Vigilancia de variantes de preocupación (VOC) SARS-CoV-2 en la Provincia de Córdoba: implementación de una nueva estrategia. Actualización al 11/06/2021

El presente informe corresponde al análisis de variantes de preocupación (VOC) obtenido a partir de muestras positivas para SARS-CoV-2 correspondientes a los casos diagnosticados por PCR en el Laboratorio Central de la provincia de Córdoba durante el periodo comprendido entre el 18/05/2021 y el 09/06/2021. Para tal fin y para agilizar el estudio de variantes locales, se implementó en el Laboratorio Central una nueva estrategia operativamente más sencilla, más rápida y de excelente performance para la detección de las tres variantes de preocupación 501Y.V1 (linaje B.1.1.7)/Reino Unido/Alfa, 501Y.V3 (linaje P.1) Manaos/Gama y 501Y.V2 (linaje B.1.351) / Sudáfrica/Beta. Contexto epidemiológico general del periodo de estudio. Entre el 18 de mayo al 9 de junio de 2021 se notificaron en la provincia de Córdoba 86.326 casos [promedio nuevos casos diarios: 3923 (rango 2647- 5493)] con un total de 605 fallecimientos (https://www.cba.gov.ar/informe-diario-de-casos-ymedidas/).Fil: Castro, Gonzalo. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Sicilia, Paola. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: López, Laura. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Barbás, Gabriela. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Ré, Viviana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina

Vigilancia de variantes de preocupación (VOC) y de interés (VOI) de SARS-CoV-2 en la Provincia de Córdoba. Actualización al 12/08/2021

A) Se analizaron 2796 muestras positivas por RT-PCR en tiempo real para la detección de variantes de SARS-CoV-2 (1 enero a 12 de agosto de 2021). B) Se detectó aumento exponencial de VOC Gamma en la comunidad desde su ingreso (marzo 2021) a lo largo del tiempo, con una frecuencia actual de detección de 70%. C) Se detectó VOC Alpha desde su ingreso (febrero 2021) hasta la actualidad, manteniendo su frecuencia de detección en valores entre 3%-12%. D) VOC Delta fue identificada en un viajero y sus CE en julio 2021, y no ha sido detectada en las muestras subsiguientes de la comunidad. E) La estrategia de detección de VOCs utilizando RT-PCRs en tiempo real implementada en el Laboratorio Central - Ministerio de Salud de la Provincia de Córdoba, resulta una herramienta valiosa costo-efectiva para la tipificación rápida y monitoreo masivo de variantes.Fil: Castro, Gonzalo. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Sicilia, Paola. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: López, Laura. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Barbás, Gabriela. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Ré, Viviana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina

Hepatitis A outbreak affecting men who have sex with men (MSM) in central Argentina, occurred in July 2017-April 2018, later than the European outbreak

During June-2016 - May-2017, several outbreaks of HA were recorded in Europe, especially described in MSM. In our area since July-2017, an increase of hepatitis A (HA) notification was reported. In order to understand the unusual increase of cases occurred in the central region of Argentina, the aim of this study was to describe, characterize and contextualize epidemiologically the HA outbreak occurred this area, until April 2018. Study designHA cases (positive anti-HAV IgM) obtained from the calendar week 29/2017 in which the first case of MSM was recognized were included in our study. HAV RNA detection and molecular characterization was performed from serum samples and / or stool by RT - PCR of VP1 / 2A genomic region (360bp).ResultsOf the 32 cases notified, 87.5% of them were unvaccinated men and 69.6% were MSM (mean age 31.9 years). All MSM associated HAV sequences were genotyped as IA, and clustered with the VRD 521-2016 strain, responsible of causing outbreaks mostly in MSM in Europe since mid-2016. As a consequence of the implementation of immunization in children, and the improvement in socio-economic, hygienic and sanitation factors, young adults are becoming increasingly susceptible to HAV infections. Here we add evidence in South America to the HA outbreaks described worldwide among young MSM, demonstrating the need to reinforce official policy of vaccination, in this group and adjust epidemiological surveillance, catch-up vaccination for adolescents, young adults and immuno suppressed patients.Fil: Mariojouls, Jorge. Laboratorio Central de la Provincia de Cordoba; ArgentinaFil: Castro, Gonzalo. Laboratorio Central de la Provincia de Cordoba; ArgentinaFil: Pisano, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Cordoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología; ArgentinaFil: Barbero, Paula. Laboratorio Central de la Provincia de Cordoba; ArgentinaFil: Fantilli, Anabella Clara. Universidad Nacional de Cordoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Borda, Mariel Alejandra. Laboratorio Central de la Provincia de Cordoba; ArgentinaFil: Canna, Fernando. Laboratorio Central de la Provincia de Cordoba; ArgentinaFil: Barbás, Gabriela. Laboratorio Central de la Provincia de Cordoba; ArgentinaFil: Ré, Viviana Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Cordoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología; Argentin

