Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks

International audienc

Traces of transposable elements in genome dark matter co-opted by flowering gene regulation networks

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Les calpaïnes participent au développement de la réaction inflammatoire

Les calpaïnes sont des protéases à cystéine de type papaïne identifiées depuis 50 ans. Parce que leur expression est cytosolique et parce que leur activité est contrôlée par la concentration de Ca2+, il est maintenant admis qu’elles jouent un rôle essentiel dans la signalisation intracellulaire. Elles participent ainsi au contrôle de l’apoptose, de la prolifération, de l’adhérence à la matrice extracellulaire et de la mobilité cellulaires. Il n’est donc pas étonnant qu’elles soient impliquées dans des phénomènes aussi divers que l’ischémie, l’inflammation, la réparation, ou la progression tumorale. Cette revue décrit le rôle que jouent les calpaïnes dans le développement de la réaction inflammatoire. Elle donne une place particulière à l’hypothèse selon laquelle les calpaïnes continuent d’être actives lorsqu’elles sont libérées dans le micro-environnement du foyer inflammatoire.Calpains are cysteine proteases first identified 50 years ago. Because they are present in the cytosol of mammalian cells and because they are activated in response to Ca2+ mobilization, they are thought to be involved mainly in cell signalling pathways. They could participate in cellular responses such as apoptosis, proliferation, extracellular matrix adhesion and motility, that have relevance to pathophysiological issues in ischemia, inflammation, repair and tumor progression. Here we consider calpain functions in inflammatory reaction. We report the recent observation that calpain inhibitors reduce the development of acute and chronic inflammation. This has opened the door for understanding how these enzymes are effective in inflammation. We present data suggesting that calpains are primarily responsible for the activation of nuclear factor-κB, a transcription factor with a pivotal role in inflammation. They are involved in inflammatory cell adhesion and migration, pro-inflammatory mediator release and anti-inflammatory hormone resistance as well. In addition, we emphasize the intriguing possibility that calpains are externalized during inflammatory process and that they play a role in the microenvironment of inflammatory cells. Thus, both intracellular and extracellular calpains would offer novel therapeutic targets in inflammation

Interactions entre glucocorticoïdes et peptides anti-inflammatoires

Les médiateurs pro- et anti-inflammatoires modulent l’activité anti-inflammatoire des glucocorticoïdes, en partie parce qu’ils modifient la liaison de ces stéroïdes à des récepteurs spécifiques. La somatostatine par exemple augmente la liaison des glucocorticoïdes et la réponse que celle-ci entraîne dans les macrophages. Les mécanismes de cette régulation n’impliquent pas une expression augmentée du récepteur des glucocorticoïdes mais plutôt une stabilisation des heat shock proteins 90 qui y sont associées. C’est une diminution de l’activité des calpaïnes qui en est responsable. C’est pourquoi l’inhibition pharmacologique des calpaïnes pourrait être une nouvelle stratégie pour augmenter l’efficacité anti-inflammatoire des glucocorticoïdes

L’inflammation, prélude à la sclérose rénale : importance de NF-κB

NF-κB forme une famille de facteurs de transcription. Ceux-ci sont considérés jouer un rôle central dans l’expression de gènes impliqués dans le recrutement, la prolifération et la différenciation cellulaires, et ainsi dans les mécanismes de l’inflammation, de la réparation et de la fibrose. En particulier, l’activation de NF-κB apparaît déterminante dans le développement de maladies rénales inflammatoires et leur progression vers la fibrose et l’insuffisance rénale terminale. C’est pourquoi cibler NF-κB devrait permettre d’identifier de nouveaux composés pharmaceutiques susceptibles d’être efficaces dans le traitement de ces maladies

NLGenomeSweeper: A Tool for Genome-Wide NBS-LRR Resistance Gene Identification

Although there are a number of bioinformatic tools to identify plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) disease resistance genes based on conserved protein sequences, only a few of these tools have attempted to identify disease resistance genes that have not been annotated in the genome. The overall goal of the NLGenomeSweeper pipeline is to annotate NLR disease resistance genes, including RPW8, in the genome assembly with high specificity and a focus on complete functional genes. This is based on the identification of the complete NB-ARC domain, the most conserved domain of NLR genes, using the BLAST suite. In this way, the tool has a high specificity for complete genes and relatively intact pseudogenes. The tool returns all candidate NLR gene locations as well as InterProScan ORF and domain annotations for manual curation of the gene structure