Nichtkleinzellige Lungenkarzinome: Subklassifikation und prädiktive molekulare Markeruntersuchungen in der Zytologie

Zusammenfassung: In der Lungenkarzinomdiagnostik haben sich die Anforderungen an die Zytologie in den letzen Jahren deutlich verändert. Eine exakte Subtypisierung nichtkleinzelliger Lungenkarzinome (NSCLC) in Adeno- und Plattenepithelkarzinome entscheidet sowohl über die Wahl der Chemotherapie als auch über prädiktive Markeruntersuchungen für eine eventuelle zielgerichtete Therapie. In den meisten Fällen gelingt die Subtypisierung rein morphologisch aufgrund etablierter Kriterien und kann durch immunzytochemische Untersuchungen unterstützt werden. Zytologische Präparate müssen auch danach beurteilt werden, ob das Material für notwendige molekulare Markeranalysen ausreicht. Die Zytologie ist für prädiktive Markeranalysen genau so gut geeignet wie bioptisches Material. Gleichzeitig vorhandene Zytologien und Biopsien sollten sowohl für die Angabe des NSCLC-Subtyps als auch für die Entscheidung, welches Material für prädiktive Markeranalysen besser geeignet ist, miteinander verglichen werden. In diesem Übersichtsartikel diskutieren wir spezifische Aspekte der NSCLC-Subtypisierung und derzeit empfohlene prädiktive Markeranalyse

Optimized between-group classification: a new jackknife-based gene selection procedure for genome-wide expression data

BACKGROUND: A recent publication described a supervised classification method for microarray data: Between Group Analysis (BGA). This method which is based on performing multivariate ordination of groups proved to be very efficient for both classification of samples into pre-defined groups and disease class prediction of new unknown samples. Classification and prediction with BGA are classically performed using the whole set of genes and no variable selection is required. We hypothesize that an optimized selection of highly discriminating genes might improve the prediction power of BGA. RESULTS: We propose an optimized between-group classification (OBC) which uses a jackknife-based gene selection procedure. OBC emphasizes classification accuracy rather than feature selection. OBC is a backward optimization procedure that maximizes the percentage of between group inertia by removing the least influential genes one by one from the analysis. This selects a subset of highly discriminative genes which optimize disease class prediction. We apply OBC to four datasets and compared it to other classification methods. CONCLUSION: OBC considerably improved the classification and predictive accuracy of BGA, when assessed using independent data sets and leave-one-out cross-validation. AVAILABILITY: The R code is freely available [see Additional file 1] as well as supplementary information [see Additional file 2]