Generalized linear models for long memory time series

Orientador: Mauricio Enrique Zevallos HerenciaDissertação (mestrado) - Universidade Estadadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação CientificaResumo: A modelagem de séries temporais não gaussianas é um tema de alta relevância na análise de séries temporais. Utilizando-se de estimação por verossimilhança parcial, Kedem e Fokianos (2002) estenderam sistematicamente a metodologia dos Modelos Lineares Generalizados (MLG) para séries temporais em que tanto a série de interesse quanto as covariáveis são estocasticamente dependentes. Entretanto, a análise estatística de séries com memória longa (ML), seja na resposta ou nas covariáveis, não é discutida em detalhes. O primeiro objetivo desta dissertação é investigar, através de simulações, as propriedades dos estimadores de máxima verossimilhança parcial dos coeficientes do MLG quando utilizado para séries temporais com ML. O segundo objetivo consiste em um estudo sobre a qualidade das previsões obtidas para vários modelos ajustados a dados de séries com ML, utilizando a metodologia proposta por Kedem e Fokianos (2002). Os modelos considerados nesta dissertação são modelos para séries de contagens, séries binárias e séries categóricas ordinais. Finalmente, as metodologias são ilustradas através de aplicações em conjuntos de dados reais de finanças e de poluição do ar.Abstract: Non-gaussian time series modeling is a high relevance issue of time series analysis. Kedem and Fokianos (2002) have used partial likelihood estimation to extend the Generalized Linear Models (GLM) methodology systematically to time series where the response and covariate data are both stochastically dependent. However, statistical analysis of time series with long memory (LM), whether in the response or in the covariates, is not discussed in detail. The first purpose of this paper is to investigate, via simulations, the properties of the partial maximum likelihood estimators of the GLM coefficients as used for modeling LM time series. As a second purpose, we have assessed the quality of the forecasts obtained from several adjusted models (using the methodology proposed by Kedem and Fokianos (2002)) as applied to data with LM series. The models we have chosen for our work include count series, binary series, and categorical ordinal time series models. Finally, the methodologies are illustrated with applications to financial and air pollution real data.MestradoSeries TemporaisMestre em Estatístic

Lytic bacteriophages as a potential alternative to control Staphylococcus aureus

O objetivo deste trabalho foi caracterizar bacteriófagos autóctones e determinar sua atividade lítica em Staphylococcus aureus. Seis fagos foram isolados de água de lavagem de pisos de estábulos por meio do enriquecimento de cultura com três estirpes de S. aureus. Todos os fagos foram caracterizados pela digestão do DNA com enzimas de restrição e pelo sequenciamento do fragmento de DNA que codifica a endolisina. Cada fago foi testado contra 100 estirpes de S. aureus isoladas de casos de mastite bovina e de produtos lácteos pelo método de lise em placa. Sequências do gene de endolisina apresentaram alta conservação, com mais de 99% de similaridade a nível do nucleotídeo entre os fagos isolados. Foram identificados três domínios envolvidos no reconhecimento e na lise da parede celular bacteriana. Dois bacteriófagos isolados de estábulos apresentam alta atividade lítica em S. aureus, em ampla gama de estirpes, o que indica seu potencial para estudos de fagoterapia em gado leiteiro ou como agente de controle biológico para produtos lácteos.The objective of this work was to characterize autochthonous bacteriophages and to determine their lytic activity on Staphylococcus aureus. Six phages were isolated from dairy barn flush water through enrichment cultures with three S. aureus strains. All phages were characterized by DNA digestion by restriction enzymes and sequencing of the DNA fragment encoding endolysin. Each phage was tested against 100 S. aureus strains isolated from bovine mastitis and from dairy products using the lysis-plate method. The sequences of the endolysin gene were highly conserved, with nucleotide similarity higher than 99% among the isolated phages. Three domains involved in the recognition and lysis of the bacterial cell wall were identified. Two bacteriophages isolated from the dairy barns present high lytic activity on S. aureus, on a wide range of host strains, indicating their potential for studies on phage therapy in dairy cattle or as a biological control agent for dairy products