (rs1800872), TNF (rs1800629), CXCL10 (rs4386624). Различия в распространенности аллелей и генотипов оценивали с помощью χ2 теста.  Достигнутый уровень значимости различий считали при р 0,05. Гаплотипическое разнообразие рассчитывали с помощью программы Arlequin, версия 3.5.x. Результаты. Наблюдали значительное перераспределение генотипов и аллелей по варианту гена TNF (rs1800629) у мужчин с нарушениями функций репродукции по сравнению с популяционными данными. Для других изученных вариантов генов различий не обнаружено. В исследуемой выборке частота гаплотипов генов HLA II класса (DQA1, DQB1, DRB1), связанных с целиакией (DQ2 и DQ8), составила 23,8%. Заключение. Полученные результаты свидетельствуют о важной роли генов, связанных с целиакией, в развитии нарушений репродукции

Meta-analysis identifies seven susceptibility loci involved in the atopic march.

Eczema often precedes the development of asthma in a disease course called the 'atopic march'. To unravel the genes underlying this characteristic pattern of allergic disease, we conduct a multi-stage genome-wide association study on infantile eczema followed by childhood asthma in 12 populations including 2,428 cases and 17,034 controls. Here we report two novel loci specific for the combined eczema plus asthma phenotype, which are associated with allergic disease for the first time; rs9357733 located in EFHC1 on chromosome 6p12.3 (OR 1.27; P=2.1 × 10(-8)) and rs993226 between TMTC2 and SLC6A15 on chromosome 12q21.3 (OR 1.58; P=5.3 × 10(-9)). Additional susceptibility loci identified at genome-wide significance are FLG (1q21.3), IL4/KIF3A (5q31.1), AP5B1/OVOL1 (11q13.1), C11orf30/LRRC32 (11q13.5) and IKZF3 (17q21). We show that predominantly eczema loci increase the risk for the atopic march. Our findings suggest that eczema may play an important role in the development of asthma after eczema