The extent of infectious SARS-CoV-2 shedding in an Argentinean cohort

Background: To analyze the infectious extent of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-COV-2) in different settings where prevention strategies are critical to limit infection spread, we evaluated SARS-COV-2 viability to guide public health policies regarding isolation criteria and infection control. Methods: We attempted viral isolation in 82 nasopharyngeal swabs from 72 patients with conrmed SARS-COV-2 infection. Study population was divided into four groups: (i) Patients during the rst week of symptoms; (ii) Patients with prolonged positive PCR; (iii) Healthcare workers from a hospital participating of an outbreak investigation, with SARS-COV-2 infection conrmed by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and (iv) Recipients of convalescent immune plasma (CIP). Vero Cl76 cell-line (ATCC CRL-587) was used in assays for virus isolation. Plasma samples of CIP recipients were also tested with plaque-reduction neutralization test. Results: We obtained infectious SARS-COV-2 isolates from 15/84 nasopharyngeal swabs. The virus could not be isolated from upper respiratory tract samples collected 10-day after onset of symptoms (AOS) in patients with mild–moderate disease. Conclusion: The knowledge of the extent of SARS-CoV-2 infectivity AOS is relevant for effective prevention measures. This allows to discuss criteria for end isolation despite persistence of positive PCR and improve timing for hospital discharge with consequent availability of critical beds.publishedVersionFil: Blanco, Sebastián. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Aguilar, Juan Javier. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Konigheim, Brenda Salomé. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Konigheim, Brenda Salomé. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.Fil: Diaz, Luis Adrián. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Diaz, Luis Adrián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.Fil: Spinsanti, Lorena. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Beranek, Mauricio. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Beranek, Mauricio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.Fil: Collino, César. Hospital Guillermo Rawson, Córdoba; Argentina.Fil: Diaz, Miguel. Hospital Guillermo Rawson, Córdoba; Argentina.Fil: Barbás, María Gabriela. Ministerio de Salud de la Provincia de Córdoba. Secretaria de Prevención y Promoción de la Salud; Argentina.Fil: Gallego, Sandra Verónica. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Gallego, Sandra Verónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina

Vigilancia de variantes de preocupación (VOC) de SARS-CoV-2 en la Provincia de Córdoba. Actualización al 3/09/2021

A) Se analizaron 516 nuevas muestras, RNA positivas para SARS-CoV-2 (población general: n=268, viajeros: n=9, brotes/ casos asociados a la variante Delta: n=239), por RT-PCR en tiempo real para la detección de variantes (12 agosto a 3 de septiembre de 2021). B) VOC Gamma continúa siendo la variante mayoritaria en la comunidad en toda la provincia, con una frecuencia actual de detección de 64%. C) VOC Alpha continúa disminuyendo su diseminación con frecuencias de detección menor al 2%. VOC Delta fue identificada en la comunidad en 2,2% de las muestras analizadas al azar. Su frecuencia de detección en viajeros y en estudio de contactos estrechos y brotes asociados a infección con Delta fue de 19%. D) La estrategia de detección de VOCs utilizando RT-PCRs en tiempo real implementada en el Laboratorio Central - Ministerio de Salud de la Provincia de Córdoba, resulta una herramienta valiosa costo-efectiva para continuar la vigilancia continua de variantes.Fil: Castro, Gonzalo. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Sicilia, Paola. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Bolzon, María Laura. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: López, Laura. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Willington, Ana. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Cecheto Eugenio. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Diaz, Miguel. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Barbás, Gabriela. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Ré, Viviana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina

