A reduction method for noisy Boolean networks

This paper is concerned with the reduction of a noisy synchronous Boolean network to a coarse-grained Markov chain with number of states being equal to the number of attractors of the original network.Comment: 49 pages, 26 eps figures, uses graphs.sty and natbib.st

Gram-Negative Bacteria: "Inner" vs. "Cytoplasmic" or "Plasma Membrane": A Question of Clarity rather than Vocabulary

In this short commentary, we show that the utilisation of the term “inner membrane” to characterize the cytoplasmic or plasma membrane of Gram-negative bacteria can be a source of confusion and we propose that it should be completely abandoned

Le darwinisme peut-il tout expliquer ?

Vus d'Europe, les procès opposant les farouches défenseurs du darwinisme à leurs pugnaces détracteurs ont de quoi faire sourire. Certes, il n'y a pas qu'aux Etats-Unis que l'on puisse encore trouver des Chrétiens fondamentalistes persuadés que Dieu a créé la Terre en six jours. En revanche, aucun gouvernement de nos contrées n'aurait l'idée saugrenue de faire interdire l'enseignement de la théorie de l'évolution dans nos écoles, ni même de l'autoriser à la condition expresse de la traiter sur le même pied que le créationnisme inspiré d'une lecture littérale de la Genèse. Cela dit, croire que le refus de l'évolution par "sélection naturelle des mutations favorables" se limite aux couches populaires de l'Amérique conservatrice serait inexact. En réalité, les plus acharnés des tenants du créationnisme pur et dur -- ou de son avatar à peine plus subtil, l'Intelligent Design -- sont généralement des intellectuels, voire dans certains cas des biologistes qui ont renoncé à toute carrière dans l'orthodoxie académique. Faut-il n'y voir qu'aveuglement religieux ? Sans doute, mais pas seulement... Originellement proposée en 1859, la théorie de l'évolution de Charles Darwin a profondément bouleversé la science et la société toute entière. Débarrassé de ses relents lamarckiens par August Weismann entre 1883 et 1888, le darwinisme, désormais qualifié de "néo-", s'est enrichi de la génétique de Gregor Mendel pour donner naissance en 1937, sous l'impulsion de Theodosius Dobzhansky, à la théorie synthétique de l'évolution. C'est dans cette incarnation "moderne" qu'il est devenu l'unique paradigme de la biologie contemporaine. Pourtant, loin des feux de la rampe, le couple infernal mutation/sélection ne satisfait pas tous les spécialistes. A quel point sa toute puissance peut-elle être mise en doute ? Dispose-t-on réellement de preuves de son efficacité, ou même tout simplement de son existence ? La diversité de la Vie sur Terre peut-elle s'expliquer par un principe aussi naïvement libéral ? C'est à ces questions et à quelques autres que nous tenterons de répondre au cours de cette conférence-débat, tout en tâchant de rester prudemment en dehors de toute considération métaphysique. Docteur en Sciences (Génétique Moléculaire Végétale), Denis BAURAIN est bioinformaticien à l'Université de Liège. Financées par le FNRS, ses recherches portent essentiellement sur l'histoire évolutive des premières cellules à noyau telle qu'on peut l'inférer à partir des séquences de gènes

La « thalassocratie » : mythes et réalité historique (à propos de « la liste d’Eusèbe »)

The « List of Thalassocracies » in Eusebius is the subject of learned debates for more than one century. Two currents of thought emerge: the proponents of a strange document without great historical value and those who wanted to prove at all costs its documentary quality, convinced that the List is an old and solid inventory illuminating the mastery of the sea in the dark ages. Here, the document is firstly reviewed in the light of the main arguments of each other. The examination is shown to be inconclusive: in practice, the List strangely comes to an end at the beginning of the 5th cent. bc, has no firm ancestry and does not match with what is formally found in Diodorus' books, the source yet claimed in the first introductory line. Secondly, in front of this inconclusive approach, a new proposal is set out. The working-out of the List could be attributed to Eusebius himself: he would have freely drawn up the List from the historical material collected in Diodorus and have stopped on a fact finding echo in a major contemporary event. The bishop of Caesarea, very involved in the debates of his time, was always anxious to please Constantine. In his Chronicle reissued for Vicennalia of the Emperor, Eusebius probably wanted to celebrate the heroic exploit recently accomplished by his eldest son Crispus now fit for an imperial destiny: the Prince had just beaten the Constantine's rival, Licinius Augustus, in a great naval joust in the same area where Xerxes had crossed the Hellespont on two decks of ships bound with cables afterwards recovered and consecrated at Delphi by the Athenians. The brutal subsequent elimination and condemnation to oblivion of Crispus obliged Eusebius to quickly remove any explicit reference to the fallen son in his works. In his Chronicle, this ultimate « correction » has hidden the raison d'être for a list not implausible but of later conception

Denis BAURAIN – Portfolio pédagogique

Ce portfolio reprend des considérations pédagogiques générales s’appliquent à l’ensemble de mes enseignements. Les parties plus réflexives sont centrées sur les cours où les populations étudiantes ne se comptent pas sur les doigts d’une seule main : Microbiologie (partim 1 : Algologie et mycologie), Bioinformatique et Méthodes de phylogénie. J’ai par ailleurs réservé une large place à mon cours de Compléments de microbiologie : Protistologie, puisque c’est celui pour lequel j’ai mené une « vraie » réflexion pédagogique avec l’aide de l’IFRES (séminaire de mise en œuvre personnalisé). Enfin, j’ai inclus une série de commentaires sur la nécessité de former les biologistes à la bioinformatique, ainsi que sur la mise en pratique de cette conviction : la finalité spécialisée en Bioinformatique et Modélisation et la formation FOREM sur les Outils de la Bioinformatique

Characterization of two genes encoding the mitochondrial alternative oxidase in Chlamydomonas reinhardtii

peer reviewedTwo cDNA clones (AOX1 and AOX2) and the corresponding genes encoding the alternative oxidases (AOXs) from Chlamydomonas reinhardtii were isolated and sequenced. The cDNAs, AOX1 and AOX2, contained open reading frames (ORFs) encoding putative proteins of 360 amino acids and 347 amino acids, respectively. For each of the ORFs, a potential mitochondrial-targeting sequence was found in the 5'-end regions. In comparison to AOX enzymes from plants and fungi, the predicted amino acid sequences of the ORFs showed their highest degree of identity with proteins from Aspergillus niger (38.1% and 37.2%) and Ajellomyces capsulatus (37% and 34.9%). Several residues supposed either to be Fe ligands or to be involved in the ubiquinol-binding site were fully conserved in both C. reinhardtii putative AOX proteins. In contrast, a cysteine residue conserved in the sequences of all higher plants and probably involved in the regulation of the enzyme activity was missing both from the AOX1 and AOX2 amino acid sequences and from protein sequences from various other microorganisms. The transcriptional expression of the AOX1 and AOX2 genes in wild-type cells and in mutant cells deficient in mitochondrial complex III activity was also investigated

Contamination detection in genomic data: more is not enough

The decreasing cost of sequencing and concomitant augmentation of publicly available genomes have created an acute need for automated software to assess genomic contamination. During the last six years, 18 programs have been pub-lished, each with its own strengths and weaknesses. Deciding which tools to use becomes more and more difficult without an understanding of the underlying algo-rithms. We review these programs, benchmarking six of them, and present their main operating principles. This article is intended to guide researchers in the selec-tion of appropriate tools for specific applications. Finally, we present future chal-lenges in the developing field of contamination detection.BCCM GEN-ER