Entérobactéries productrices de carbapénémases dans les eaux-urbaines et péri-urbaines en Côte d’Ivoire : une approche environnementale de l'épidémiologie de la résistance.

International audienceIntroduction : La lutte contre l’antibiorésistance représente un enjeu majeur de santé publique. L’OMS alerte plus particulièrement sur les entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) exposant à des impasses thérapeutiques [1]. La surconsommation et le mésusage des antibiotiques favorisent la dissémination de l’antibiorésistance chez l’Homme et dans l’Environnement. Ceci est particulièrement vrai pour les pays en voie de développement où les conditions sanitaires sont précaires et l’utilisation des antibiotiques anarchique [2]. Dans une stratégie globale de lutte « One Health », l’étude de l’antibiorésistance dans l’environnement pourrait contribuer à une meilleure connaissance de l’épidémiologie humaine à l'échelle d'un territoire et identifier des réservoirs environnementaux d’antibiorésistance.Matériel et méthodes : Cette étude évalue et cartographie l’antibiorésistance dans les eaux résiduaires urbaines dans des canaux à ciel ouvert dédiés normalement au drainage des eaux pluviales de 3 agglomérations de Côte d’Ivoire, Abidjan, Bouaké et Yamoussoukro (14 sites de prélèvements) et dans un bassin versant (Djibi) occupé partiellement par une commune d’Abidjan sans réseau d’assainissement (4 sites de prélèvements). Les gènes blaKPC, blaNDM, blaOXA-48, blaIMP et blaVIM codant des carbapénémases (GCC) ont été recherchés (PCR) dans l’eau de 94 prélèvements. Des EPC ont été recherchés par approche culturale.Résultats, discussion et conclusion : L’étude a mis en évidence la co-présence des GCC blaKPC, blaNDM et blaOXA-48 au niveau de 4 sites de prélèvement et la présence d’au moins l’un de ces gènes au niveau de 11 autres sites.L’étude culturale a permis d’isoler 14 Escherichia coli et 1 Klebsiella pneumoniae producteurs de carbapénémase NDM. La présence d’EPC dans des eaux urbaines rapportée dans d’autres pays est attribuée à des contaminations anthropiques liées à un défaut d’assainissement [3,4]. En l'absence de données d'épidémiologie clinique sur les EPC en Côte d'Ivoire, nous décrivons la présence significative de GCC dans des eaux anthropisées. La présence d’EPC dans des eaux urbaines est préoccupante, puisqu’elle constitue un réservoir environnemental d’antibiorésistance, exposant les habitants à des bactéries résistantes et pouvant jouer un rôle dans la dissémination des GCC [5]. Pour contrôler le cycle écologique de l’antibiorésistance, des études de caractérisation de ces réservoirs environnementaux apparaissent donc nécessaires

Water-based-Epidemiology (WBE) : a new wave for antimicrobial resistance spread monitoring?

International audienc

Water based epidemiology: a new wave?

International audienceThe screening wastewater for SARS-CoV-2 RNA has emerged in over 50 countries as a tool for tracking COVID-19 in population alongside traditional clinical monitoring, highlighting the usefulness of (waste)water-based epidemiology (WBE). Facing the significant problem of antimicrobial resistance (AMR), the monitoring of environmental AMR in epidemiologic aim is still poorly documented. As for COVID-19, WBE could be a proxy of AMR epidemiology in the context of lack of biological data i) at the community level in high income-country and ii) in lower middle-income country when resistance is often non-documented in human infections.The aim of the study is to explore AMR from surface water running in or in the vicinity of two contrasted densely urbanized areas: Lez watershed, Montpellier, France and Djibi watershed, Abidjan, Cote d’Ivoire.From June to November 2015, we collected 24 water samples, on 2 urban rivers in the Heart of Montpellier city: 2 sampling sites around the university hospital of Montpellier, 1 site downstream a public park and 1 site in a residential area. From July 2018 to November 2019, we collected 11 water samples in Djibi watershed (n = 11): 2 peri-urban sampling sites just outside of the Abidjan-urban area, 1 site downstream a wetland area and 1 site upstream the Aghien Lagoon.In both cities, 100% of samples were positive for blaTEM, an endemic beta-lactamase-encoding gene. In Montpellier, blaSHV and blaCTX-M were positive in 21% of samples. In Djibi watershed, 54% and 27% of samples were positive to both blaSHV and blaCTX-M, respectively. For carbapenemase-encoding genes which confer emerging resistance to last resort antibiotics, data were more contrasted between Montpellier and Abidjan. These genes were sparingly detected in Montpellier when the carbapenemase-encoding genes blaKPC, blaNDM, blaOXA-48 were each detected in 27% of samples in Djibi watershed samples.The worrisome epidemiology of AMR requires to identify AMR environmental reservoirs. AMR in urban settings could represent a hot spot in the dynamics of the epidemiological cycle of AMR. The development of WBE could help to cartography AMR at a small-territory scale to help for medical decisions, alerts and implementation of preventive measures