Seguimiento diagnóstico de pacientes infectados por SARS-CoV-2 variante DELTA: aportes para toma de decisiones y reconsideración de estrategias de control. 26-8-2021

Desde la aparición del coronavirus, causante del síndrome respiratorio agudo severo 2 (SARS-CoV-2), que causa la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), se han caracterizado numerosas variantes virales. Estas surgen de la replicación y diversificación viral y la mayoría no tiene ningún efecto fenotípico. Sin embargo, han surgido algunas variantes de preocupación (VOC) (OMS 2021), que llevan sustituciones de aminoácidos distintivos en áreas clave de la proteína Spike que alteran algunas características del virus tales como: aumento de la transmisibilidad, evasión de la respuesta inmune natural o vacunal y susceptibilidad reducida a las terapias con anticuerpos monoclonales (OMS 2021). Desde que la variante Delta fue detectada por primera vez en India, en donde se observó un gran impacto en las tasas de infección y mortalidad, y habiéndose identificado en mayo de 2021 como la variante dominante en el Reino Unido, esta VOC comenzó a ser estudiada con mayor detenimiento, incluso en nuestra región (Gisaid 2021). Tal como ha ocurrido con el ingreso de otras VOC en nuestro medio, los nuevos desafíos que propone el virus van poniendo en reconsideración los protocolos de diagnóstico, de contención de la diseminación, de manejo de los contactos, las políticas de aislamiento y el manejo clínico de los pacientes.Fil: Castro, Gonzalo. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Sicilia, Paola. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Bolzon, María Laura. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: López, Laura. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Willington, Ana. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Cecheto Eugenio. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Crinejo, Ana. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Diaz, Miguel. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Barbás, Gabriela. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud; Argentina.Fil: Ré, Viviana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina.Fil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología Dr. José María Vanella; Argentina

Vigilancia de hepatitis A en Córdoba: Disminución de los casos en hombres que tienen sexo con hombres

Desde 2016 a 2019, se registraron brotes de Hepatitis A (HA) en varios países del mundo, especialmente descritos en hombres que tienen sexo con hombres (HSH), principalmente adultos jóvenes. Se identificaron tres cepas europeas responsables: VRD_521_2016, RIVM-HAV16-090 y V16-25801. En este contexto, desde julio de 2017 a abril 2018, se registró en la ciudad de Córdoba un aumento de casos de HA (32 casos notificados). De acuerdo a un estudio realizado por nuestro grupo, muchos de estos casos fueron identificados filogenéticamente con la cepa VRD_521_2016, afectando mayoritariamente a HSH [de los 32 casos notificados en ese período, 28 eran hombres, de 23 se conocía la orientación sexual, y 16 (el 50% 16/32) eran HSH (edad media: 31,9 años)]. A modo de comparación, en el mismo período de julio de 2014 a abril de 2015, de julio de 2015 a abril de 2016 y de julio de 2016 a abril de 2017, se informaron 3, 7 y 5 casos de HA, respectivamente. Entre estos, ninguno fue identificado como HSH. El propósito de este estudio fue continuar con la vigilancia epidemiológica molecular de HAV en Córdoba, a partir de muestras obtenidas durante un período posterior (noviembre 2018-septiembre 2019) al del inicio del brote de HA analizado previamente por nuestro grupo (Julio 2017-abril 2018).Para esto, se analizaron 23 casos confirmados de HA (IgM anti-HAV positivos) recolectados entre noviembre 2018 y septiembre 2019. Se detectó RNA-HAV en las muestras de suero y/o materia fecal mediante RT-Nested-PCR de la región genómica de VP1 / 2A (360 pb). Posteriormente, fueron secuenciadas y sometidas a análisis filogenéticos. De los 23 casos analizados (19 hombres y 4 mujeres; edad media: 30 años; rango: 4-63 años), 15 (65%) fueron positivas para la detección del RNA, y 14 fueron secuenciadas. Los análisis filogenéticos mostraron que todas las secuencias amplificadas pertenecieron al genotipo IA y 12 agruparon dentro de un clado monofilético con la cepa VDR521-2016 y con las secuencias del primer período del brote analizado (julio 2017- abril 2018). Cinco casos de este grupo (5/12) se identificaron como HSH, mientras que para el resto no se contaba con este dato. De las 23 muestras analizadas, 20 fueron recolectadas entre noviembre 2018 a abril 2019, obteniéndose solo tres muestras adicionales desde abril de 2019 a septiembre 2019, las cuales pertenecían a pacientes de género femenino del interior de Córdoba. Estos resultados muestran que el virus continuó circulando en la población de HSH hasta abril de 2019, con una disminución abrupta y ausencia de notificación de casos en HSH a partir de esa fecha, lo que evidencia la finalización del brote de HAV en ese grupo de riesgo. Los resultados invitan a continuar con la vigilancia del HAV, evaluar el manejo del brote y el impacto de la intervención durante el mismo, estimular al personal médico a estudiar la inmunidad de los pacientes adultos frente al virus y reforzar la vacunación en los mismos, principalmente en aquellos de mayor riesgo, como HSH, inmigrantes y viajeros a zonas endémicas.Fil: Fantilli, Anabella Clara. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; ArgentinaFil: Mariojoules, Jorge. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio central; ArgentinaFil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Castro, Gonzalo. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio central; ArgentinaFil: Di Cola Bucciarelli, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; ArgentinaFil: Canna, Fernando. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio central; ArgentinaFil: Barbás, Gabriela. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio central; ArgentinaFil: Ré, Viviana Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; ArgentinaXXXIX Reunión Científica Anual de la Sociedad Argentina de VirologíaValle HermosoArgentinaSociedad Argentina de Virologí

Evaluación de la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la vacuna Sputnik V en una cohorte en Córdoba y evaluación de las propiedades neutralizantes de anticuerpos naturales y vacunales frente a la variante Manaos

Se evaluó la respuesta de anticuerpos tipo IgG totales anti S y anticuerpos neutralizantes (AcNT) a la vacuna Sputnik V en 800 muestras tomadas a una cohorte de 285 personas en la ciudad de Córdoba. Las muestras fueron tomadas en tres momentos diferentes: una muestra basal previo a lo colocación de la vacuna (en los casos en que fue posible), una muestra luego de la primera dosis de la vacuna (día 14) y una muestra luego de la segunda dosis correspondiente (día 42 desde la 1er dosis). El promedio de la edad de las personas que conforman la cohorte es de 39,24 (±9,76), con un mínimo de 20 años y un máximo de 65 años. El 26,67% de ellos (n=76) tuvieron exposición previa al virus SARS-CoV-2. La determinación de anticuerpos tipo IgG contra la proteína S del virus se realizó mediante las técnicas COVIDAR IgG (Laboratorio Lemos S.R.L.) y SARS-CoV-2 IgG II Quant (Abbott). Las muestras que resultaron discordantes o negativas se evaluaron por inmunofluorescencia indirecta “in house” (IFI). La capacidad neutralizante de los 2 anticuerpos en las muestras de las personas vacunadas se evaluó por una técnica de Neutralización por reducción de placas (TNRP) frente al virus salvaje SARS-CoV-2 (hCoV19/Argentina/PAIS-G0001/2020, GISAID ID: EPI_ISL_499083) utilizando células Vero Cl76 (ATCC CRL-587). Los anticuerpos neutralizantes fueron titulados, estableciéndose como el título a la máxima dilución del plasma con capacidad de neutralizar al menos el 80% de las Unidades Formadoras de Placa (UFP) inoculadas, como previamente ha sido descripto (Blanco y col., 2021).Fil: Rodríguez, Rodolfo. Gobierno de Córdoba. Instituto Provincial de Investigación y Planificación Sanitaria; Argentina.Fil: Caeiro, Juan Pablo. Universidad Nacional de Córdoba; Argentina.Fil: Caeiro, Juan Pablo. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Medicina; Argentina.Fil: Juri, Hugo. Universidad Nacional de Córdoba. Rectorado; Argentina.Fil: Juri, Hugo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina.Fil: Juri, Hugo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina.Fil: Pizzi, Rogelio. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas; Argentina.Fil: Gallego, Sandra. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Blanco, Sebastián. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Konigheim, Brenda. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Spinsanti, Lorena. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Díaz, Adrian. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Aguilar, Juan. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Beranek, Mauricio. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Rivarola, María Elisa. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Nates, Silvia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Ré, Viviana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Pisano, Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Virología “Dr. J.M. Vanella”; Argentina.Fil: Mangeaud, Arnaldo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales; Argentina.Fil: Díaz, Miguel. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Collino, César. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Barrera, Aldo Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Álvarez, Alejandra. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Ravera, Lorena. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Zappia, Liliana. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Brarda, Canela. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Eynard Asua, Josefina. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Toledo, Claudia. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Barrientos Alvarado, Carla Daniela. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina.Fil: Sabbatini, Julia. Gobierno de Córdoba. Ministerio de Salud. Hospital Rawson; Argentina

Detección molecular de SARS-CoV-2 en Argentina: evaluación de herramientas diagnósticas alternativas para la descentralización del diagnóstico

The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min], a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery > GeneFinderTM > WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct > 30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be acceptable for their use in adverse contexts, decentralization, and different epidemiological scenarios, for rapid and accurate SARS-CoV-2 detection.La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación y la implementación de diferentes test para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos tres kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), dos métodos de extracción de ácidos nucleicos (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II [BioFlux], 35-min vs. 9-min), un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y dos test de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los tres kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery > GeneFinder™ > WGene. Los dos métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y de especificidad aceptables (>80%), excepto en muestras con Ct > 30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.Fil: Castro, Gonzalo Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central de la Provincia; ArgentinaFil: Sicilia, Paola. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central de la Provincia; ArgentinaFil: Gierotto, Robertino. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central de la Provincia; ArgentinaFil: Sosa, Julieta. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central de la Provincia; ArgentinaFil: Castellaro, Andrés Marcos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; ArgentinaFil: Barbás, María Gabriela. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Secretaría de Prevención y Promoción de la Salud; ArgentinaFil: Pisano, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; ArgentinaFil: Ré, Viviana Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; Argentin

Evaluation of five screening tests licensed in Argentina for detection of hepatitis C virus antibodies

This study was conducted to compare among the most recent generation of five screening tests licensed in Argentina, in order to evaluate which of the tests has the best sensitivity for detection of antibodies against hepatitis C virus (HCV). The tests analyzed were: Detect-HCV™ (3.0) Biochem ImmunoSystems, Canada; Hepatitis C EIA Wiener Lab., Argentina; Equipar HCV Ab, Italy; Murex HCV 4.0, UK and Serodia-HCV particles agglutination test, Japan. The results obtained showed high discrepancy between the different kits used and show that some of the tests assessed have a low sensitivity for anti-HCV detection in both chronic infections and early seroconversion, and indicate that among the commercially available kits in Argentina, Murex HCV 4.0 (UK) and Serodia-HCV particles agglutination test (Japan) have the best sensitivity for HCV screening. Although the sensitivity of the assays is the first parameter to be considered for blood screening, more studies should be carried out to assess the specificity of such assays.Fil: Re, Viviana Elizabeth. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella, Facultad de Ciencias Medicas, Ciudad Universitaria, (5016) Córdoba, Enfermera Gordillo Gómez s/n, ArgentinaFil: Gallego, Sandra Verónica. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella, Facultad de Ciencias Medicas, Ciudad Universitaria, (5016) Córdoba, Enfermera Gordillo Gómez s/n, ArgentinaFil: Treviño, Elena. Instituto de Hemoterapia Y Hematología, Universidad Nacional de Córdoba, Ciudad Universitaria, (5016) Córdoba, Enfermera Gordillo Gómez s/n, ArgentinaFil: Barbás, María Gabriela. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella, Facultad de Ciencias Medicas, Ciudad Universitaria, (5016) Córdoba, Enfermera Gordillo Gómez s/n, ArgentinaFil: Dominguez, Claudia. Instituto de Hemoterapia Y Hematología, Universidad Nacional de Córdoba, Ciudad Universitaria, (5016) Córdoba, Enfermera Gordillo Gómez s/n, ArgentinaFil: Elbarcha, Osvaldo César. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas; ArgentinaFil: Bepre, Héctor. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella, Facultad de Ciencias Medicas, Ciudad Universitaria, (5016) Córdoba, Enfermera Gordillo Gómez s/n, ArgentinaFil: Contigiani, Marta Silvia. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella, Facultad de Ciencias Medicas, Ciudad Universitaria, (5016) Córdoba, Enfermera Gordillo Gómez s/n, Argentin